MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Burkholderia phymatum STM815 plasmid pBPHY02

Total Repeats: 218

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010627	GCATCG	2	12	515	526	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_010627	GATCAA	2	12	1749	1760	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_010627	GCTGCA	2	12	4819	4830	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	186474325
4	NC_010627	GCGCCT	2	12	5138	5149	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	186474325
5	NC_010627	ATGAGC	2	12	5224	5235	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	186474325
6	NC_010627	TCGGCC	2	12	6015	6026	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	186474326
7	NC_010627	ACGGGC	2	12	10781	10792	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	186474330
8	NC_010627	TGCCGA	2	12	13768	13779	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	186474335
9	NC_010627	TGACGT	2	12	14581	14592	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	186474337
10	NC_010627	TCGACG	2	12	22363	22374	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	186474344
11	NC_010627	GCTATC	2	12	23661	23672	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	186474345
12	NC_010627	TTTTTG	2	12	27174	27185	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010627	CGGCGC	2	12	27363	27374	0 %	0 %	50 %	50 %	186474346
14	NC_010627	CGATAG	2	12	29375	29386	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_010627	CATCGA	2	12	29985	29996	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	186474347
16	NC_010627	CGGGGC	2	12	43131	43142	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_010627	AGACCA	2	12	43156	43167	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_010627	GCAGTT	2	12	45230	45241	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	186474357
19	NC_010627	ACGCGC	2	12	47507	47518	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	186474359
20	NC_010627	GGACGA	2	12	54766	54777	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_010627	ATCTGC	2	12	59636	59647	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	186474365
22	NC_010627	CTCATC	2	12	60368	60379	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	186474365
23	NC_010627	AGCGCC	2	12	62071	62082	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	186474367
24	NC_010627	CGGCGT	2	12	68231	68242	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	186474371
25	NC_010627	GAACGC	2	12	68735	68746	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	186474371
26	NC_010627	CTCAAT	2	12	70086	70097	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	186474371
27	NC_010627	CGACAT	2	12	70793	70804	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	186474371
28	NC_010627	ACCGTG	2	12	71013	71024	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	186474371
29	NC_010627	GGACGT	2	12	72533	72544	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	186474371
30	NC_010627	ACGATG	2	12	76766	76777	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	186474372
31	NC_010627	CGAAAT	2	12	77145	77156	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	186474373
32	NC_010627	AACACG	2	12	80033	80044	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	186474376
33	NC_010627	GGTCCG	2	12	80921	80932	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	186474377
34	NC_010627	CGCCGA	2	12	83515	83526	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	186474379
35	NC_010627	CGCAGC	2	12	85542	85553	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	186474381
36	NC_010627	CTTGCG	2	12	86165	86176	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	186474381
37	NC_010627	TCATCG	2	12	90081	90092	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	186474384
38	NC_010627	GACATC	2	12	92114	92125	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	186474384
39	NC_010627	CCCTCG	2	12	97533	97544	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	186474389
40	NC_010627	TGCGAC	2	12	98924	98935	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	186474391
41	NC_010627	CCAGCG	2	12	104567	104578	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	186474397
42	NC_010627	TGCCAC	2	12	105475	105486	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	186474398
43	NC_010627	GCTGCC	2	12	107000	107011	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	186474398
44	NC_010627	CCAGAT	2	12	108709	108720	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	186474399
45	NC_010627	GATCGT	2	12	108752	108763	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	186474399
46	NC_010627	CTAGTC	2	12	110775	110786	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	186474401
47	NC_010627	TTCACG	2	12	111641	111652	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	186474403
48	NC_010627	GCCGCA	2	12	111935	111946	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	186474403
49	NC_010627	CCAGCC	2	12	117428	117439	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	186474410
50	NC_010627	ACCGCC	2	12	117469	117480	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	186474410
51	NC_010627	TGCACC	2	12	119284	119295	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	186474410
52	NC_010627	CAGGTT	2	12	119736	119747	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	186474410
53	NC_010627	ATGCCC	2	12	120190	120201	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	186474410
54	NC_010627	CGTGGT	2	12	120522	120533	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	186474410
55	NC_010627	ACTGGT	2	12	124103	124114	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	186474410
56	NC_010627	TTTTGG	2	12	124972	124983	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_010627	GCCGTG	2	12	126932	126943	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	186474413
58	NC_010627	GATCCT	2	12	127684	127695	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	186474414
59	NC_010627	GCGACC	2	12	128516	128527	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	186474415
60	NC_010627	GTGCCG	2	12	130677	130688	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	186474417
61	NC_010627	TCAACC	2	12	131319	131330	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_010627	GTTAGA	2	12	131839	131850	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_010627	ACCGTG	2	12	133246	133257	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	186474418
64	NC_010627	GCCTTT	2	12	134455	134466	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	186474419
65	NC_010627	TTCGAT	2	12	134546	134557	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	186474419
66	NC_010627	CGAGGG	2	12	138906	138917	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	186474422
67	NC_010627	CAGCCG	2	12	139654	139665	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
68	NC_010627	GACAAC	2	12	148578	148589	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_010627	CGACCA	2	12	154065	154076	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	186474440
70	NC_010627	GCCGGT	2	12	159284	159295	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	186474447
71	NC_010627	GCTATC	2	12	162089	162100	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_010627	TCGCGT	2	12	165750	165761	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	186474451
73	NC_010627	GGGCCA	2	12	174425	174436	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_010627	CGCGAT	2	12	176863	176874	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	186474455
75	NC_010627	TCGCGG	2	12	178192	178203	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	186474456
76	NC_010627	GTCCGC	2	12	180527	180538	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
77	NC_010627	CGAGAT	2	12	183429	183440	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	186474458
78	NC_010627	GCTCGC	2	12	186584	186595	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	186474463
79	NC_010627	GCTACG	2	12	187333	187344	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	186474463
80	NC_010627	GCGCGA	2	12	187920	187931	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	186474464
81	NC_010627	CTGCCG	2	12	187937	187948	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	186474464
82	NC_010627	TCCAGC	2	12	188669	188680	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	186474464
83	NC_010627	GTGAGC	2	12	194031	194042	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_010627	GTGAGC	2	12	194142	194153	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	186474468
85	NC_010627	TGCCGG	2	12	195137	195148	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	186474469
86	NC_010627	GCGCCG	2	12	196466	196477	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
87	NC_010627	GCTTTC	2	12	205562	205573	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_010627	TCGCGC	2	12	206431	206442	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	186474477
89	NC_010627	AGCGCA	2	12	208329	208340	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	186474478
90	NC_010627	GTTGTG	2	12	210877	210888	0 %	50 %	50 %	0 %	186474480
91	NC_010627	TCGATC	2	12	213212	213223	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	186474482
92	NC_010627	GCATTT	2	12	216683	216694	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	186474485
93	NC_010627	GGCAGT	2	12	217972	217983	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	186474487
94	NC_010627	CCAGAT	2	12	220689	220700	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	186474490
95	NC_010627	CCGCAT	2	12	221531	221542	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	186474490
96	NC_010627	TCGACC	2	12	230887	230898	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	186474498
97	NC_010627	GCCCTT	2	12	239344	239355	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
98	NC_010627	CCGTGA	2	12	240497	240508	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_010627	GAGTTC	2	12	244564	244575	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	186474505
100	NC_010627	CGGCCA	2	12	259716	259727	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
101	NC_010627	GGAGCG	2	12	262547	262558	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	186474513
102	NC_010627	TCGCCG	2	12	264221	264232	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	186474513
103	NC_010627	CGATAT	2	12	268357	268368	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	186474515
104	NC_010627	AACGCG	2	12	276696	276707	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	186474523
105	NC_010627	GCCAAC	2	12	276917	276928	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	186474523
106	NC_010627	CGCTGT	3	18	278765	278782	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_010627	AGGAAA	2	12	280390	280401	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010627	GCTGGC	2	12	280402	280413	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_010627	TGCCGA	2	12	281980	281991	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_010627	GTCATC	2	12	282630	282641	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_010627	TCGACT	2	12	284061	284072	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	186474528
112	NC_010627	TCCGTG	2	12	284499	284510	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	186474528
113	NC_010627	ACGGCT	2	12	291544	291555	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	186474531
114	NC_010627	CCGAAC	2	12	295844	295855	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	186474537
115	NC_010627	CGGCTG	2	12	296099	296110	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	186474537
116	NC_010627	GCCCAT	2	12	298764	298775	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	186474539
117	NC_010627	GCGCTG	2	12	299748	299759	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	186474541
118	NC_010627	GTCGCC	2	12	300355	300366	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	186474542
119	NC_010627	CACGAG	2	12	302737	302748	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	186474544
120	NC_010627	CCATCT	2	12	303731	303742	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	186474545
121	NC_010627	CGCGGC	2	12	304278	304289	0 %	0 %	50 %	50 %	186474546
122	NC_010627	GTCCGC	2	12	310269	310280	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
123	NC_010627	GTCGCT	2	12	312160	312171	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	186474555
124	NC_010627	GCCTGC	2	12	312763	312774	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
125	NC_010627	GACCAG	2	12	312880	312891	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_010627	GCACGC	2	12	316106	316117	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	186474560
127	NC_010627	TTGAAC	2	12	317513	317524	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	186474562
128	NC_010627	TTTCGT	2	12	319971	319982	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_010627	TCACTG	2	12	320799	320810	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	186474564
130	NC_010627	AGGCCG	2	12	321409	321420	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	186474564
131	NC_010627	CTTCAA	2	12	323407	323418	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	186474566
132	NC_010627	TGTAGC	2	12	325709	325720	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	186474570
133	NC_010627	CGTCCG	2	12	331272	331283	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	186474576
134	NC_010627	GGCCGC	2	12	331501	331512	0 %	0 %	50 %	50 %	186474576
135	NC_010627	GCGCGA	2	12	331630	331641	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	186474576
136	NC_010627	TTGAGG	2	12	335729	335740	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	186474580
137	NC_010627	CTCCGA	2	12	340471	340482	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	186474584
138	NC_010627	GCGTTC	2	12	340555	340566	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	186474584
139	NC_010627	CCAGCG	2	12	346272	346283	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	186474593
140	NC_010627	GCCAGC	2	12	349674	349685	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	186474596
141	NC_010627	GCTTTC	2	12	351632	351643	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	186474597
142	NC_010627	TCTGCG	2	12	351910	351921	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	186474597
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144	NC_010627	TTTTCA	2	12	359994	360005	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
145	NC_010627	GGAACG	2	12	360680	360691	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
146	NC_010627	TCGGCG	2	12	361866	361877	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	186474599
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148	NC_010627	CGCTGG	2	12	365440	365451	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	186474600
149	NC_010627	CGGCTC	2	12	366173	366184	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
150	NC_010627	TCGGCT	2	12	367695	367706	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	186474602
151	NC_010627	GCGCGA	2	12	373053	373064	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_010627	ACGCCG	2	12	377093	377104	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	186474612
153	NC_010627	CAGCTC	2	12	383529	383540	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
154	NC_010627	ACGCGT	2	12	384483	384494	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_010627	TGGATC	2	12	386791	386802	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
156	NC_010627	GCTTCA	2	12	387037	387048	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
157	NC_010627	GCGCTG	2	12	388135	388146	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_010627	TGACTT	2	12	388418	388429	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	186474619
159	NC_010627	CCAGCG	2	12	397455	397466	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
160	NC_010627	TCGCGC	2	12	398956	398967	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	186474628
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167	NC_010627	CGCGGC	2	12	421315	421326	0 %	0 %	50 %	50 %	186474638
168	NC_010627	TCGCGA	2	12	424252	424263	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	186474641
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171	NC_010627	TTTCCT	2	12	435379	435390	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
172	NC_010627	ACGCAA	2	12	436015	436026	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
173	NC_010627	TTGCGT	2	12	436083	436094	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	186474648
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182	NC_010627	CTGGAA	2	12	463895	463906	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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184	NC_010627	CTCAGG	2	12	471087	471098	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	186474671
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207	NC_010627	CGACGC	2	12	560253	560264	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
208	NC_010627	CTCGCG	2	12	569517	569528	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	186474753
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211	NC_010627	ATCACA	2	12	580153	580164	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	186474761
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213	NC_010627	CGGTCG	2	12	584509	584520	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	186474764
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215	NC_010627	CGTCGC	2	12	586972	586983	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
216	NC_010627	TTTTTG	2	12	588890	588901	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
217	NC_010627	CGGCGC	2	12	589079	589090	0 %	0 %	50 %	50 %	186474770
218	NC_010627	GTCCCC	2	12	591879	591890	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	186474771

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.