MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Cyanothece sp. ATCC 51142 chromosome linear

Total Repeats: 171

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010547	CCGTTA	2	12	2298	2309	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	172054857
2	NC_010547	TGGAAT	2	12	4075	4086	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172054861
3	NC_010547	CTCTGT	2	12	6319	6330	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	172054864
4	NC_010547	CTTTCT	2	12	6419	6430	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	172054864
5	NC_010547	TTCTCA	2	12	6596	6607	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	172054864
6	NC_010547	TTCCGG	2	12	6770	6781	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	172054864
7	NC_010547	CTTATC	2	12	11155	11166	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	172054869
8	NC_010547	CAAAGA	2	12	12229	12240	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	172054870
9	NC_010547	ATGCTT	2	12	12593	12604	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	172054871
10	NC_010547	AGGAAG	2	12	18843	18854	50 %	0 %	50 %	0 %	172054880
11	NC_010547	ATACTC	2	12	21228	21239	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	172054880
12	NC_010547	GTTACT	2	12	23357	23368	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	172054882
13	NC_010547	ATAGTT	2	12	31035	31046	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	172054886
14	NC_010547	TAAGTT	2	12	32055	32066	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	172054887
15	NC_010547	AAGAAA	2	12	34449	34460	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	172054889
16	NC_010547	GCAATC	2	12	34852	34863	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	172054889
17	NC_010547	GTTTCT	2	12	35177	35188	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	172054889
18	NC_010547	TGCTAG	2	12	35338	35349	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	172054889
19	NC_010547	ATGACA	2	12	35478	35489	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	172054889
20	NC_010547	TGCTAG	2	12	36610	36621	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	172054889
21	NC_010547	CTAATC	2	12	37224	37235	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	172054890
22	NC_010547	GAATGG	2	12	37870	37881	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	172054890
23	NC_010547	GAATTA	2	12	40365	40376	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	172054893
24	NC_010547	AAGCAG	2	12	41536	41547	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	172054893
25	NC_010547	GAAAAT	2	12	42921	42932	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	172054893
26	NC_010547	TTCCTA	2	12	44252	44263	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	172054894
27	NC_010547	TCTAAG	2	12	46358	46369	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	172054895
28	NC_010547	ACTAAA	2	12	53783	53794	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	172054901
29	NC_010547	GAATGG	2	12	55393	55404	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	172054903
30	NC_010547	TGAATT	2	12	56282	56293	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	172054905
31	NC_010547	ATTTAG	2	12	56366	56377	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	172054905
32	NC_010547	ATCTCG	2	12	56660	56671	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	172054905
33	NC_010547	TGATAA	2	12	56796	56807	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	172054905
34	NC_010547	CTACCC	2	12	57305	57316	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	172054906
35	NC_010547	ATTATC	2	12	58968	58979	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	172054908
36	NC_010547	CCCAAA	2	12	60498	60509	50 %	0 %	0 %	50 %	172054908
37	NC_010547	TATTTT	2	12	64334	64345	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	172054911
38	NC_010547	ACCATG	2	12	64655	64666	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	172054911
39	NC_010547	CTAACC	2	12	69767	69778	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	172054918
40	NC_010547	ATGGCA	2	12	73737	73748	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	172054921
41	NC_010547	ATTCTG	2	12	76789	76800	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	172054924
42	NC_010547	AGCTTG	2	12	79184	79195	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	172054926
43	NC_010547	GAAATT	2	12	79679	79690	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	172054927
44	NC_010547	TTTCAT	2	12	80813	80824	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	172054928
45	NC_010547	GTTGAT	2	12	82793	82804	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	172054930
46	NC_010547	GTAATC	2	12	84932	84943	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	172054932
47	NC_010547	CGGTTG	2	12	85243	85254	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	172054932
48	NC_010547	GGGTCT	2	12	86278	86289	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	172054933
49	NC_010547	ATCACC	2	12	87795	87806	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	172054934
50	NC_010547	GGATAA	2	12	88096	88107	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	172054934
51	NC_010547	CTGCCC	2	12	90630	90641	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	172054938
52	NC_010547	CTGCTT	2	12	91080	91091	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	172054938
53	NC_010547	TTTGTG	2	12	92901	92912	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	172054940
54	NC_010547	TCAATT	2	12	99604	99615	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	172054948
55	NC_010547	CCTTTA	2	12	102549	102560	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	172054951
56	NC_010547	GAAGCA	2	12	112423	112434	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	172054960
57	NC_010547	GTTCTT	2	12	114299	114310	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	172054963
58	NC_010547	GTTTCT	2	12	122062	122073	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	172054970
59	NC_010547	TTCCAA	2	12	131580	131591	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	172054986
60	NC_010547	AATCAC	2	12	132458	132469	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	172054987
61	NC_010547	CCAAGT	2	12	133445	133456	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	172054988
62	NC_010547	AGATGT	2	12	133827	133838	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172054988
63	NC_010547	CTAACC	2	12	142346	142357	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	172054998
64	NC_010547	GAGTTA	2	12	142588	142599	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172054998
65	NC_010547	AATGAA	2	12	143616	143627	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	172055000
66	NC_010547	CAATGT	2	12	143965	143976	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	172055000
67	NC_010547	CAAAAT	2	12	148075	148086	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	172055006
68	NC_010547	AAGAAA	2	12	148220	148231	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	172055006
69	NC_010547	CCGAAC	2	12	151680	151691	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	172055011
70	NC_010547	TCATCC	2	12	151738	151749	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	172055011
71	NC_010547	TAAATA	2	12	152616	152627	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	172055012
72	NC_010547	AATAGA	2	12	154104	154115	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	172055013
73	NC_010547	TTTCAG	2	12	156199	156210	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	172055014
74	NC_010547	TTAGCC	2	12	157517	157528	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	172055015
75	NC_010547	GATAGA	2	12	166991	167002	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	172055021
76	NC_010547	AGAAGC	2	12	168218	168229	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	172055021
77	NC_010547	CGACTT	2	12	173592	173603	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	172055026
78	NC_010547	AGGAGA	2	12	173736	173747	50 %	0 %	50 %	0 %	172055026
79	NC_010547	CCGAAA	2	12	184911	184922	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	172055037
80	NC_010547	ACAATA	2	12	187731	187742	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	172055041
81	NC_010547	GTAAAA	2	12	193304	193315	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	172055048
82	NC_010547	AAGACA	2	12	197009	197020	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	172055054
83	NC_010547	TCGATG	2	12	198099	198110	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	172055055
84	NC_010547	AACCAA	2	12	198704	198715	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	172055057
85	NC_010547	GTGGCT	2	12	202969	202980	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	172055060
86	NC_010547	GCAATA	2	12	206558	206569	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	172055064
87	NC_010547	TATACC	2	12	207119	207130	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	172055065
88	NC_010547	ATCACA	2	12	207556	207567	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	172055066
89	NC_010547	GGAATC	2	12	209458	209469	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	172055069
90	NC_010547	ACAGTC	2	12	215556	215567	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	172055074
91	NC_010547	GAACCC	2	12	215622	215633	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	172055074
92	NC_010547	CAGTTT	2	12	217310	217321	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	172055076
93	NC_010547	CCACAG	2	12	218710	218721	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	172055078
94	NC_010547	AGGAAG	2	12	221695	221706	50 %	0 %	50 %	0 %	172055081
95	NC_010547	ATACTC	2	12	224080	224091	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	172055081
96	NC_010547	GCATCA	2	12	230618	230629	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	172055088
97	NC_010547	TAGCAG	2	12	233385	233396	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	172055089
98	NC_010547	AGATTG	2	12	237407	237418	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172055091
99	NC_010547	ATTAGT	2	12	241976	241987	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	172055095
100	NC_010547	CCACAG	2	12	243099	243110	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	172055095
101	NC_010547	ATTACT	2	12	251264	251275	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	172055100
102	NC_010547	CTTTCC	2	12	256784	256795	0 %	50 %	0 %	50 %	172055106
103	NC_010547	GGGTTC	2	12	259410	259421	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	172055108
104	NC_010547	TGGGGT	2	12	259549	259560	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	172055108
105	NC_010547	TGGTTG	2	12	259680	259691	0 %	50 %	50 %	0 %	172055108
106	NC_010547	CCATAT	2	12	260441	260452	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	172055109
107	NC_010547	CATCCA	2	12	261369	261380	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	172055110
108	NC_010547	TCCAAC	2	12	263563	263574	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	172055112
109	NC_010547	TTCCTT	2	12	265526	265537	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	172055112
110	NC_010547	CTTTTA	2	12	266045	266056	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	172055112
111	NC_010547	AAAAAC	2	12	270277	270288	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	172055118
112	NC_010547	CTCCCC	2	12	271292	271303	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	172055120
113	NC_010547	TGGGTT	2	12	273308	273319	0 %	50 %	50 %	0 %	172055124
114	NC_010547	CGAAGG	2	12	273868	273879	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	172055124
115	NC_010547	AGTGTC	2	12	281473	281484	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	172055131
116	NC_010547	TTCAAC	2	12	284698	284709	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	172055132
117	NC_010547	CCGAAA	2	12	285732	285743	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	172055133
118	NC_010547	GTGTTA	2	12	294314	294325	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	172055143
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.