MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Burkholderia phymatum STM815 plasmid pBPHY02

Total Repeats: 122

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010627	TCTGG	2	10	324	333	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
2	NC_010627	AAATG	2	10	1018	1027	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010627	GGCGA	2	10	3230	3239	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
4	NC_010627	GGCTT	2	10	18235	18244	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_010627	TCGTA	2	10	27007	27016	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_010627	CGATG	2	10	36873	36882	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_010627	GGGCG	2	10	40570	40579	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
8	NC_010627	TGCGC	2	10	41417	41426	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
9	NC_010627	GCGAC	2	10	41620	41629	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_010627	GCGCG	2	10	43805	43814	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
11	NC_010627	CGGGC	2	10	45533	45542	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
12	NC_010627	ACGCG	2	10	47893	47902	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
13	NC_010627	GCGCG	2	10	54686	54695	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
14	NC_010627	CGAGC	2	10	55905	55914	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
15	NC_010627	GAAGG	2	10	56008	56017	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010627	GCGTG	2	10	56069	56078	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
17	NC_010627	TTGCC	2	10	63932	63941	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_010627	GCGGA	2	10	63977	63986	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
19	NC_010627	GGGCC	2	10	92246	92255	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
20	NC_010627	CTACC	2	10	98674	98683	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
21	NC_010627	CTGAA	2	10	101940	101949	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_010627	ATGCC	2	10	101979	101988	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
23	NC_010627	CGCGG	2	10	110439	110448	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
24	NC_010627	GCGCG	2	10	131680	131689	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
25	NC_010627	GGCGC	2	10	131869	131878	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
26	NC_010627	GGGAA	2	10	133762	133771	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010627	CAAAG	2	10	138137	138146	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_010627	GGCCA	2	10	138357	138366	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
29	NC_010627	TCGCT	2	10	140073	140082	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_010627	AGGTG	2	10	140516	140525	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
31	NC_010627	AGGTG	2	10	140578	140587	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010627	AGTCA	2	10	147952	147961	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_010627	CTTCG	2	10	152570	152579	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_010627	GGGGA	2	10	175259	175268	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
35	NC_010627	CGCTG	2	10	180859	180868	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
36	NC_010627	TCGGC	2	10	180918	180927	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
37	NC_010627	GCCGC	2	10	180985	180994	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
38	NC_010627	TTGGC	2	10	181226	181235	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_010627	ATTGA	2	10	190605	190614	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010627	CTGTC	2	10	192000	192009	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_010627	TTGCG	2	10	192048	192057	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_010627	GCCGC	2	10	201806	201815	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
43	NC_010627	TTTCG	2	10	206050	206059	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_010627	TTCCT	2	10	210427	210436	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_010627	TTGCC	2	10	234734	234743	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
46	NC_010627	TTTGC	2	10	238061	238070	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_010627	TCCCA	2	10	239261	239270	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
48	NC_010627	CGACA	2	10	239535	239544	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
49	NC_010627	GCATC	2	10	240088	240097	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_010627	TGCCG	2	10	243261	243270	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
51	NC_010627	TCGAC	2	10	243839	243848	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_010627	CGTTT	2	10	245622	245631	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_010627	ACTTC	2	10	249947	249956	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_010627	GCTTG	2	10	253560	253569	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_010627	GCTCG	2	10	255079	255088	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
56	NC_010627	AGTGG	2	10	255286	255295	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
57	NC_010627	TTCGC	2	10	256616	256625	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_010627	CTTCG	2	10	257122	257131	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_010627	TTCGC	2	10	260241	260250	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_010627	ATGCA	2	10	267298	267307	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_010627	TGTTT	2	10	278835	278844	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010627	CGATG	2	10	280640	280649	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_010627	ATGCG	2	10	280864	280873	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_010627	ACCAG	2	10	286457	286466	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_010627	TTGGC	2	10	287045	287054	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_010627	GCGCA	2	10	298128	298137	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
67	NC_010627	CTCCG	2	10	298272	298281	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
68	NC_010627	TCGAG	2	10	311859	311868	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_010627	GAAAT	2	10	312371	312380	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010627	CGGTA	2	10	313298	313307	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_010627	CGGTG	2	10	315762	315771	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
72	NC_010627	CTGGG	2	10	315836	315845	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
73	NC_010627	TCGCA	2	10	323045	323054	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_010627	ACGGA	2	10	326856	326865	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
75	NC_010627	CTGCA	2	10	344340	344349	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_010627	GTTGC	2	10	360827	360836	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_010627	CATTC	2	10	371357	371366	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
78	NC_010627	TGACA	2	10	381170	381179	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_010627	TGCGC	2	10	387639	387648	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
80	NC_010627	GGCAA	2	10	389753	389762	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
81	NC_010627	TTTCG	2	10	398575	398584	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_010627	GAAGA	2	10	402439	402448	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
83	NC_010627	TGATT	2	10	404115	404124	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_010627	CTTGG	2	10	404665	404674	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_010627	GAGGC	2	10	408854	408863	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
86	NC_010627	TCATG	2	10	414958	414967	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_010627	GCCGT	2	10	417631	417640	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
88	NC_010627	ATACC	2	10	430524	430533	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
89	NC_010627	AGGCG	2	10	431103	431112	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
90	NC_010627	GCCAC	2	10	434565	434574	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
91	NC_010627	TCGCG	2	10	435134	435143	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
92	NC_010627	TGATT	2	10	435775	435784	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_010627	ACGAA	2	10	444035	444044	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_010627	GCCGG	2	10	447991	448000	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
95	NC_010627	TGGAG	2	10	448955	448964	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
96	NC_010627	AAGCT	2	10	451445	451454	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_010627	TCGAT	2	10	454373	454382	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_010627	ATGCG	2	10	454647	454656	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_010627	TAGCG	2	10	456482	456491	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_010627	CCGAA	2	10	458819	458828	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_010627	TTTCG	2	10	461427	461436	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_010627	ACATG	2	10	461837	461846	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_010627	GGGCA	2	10	463512	463521	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
104	NC_010627	GCCGC	2	10	468047	468056	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
105	NC_010627	GTCTC	2	10	468803	468812	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
106	NC_010627	CAGCG	2	10	483447	483456	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
107	NC_010627	GATTA	2	10	496481	496490	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010627	GCAGT	2	10	498093	498102	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
109	NC_010627	CACGC	2	10	533764	533773	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
110	NC_010627	ATAGC	2	10	535987	535996	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_010627	GCTGC	2	10	543742	543751	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
112	NC_010627	TGGAT	2	10	545696	545705	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
113	NC_010627	ATGCG	2	10	548703	548712	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
114	NC_010627	GCGTC	2	10	557610	557619	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
115	NC_010627	GCGAC	2	10	559554	559563	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
116	NC_010627	GACCC	2	10	560023	560032	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
117	NC_010627	TGGAC	2	10	561013	561022	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
118	NC_010627	TGCCG	2	10	561279	561288	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
119	NC_010627	CGGCG	2	10	566142	566151	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
120	NC_010627	TGTGG	2	10	567902	567911	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
121	NC_010627	TCGCA	2	10	576475	576484	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
122	NC_010627	GCGCC	2	10	583593	583602	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.