MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Cyanothece sp. ATCC 51142 chromosome linear

Total Repeats: 247

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010547	ATTAA	2	10	2101	2110	60 %	40 %	0 %	0 %	172054857
2	NC_010547	GGTAA	2	10	4650	4659	40 %	20 %	40 %	0 %	172054862
3	NC_010547	CATCA	2	10	6547	6556	40 %	20 %	0 %	40 %	172054864
4	NC_010547	AGTTG	2	10	6801	6810	20 %	40 %	40 %	0 %	172054864
5	NC_010547	TTTTC	2	10	7352	7361	0 %	80 %	0 %	20 %	172054865
6	NC_010547	GTAAG	2	10	7362	7371	40 %	20 %	40 %	0 %	172054865
7	NC_010547	AAGTA	2	10	7745	7754	60 %	20 %	20 %	0 %	172054865
8	NC_010547	ATGGA	2	10	12460	12469	40 %	20 %	40 %	0 %	172054871
9	NC_010547	CGGTG	2	10	14389	14398	0 %	20 %	60 %	20 %	172054875
10	NC_010547	CTTGA	2	10	14477	14486	20 %	40 %	20 %	20 %	172054875
11	NC_010547	TTGAA	2	10	14792	14801	40 %	40 %	20 %	0 %	172054875
12	NC_010547	CAACT	2	10	16588	16597	40 %	20 %	0 %	40 %	172054878
13	NC_010547	TATCT	2	10	17765	17774	20 %	60 %	0 %	20 %	172054879
14	NC_010547	TGAAC	2	10	18748	18757	40 %	20 %	20 %	20 %	172054880
15	NC_010547	GATAG	2	10	19043	19052	40 %	20 %	40 %	0 %	172054880
16	NC_010547	TTAAC	2	10	21161	21170	40 %	40 %	0 %	20 %	172054880
17	NC_010547	GGTTG	2	10	21299	21308	0 %	40 %	60 %	0 %	172054880
18	NC_010547	CTAGA	2	10	22190	22199	40 %	20 %	20 %	20 %	172054881
19	NC_010547	TAAAA	2	10	22647	22656	80 %	20 %	0 %	0 %	172054881
20	NC_010547	AATTC	2	10	23940	23949	40 %	40 %	0 %	20 %	172054882
21	NC_010547	TCTGA	2	10	26169	26178	20 %	40 %	20 %	20 %	172054883
22	NC_010547	CATAG	2	10	27834	27843	40 %	20 %	20 %	20 %	172054884
23	NC_010547	ATTCT	2	10	29544	29553	20 %	60 %	0 %	20 %	172054886
24	NC_010547	GGGAT	2	10	31006	31015	20 %	20 %	60 %	0 %	172054886
25	NC_010547	GATTG	2	10	31581	31590	20 %	40 %	40 %	0 %	172054887
26	NC_010547	AATTA	2	10	31990	31999	60 %	40 %	0 %	0 %	172054887
27	NC_010547	ATCAA	2	10	40939	40948	60 %	20 %	0 %	20 %	172054893
28	NC_010547	TCAAA	2	10	42560	42569	60 %	20 %	0 %	20 %	172054893
29	NC_010547	AGAAA	2	10	42962	42971	80 %	0 %	20 %	0 %	172054893
30	NC_010547	TCTTT	2	10	48251	48260	0 %	80 %	0 %	20 %	172054896
31	NC_010547	ATCTT	2	10	48493	48502	20 %	60 %	0 %	20 %	172054896
32	NC_010547	GTCCA	2	10	49393	49402	20 %	20 %	20 %	40 %	172054897
33	NC_010547	CCCAA	2	10	52832	52841	40 %	0 %	0 %	60 %	172054901
34	NC_010547	CCTAC	2	10	59867	59876	20 %	20 %	0 %	60 %	172054908
35	NC_010547	GAGTG	2	10	62618	62627	20 %	20 %	60 %	0 %	172054910
36	NC_010547	AGATA	2	10	65214	65223	60 %	20 %	20 %	0 %	172054913
37	NC_010547	AAAAT	2	10	65599	65608	80 %	20 %	0 %	0 %	172054914
38	NC_010547	CCGTC	2	10	68817	68826	0 %	20 %	20 %	60 %	172054918
39	NC_010547	ATTGA	2	10	69865	69874	40 %	40 %	20 %	0 %	172054918
40	NC_010547	TTAAA	2	10	71425	71434	60 %	40 %	0 %	0 %	172054919
41	NC_010547	CAAAC	2	10	71603	71612	60 %	0 %	0 %	40 %	172054919
42	NC_010547	TTCGA	2	10	74559	74568	20 %	40 %	20 %	20 %	172054921
43	NC_010547	ATCAA	2	10	74590	74599	60 %	20 %	0 %	20 %	172054921
44	NC_010547	GTTAC	2	10	77976	77985	20 %	40 %	20 %	20 %	172054925
45	NC_010547	ACCGA	2	10	78624	78633	40 %	0 %	20 %	40 %	172054926
46	NC_010547	AGTCA	2	10	78827	78836	40 %	20 %	20 %	20 %	172054926
47	NC_010547	TCATT	2	10	81542	81551	20 %	60 %	0 %	20 %	172054928
48	NC_010547	AAAAG	2	10	81895	81904	80 %	0 %	20 %	0 %	172054929
49	NC_010547	GCATC	2	10	82599	82608	20 %	20 %	20 %	40 %	172054929
50	NC_010547	GAAAC	2	10	83070	83079	60 %	0 %	20 %	20 %	172054930
51	NC_010547	CTCGA	2	10	86211	86220	20 %	20 %	20 %	40 %	172054933
52	NC_010547	AAAGC	2	10	88677	88686	60 %	0 %	20 %	20 %	172054935
53	NC_010547	AACCG	2	10	89151	89160	40 %	0 %	20 %	40 %	172054936
54	NC_010547	TCAAA	2	10	92397	92406	60 %	20 %	0 %	20 %	172054939
55	NC_010547	ATTTT	2	10	93690	93699	20 %	80 %	0 %	0 %	172054941
56	NC_010547	ATGGC	2	10	95382	95391	20 %	20 %	40 %	20 %	172054943
57	NC_010547	AAATC	2	10	97947	97956	60 %	20 %	0 %	20 %	172054946
58	NC_010547	ATTCA	2	10	99117	99126	40 %	40 %	0 %	20 %	172054947
59	NC_010547	CCATG	2	10	103985	103994	20 %	20 %	20 %	40 %	172054951
60	NC_010547	TCTGT	2	10	108899	108908	0 %	60 %	20 %	20 %	172054955
61	NC_010547	CATAC	2	10	110201	110210	40 %	20 %	0 %	40 %	172054957
62	NC_010547	TCGTT	2	10	112254	112263	0 %	60 %	20 %	20 %	172054960
63	NC_010547	CCGAG	2	10	113420	113429	20 %	0 %	40 %	40 %	172054962
64	NC_010547	AGCGA	2	10	114534	114543	40 %	0 %	40 %	20 %	172054963
65	NC_010547	CTGAA	2	10	121335	121344	40 %	20 %	20 %	20 %	172054969
66	NC_010547	CTAAC	2	10	122303	122312	40 %	20 %	0 %	40 %	172054970
67	NC_010547	CAAAA	2	10	124587	124596	80 %	0 %	0 %	20 %	172054973
68	NC_010547	GATGG	2	10	125781	125790	20 %	20 %	60 %	0 %	172054974
69	NC_010547	GATGA	2	10	127267	127276	40 %	20 %	40 %	0 %	172054975
70	NC_010547	GGATA	2	10	131735	131744	40 %	20 %	40 %	0 %	172054986
71	NC_010547	TTGAT	2	10	133735	133744	20 %	60 %	20 %	0 %	172054988
72	NC_010547	AAAGC	2	10	135331	135340	60 %	0 %	20 %	20 %	172054990
73	NC_010547	AAATT	2	10	135457	135466	60 %	40 %	0 %	0 %	172054990
74	NC_010547	GAAGG	2	10	135506	135515	40 %	0 %	60 %	0 %	172054990
75	NC_010547	TGGGC	2	10	138605	138614	0 %	20 %	60 %	20 %	172054996
76	NC_010547	AGTTG	2	10	139158	139167	20 %	40 %	40 %	0 %	172054996
77	NC_010547	TCACT	2	10	139190	139199	20 %	40 %	0 %	40 %	172054996
78	NC_010547	CTTGG	2	10	139522	139531	0 %	40 %	40 %	20 %	172054996
79	NC_010547	CTAGA	2	10	146673	146682	40 %	20 %	20 %	20 %	172055004
80	NC_010547	TAAAA	2	10	147130	147139	80 %	20 %	0 %	0 %	172055004
81	NC_010547	AAACT	2	10	151806	151815	60 %	20 %	0 %	20 %	172055011
82	NC_010547	AGATT	2	10	154145	154154	40 %	40 %	20 %	0 %	172055013
83	NC_010547	CACTA	2	10	154779	154788	40 %	20 %	0 %	40 %	172055013
84	NC_010547	ATCTT	2	10	155176	155185	20 %	60 %	0 %	20 %	172055013
85	NC_010547	TTTTA	2	10	156587	156596	20 %	80 %	0 %	0 %	172055015
86	NC_010547	ATCTT	2	10	156597	156606	20 %	60 %	0 %	20 %	172055015
87	NC_010547	AATTT	2	10	157719	157728	40 %	60 %	0 %	0 %	172055015
88	NC_010547	AAACA	2	10	164137	164146	80 %	0 %	0 %	20 %	172055019
89	NC_010547	AACAA	2	10	164797	164806	80 %	0 %	0 %	20 %	172055020
90	NC_010547	TTAGT	2	10	165661	165670	20 %	60 %	20 %	0 %	172055020
91	NC_010547	AAACG	2	10	167406	167415	60 %	0 %	20 %	20 %	172055021
92	NC_010547	CAATC	2	10	170043	170052	40 %	20 %	0 %	40 %	172055021
93	NC_010547	TAAAG	2	10	173175	173184	60 %	20 %	20 %	0 %	172055025
94	NC_010547	AAAAC	2	10	177755	177764	80 %	0 %	0 %	20 %	172055030
95	NC_010547	CGATT	2	10	178408	178417	20 %	40 %	20 %	20 %	172055030
96	NC_010547	GCGAT	2	10	179217	179226	20 %	20 %	40 %	20 %	172055031
97	NC_010547	AGCAA	2	10	179648	179657	60 %	0 %	20 %	20 %	172055031
98	NC_010547	GAAAG	2	10	182356	182365	60 %	0 %	40 %	0 %	172055033
99	NC_010547	AAGAA	2	10	184689	184698	80 %	0 %	20 %	0 %	172055037
100	NC_010547	GCTTG	2	10	188732	188741	0 %	40 %	40 %	20 %	172055042
101	NC_010547	GTTTC	2	10	192858	192867	0 %	60 %	20 %	20 %	172055048
102	NC_010547	CTTTT	2	10	193645	193654	0 %	80 %	0 %	20 %	172055049
103	NC_010547	CCCCA	2	10	193976	193985	20 %	0 %	0 %	80 %	172055050
104	NC_010547	AAGAA	2	10	196355	196364	80 %	0 %	20 %	0 %	172055054
105	NC_010547	GGTCA	2	10	197928	197937	20 %	20 %	40 %	20 %	172055055
106	NC_010547	GCACA	2	10	199506	199515	40 %	0 %	20 %	40 %	172055058
107	NC_010547	AAAAG	2	10	200265	200274	80 %	0 %	20 %	0 %	172055059
108	NC_010547	TGAGT	2	10	204612	204621	20 %	40 %	40 %	0 %	172055062
109	NC_010547	GATGT	2	10	205320	205329	20 %	40 %	40 %	0 %	172055063
110	NC_010547	TTGCT	2	10	205464	205473	0 %	60 %	20 %	20 %	172055063
111	NC_010547	TTCAA	2	10	207135	207144	40 %	40 %	0 %	20 %	172055065
112	NC_010547	GATGA	2	10	210882	210891	40 %	20 %	40 %	0 %	172055071
113	NC_010547	ATCCC	2	10	215521	215530	20 %	20 %	0 %	60 %	172055074
114	NC_010547	GTAGA	2	10	216462	216471	40 %	20 %	40 %	0 %	172055075
115	NC_010547	AGAAA	2	10	216544	216553	80 %	0 %	20 %	0 %	172055075
116	NC_010547	GCAGA	2	10	216612	216621	40 %	0 %	40 %	20 %	172055075
117	NC_010547	TGAAC	2	10	221600	221609	40 %	20 %	20 %	20 %	172055081
118	NC_010547	GATAG	2	10	221895	221904	40 %	20 %	40 %	0 %	172055081
119	NC_010547	TTAAC	2	10	224013	224022	40 %	40 %	0 %	20 %	172055081
120	NC_010547	GGTTG	2	10	224151	224160	0 %	40 %	60 %	0 %	172055081
121	NC_010547	ACCAC	2	10	224789	224798	40 %	0 %	0 %	60 %	172055081
122	NC_010547	AAAGG	2	10	228287	228296	60 %	0 %	40 %	0 %	172055085
123	NC_010547	CTCAT	2	10	229268	229277	20 %	40 %	0 %	40 %	172055088
124	NC_010547	TCATA	2	10	229479	229488	40 %	40 %	0 %	20 %	172055088
125	NC_010547	TAAAC	2	10	232138	232147	60 %	20 %	0 %	20 %	172055088
126	NC_010547	TGAAT	2	10	237824	237833	40 %	40 %	20 %	0 %	172055092
127	NC_010547	TCAGT	2	10	238802	238811	20 %	40 %	20 %	20 %	172055093
128	NC_010547	ATCGA	2	10	241205	241214	40 %	20 %	20 %	20 %	172055095
129	NC_010547	CTTGA	2	10	241920	241929	20 %	40 %	20 %	20 %	172055095
130	NC_010547	CAGAA	2	10	243133	243142	60 %	0 %	20 %	20 %	172055095
131	NC_010547	TGAGA	2	10	244712	244721	40 %	20 %	40 %	0 %	172055097
132	NC_010547	TTTGA	2	10	245541	245550	20 %	60 %	20 %	0 %	172055097
133	NC_010547	CATCA	2	10	245586	245595	40 %	20 %	0 %	40 %	172055097
134	NC_010547	AAAAG	2	10	246235	246244	80 %	0 %	20 %	0 %	172055097
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247	NC_010547	TCCTC	2	10	427292	427301	0 %	40 %	0 %	60 %	172055299

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.