MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Burkholderia phymatum STM815 plasmid pBPHY02

Total Repeats: 157

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010627	GCTGCA	2	12	4819	4830	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	186474325
2	NC_010627	GCGCCT	2	12	5138	5149	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	186474325
3	NC_010627	ATGAGC	2	12	5224	5235	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	186474325
4	NC_010627	TCGGCC	2	12	6015	6026	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	186474326
5	NC_010627	ACGGGC	2	12	10781	10792	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	186474330
6	NC_010627	TGCCGA	2	12	13768	13779	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	186474335
7	NC_010627	TGACGT	2	12	14581	14592	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	186474337
8	NC_010627	TCGACG	2	12	22363	22374	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	186474344
9	NC_010627	GCTATC	2	12	23661	23672	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	186474345
10	NC_010627	CGGCGC	2	12	27363	27374	0 %	0 %	50 %	50 %	186474346
11	NC_010627	CATCGA	2	12	29985	29996	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	186474347
12	NC_010627	GCAGTT	2	12	45230	45241	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	186474357
13	NC_010627	ACGCGC	2	12	47507	47518	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	186474359
14	NC_010627	ATCTGC	2	12	59636	59647	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	186474365
15	NC_010627	CTCATC	2	12	60368	60379	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	186474365
16	NC_010627	AGCGCC	2	12	62071	62082	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	186474367
17	NC_010627	CGGCGT	2	12	68231	68242	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	186474371
18	NC_010627	GAACGC	2	12	68735	68746	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	186474371
19	NC_010627	CTCAAT	2	12	70086	70097	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	186474371
20	NC_010627	CGACAT	2	12	70793	70804	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	186474371
21	NC_010627	ACCGTG	2	12	71013	71024	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	186474371
22	NC_010627	GGACGT	2	12	72533	72544	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	186474371
23	NC_010627	ACGATG	2	12	76766	76777	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	186474372
24	NC_010627	CGAAAT	2	12	77145	77156	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	186474373
25	NC_010627	AACACG	2	12	80033	80044	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	186474376
26	NC_010627	GGTCCG	2	12	80921	80932	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	186474377
27	NC_010627	CGCCGA	2	12	83515	83526	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	186474379
28	NC_010627	CGCAGC	2	12	85542	85553	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	186474381
29	NC_010627	CTTGCG	2	12	86165	86176	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	186474381
30	NC_010627	TCATCG	2	12	90081	90092	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	186474384
31	NC_010627	GACATC	2	12	92114	92125	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	186474384
32	NC_010627	CCCTCG	2	12	97533	97544	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	186474389
33	NC_010627	TGCGAC	2	12	98924	98935	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	186474391
34	NC_010627	CCAGCG	2	12	104567	104578	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	186474397
35	NC_010627	TGCCAC	2	12	105475	105486	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	186474398
36	NC_010627	GCTGCC	2	12	107000	107011	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	186474398
37	NC_010627	CCAGAT	2	12	108709	108720	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	186474399
38	NC_010627	GATCGT	2	12	108752	108763	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	186474399
39	NC_010627	CTAGTC	2	12	110775	110786	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	186474401
40	NC_010627	TTCACG	2	12	111641	111652	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	186474403
41	NC_010627	GCCGCA	2	12	111935	111946	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	186474403
42	NC_010627	CCAGCC	2	12	117428	117439	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	186474410
43	NC_010627	ACCGCC	2	12	117469	117480	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	186474410
44	NC_010627	TGCACC	2	12	119284	119295	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	186474410
45	NC_010627	CAGGTT	2	12	119736	119747	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	186474410
46	NC_010627	ATGCCC	2	12	120190	120201	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	186474410
47	NC_010627	CGTGGT	2	12	120522	120533	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	186474410
48	NC_010627	ACTGGT	2	12	124103	124114	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	186474410
49	NC_010627	GCCGTG	2	12	126932	126943	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	186474413
50	NC_010627	GATCCT	2	12	127684	127695	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	186474414
51	NC_010627	GCGACC	2	12	128516	128527	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	186474415
52	NC_010627	GTGCCG	2	12	130677	130688	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	186474417
53	NC_010627	ACCGTG	2	12	133246	133257	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	186474418
54	NC_010627	GCCTTT	2	12	134455	134466	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	186474419
55	NC_010627	TTCGAT	2	12	134546	134557	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	186474419
56	NC_010627	CGAGGG	2	12	138906	138917	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	186474422
57	NC_010627	CGACCA	2	12	154065	154076	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	186474440
58	NC_010627	GCCGGT	2	12	159284	159295	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	186474447
59	NC_010627	TCGCGT	2	12	165750	165761	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	186474451
60	NC_010627	CGCGAT	2	12	176863	176874	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	186474455
61	NC_010627	TCGCGG	2	12	178192	178203	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	186474456
62	NC_010627	CGAGAT	2	12	183429	183440	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	186474458
63	NC_010627	GCTCGC	2	12	186584	186595	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	186474463
64	NC_010627	GCTACG	2	12	187333	187344	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	186474463
65	NC_010627	GCGCGA	2	12	187920	187931	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	186474464
66	NC_010627	CTGCCG	2	12	187937	187948	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	186474464
67	NC_010627	TCCAGC	2	12	188669	188680	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	186474464
68	NC_010627	GTGAGC	2	12	194142	194153	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	186474468
69	NC_010627	TGCCGG	2	12	195137	195148	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	186474469
70	NC_010627	TCGCGC	2	12	206431	206442	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	186474477
71	NC_010627	AGCGCA	2	12	208329	208340	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	186474478
72	NC_010627	GTTGTG	2	12	210877	210888	0 %	50 %	50 %	0 %	186474480
73	NC_010627	TCGATC	2	12	213212	213223	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	186474482
74	NC_010627	GCATTT	2	12	216683	216694	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	186474485
75	NC_010627	GGCAGT	2	12	217972	217983	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	186474487
76	NC_010627	CCAGAT	2	12	220689	220700	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	186474490
77	NC_010627	CCGCAT	2	12	221531	221542	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	186474490
78	NC_010627	TCGACC	2	12	230887	230898	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	186474498
79	NC_010627	GAGTTC	2	12	244564	244575	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	186474505
80	NC_010627	GGAGCG	2	12	262547	262558	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	186474513
81	NC_010627	TCGCCG	2	12	264221	264232	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	186474513
82	NC_010627	CGATAT	2	12	268357	268368	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	186474515
83	NC_010627	AACGCG	2	12	276696	276707	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	186474523
84	NC_010627	GCCAAC	2	12	276917	276928	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	186474523
85	NC_010627	TCGACT	2	12	284061	284072	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	186474528
86	NC_010627	TCCGTG	2	12	284499	284510	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	186474528
87	NC_010627	ACGGCT	2	12	291544	291555	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	186474531
88	NC_010627	CCGAAC	2	12	295844	295855	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	186474537
89	NC_010627	CGGCTG	2	12	296099	296110	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	186474537
90	NC_010627	GCCCAT	2	12	298764	298775	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	186474539
91	NC_010627	GCGCTG	2	12	299748	299759	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	186474541
92	NC_010627	GTCGCC	2	12	300355	300366	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	186474542
93	NC_010627	CACGAG	2	12	302737	302748	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	186474544
94	NC_010627	CCATCT	2	12	303731	303742	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	186474545
95	NC_010627	CGCGGC	2	12	304278	304289	0 %	0 %	50 %	50 %	186474546
96	NC_010627	GTCGCT	2	12	312160	312171	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	186474555
97	NC_010627	GCACGC	2	12	316106	316117	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	186474560
98	NC_010627	TTGAAC	2	12	317513	317524	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	186474562
99	NC_010627	TCACTG	2	12	320799	320810	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	186474564
100	NC_010627	AGGCCG	2	12	321409	321420	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	186474564
101	NC_010627	CTTCAA	2	12	323407	323418	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	186474566
102	NC_010627	TGTAGC	2	12	325709	325720	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	186474570
103	NC_010627	CGTCCG	2	12	331272	331283	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	186474576
104	NC_010627	GGCCGC	2	12	331501	331512	0 %	0 %	50 %	50 %	186474576
105	NC_010627	GCGCGA	2	12	331630	331641	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	186474576
106	NC_010627	TTGAGG	2	12	335729	335740	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	186474580
107	NC_010627	CTCCGA	2	12	340471	340482	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	186474584
108	NC_010627	GCGTTC	2	12	340555	340566	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	186474584
109	NC_010627	CCAGCG	2	12	346272	346283	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	186474593
110	NC_010627	GCCAGC	2	12	349674	349685	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	186474596
111	NC_010627	GCTTTC	2	12	351632	351643	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	186474597
112	NC_010627	TCTGCG	2	12	351910	351921	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	186474597
113	NC_010627	CCTCTT	2	12	358987	358998	0 %	50 %	0 %	50 %	186474598
114	NC_010627	TCGGCG	2	12	361866	361877	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	186474599
115	NC_010627	GGCGAA	2	12	362276	362287	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	186474599
116	NC_010627	CGCTGG	2	12	365440	365451	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	186474600
117	NC_010627	TCGGCT	2	12	367695	367706	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	186474602
118	NC_010627	ACGCCG	2	12	377093	377104	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	186474612
119	NC_010627	TGACTT	2	12	388418	388429	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	186474619
120	NC_010627	TCGCGC	2	12	398956	398967	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	186474628
121	NC_010627	AGCGCA	2	12	400854	400865	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	186474630
122	NC_010627	TTTCTT	2	12	407461	407472	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	186474633
123	NC_010627	TCTTTT	2	12	408091	408102	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	186474633
124	NC_010627	TCGCTC	2	12	412407	412418	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	186474634
125	NC_010627	CGCGGC	2	12	421315	421326	0 %	0 %	50 %	50 %	186474638
126	NC_010627	TCGCGA	2	12	424252	424263	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	186474641
127	NC_010627	CAGACG	2	12	429639	429650	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	186474645
128	NC_010627	TTGCGT	2	12	436083	436094	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	186474648
129	NC_010627	CATCTG	2	12	437587	437598	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	186474649
130	NC_010627	CGGCGC	2	12	441307	441318	0 %	0 %	50 %	50 %	186474650
131	NC_010627	GGTAGA	2	12	455502	455513	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	186474662
132	NC_010627	CTCAGG	2	12	471087	471098	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	186474671
133	NC_010627	CGCGAC	2	12	474666	474677	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	186474673
134	NC_010627	CGCCCG	2	12	476704	476715	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	186474676
135	NC_010627	GCGATA	2	12	478168	478179	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	186474676
136	NC_010627	AGTTGT	2	12	478807	478818	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	186474676
137	NC_010627	ACGGGC	2	12	489096	489107	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	186474685
138	NC_010627	ACGTCG	2	12	490554	490565	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	186474686
139	NC_010627	GAGTTG	2	12	490572	490583	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	186474686
140	NC_010627	CTGTTC	2	12	491533	491544	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	186474687
141	NC_010627	TCGCCG	2	12	503186	503197	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	186474695
142	NC_010627	CGATGA	2	12	504149	504160	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	186474698
143	NC_010627	GACATG	2	12	520039	520050	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	186474719
144	NC_010627	CGATTG	2	12	522600	522611	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	186474721
145	NC_010627	GTTGGC	2	12	523833	523844	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	186474721
146	NC_010627	CCCGCG	2	12	530491	530502	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	186474723
147	NC_010627	TTCAAT	2	12	537404	537415	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	186474729
148	NC_010627	GTTTTG	2	12	538194	538205	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	186474730
149	NC_010627	GACCAA	2	12	546379	546390	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	186474735
150	NC_010627	CGCCAG	2	12	556080	556091	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	186474746
151	NC_010627	CTCGCG	2	12	569517	569528	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	186474753
152	NC_010627	GCGCTC	2	12	569578	569589	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	186474753
153	NC_010627	TTCACA	2	12	574494	574505	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	186474757
154	NC_010627	ATCACA	2	12	580153	580164	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	186474761
155	NC_010627	CGGTCG	2	12	584509	584520	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	186474764
156	NC_010627	CGGCGC	2	12	589079	589090	0 %	0 %	50 %	50 %	186474770
157	NC_010627	GTCCCC	2	12	591879	591890	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	186474771

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.