MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039 chromosome

Total Repeats: 183

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010581	CTCTTG	2	12	345	356	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_010581	CTGTTT	2	12	1148	1159	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_010581	GCGATG	2	12	1416	1427	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_010581	GCCCCA	2	12	98255	98266	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_010581	CGATCG	2	12	173802	173813	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_010581	GGCATA	2	12	183980	183991	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_010581	AGAGAA	2	12	195421	195432	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010581	TTTATA	2	12	216287	216298	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010581	TTTGCG	2	12	218074	218085	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_010581	GAAATA	2	12	240824	240835	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010581	TTTTAA	2	12	291461	291472	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010581	GATCAA	2	12	303730	303741	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_010581	TCGCTT	2	12	344825	344836	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_010581	CTGAAG	2	12	402955	402966	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_010581	TCCTGA	2	12	434428	434439	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_010581	ATGCTG	2	12	449526	449537	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_010581	ATGAGA	2	12	500606	500617	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_010581	CGCACC	2	12	584720	584731	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_010581	AGTGGC	2	12	586553	586564	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_010581	TTCTTG	2	12	635700	635711	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_010581	GCGCTT	2	12	647361	647372	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_010581	ATCTCC	2	12	665361	665372	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_010581	ATAAAA	2	12	709611	709622	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_010581	GGGTTT	2	12	762445	762456	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010581	TTTTGT	2	12	762562	762573	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010581	AAAATA	2	12	800789	800800	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010581	AATGGA	2	12	815350	815361	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010581	CTAGAA	2	12	817539	817550	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_010581	GCGAGT	2	12	837504	837515	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_010581	CATGAC	2	12	866690	866701	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_010581	CCTGAA	2	12	875847	875858	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_010581	GTCTTG	2	12	935634	935645	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_010581	TTCTGT	2	12	948406	948417	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_010581	ATATAA	2	12	948419	948430	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_010581	TCGGCG	2	12	969501	969512	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_010581	GTTTTT	2	12	972740	972751	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010581	ATCTCG	2	12	973714	973725	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_010581	GGAAAA	2	12	978382	978393	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010581	ATTTGA	2	12	1007764	1007775	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010581	TAAGCA	2	12	1030821	1030832	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_010581	GGGCGG	2	12	1032561	1032572	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_010581	TGCGGT	2	12	1068918	1068929	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_010581	GCCGGA	2	12	1072747	1072758	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_010581	TGACGA	2	12	1072840	1072851	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_010581	GTATTT	2	12	1087570	1087581	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010581	GGCTGC	2	12	1102373	1102384	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_010581	GAACTG	2	12	1107090	1107101	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_010581	CTTGCA	2	12	1110741	1110752	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_010581	CGATTT	2	12	1183689	1183700	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_010581	GGATTA	2	12	1220436	1220447	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010581	ACGCAG	2	12	1238912	1238923	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_010581	CGACCA	2	12	1241467	1241478	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
53	NC_010581	GATCTT	2	12	1241550	1241561	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_010581	ATTGCC	2	12	1360715	1360726	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_010581	TCGCCT	2	12	1360737	1360748	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
56	NC_010581	ATTTAC	2	12	1435369	1435380	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_010581	AATGGG	2	12	1503428	1503439	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_010581	TTGATC	2	12	1511296	1511307	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_010581	ATCTTT	2	12	1529974	1529985	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_010581	TTATAT	2	12	1539588	1539599	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_010581	ACAGGC	2	12	1553750	1553761	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_010581	TCCTTG	2	12	1564065	1564076	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_010581	TTGAAG	2	12	1633608	1633619	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_010581	TAAGAT	2	12	1651505	1651516	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_010581	CTTTCG	2	12	1655519	1655530	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_010581	GCTTCG	2	12	1660826	1660837	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_010581	CAACGC	2	12	1679617	1679628	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
68	NC_010581	ATTCAT	2	12	1743589	1743600	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_010581	CGAAGC	2	12	1750429	1750440	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_010581	CTATTG	2	12	1750506	1750517	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_010581	TTTCTA	2	12	1758186	1758197	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_010581	AACCGT	2	12	1795384	1795395	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_010581	ATGAAG	2	12	1803716	1803727	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_010581	TGAAGC	2	12	1863899	1863910	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_010581	CTCAAA	2	12	1865690	1865701	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_010581	TGGCCA	2	12	1879435	1879446	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_010581	AAAATT	2	12	1889074	1889085	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010581	GAGGCA	2	12	1893495	1893506	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_010581	ATGCTT	2	12	1920823	1920834	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_010581	AAGATC	2	12	1945116	1945127	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_010581	TAAGCT	2	12	1951452	1951463	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_010581	TGGCTA	2	12	1999029	1999040	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_010581	CAGAAG	2	12	2020888	2020899	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_010581	CCCTGG	2	12	2021705	2021716	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
85	NC_010581	GACCGA	2	12	2025546	2025557	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_010581	TAAAAT	2	12	2037503	2037514	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_010581	ATCGGA	2	12	2173698	2173709	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_010581	CATAGA	2	12	2215092	2215103	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_010581	TCCCAA	2	12	2225809	2225820	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_010581	TATAAA	2	12	2259708	2259719	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_010581	GTTAAA	2	12	2273714	2273725	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010581	ATGGGC	2	12	2295441	2295452	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_010581	ATATTA	2	12	2327382	2327393	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_010581	CCCATA	2	12	2343019	2343030	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_010581	GAAAAA	2	12	2356383	2356394	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_010581	CAAGCA	2	12	2401634	2401645	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_010581	TTCATA	2	12	2402266	2402277	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_010581	CAGCCA	2	12	2402576	2402587	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
99	NC_010581	CTCGCG	2	12	2417050	2417061	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
100	NC_010581	TAAATA	2	12	2429852	2429863	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_010581	CATTAC	2	12	2434641	2434652	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_010581	AAAAGC	2	12	2449578	2449589	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_010581	AGAAAT	2	12	2473278	2473289	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_010581	CAATCG	2	12	2501927	2501938	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_010581	ATCTTT	2	12	2508599	2508610	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_010581	GGCTTC	2	12	2538983	2538994	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_010581	GCGAAC	2	12	2588873	2588884	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_010581	AGAGAT	2	12	2590744	2590755	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_010581	CCAAGA	2	12	2620115	2620126	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_010581	GGAGCG	2	12	2633172	2633183	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_010581	CACTTG	2	12	2652584	2652595	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_010581	GCCATG	2	12	2654824	2654835	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_010581	CGCCTC	2	12	2694571	2694582	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_010581	AGAAAG	2	12	2742205	2742216	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_010581	ACTTTT	2	12	2757893	2757904	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_010581	GCAAGG	2	12	2763414	2763425	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_010581	GCTTAT	2	12	2766261	2766272	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_010581	CAGGCA	2	12	2815970	2815981	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_010581	ACGTCG	2	12	2837642	2837653	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_010581	TCAACG	2	12	2837994	2838005	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_010581	GGATCA	2	12	2839918	2839929	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_010581	ATTTTT	2	12	2849457	2849468	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_010581	AGACAT	2	12	2874247	2874258	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_010581	CCATGA	2	12	2890541	2890552	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_010581	AAGCTT	2	12	2914068	2914079	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_010581	ATATTG	2	12	2922966	2922977	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_010581	GTTCCG	2	12	2940287	2940298	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_010581	GCGTTC	2	12	2950978	2950989	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_010581	TAATAT	2	12	2954878	2954889	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_010581	CGTTTA	2	12	2957934	2957945	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_010581	CCGGTC	2	12	2982817	2982828	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
132	NC_010581	ATACGG	2	12	2999925	2999936	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_010581	GAAGCC	2	12	3000038	3000049	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_010581	CCCATC	2	12	3001932	3001943	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
135	NC_010581	TCGCAT	2	12	3002035	3002046	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_010581	CTACGA	2	12	3014343	3014354	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_010581	ATTTTA	2	12	3030518	3030529	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_010581	CGAGCG	2	12	3032893	3032904	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_010581	ATCAAC	2	12	3050045	3050056	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_010581	ACGGCT	2	12	3120733	3120744	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_010581	CACAGC	2	12	3127150	3127161	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
142	NC_010581	CCTAGA	2	12	3159089	3159100	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_010581	CAATGT	2	12	3171061	3171072	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_010581	GGCTTC	2	12	3213665	3213676	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_010581	GTTATC	2	12	3219191	3219202	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
146	NC_010581	GAAGGC	2	12	3256161	3256172	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
147	NC_010581	ATGCCA	3	18	3264871	3264888	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_010581	AAAAGC	2	12	3268845	3268856	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
149	NC_010581	ATAAGG	2	12	3325140	3325151	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
150	NC_010581	GGGACC	2	12	3346201	3346212	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_010581	ACGATG	2	12	3354749	3354760	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
152	NC_010581	ACTTTC	2	12	3369440	3369451	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_010581	GGCAAC	2	12	3385304	3385315	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_010581	CACCGC	2	12	3409300	3409311	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
155	NC_010581	AGGGAC	2	12	3422396	3422407	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
156	NC_010581	TGAATG	2	12	3438059	3438070	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
157	NC_010581	CCCTGG	2	12	3440270	3440281	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
158	NC_010581	GGAAGC	2	12	3441740	3441751	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
159	NC_010581	GCCGTA	2	12	3462022	3462033	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_010581	GATTAC	2	12	3496333	3496344	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
161	NC_010581	GCGTCA	2	12	3529065	3529076	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_010581	TAATAT	2	12	3539017	3539028	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_010581	AATCGA	2	12	3548931	3548942	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
164	NC_010581	CGCTGG	2	12	3552711	3552722	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
165	NC_010581	ATGATA	2	12	3553173	3553184	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
166	NC_010581	TCACGG	2	12	3595597	3595608	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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171	NC_010581	ATTGAA	2	12	3742798	3742809	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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180	NC_010581	TTTCAT	2	12	4095567	4095578	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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183	NC_010581	CGCATC	2	12	4164990	4165001	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.