MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Candidatus Phytoplasma australiense

Total Repeats: 406

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010544	ATTGAA	2	12	223	234	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	197294170
2	NC_010544	AAATTA	2	12	1742	1753	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	197294171
3	NC_010544	ATAAAA	2	12	5957	5968	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	197294173
4	NC_010544	AAATGA	2	12	9108	9119	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	197294174
5	NC_010544	TGATAT	2	12	10429	10440	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	197294175
6	NC_010544	TTTTTC	2	12	13360	13371	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	197294179
7	NC_010544	AAAATA	2	12	15609	15620	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	197294180
8	NC_010544	AAACAT	2	12	23293	23304	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	197294185
9	NC_010544	TATTTT	2	12	24018	24029	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	197294186
10	NC_010544	TAAATT	2	12	25986	25997	50 %	50 %	0 %	0 %	197294187
11	NC_010544	ATCTTT	2	12	27105	27116	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	197294188
12	NC_010544	TTTTCC	2	12	27155	27166	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	197294188
13	NC_010544	AGATTC	2	12	27471	27482	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	197294188
14	NC_010544	TTTTCT	2	12	27778	27789	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	197294188
15	NC_010544	CTAAAC	2	12	28698	28709	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	197294189
16	NC_010544	AAATAG	2	12	29798	29809	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	197294190
17	NC_010544	TTATTT	2	12	30034	30045	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	197294190
18	NC_010544	AAACCA	2	12	32349	32360	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	197294192
19	NC_010544	TGCTTC	2	12	33005	33016	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	197294192
20	NC_010544	CTGTTA	2	12	33025	33036	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	197294192
21	NC_010544	TGTTCT	2	12	33266	33277	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	197294192
22	NC_010544	ACTCAA	2	12	44621	44632	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	197294200
23	NC_010544	AATTTT	2	12	45447	45458	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	197294201
24	NC_010544	CAAATC	2	12	46869	46880	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	197294205
25	NC_010544	GTTGAA	2	12	62152	62163	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	197294209
26	NC_010544	GATTCT	2	12	62248	62259	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	197294209
27	NC_010544	TTGCTT	2	12	66994	67005	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	197294211
28	NC_010544	CCTTAA	2	12	67798	67809	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	197294211
29	NC_010544	ACCAGT	2	12	68809	68820	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	197294212
30	NC_010544	TAATTT	2	12	70285	70296	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	197294213
31	NC_010544	TTGAGT	2	12	78484	78495	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	197294218
32	NC_010544	ATTCTT	2	12	80414	80425	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	197294220
33	NC_010544	ATCTAA	2	12	90828	90839	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	197294225
34	NC_010544	ATTTGG	2	12	91075	91086	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	197294225
35	NC_010544	TTTTAA	2	12	93529	93540	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	197294227
36	NC_010544	CCAAAA	3	18	96888	96905	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	197294231
37	NC_010544	TTCTTT	2	12	97317	97328	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	197294231
38	NC_010544	ATAAAT	2	12	100777	100788	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	197294233
39	NC_010544	TGAAAT	2	12	105131	105142	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	197294236
40	NC_010544	TTAAAA	2	12	106862	106873	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	197294237
41	NC_010544	AGAAAG	2	12	107613	107624	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	197294239
42	NC_010544	TTAGAA	2	12	108195	108206	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	197294240
43	NC_010544	TTTTGG	2	12	108622	108633	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	197294240
44	NC_010544	AAAATT	2	12	114559	114570	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	197294242
45	NC_010544	AATTAG	2	12	116256	116267	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	197294245
46	NC_010544	ATTTTT	2	12	123251	123262	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	197294249
47	NC_010544	GCAGTT	2	12	123451	123462	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	197294250
48	NC_010544	TAATCT	2	12	124756	124767	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	197294251
49	NC_010544	TTGGTG	2	12	125023	125034	0 %	50 %	50 %	0 %	197294251
50	NC_010544	AGCTCA	2	12	125603	125614	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	197294251
51	NC_010544	ATATTT	2	12	125734	125745	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	197294251
52	NC_010544	CTATTG	2	12	127128	127139	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	197294252
53	NC_010544	ATTTTA	2	12	127514	127525	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	197294252
54	NC_010544	GAAAAA	2	12	138226	138237	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	197294260
55	NC_010544	TTCATG	2	12	141988	141999	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	197294262
56	NC_010544	ACTTCA	2	12	149300	149311	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	197294266
57	NC_010544	TAATTT	2	12	150620	150631	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	197294267
58	NC_010544	AATCAA	2	12	152581	152592	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	197294269
59	NC_010544	TTTCTT	3	18	156041	156058	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	197294272
60	NC_010544	CAGGAA	2	12	158016	158027	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	197294273
61	NC_010544	TTATTT	2	12	161023	161034	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	197294275
62	NC_010544	AGAATT	2	12	161145	161156	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	197294275
63	NC_010544	TATTAA	2	12	162558	162569	50 %	50 %	0 %	0 %	197294275
64	NC_010544	GCAAAA	2	12	163056	163067	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	197294275
65	NC_010544	ATGTAT	2	12	163332	163343	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	197294275
66	NC_010544	TATTTT	2	12	166845	166856	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	197294277
67	NC_010544	TTGTTT	2	12	169523	169534	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	197294279
68	NC_010544	AAAATA	2	12	169889	169900	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	197294279
69	NC_010544	ATCACA	2	12	170630	170641	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	197294279
70	NC_010544	AATAGG	2	12	170699	170710	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	197294279
71	NC_010544	ATAACC	2	12	172360	172371	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	197294280
72	NC_010544	TAGAAT	2	12	174946	174957	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	197294282
73	NC_010544	TTAAAG	2	12	175361	175372	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	197294283
74	NC_010544	TTTCTT	2	12	176415	176426	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	197294284
75	NC_010544	ATTCTA	2	12	178543	178554	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	197294286
76	NC_010544	TTTTAA	2	12	178940	178951	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	197294286
77	NC_010544	TTTTTC	2	12	180074	180085	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	197294286
78	NC_010544	TAATTT	2	12	182344	182355	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	197294290
79	NC_010544	TGAATA	2	12	183193	183204	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	197294291
80	NC_010544	ATTTTT	2	12	185627	185638	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	197294292
81	NC_010544	TCCTGT	2	12	186355	186366	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	197294292
82	NC_010544	TTCTTT	2	12	187530	187541	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	197294293
83	NC_010544	TTTGTT	2	12	188118	188129	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	197294293
84	NC_010544	TTTTAA	2	12	189377	189388	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	197294295
85	NC_010544	TTGGTT	2	12	191615	191626	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	197294297
86	NC_010544	AAAGTT	2	12	195387	195398	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	197294301
87	NC_010544	ATAAAA	2	12	198732	198743	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	197294303
88	NC_010544	TTCCAA	2	12	206798	206809	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	197294308
89	NC_010544	AAAATA	2	12	210514	210525	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	197294310
90	NC_010544	AATTTT	2	12	210690	210701	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	197294310
91	NC_010544	AAAAAC	2	12	210882	210893	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	197294310
92	NC_010544	ATTTCT	2	12	211006	211017	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	197294310
93	NC_010544	TTTGAT	2	12	212108	212119	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	197294311
94	NC_010544	AGTGAT	2	12	212381	212392	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	197294312
95	NC_010544	TAAATT	2	12	212882	212893	50 %	50 %	0 %	0 %	197294312
96	NC_010544	AAATAA	2	12	214357	214368	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	197294313
97	NC_010544	CTTGTT	2	12	214473	214484	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	197294313
98	NC_010544	CTTTTT	2	12	215302	215313	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	197294314
99	NC_010544	AATTAA	2	12	215842	215853	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	197294315
100	NC_010544	AATATG	2	12	217953	217964	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	197294316
101	NC_010544	GAATTA	2	12	219826	219837	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	197294317
102	NC_010544	ATTTTT	2	12	223950	223961	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	197294320
103	NC_010544	ATTTGG	2	12	231164	231175	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	197294321
104	NC_010544	AGAATA	2	12	232947	232958	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	197294322
105	NC_010544	ACTCAA	2	12	235030	235041	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	197294327
106	NC_010544	AATTTT	2	12	235856	235867	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	197294328
107	NC_010544	CCAAAT	2	12	236895	236906	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	197294331
108	NC_010544	CCAAAT	2	12	237259	237270	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	197294332
109	NC_010544	AAAGAA	2	12	240987	240998	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	197294333
110	NC_010544	AAAAGA	2	12	242630	242641	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	197294333
111	NC_010544	AAATTG	2	12	243061	243072	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	197294334
112	NC_010544	AAATTA	2	12	244164	244175	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	197294335
113	NC_010544	ATTCTT	2	12	246789	246800	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	197294337
114	NC_010544	ACTCAA	2	12	250924	250935	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	197294338
115	NC_010544	ATCAAT	2	12	253368	253379	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	197294339
116	NC_010544	AATTAA	2	12	254365	254376	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	197294339
117	NC_010544	CTCAAA	2	12	254644	254655	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	197294340
118	NC_010544	TATGTG	2	12	256530	256541	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	197294342
119	NC_010544	AAAAGG	2	12	256956	256967	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	197294342
120	NC_010544	ACTGTT	2	12	259366	259377	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	197294345
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.