MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Burkholderia ambifaria MC40-6 plasmid pBMC401

Total Repeats: 147

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010553	CGTCGG	2	12	2277	2288	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	172064527
2	NC_010553	CTGGTA	2	12	4800	4811	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	172064529
3	NC_010553	GACGCG	2	12	4909	4920	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	172064529
4	NC_010553	CTTCGA	2	12	5440	5451	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	172064530
5	NC_010553	GCCAGC	2	12	7110	7121	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	172064530
6	NC_010553	CAGCGA	2	12	7735	7746	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	172064531
7	NC_010553	CGAGAG	2	12	14985	14996	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	172064539
8	NC_010553	CGAAGC	2	12	21170	21181	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	172064550
9	NC_010553	CGACTT	2	12	22902	22913	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	172064553
10	NC_010553	GCTTCG	2	12	24223	24234	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	172064553
11	NC_010553	CAATCA	2	12	26340	26351	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_010553	TGGCGA	2	12	27612	27623	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	172064557
13	NC_010553	CCTCGC	2	12	34374	34385	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	172064566
14	NC_010553	CGCGAG	2	12	34630	34641	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	172064567
15	NC_010553	GCATCT	2	12	36393	36404	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	172064568
16	NC_010553	CCTTGT	2	12	36588	36599	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	172064568
17	NC_010553	AGCTCG	2	12	40331	40342	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064574
18	NC_010553	AAGTCG	2	12	40588	40599	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	172064574
19	NC_010553	GGTCCC	2	12	41091	41102	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	172064574
20	NC_010553	TTGGCA	2	12	43437	43448	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	172064578
21	NC_010553	TGGCGG	2	12	44120	44131	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	172064579
22	NC_010553	GCGTTG	2	12	44485	44496	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	172064579
23	NC_010553	TGCGGT	2	12	47004	47015	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	172064581
24	NC_010553	TTGACC	2	12	48505	48516	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	172064583
25	NC_010553	GCCGAG	2	12	49058	49069	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	172064584
26	NC_010553	CGACGC	2	12	51810	51821	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	172064585
27	NC_010553	GTGCCG	2	12	57825	57836	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	172064591
28	NC_010553	AATCGA	2	12	58054	58065	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	172064591
29	NC_010553	TTGCTG	2	12	59745	59756	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	172064593
30	NC_010553	TCGGTG	2	12	60995	61006	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	172064594
31	NC_010553	TCGGTC	2	12	62502	62513	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	172064596
32	NC_010553	GCCGCG	2	12	65802	65813	0 %	0 %	50 %	50 %	172064599
33	NC_010553	GGACCT	2	12	67505	67516	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064600
34	NC_010553	GTCGCC	2	12	67584	67595	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	172064600
35	NC_010553	GCCTCG	2	12	68373	68384	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	172064601
36	NC_010553	GCGGTC	2	12	74411	74422	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	172064605
37	NC_010553	GTCGAC	2	12	75972	75983	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064606
38	NC_010553	GGTCGA	2	12	76040	76051	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	172064606
39	NC_010553	GGTCGA	2	12	76946	76957	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	172064606
40	NC_010553	CGGTGC	2	12	77224	77235	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	172064606
41	NC_010553	TTGAGC	2	12	81945	81956	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	172064609
42	NC_010553	ACGGCC	2	12	86997	87008	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
43	NC_010553	GCAGTT	2	12	90770	90781	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_010553	GCGTAC	2	12	90868	90879	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064619
45	NC_010553	CCGGAT	2	12	90888	90899	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064619
46	NC_010553	TCGACG	2	12	91052	91063	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064619
47	NC_010553	AGCGCC	2	12	91256	91267	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	172064619
48	NC_010553	TCGACA	2	12	91765	91776	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	172064620
49	NC_010553	GCAGGC	2	12	92434	92445	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	172064621
50	NC_010553	GCCGCT	2	12	93873	93884	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	172064622
51	NC_010553	CGTGTA	2	12	94752	94763	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	172064624
52	NC_010553	TGCGCA	2	12	97011	97022	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064625
53	NC_010553	TCGACG	2	12	98410	98421	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_010553	CATGTT	2	12	100553	100564	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	172064627
55	NC_010553	ATCTTC	2	12	101754	101765	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	172064629
56	NC_010553	GCATCG	2	12	106486	106497	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_010553	TCGACG	2	12	106918	106929	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064631
58	NC_010553	TCGACG	2	12	107014	107025	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064631
59	NC_010553	TCGACG	2	12	107110	107121	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064631
60	NC_010553	TCGACG	2	12	107206	107217	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064631
61	NC_010553	TCGACG	2	12	107302	107313	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064631
62	NC_010553	TCGACG	2	12	107398	107409	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064631
63	NC_010553	TCGACG	2	12	107494	107505	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064631
64	NC_010553	TCGACG	2	12	107782	107793	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064631
65	NC_010553	TCGACG	2	12	107878	107889	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064631
66	NC_010553	GTCGAC	2	12	108009	108020	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064631
67	NC_010553	GTCGAC	2	12	108834	108845	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064632
68	NC_010553	AAGAGG	2	12	115637	115648	50 %	0 %	50 %	0 %	172064640
69	NC_010553	AAGTTG	2	12	121360	121371	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172064643
70	NC_010553	GCGCTT	2	12	124073	124084	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	172064646
71	NC_010553	GGACAT	2	12	126464	126475	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	172064649
72	NC_010553	CACGGG	2	12	132574	132585	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	172064653
73	NC_010553	CGGGAC	2	12	133008	133019	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	172064654
74	NC_010553	GTCGGC	2	12	135179	135190	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_010553	GATGTC	2	12	138326	138337	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	172064658
76	NC_010553	GATGCA	2	12	138431	138442	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	172064658
77	NC_010553	AACTGG	2	12	140694	140705	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	172064659
78	NC_010553	GATCAG	2	12	144569	144580	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_010553	CGTTGG	2	12	148442	148453	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_010553	GCGCTG	2	12	150717	150728	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	172064664
81	NC_010553	GCGCGG	2	12	152924	152935	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	172064665
82	NC_010553	CGATGC	2	12	153182	153193	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064665
83	NC_010553	CGACGC	2	12	156166	156177	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
84	NC_010553	TGGCCA	2	12	158805	158816	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_010553	TTCGCC	2	12	162410	162421	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
86	NC_010553	CGGGCA	2	12	163157	163168	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	172064670
87	NC_010553	TGTCGG	2	12	163421	163432	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	172064671
88	NC_010553	CGGCAT	2	12	166069	166080	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064672
89	NC_010553	AACGCG	2	12	166248	166259	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	172064672
90	NC_010553	GTATTC	2	12	168231	168242	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	172064675
91	NC_010553	TCGTTG	2	12	168418	168429	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	172064675
92	NC_010553	GCGAAC	2	12	171960	171971	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	172064677
93	NC_010553	GGGGCG	2	12	175397	175408	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	172064681
94	NC_010553	GCGCCT	2	12	175866	175877	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	172064681
95	NC_010553	GATCGC	2	12	176459	176470	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064682
96	NC_010553	TGCTCG	2	12	179449	179460	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	172064682
97	NC_010553	GATTTC	2	12	180102	180113	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	172064682
98	NC_010553	TCGACA	2	12	182149	182160	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	172064685
99	NC_010553	GGGCGA	2	12	182531	182542	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	172064685
100	NC_010553	ATCGGG	2	12	185171	185182	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	172064686
101	NC_010553	ATTACG	2	12	187674	187685	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	172064687
102	NC_010553	TTCGCC	2	12	189424	189435	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	172064688
103	NC_010553	GGCGAA	2	12	189618	189629	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	172064688
104	NC_010553	GCAACT	2	12	191917	191928	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	172064690
105	NC_010553	TCGGCG	2	12	191982	191993	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	172064690
106	NC_010553	ACGCCC	2	12	193035	193046	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	172064691
107	NC_010553	GCAGCC	2	12	194820	194831	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	172064692
108	NC_010553	GTCGCT	2	12	196221	196232	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	172064694
109	NC_010553	GGCGCT	2	12	200109	200120	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	172064696
110	NC_010553	GACGGC	2	12	200368	200379	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	172064696
111	NC_010553	GACGCG	2	12	200476	200487	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	172064696
112	NC_010553	GCACGC	2	12	201493	201504	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
113	NC_010553	TCGCGA	2	12	202166	202177	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_010553	GCCGGC	2	12	202345	202356	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
115	NC_010553	CGACCC	2	12	205240	205251	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	172064701
116	NC_010553	TCAAAA	2	12	205934	205945	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	172064702
117	NC_010553	GGTTCG	2	12	212217	212228	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	172064709
118	NC_010553	CACGTT	2	12	213500	213511	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	172064711
119	NC_010553	CGCTTT	2	12	215585	215596	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	172064713
120	NC_010553	GCTTGC	2	12	217286	217297	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	172064717
121	NC_010553	ATTCCA	2	12	227669	227680	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_010553	CGCAAG	2	12	234479	234490	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	172064749
123	NC_010553	GCACGA	2	12	243422	243433	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	172064757
124	NC_010553	GCGCTT	2	12	244411	244422	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	172064759
125	NC_010553	CTTCGA	2	12	245639	245650	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	172064760
126	NC_010553	CGGCAG	2	12	247158	247169	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	172064762
127	NC_010553	GTTGTC	2	12	248366	248377	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	172064762
128	NC_010553	CGACGG	2	12	249996	250007	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	172064764
129	NC_010553	ACGTTG	2	12	250412	250423	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	172064764
130	NC_010553	AGCGCG	2	12	253142	253153	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	172064767
131	NC_010553	TCGCCG	2	12	255951	255962	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	172064767
132	NC_010553	ATTGAT	2	12	260034	260045	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	172064767
133	NC_010553	GCGCGA	2	12	261719	261730	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	172064769
134	NC_010553	GCGATC	2	12	263106	263117	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064770
135	NC_010553	GCCGTC	2	12	267394	267405	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	172064771
136	NC_010553	TGCACG	2	12	268729	268740	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064772
137	NC_010553	AAGATC	2	12	269437	269448	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	172064773
138	NC_010553	ACGTTG	2	12	272544	272555	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	172064774
139	NC_010553	ACGTTG	2	12	275286	275297	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	172064774
140	NC_010553	ATCCGC	2	12	282090	282101	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	172064778
141	NC_010553	ATGGCC	2	12	285537	285548	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064781
142	NC_010553	ACGGCG	2	12	286455	286466	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	172064782
143	NC_010553	GTCGCC	2	12	287017	287028	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	172064784
144	NC_010553	GCACGA	2	12	289907	289918	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	172064786
145	NC_010553	CGAGCG	2	12	297299	297310	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	172064794
146	NC_010553	CGGCCA	2	12	298109	298120	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	172064794
147	NC_010553	GCGATC	2	12	300280	300291	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064797

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.