MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus fermentum IFO 3956

Total Repeats: 339

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010610	ATTCT	2	10	8791	8800	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_010610	TATGA	2	10	10291	10300	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010610	CATGT	2	10	16167	16176	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_010610	TGGAG	2	10	26108	26117	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
5	NC_010610	AAGTT	2	10	57248	57257	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010610	GCCCC	2	10	58909	58918	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
7	NC_010610	CCAAA	2	10	63998	64007	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
8	NC_010610	GTAAT	2	10	73887	73896	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010610	ACCAG	2	10	76163	76172	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_010610	GGCTA	2	10	76325	76334	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_010610	GATTA	2	10	90035	90044	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010610	ACTTT	2	10	90289	90298	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_010610	AAATT	2	10	92847	92856	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010610	CACAT	2	10	94589	94598	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
15	NC_010610	ATTAA	2	10	97245	97254	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010610	TAAAA	2	10	98668	98677	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010610	GGAAA	2	10	99800	99809	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_010610	AATTT	2	10	125237	125246	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010610	AATTT	2	10	125632	125641	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010610	TTCGT	2	10	126077	126086	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_010610	AGGGG	2	10	128332	128341	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010610	TAGTT	2	10	129451	129460	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010610	AGGTG	2	10	129521	129530	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
24	NC_010610	GATGG	2	10	135940	135949	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010610	GGACA	2	10	137637	137646	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
26	NC_010610	GTGAA	2	10	137849	137858	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010610	TTCAC	2	10	137888	137897	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_010610	TAATC	2	10	142434	142443	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_010610	ATTAC	2	10	161326	161335	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_010610	TCGTG	2	10	170487	170496	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_010610	GGGAG	2	10	171689	171698	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010610	AATTG	2	10	173193	173202	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_010610	CTTTC	2	10	174278	174287	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
34	NC_010610	ACCAC	2	10	177922	177931	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
35	NC_010610	CTTAG	2	10	181768	181777	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_010610	TCAAA	2	10	193462	193471	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_010610	TCGTG	2	10	194751	194760	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_010610	GGGAG	2	10	195953	195962	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010610	AATTG	2	10	197457	197466	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010610	ATTGT	2	10	199952	199961	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010610	ACCAA	2	10	207633	207642	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_010610	AATTT	2	10	224322	224331	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010610	GACAA	2	10	242190	242199	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_010610	AATGA	2	10	248421	248430	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010610	GTTTA	2	10	251561	251570	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010610	CTTGT	2	10	251731	251740	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_010610	ACGTC	2	10	252049	252058	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_010610	AAAAT	2	10	269369	269378	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010610	ATATA	2	10	273231	273240	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_010610	TCGTG	2	10	274597	274606	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_010610	GGGAG	2	10	275994	276003	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
52	NC_010610	AATTG	2	10	277498	277507	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010610	AAGGG	2	10	278910	278919	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
54	NC_010610	AATTT	2	10	282736	282745	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_010610	TGGTG	2	10	284277	284286	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
56	NC_010610	GCCTG	2	10	284297	284306	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
57	NC_010610	CCGAT	2	10	284414	284423	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_010610	GCCTT	2	10	284816	284825	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_010610	CCACT	2	10	288784	288793	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
60	NC_010610	TCTGC	2	10	291200	291209	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_010610	TTAAT	2	10	303446	303455	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010610	AAAAT	2	10	303509	303518	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_010610	TAATA	2	10	306141	306150	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_010610	ATTGA	2	10	307965	307974	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_010610	CTTTT	2	10	326385	326394	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_010610	CGTTA	2	10	337086	337095	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_010610	AATGA	2	10	343885	343894	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_010610	AACTA	2	10	367607	367616	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_010610	GAAGA	2	10	384866	384875	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010610	GGGGA	2	10	397364	397373	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
71	NC_010610	AAAGG	2	10	401552	401561	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010610	GAAGG	2	10	405161	405170	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
73	NC_010610	TTATT	2	10	416596	416605	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_010610	CACTC	2	10	421610	421619	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
75	NC_010610	ACTTA	2	10	422540	422549	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_010610	GGGGA	2	10	434474	434483	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
77	NC_010610	TCTTT	2	10	435964	435973	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_010610	GGGGT	2	10	457588	457597	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
79	NC_010610	TAGGT	2	10	460480	460489	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010610	CTATT	2	10	464949	464958	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_010610	ATCTG	2	10	465771	465780	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_010610	ATTTA	2	10	470413	470422	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_010610	TAAAT	2	10	470622	470631	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_010610	TTCAC	2	10	473187	473196	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
85	NC_010610	AATAA	2	10	473654	473663	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_010610	GTTGG	2	10	479929	479938	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
87	NC_010610	TTCAC	2	10	488672	488681	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
88	NC_010610	GGGAA	2	10	495287	495296	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
89	NC_010610	CAACC	2	10	498524	498533	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
90	NC_010610	TAGCT	2	10	505503	505512	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_010610	CGTGC	2	10	516197	516206	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
92	NC_010610	AAAGA	2	10	517829	517838	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_010610	TTAAG	2	10	531558	531567	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_010610	TATGA	2	10	531809	531818	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_010610	TAAAC	2	10	533817	533826	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_010610	GGTTC	2	10	537043	537052	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_010610	CAACG	2	10	537106	537115	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
98	NC_010610	CAAAA	2	10	539272	539281	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_010610	TGATA	2	10	542045	542054	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_010610	GAAAG	2	10	542062	542071	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_010610	GTGAC	2	10	550188	550197	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_010610	TGATC	2	10	552113	552122	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_010610	GGACA	2	10	581172	581181	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
104	NC_010610	TTTGG	2	10	584912	584921	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_010610	GGAAA	2	10	587183	587192	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
106	NC_010610	ATTTA	2	10	587405	587414	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_010610	TATAG	2	10	593690	593699	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010610	AATTT	2	10	596342	596351	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_010610	AAATC	2	10	596375	596384	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_010610	AGGAA	2	10	599221	599230	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_010610	GCCCC	2	10	618311	618320	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
112	NC_010610	AACCA	2	10	618401	618410	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
113	NC_010610	GAAAG	2	10	618546	618555	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
114	NC_010610	GGATT	2	10	635211	635220	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
115	NC_010610	AAAGA	2	10	637206	637215	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_010610	GCAAC	2	10	645308	645317	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
117	NC_010610	TTATA	2	10	651092	651101	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_010610	TCGTG	2	10	652454	652463	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
119	NC_010610	GGGAG	2	10	653656	653665	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
120	NC_010610	AATTG	2	10	655160	655169	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_010610	CTATA	2	10	657764	657773	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_010610	CAAAA	2	10	661310	661319	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_010610	GTTAG	2	10	661511	661520	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
124	NC_010610	AACGA	2	10	669937	669946	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_010610	ATTAG	2	10	692822	692831	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_010610	CTAAG	2	10	701181	701190	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_010610	CCCGT	2	10	701705	701714	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
128	NC_010610	CTGAT	2	10	720359	720368	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_010610	CAAAA	2	10	741314	741323	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_010610	GAGCA	24	120	752818	752937	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
131	NC_010610	GGCGG	2	10	754275	754284	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
132	NC_010610	GGGCA	2	10	754438	754447	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
133	NC_010610	TTGCT	2	10	762356	762365	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_010610	TGGAA	2	10	770252	770261	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
135	NC_010610	ATTTG	2	10	770431	770440	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_010610	CAGCA	2	10	770756	770765	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
137	NC_010610	ATTTT	2	10	772695	772704	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_010610	TCAAA	2	10	775031	775040	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_010610	AATTT	2	10	777730	777739	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_010610	TTCCA	2	10	781630	781639	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
141	NC_010610	TCAAG	2	10	783949	783958	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_010610	AATTT	2	10	785731	785740	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_010610	TAAAT	2	10	785743	785752	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_010610	AAATG	2	10	785880	785889	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_010610	GCATG	2	10	786366	786375	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
146	NC_010610	AATTT	2	10	788527	788536	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_010610	CATTT	2	10	790585	790594	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_010610	ATGTA	2	10	801049	801058	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
149	NC_010610	AATTT	2	10	803161	803170	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_010610	TACAT	2	10	803376	803385	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
151	NC_010610	TAAAT	2	10	818194	818203	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_010610	AGGCG	2	10	820426	820435	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
153	NC_010610	AAGGT	2	10	865086	865095	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
154	NC_010610	CATCC	2	10	875745	875754	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
155	NC_010610	TATTT	2	10	875855	875864	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_010610	TTAAT	2	10	876918	876927	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_010610	TGTTT	2	10	887745	887754	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
158	NC_010610	GTTTT	2	10	900310	900319	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
159	NC_010610	ATTAT	2	10	900427	900436	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_010610	ACTTA	2	10	902967	902976	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
161	NC_010610	GTATT	2	10	920298	920307	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
162	NC_010610	GTGGC	2	10	922258	922267	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
163	NC_010610	TCAGT	2	10	922405	922414	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
164	NC_010610	ATCAC	2	10	922422	922431	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
165	NC_010610	TTTGC	2	10	924810	924819	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
166	NC_010610	ATTAA	2	10	933154	933163	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
167	NC_010610	TTCCG	2	10	936316	936325	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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170	NC_010610	GGCCA	2	10	938008	938017	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
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172	NC_010610	TGACG	2	10	942952	942961	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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174	NC_010610	TAATT	2	10	959018	959027	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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190	NC_010610	AGCTG	2	10	1112818	1112827	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
191	NC_010610	TTAAT	2	10	1133446	1133455	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
192	NC_010610	ACCAA	2	10	1133541	1133550	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
193	NC_010610	TGTCC	2	10	1138205	1138214	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
194	NC_010610	ATTGA	2	10	1149405	1149414	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
195	NC_010610	CCCCT	2	10	1151845	1151854	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
196	NC_010610	CTTCC	2	10	1165298	1165307	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
197	NC_010610	AACTA	2	10	1166041	1166050	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
198	NC_010610	GCTTG	2	10	1169103	1169112	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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224	NC_010610	AGCTA	2	10	1383938	1383947	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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236	NC_010610	ACCGC	2	10	1525426	1525435	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
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242	NC_010610	AGATT	2	10	1593915	1593924	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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248	NC_010610	TAAAT	2	10	1615067	1615076	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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253	NC_010610	GGCTT	2	10	1642609	1642618	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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267	NC_010610	AAAAG	2	10	1731755	1731764	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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273	NC_010610	CCTTT	2	10	1748707	1748716	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
274	NC_010610	ATTTT	2	10	1759049	1759058	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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284	NC_010610	TGTCC	2	10	1827215	1827224	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
285	NC_010610	ATTAC	2	10	1832388	1832397	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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289	NC_010610	GACGA	2	10	1843389	1843398	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
290	NC_010610	TTTGG	2	10	1849727	1849736	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
291	NC_010610	TGATA	2	10	1851201	1851210	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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325	NC_010610	TCCTA	2	10	2012333	2012342	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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331	NC_010610	AAAGA	2	10	2034258	2034267	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
332	NC_010610	TAAAT	2	10	2034358	2034367	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
333	NC_010610	ATTTG	2	10	2043837	2043846	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
334	NC_010610	TTTAG	2	10	2063787	2063796	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
335	NC_010610	CACTT	2	10	2068769	2068778	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
336	NC_010610	TTAAT	2	10	2071100	2071109	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
337	NC_010610	CTAAC	2	10	2077489	2077498	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
338	NC_010610	TTTTA	2	10	2090099	2090108	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
339	NC_010610	TAACG	2	10	2098019	2098028	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.