MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Cupriavidus taiwanensis LMG 19424 plasmid pRALTA

Total Repeats: 135

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010529	CGACAA	2	12	14539	14550	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	188591333
2	NC_010529	GCGCTC	2	12	19538	19549	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	188591335
3	NC_010529	GTTCTC	2	12	20110	20121	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	188591336
4	NC_010529	GCCATC	2	12	22703	22714	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	188591336
5	NC_010529	GCCTTC	2	12	26490	26501	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	188591338
6	NC_010529	GGCCGA	2	12	27175	27186	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	188591339
7	NC_010529	AATAAA	2	12	29245	29256	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	188591343
8	NC_010529	ACACCC	2	12	32800	32811	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	188591345
9	NC_010529	CTGGCG	2	12	33172	33183	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	188591346
10	NC_010529	TCGAAG	2	12	34859	34870	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	188591348
11	NC_010529	TCGTGA	2	12	41888	41899	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	188591355
12	NC_010529	GCAACG	2	12	43285	43296	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	188591356
13	NC_010529	CGCCGG	2	12	48402	48413	0 %	0 %	50 %	50 %	188591362
14	NC_010529	AGGTCA	2	12	48453	48464	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	188591362
15	NC_010529	TGGCCG	2	12	65510	65521	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	188591376
16	NC_010529	GCGGTT	2	12	65829	65840	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	188591377
17	NC_010529	CGGCAC	3	18	67361	67378	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	188591380
18	NC_010529	CCTGAC	2	12	70343	70354	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	188591385
19	NC_010529	CCGTGG	2	12	72264	72275	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	188591388
20	NC_010529	TCGCGA	2	12	74080	74091	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	188591389
21	NC_010529	ACTTCG	2	12	78603	78614	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	188591393
22	NC_010529	GCCTCG	2	12	81771	81782	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	188591395
23	NC_010529	ACGGCG	2	12	84753	84764	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	188591397
24	NC_010529	TGGCGA	2	12	84880	84891	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	188591397
25	NC_010529	CCTCGC	2	12	93634	93645	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	188591403
26	NC_010529	CGGGTC	2	12	94816	94827	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	188591403
27	NC_010529	GCCAGG	2	12	98039	98050	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	188591404
28	NC_010529	CAGCGA	2	12	106551	106562	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	188591413
29	NC_010529	TTTTCC	2	12	118710	118721	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	188591429
30	NC_010529	TCCTCT	2	12	118728	118739	0 %	50 %	0 %	50 %	188591429
31	NC_010529	TGCGCC	2	12	122351	122362	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	188591433
32	NC_010529	CCATGC	2	12	128481	128492	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	188591437
33	NC_010529	GCTGCC	2	12	131375	131386	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	188591441
34	NC_010529	GTGAAG	2	12	131663	131674	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	188591441
35	NC_010529	GTCTGG	2	12	134514	134525	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	188591446
36	NC_010529	TCGCGC	2	12	134877	134888	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	188591446
37	NC_010529	GAATGC	2	12	136178	136189	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	188591446
38	NC_010529	GCGCAC	2	12	137622	137633	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	188591448
39	NC_010529	AGCCGC	2	12	140877	140888	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	188591450
40	NC_010529	CGCCTG	2	12	142007	142018	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	188591451
41	NC_010529	GGCATG	2	12	142479	142490	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	188591453
42	NC_010529	GGCCTT	2	12	144039	144050	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	188591456
43	NC_010529	TGAACG	2	12	144269	144280	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	188591456
44	NC_010529	GAATGC	2	12	146582	146593	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	188591458
45	NC_010529	GCCGAA	2	12	148212	148223	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	188591460
46	NC_010529	ACAACG	2	12	150838	150849	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	188591463
47	NC_010529	CCGGAA	2	12	150861	150872	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	188591463
48	NC_010529	CAAGCG	2	12	153810	153821	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	188591468
49	NC_010529	GTTGCT	2	12	166284	166295	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	188591481
50	NC_010529	TCGGCG	2	12	168189	168200	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	188591482
51	NC_010529	AGGGTC	2	12	174797	174808	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	188591489
52	NC_010529	TCGCCG	2	12	175652	175663	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	188591490
53	NC_010529	GTACCA	2	12	175977	175988	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	188591490
54	NC_010529	CGCCGG	2	12	178202	178213	0 %	0 %	50 %	50 %	188591492
55	NC_010529	CGCAGT	2	12	180176	180187	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	188591495
56	NC_010529	CCGGCT	2	12	186056	186067	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	188591500
57	NC_010529	CTGAAA	2	12	186910	186921	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	188591502
58	NC_010529	CATCGC	2	12	189399	189410	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	188591504
59	NC_010529	TCCGCG	2	12	194436	194447	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	188591508
60	NC_010529	GCTTCG	2	12	195575	195586	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	188591510
61	NC_010529	GCTCAA	2	12	196107	196118	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	188591511
62	NC_010529	CCACGA	2	12	198203	198214	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	188591512
63	NC_010529	TCGCGA	2	12	201372	201383	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	188591516
64	NC_010529	TCCAGG	2	12	206902	206913	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	188591520
65	NC_010529	AGCGGA	2	12	208387	208398	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	188591521
66	NC_010529	CCGTGA	2	12	210395	210406	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	188591522
67	NC_010529	ATAGCA	2	12	211914	211925	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	188591523
68	NC_010529	GCCAGC	2	12	216837	216848	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	188591528
69	NC_010529	CTGATG	2	12	219725	219736	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	188591530
70	NC_010529	CGGCGC	2	12	221274	221285	0 %	0 %	50 %	50 %	188591531
71	NC_010529	CGCGCC	2	12	240201	240212	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	188591552
72	NC_010529	GGCTCG	2	12	240272	240283	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	188591552
73	NC_010529	TGCGTG	2	12	242692	242703	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	188591558
74	NC_010529	TGTACG	2	12	243041	243052	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	188591558
75	NC_010529	GCTAGA	2	12	243797	243808	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	188591558
76	NC_010529	CGGCCT	2	12	248556	248567	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	188591561
77	NC_010529	CGCCAC	2	12	253595	253606	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	188591564
78	NC_010529	CGGTTC	2	12	253724	253735	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	188591564
79	NC_010529	GGCGTT	2	12	256560	256571	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	188591566
80	NC_010529	AGATCC	2	12	260745	260756	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	188591568
81	NC_010529	GGTGCA	2	12	264179	264190	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	188591570
82	NC_010529	CGGCTT	2	12	290480	290491	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	188591590
83	NC_010529	TTGTCG	2	12	291125	291136	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	188591591
84	NC_010529	GCGAGC	2	12	308363	308374	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	188591608
85	NC_010529	CGATTT	2	12	312730	312741	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	188591613
86	NC_010529	CCAGGA	2	12	315264	315275	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	188591615
87	NC_010529	GAAGCC	2	12	338530	338541	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	188591639
88	NC_010529	CTTCGA	2	12	340839	340850	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	188591639
89	NC_010529	TCGACC	2	12	343200	343211	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	188591641
90	NC_010529	TTCCAT	2	12	344882	344893	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	188591642
91	NC_010529	GCTGGA	2	12	350136	350147	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	188591645
92	NC_010529	TGGAAG	2	12	350204	350215	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	188591645
93	NC_010529	TGGGCG	2	12	352801	352812	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	188591646
94	NC_010529	GGCGCT	2	12	353234	353245	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	188591646
95	NC_010529	TTGTCG	2	12	361813	361824	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	188591657
96	NC_010529	ACTAGA	2	12	368163	368174	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	188591661
97	NC_010529	CGATGT	2	12	373770	373781	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	188591667
98	NC_010529	CCAGCA	2	12	377883	377894	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	188591670
99	NC_010529	CGACGC	2	12	382191	382202	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	188591676
100	NC_010529	AAAGCC	2	12	388731	388742	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	188591683
101	NC_010529	CTTGCT	2	12	401110	401121	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	188591697
102	NC_010529	GTCTTC	2	12	411795	411806	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	188591708
103	NC_010529	TTGTCG	2	12	412758	412769	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	188591710
104	NC_010529	TCCCTT	2	12	418391	418402	0 %	50 %	0 %	50 %	188591714
105	NC_010529	TCGCGA	2	12	425468	425479	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	188591720
106	NC_010529	TTGTCG	2	12	434716	434727	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	188591727
107	NC_010529	AGTTGC	2	12	458323	458334	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	188591746
108	NC_010529	TATCTG	2	12	459903	459914	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	188591748
109	NC_010529	GCGGTG	2	12	467764	467775	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	188591756
110	NC_010529	CGTCTG	2	12	468592	468603	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	188591758
111	NC_010529	GCAGCG	2	12	469328	469339	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	188591760
112	NC_010529	AGCACG	2	12	474017	474028	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	188591764
113	NC_010529	CTTCCG	2	12	475821	475832	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	188591765
114	NC_010529	CGAGCC	2	12	487015	487026	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	188591777
115	NC_010529	GCAGAT	2	12	489767	489778	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	188591781
116	NC_010529	GAGCAA	2	12	496271	496282	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	188591793
117	NC_010529	GACTGG	2	12	499440	499451	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	188591795
118	NC_010529	CGAGCC	2	12	500053	500064	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	188591796
119	NC_010529	GGCGCG	2	12	500124	500135	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	188591796
120	NC_010529	TGCTCG	2	12	506305	506316	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	188591801
121	NC_010529	GCACCG	2	12	514226	514237	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	188591808
122	NC_010529	CCCGGT	2	12	514816	514827	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	188591809
123	NC_010529	GCCCAC	2	12	515186	515197	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	188591809
124	NC_010529	ACCGAA	2	12	521428	521439	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	188591814
125	NC_010529	TCGCAC	2	12	521966	521977	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	188591814
126	NC_010529	AATAGC	2	12	523487	523498	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	188591816
127	NC_010529	CAGGAC	2	12	525340	525351	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	188591817
128	NC_010529	GAGGAA	2	12	525901	525912	50 %	0 %	50 %	0 %	188591817
129	NC_010529	TCCGCG	2	12	528415	528426	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	188591818
130	NC_010529	AGGGCG	2	12	529705	529716	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	188591819
131	NC_010529	GGATGG	2	12	531246	531257	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	188591821
132	NC_010529	GGCAGG	2	12	536001	536012	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	188591827
133	NC_010529	GGCGCA	2	12	543091	543102	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	188591833
134	NC_010529	AGTTGA	2	12	547344	547355	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	188591837
135	NC_010529	CGAAGC	2	12	553403	553414	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	188591843

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.