MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Yersinia pseudotuberculosis PB1/+ plasmid pYPTS01

Total Repeats: 126

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010635	TGGC	2	8	1284	1291	0 %	25 %	50 %	25 %	186897497
2	NC_010635	AGCG	2	8	1449	1456	25 %	0 %	50 %	25 %	186897497
3	NC_010635	TGAT	2	8	1874	1881	25 %	50 %	25 %	0 %	186897497
4	NC_010635	TGAT	2	8	1991	1998	25 %	50 %	25 %	0 %	186897497
5	NC_010635	TCGC	2	8	2216	2223	0 %	25 %	25 %	50 %	186897497
6	NC_010635	TTCT	2	8	2797	2804	0 %	75 %	0 %	25 %	186897498
7	NC_010635	TTCT	2	8	3073	3080	0 %	75 %	0 %	25 %	186897498
8	NC_010635	ACTA	2	8	4018	4025	50 %	25 %	0 %	25 %	186897499
9	NC_010635	AAAT	2	8	4142	4149	75 %	25 %	0 %	0 %	186897499
10	NC_010635	CAAA	2	8	4236	4243	75 %	0 %	0 %	25 %	186897500
11	NC_010635	AAAT	2	8	4598	4605	75 %	25 %	0 %	0 %	186897501
12	NC_010635	TTAT	2	8	5149	5156	25 %	75 %	0 %	0 %	186897502
13	NC_010635	GCTG	2	8	5461	5468	0 %	25 %	50 %	25 %	186897503
14	NC_010635	GAAG	2	8	5695	5702	50 %	0 %	50 %	0 %	186897504
15	NC_010635	AGTG	2	8	6235	6242	25 %	25 %	50 %	0 %	186897504
16	NC_010635	CACT	2	8	6723	6730	25 %	25 %	0 %	50 %	186897505
17	NC_010635	GGCT	2	8	6782	6789	0 %	25 %	50 %	25 %	186897505
18	NC_010635	CAGG	2	8	7371	7378	25 %	0 %	50 %	25 %	186897506
19	NC_010635	AGGT	2	8	7489	7496	25 %	25 %	50 %	0 %	186897506
20	NC_010635	TGTC	2	8	8780	8787	0 %	50 %	25 %	25 %	186897508
21	NC_010635	TCAT	2	8	10376	10383	25 %	50 %	0 %	25 %	186897510
22	NC_010635	CATA	2	8	10488	10495	50 %	25 %	0 %	25 %	186897510
23	NC_010635	GTAA	2	8	10983	10990	50 %	25 %	25 %	0 %	186897510
24	NC_010635	GGTC	2	8	12170	12177	0 %	25 %	50 %	25 %	186897511
25	NC_010635	CAGA	2	8	12255	12262	50 %	0 %	25 %	25 %	186897511
26	NC_010635	ATCC	2	8	13880	13887	25 %	25 %	0 %	50 %	186897512
27	NC_010635	ATTT	2	8	13980	13987	25 %	75 %	0 %	0 %	186897512
28	NC_010635	ATTT	2	8	14005	14012	25 %	75 %	0 %	0 %	186897512
29	NC_010635	ATAG	2	8	14730	14737	50 %	25 %	25 %	0 %	186897513
30	NC_010635	CATC	2	8	15955	15962	25 %	25 %	0 %	50 %	186897513
31	NC_010635	CATC	2	8	19497	19504	25 %	25 %	0 %	50 %	186897519
32	NC_010635	GGTA	2	8	19674	19681	25 %	25 %	50 %	0 %	186897519
33	NC_010635	TCTG	2	8	20443	20450	0 %	50 %	25 %	25 %	186897520
34	NC_010635	TGAA	2	8	20503	20510	50 %	25 %	25 %	0 %	186897520
35	NC_010635	CAGT	2	8	20796	20803	25 %	25 %	25 %	25 %	186897521
36	NC_010635	GCCA	3	12	21664	21675	25 %	0 %	25 %	50 %	186897523
37	NC_010635	CTGC	2	8	21920	21927	0 %	25 %	25 %	50 %	186897524
38	NC_010635	TGAC	2	8	22651	22658	25 %	25 %	25 %	25 %	186897525
39	NC_010635	GCAG	2	8	23116	23123	25 %	0 %	50 %	25 %	186897526
40	NC_010635	TTTC	2	8	24041	24048	0 %	75 %	0 %	25 %	186897527
41	NC_010635	CTTA	2	8	24369	24376	25 %	50 %	0 %	25 %	186897527
42	NC_010635	ACGT	2	8	25770	25777	25 %	25 %	25 %	25 %	186897528
43	NC_010635	AGCC	2	8	26215	26222	25 %	0 %	25 %	50 %	186897529
44	NC_010635	TGTC	2	8	26496	26503	0 %	50 %	25 %	25 %	186897529
45	NC_010635	AATG	2	8	27525	27532	50 %	25 %	25 %	0 %	186897529
46	NC_010635	AGGG	2	8	28388	28395	25 %	0 %	75 %	0 %	186897530
47	NC_010635	GAAA	2	8	29117	29124	75 %	0 %	25 %	0 %	186897531
48	NC_010635	ATTT	2	8	29460	29467	25 %	75 %	0 %	0 %	186897532
49	NC_010635	GGCT	2	8	30337	30344	0 %	25 %	50 %	25 %	186897534
50	NC_010635	GCAC	2	8	30438	30445	25 %	0 %	25 %	50 %	186897534
51	NC_010635	GGTC	2	8	30573	30580	0 %	25 %	50 %	25 %	186897534
52	NC_010635	CAGA	2	8	30658	30665	50 %	0 %	25 %	25 %	186897534
53	NC_010635	TCTT	2	8	31148	31155	0 %	75 %	0 %	25 %	186897535
54	NC_010635	AAGA	2	8	31170	31177	75 %	0 %	25 %	0 %	186897535
55	NC_010635	CGAT	2	8	32059	32066	25 %	25 %	25 %	25 %	186897536
56	NC_010635	GCCA	2	8	32392	32399	25 %	0 %	25 %	50 %	186897537
57	NC_010635	GCGG	2	8	32815	32822	0 %	0 %	75 %	25 %	186897537
58	NC_010635	CGCC	2	8	33210	33217	0 %	0 %	25 %	75 %	186897537
59	NC_010635	CTGG	2	8	33339	33346	0 %	25 %	50 %	25 %	186897537
60	NC_010635	GTTC	2	8	33378	33385	0 %	50 %	25 %	25 %	186897537
61	NC_010635	TAAG	2	8	34290	34297	50 %	25 %	25 %	0 %	186897540
62	NC_010635	AGCC	2	8	34840	34847	25 %	0 %	25 %	50 %	186897541
63	NC_010635	GCAG	2	8	35272	35279	25 %	0 %	50 %	25 %	186897541
64	NC_010635	AGAA	2	8	37530	37537	75 %	0 %	25 %	0 %	186897546
65	NC_010635	ACCA	2	8	37990	37997	50 %	0 %	0 %	50 %	186897546
66	NC_010635	TTCC	2	8	38243	38250	0 %	50 %	0 %	50 %	186897546
67	NC_010635	AAGC	2	8	38298	38305	50 %	0 %	25 %	25 %	186897546
68	NC_010635	AATT	2	8	38370	38377	50 %	50 %	0 %	0 %	186897546
69	NC_010635	GTCA	2	8	38571	38578	25 %	25 %	25 %	25 %	186897547
70	NC_010635	TCCA	2	8	38632	38639	25 %	25 %	0 %	50 %	186897547
71	NC_010635	GACT	2	8	38644	38651	25 %	25 %	25 %	25 %	186897547
72	NC_010635	GACT	2	8	38886	38893	25 %	25 %	25 %	25 %	186897547
73	NC_010635	ATCA	2	8	39153	39160	50 %	25 %	0 %	25 %	186897547
74	NC_010635	CCAT	2	8	39185	39192	25 %	25 %	0 %	50 %	186897547
75	NC_010635	TGGA	2	8	39325	39332	25 %	25 %	50 %	0 %	186897547
76	NC_010635	GCCA	2	8	40957	40964	25 %	0 %	25 %	50 %	186897550
77	NC_010635	CTGC	2	8	41209	41216	0 %	25 %	25 %	50 %	186897551
78	NC_010635	CCGG	2	8	41636	41643	0 %	0 %	50 %	50 %	186897552
79	NC_010635	TGTT	2	8	41704	41711	0 %	75 %	25 %	0 %	186897552
80	NC_010635	AACA	2	8	43223	43230	75 %	0 %	0 %	25 %	186897553
81	NC_010635	TATT	2	8	43289	43296	25 %	75 %	0 %	0 %	186897553
82	NC_010635	GGCG	2	8	44353	44360	0 %	0 %	75 %	25 %	186897554
83	NC_010635	CCAA	2	8	45009	45016	50 %	0 %	0 %	50 %	186897555
84	NC_010635	TTTG	2	8	45023	45030	0 %	75 %	25 %	0 %	186897555
85	NC_010635	TAAA	2	8	46109	46116	75 %	25 %	0 %	0 %	186897557
86	NC_010635	CTGT	2	8	47405	47412	0 %	50 %	25 %	25 %	186897558
87	NC_010635	AATG	2	8	47435	47442	50 %	25 %	25 %	0 %	186897558
88	NC_010635	ATTT	2	8	47502	47509	25 %	75 %	0 %	0 %	186897558
89	NC_010635	TGGC	2	8	51128	51135	0 %	25 %	50 %	25 %	186897561
90	NC_010635	TCAA	2	8	52283	52290	50 %	25 %	0 %	25 %	186897562
91	NC_010635	CTGT	2	8	53123	53130	0 %	50 %	25 %	25 %	186897562
92	NC_010635	GCTT	2	8	53366	53373	0 %	50 %	25 %	25 %	186897563
93	NC_010635	AGCC	2	8	53864	53871	25 %	0 %	25 %	50 %	186897563
94	NC_010635	CTTG	2	8	53904	53911	0 %	50 %	25 %	25 %	186897563
95	NC_010635	AAGC	2	8	54069	54076	50 %	0 %	25 %	25 %	186897563
96	NC_010635	TGGC	2	8	54188	54195	0 %	25 %	50 %	25 %	186897563
97	NC_010635	AGGA	2	8	54801	54808	50 %	0 %	50 %	0 %	186897564
98	NC_010635	TGAA	2	8	54921	54928	50 %	25 %	25 %	0 %	186897565
99	NC_010635	GTTG	2	8	55570	55577	0 %	50 %	50 %	0 %	186897565
100	NC_010635	GAGC	2	8	56299	56306	25 %	0 %	50 %	25 %	186897567
101	NC_010635	TAAT	2	8	57132	57139	50 %	50 %	0 %	0 %	186897568
102	NC_010635	CACG	2	8	57390	57397	25 %	0 %	25 %	50 %	186897568
103	NC_010635	ATCA	2	8	57604	57611	50 %	25 %	0 %	25 %	186897568
104	NC_010635	CTTT	2	8	58184	58191	0 %	75 %	0 %	25 %	186897568
105	NC_010635	AACC	2	8	59007	59014	50 %	0 %	0 %	50 %	186897569
106	NC_010635	GACT	2	8	59153	59160	25 %	25 %	25 %	25 %	186897570
107	NC_010635	GCTT	2	8	59265	59272	0 %	50 %	25 %	25 %	186897570
108	NC_010635	ACTC	2	8	59790	59797	25 %	25 %	0 %	50 %	186897571
109	NC_010635	ATCG	2	8	59827	59834	25 %	25 %	25 %	25 %	186897572
110	NC_010635	TCAC	2	8	60105	60112	25 %	25 %	0 %	50 %	186897573
111	NC_010635	GGTA	2	8	60316	60323	25 %	25 %	50 %	0 %	186897573
112	NC_010635	TCAC	2	8	60609	60616	25 %	25 %	0 %	50 %	186897573
113	NC_010635	GTAG	2	8	61165	61172	25 %	25 %	50 %	0 %	186897574
114	NC_010635	TTAC	2	8	61263	61270	25 %	50 %	0 %	25 %	186897574
115	NC_010635	GGGT	2	8	61412	61419	0 %	25 %	75 %	0 %	186897574
116	NC_010635	TGCT	2	8	61652	61659	0 %	50 %	25 %	25 %	186897574
117	NC_010635	GCTT	2	8	62508	62515	0 %	50 %	25 %	25 %	186897575
118	NC_010635	GCAG	2	8	62516	62523	25 %	0 %	50 %	25 %	186897575
119	NC_010635	TGCG	2	8	63102	63109	0 %	25 %	50 %	25 %	186897576
120	NC_010635	GGAA	2	8	63140	63147	50 %	0 %	50 %	0 %	186897576
121	NC_010635	AAAT	2	8	64893	64900	75 %	25 %	0 %	0 %	186897577
122	NC_010635	GTGA	2	8	65625	65632	25 %	25 %	50 %	0 %	186897578
123	NC_010635	AACC	2	8	66273	66280	50 %	0 %	0 %	50 %	186897580
124	NC_010635	ATTG	2	8	66344	66351	25 %	50 %	25 %	0 %	186897580
125	NC_010635	ACCC	2	8	66910	66917	25 %	0 %	0 %	75 %	186897581
126	NC_010635	ACCT	2	8	68723	68730	25 %	25 %	0 %	50 %	186897582

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.