MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Burkholderia ambifaria MC40-6 plasmid pBMC401

Total Repeats: 207

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010553	ACCGC	2	10	38	47	20 %	0 %	20 %	60 %	172064526
2	NC_010553	GCGCG	2	10	2103	2112	0 %	0 %	60 %	40 %	172064527
3	NC_010553	ACGGC	2	10	2501	2510	20 %	0 %	40 %	40 %	172064527
4	NC_010553	CGGCC	2	10	2787	2796	0 %	0 %	40 %	60 %	172064527
5	NC_010553	CGCGG	2	10	6817	6826	0 %	0 %	60 %	40 %	172064530
6	NC_010553	ACCGA	2	10	7503	7512	40 %	0 %	20 %	40 %	172064531
7	NC_010553	AGCAG	2	10	7665	7674	40 %	0 %	40 %	20 %	172064531
8	NC_010553	CCGCC	2	10	7713	7722	0 %	0 %	20 %	80 %	172064531
9	NC_010553	GCGTC	2	10	9914	9923	0 %	20 %	40 %	40 %	172064534
10	NC_010553	GTCGC	2	10	11892	11901	0 %	20 %	40 %	40 %	172064536
11	NC_010553	GACGA	2	10	11939	11948	40 %	0 %	40 %	20 %	172064536
12	NC_010553	GCTTC	2	10	16454	16463	0 %	40 %	20 %	40 %	172064542
13	NC_010553	TCCCA	2	10	16466	16475	20 %	20 %	0 %	60 %	172064542
14	NC_010553	TCGCG	2	10	16952	16961	0 %	20 %	40 %	40 %	172064543
15	NC_010553	GCGCA	2	10	18865	18874	20 %	0 %	40 %	40 %	172064547
16	NC_010553	TGACC	2	10	18996	19005	20 %	20 %	20 %	40 %	172064547
17	NC_010553	CAACG	2	10	19734	19743	40 %	0 %	20 %	40 %	172064548
18	NC_010553	AACCG	2	10	21812	21821	40 %	0 %	20 %	40 %	172064550
19	NC_010553	AGCGT	2	10	22627	22636	20 %	20 %	40 %	20 %	172064552
20	NC_010553	CGCGA	2	10	27263	27272	20 %	0 %	40 %	40 %	172064557
21	NC_010553	TGCTC	2	10	27567	27576	0 %	40 %	20 %	40 %	172064557
22	NC_010553	CGACA	2	10	28935	28944	40 %	0 %	20 %	40 %	172064559
23	NC_010553	GATCG	2	10	29764	29773	20 %	20 %	40 %	20 %	172064560
24	NC_010553	GAGCC	2	10	30492	30501	20 %	0 %	40 %	40 %	172064561
25	NC_010553	GCTCG	2	10	32804	32813	0 %	20 %	40 %	40 %	172064562
26	NC_010553	GCCAT	2	10	34314	34323	20 %	20 %	20 %	40 %	172064566
27	NC_010553	CGTGT	2	10	35027	35036	0 %	40 %	40 %	20 %	172064567
28	NC_010553	GCGAC	2	10	39153	39162	20 %	0 %	40 %	40 %	172064572
29	NC_010553	ACGGA	2	10	41563	41572	40 %	0 %	40 %	20 %	172064575
30	NC_010553	CACGC	2	10	45543	45552	20 %	0 %	20 %	60 %	172064580
31	NC_010553	CCATC	2	10	46678	46687	20 %	20 %	0 %	60 %	172064581
32	NC_010553	GTACA	2	10	46831	46840	40 %	20 %	20 %	20 %	172064581
33	NC_010553	CGTAT	2	10	46886	46895	20 %	40 %	20 %	20 %	172064581
34	NC_010553	TCGGA	2	10	47027	47036	20 %	20 %	40 %	20 %	172064581
35	NC_010553	TGACA	2	10	47431	47440	40 %	20 %	20 %	20 %	172064582
36	NC_010553	TCGAC	2	10	49180	49189	20 %	20 %	20 %	40 %	172064584
37	NC_010553	GCGCG	2	10	49357	49366	0 %	0 %	60 %	40 %	172064584
38	NC_010553	TCGAA	2	10	49378	49387	40 %	20 %	20 %	20 %	172064584
39	NC_010553	GCATC	2	10	49453	49462	20 %	20 %	20 %	40 %	172064584
40	NC_010553	CCAAC	2	10	49482	49491	40 %	0 %	0 %	60 %	172064584
41	NC_010553	TGCGC	2	10	49885	49894	0 %	20 %	40 %	40 %	172064584
42	NC_010553	GGCTC	2	10	51060	51069	0 %	20 %	40 %	40 %	172064585
43	NC_010553	GTCGA	2	10	51959	51968	20 %	20 %	40 %	20 %	172064585
44	NC_010553	CCAGC	2	10	52925	52934	20 %	0 %	20 %	60 %	172064586
45	NC_010553	CCGCG	2	10	53958	53967	0 %	0 %	40 %	60 %	172064587
46	NC_010553	CGGCC	2	10	54192	54201	0 %	0 %	40 %	60 %	172064587
47	NC_010553	GCGAA	2	10	54904	54913	40 %	0 %	40 %	20 %	172064588
48	NC_010553	GTGCG	2	10	55791	55800	0 %	20 %	60 %	20 %	172064588
49	NC_010553	GAAGT	2	10	56024	56033	40 %	20 %	40 %	0 %	172064589
50	NC_010553	CGGAA	2	10	56314	56323	40 %	0 %	40 %	20 %	172064589
51	NC_010553	TCGCG	2	10	57175	57184	0 %	20 %	40 %	40 %	172064591
52	NC_010553	CGAAT	2	10	57331	57340	40 %	20 %	20 %	20 %	172064591
53	NC_010553	ATCAC	2	10	63113	63122	40 %	20 %	0 %	40 %	172064597
54	NC_010553	ATCGT	2	10	63356	63365	20 %	40 %	20 %	20 %	172064597
55	NC_010553	GCCCG	2	10	63720	63729	0 %	0 %	40 %	60 %	172064598
56	NC_010553	TGGGA	2	10	66289	66298	20 %	20 %	60 %	0 %	172064599
57	NC_010553	ATTTC	2	10	66533	66542	20 %	60 %	0 %	20 %	172064599
58	NC_010553	CGGCG	2	10	70094	70103	0 %	0 %	60 %	40 %	172064601
59	NC_010553	GCGAC	2	10	76123	76132	20 %	0 %	40 %	40 %	172064606
60	NC_010553	AGCCG	2	10	76454	76463	20 %	0 %	40 %	40 %	172064606
61	NC_010553	TTGCT	2	10	76884	76893	0 %	60 %	20 %	20 %	172064606
62	NC_010553	GCATG	2	10	80588	80597	20 %	20 %	40 %	20 %	172064608
63	NC_010553	CGGCG	2	10	80713	80722	0 %	0 %	60 %	40 %	172064608
64	NC_010553	CAGTT	2	10	85436	85445	20 %	40 %	20 %	20 %	172064613
65	NC_010553	GGTGA	2	10	88788	88797	20 %	20 %	60 %	0 %	172064615
66	NC_010553	CGCGA	2	10	89740	89749	20 %	0 %	40 %	40 %	172064617
67	NC_010553	CGCGG	2	10	91030	91039	0 %	0 %	60 %	40 %	172064619
68	NC_010553	GACGC	2	10	91989	91998	20 %	0 %	40 %	40 %	172064620
69	NC_010553	GCCGA	2	10	95305	95314	20 %	0 %	40 %	40 %	172064624
70	NC_010553	CGCGC	2	10	96481	96490	0 %	0 %	40 %	60 %	172064625
71	NC_010553	CGCGC	2	10	97240	97249	0 %	0 %	40 %	60 %	172064625
72	NC_010553	GAAAT	2	10	98800	98809	60 %	20 %	20 %	0 %	172064626
73	NC_010553	CGGTT	2	10	99638	99647	0 %	40 %	40 %	20 %	172064626
74	NC_010553	GTCGC	2	10	106996	107005	0 %	20 %	40 %	40 %	172064631
75	NC_010553	GTCGC	2	10	107092	107101	0 %	20 %	40 %	40 %	172064631
76	NC_010553	GTCGC	2	10	107188	107197	0 %	20 %	40 %	40 %	172064631
77	NC_010553	GTCGC	2	10	107284	107293	0 %	20 %	40 %	40 %	172064631
78	NC_010553	GTCGC	2	10	107380	107389	0 %	20 %	40 %	40 %	172064631
79	NC_010553	GTCGC	2	10	107476	107485	0 %	20 %	40 %	40 %	172064631
80	NC_010553	GTCGC	2	10	107572	107581	0 %	20 %	40 %	40 %	172064631
81	NC_010553	GTCGC	2	10	107668	107677	0 %	20 %	40 %	40 %	172064631
82	NC_010553	GTCGC	2	10	107764	107773	0 %	20 %	40 %	40 %	172064631
83	NC_010553	GTCGC	2	10	107860	107869	0 %	20 %	40 %	40 %	172064631
84	NC_010553	GTTCG	2	10	108447	108456	0 %	40 %	40 %	20 %	172064632
85	NC_010553	CGGCA	2	10	109811	109820	20 %	0 %	40 %	40 %	172064633
86	NC_010553	CTGCG	2	10	112777	112786	0 %	20 %	40 %	40 %	172064636
87	NC_010553	TGGCA	2	10	114295	114304	20 %	20 %	40 %	20 %	172064638
88	NC_010553	TCGGA	2	10	115778	115787	20 %	20 %	40 %	20 %	172064640
89	NC_010553	CAAGC	2	10	118643	118652	40 %	0 %	20 %	40 %	172064642
90	NC_010553	CGCGC	2	10	120369	120378	0 %	0 %	40 %	60 %	172064643
91	NC_010553	CGGCT	2	10	120574	120583	0 %	20 %	40 %	40 %	172064643
92	NC_010553	GCGAC	2	10	121568	121577	20 %	0 %	40 %	40 %	172064643
93	NC_010553	AGCGT	2	10	124504	124513	20 %	20 %	40 %	20 %	172064646
94	NC_010553	GTGCG	2	10	124787	124796	0 %	20 %	60 %	20 %	172064647
95	NC_010553	GCGCC	2	10	127245	127254	0 %	0 %	40 %	60 %	172064650
96	NC_010553	GTCAT	2	10	129173	129182	20 %	40 %	20 %	20 %	172064652
97	NC_010553	CTGCG	2	10	129220	129229	0 %	20 %	40 %	40 %	172064652
98	NC_010553	TGTCG	2	10	129265	129274	0 %	40 %	40 %	20 %	172064652
99	NC_010553	CGGGG	2	10	129447	129456	0 %	0 %	80 %	20 %	172064652
100	NC_010553	CGCTG	2	10	130135	130144	0 %	20 %	40 %	40 %	172064653
101	NC_010553	CGATC	2	10	132127	132136	20 %	20 %	20 %	40 %	172064653
102	NC_010553	CGTCT	2	10	133680	133689	0 %	40 %	20 %	40 %	172064654
103	NC_010553	GATGC	2	10	141377	141386	20 %	20 %	40 %	20 %	172064659
104	NC_010553	GACGG	2	10	142136	142145	20 %	0 %	60 %	20 %	172064660
105	NC_010553	CCGCG	2	10	147276	147285	0 %	0 %	40 %	60 %	172064662
106	NC_010553	ACGCG	2	10	150581	150590	20 %	0 %	40 %	40 %	172064664
107	NC_010553	CGTCG	2	10	151536	151545	0 %	20 %	40 %	40 %	172064664
108	NC_010553	CACTG	2	10	154254	154263	20 %	20 %	20 %	40 %	172064665
109	NC_010553	TGCCG	2	10	154560	154569	0 %	20 %	40 %	40 %	172064665
110	NC_010553	GGCGA	2	10	158551	158560	20 %	0 %	60 %	20 %	172064666
111	NC_010553	TTGAT	2	10	158750	158759	20 %	60 %	20 %	0 %	172064666
112	NC_010553	CCGTC	2	10	160484	160493	0 %	20 %	20 %	60 %	172064668
113	NC_010553	GCAAG	2	10	162813	162822	40 %	0 %	40 %	20 %	172064670
114	NC_010553	GCGCG	2	10	163173	163182	0 %	0 %	60 %	40 %	172064670
115	NC_010553	TGTGT	2	10	163407	163416	0 %	60 %	40 %	0 %	172064671
116	NC_010553	CGGCC	2	10	165378	165387	0 %	0 %	40 %	60 %	172064672
117	NC_010553	AGCGC	2	10	165835	165844	20 %	0 %	40 %	40 %	172064672
118	NC_010553	CCCGT	2	10	166490	166499	0 %	20 %	20 %	60 %	172064672
119	NC_010553	GCTGC	2	10	166844	166853	0 %	20 %	40 %	40 %	172064672
120	NC_010553	TTGCG	2	10	167155	167164	0 %	40 %	40 %	20 %	172064673
121	NC_010553	GCGTC	2	10	167949	167958	0 %	20 %	40 %	40 %	172064674
122	NC_010553	TTGCC	2	10	168690	168699	0 %	40 %	20 %	40 %	172064675
123	NC_010553	AAGAT	2	10	168733	168742	60 %	20 %	20 %	0 %	172064675
124	NC_010553	GCGTG	2	10	171214	171223	0 %	20 %	60 %	20 %	172064677
125	NC_010553	TGACC	2	10	171452	171461	20 %	20 %	20 %	40 %	172064677
126	NC_010553	CGCAC	2	10	177219	177228	20 %	0 %	20 %	60 %	172064682
127	NC_010553	GACCG	2	10	180023	180032	20 %	0 %	40 %	40 %	172064682
128	NC_010553	GTCGC	2	10	180499	180508	0 %	20 %	40 %	40 %	172064683
129	NC_010553	ACCGT	2	10	180966	180975	20 %	20 %	20 %	40 %	172064683
130	NC_010553	CACGC	2	10	181296	181305	20 %	0 %	20 %	60 %	172064684
131	NC_010553	CGGGT	2	10	182443	182452	0 %	20 %	60 %	20 %	172064685
132	NC_010553	GTGCG	2	10	183560	183569	0 %	20 %	60 %	20 %	172064685
133	NC_010553	CGGAT	2	10	185786	185795	20 %	20 %	40 %	20 %	172064687
134	NC_010553	CGTTC	2	10	187508	187517	0 %	40 %	20 %	40 %	172064687
135	NC_010553	TGCGC	2	10	189819	189828	0 %	20 %	40 %	40 %	172064688
136	NC_010553	GAGCA	2	10	190555	190564	40 %	0 %	40 %	20 %	172064689
137	NC_010553	GTCGC	2	10	191848	191857	0 %	20 %	40 %	40 %	172064690
138	NC_010553	GATCG	2	10	192020	192029	20 %	20 %	40 %	20 %	172064690
139	NC_010553	GCGGT	2	10	197019	197028	0 %	20 %	60 %	20 %	172064695
140	NC_010553	CGGGC	2	10	197567	197576	0 %	0 %	60 %	40 %	172064695
141	NC_010553	GGCGT	2	10	200647	200656	0 %	20 %	60 %	20 %	172064696
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143	NC_010553	GGCGA	2	10	206205	206214	20 %	0 %	60 %	20 %	172064702
144	NC_010553	ATCAA	2	10	206527	206536	60 %	20 %	0 %	20 %	172064702
145	NC_010553	AGCCA	2	10	206655	206664	40 %	0 %	20 %	40 %	172064702
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149	NC_010553	CGATC	2	10	210579	210588	20 %	20 %	20 %	40 %	172064707
150	NC_010553	TGCTG	2	10	211508	211517	0 %	40 %	40 %	20 %	172064709
151	NC_010553	AATTG	2	10	213986	213995	40 %	40 %	20 %	0 %	172064712
152	NC_010553	CACCC	2	10	214060	214069	20 %	0 %	0 %	80 %	172064712
153	NC_010553	ATCGG	2	10	215571	215580	20 %	20 %	40 %	20 %	172064713
154	NC_010553	TCAAT	2	10	219744	219753	40 %	40 %	0 %	20 %	172064723
155	NC_010553	CACCC	2	10	219820	219829	20 %	0 %	0 %	80 %	172064723
156	NC_010553	ACGAC	2	10	221987	221996	40 %	0 %	20 %	40 %	172064728
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163	NC_010553	GCTTC	2	10	231723	231732	0 %	40 %	20 %	40 %	172064745
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169	NC_010553	GCGCG	2	10	238764	238773	0 %	0 %	60 %	40 %	172064754
170	NC_010553	GGTCA	2	10	242234	242243	20 %	20 %	40 %	20 %	172064756
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172	NC_010553	TGCCC	2	10	245749	245758	0 %	20 %	20 %	60 %	172064760
173	NC_010553	TTCGA	2	10	246948	246957	20 %	40 %	20 %	20 %	172064762
174	NC_010553	CGAGC	2	10	248139	248148	20 %	0 %	40 %	40 %	172064762
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176	NC_010553	GCCCA	2	10	253271	253280	20 %	0 %	20 %	60 %	172064767
177	NC_010553	CGTTC	2	10	255835	255844	0 %	40 %	20 %	40 %	172064767
178	NC_010553	CGTTG	2	10	257734	257743	0 %	40 %	40 %	20 %	172064767
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188	NC_010553	CGCAC	2	10	271014	271023	20 %	0 %	20 %	60 %	172064773
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198	NC_010553	CCGTG	2	10	291071	291080	0 %	20 %	40 %	40 %	172064787
199	NC_010553	AGTCG	2	10	291525	291534	20 %	20 %	40 %	20 %	172064787
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206	NC_010553	TCGGT	2	10	300744	300753	0 %	40 %	40 %	20 %	172064797
207	NC_010553	AGTGG	2	10	300927	300936	20 %	20 %	60 %	0 %	172064798

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.