MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Cupriavidus taiwanensis LMG 19424 plasmid pRALTA

Total Repeats: 425

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010529	TCCAG	2	10	898	907	20 %	20 %	20 %	40 %	188591328
2	NC_010529	CGGAA	2	10	2201	2210	40 %	0 %	40 %	20 %	188591329
3	NC_010529	TTGAA	2	10	2428	2437	40 %	40 %	20 %	0 %	188591329
4	NC_010529	CAACT	2	10	4518	4527	40 %	20 %	0 %	40 %	188591329
5	NC_010529	AGGGA	2	10	5359	5368	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010529	ATGGC	2	10	5470	5479	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_010529	CAGAA	2	10	8648	8657	60 %	0 %	20 %	20 %	188591330
8	NC_010529	CAGTC	2	10	9470	9479	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_010529	GGGGT	2	10	10477	10486	0 %	20 %	80 %	0 %	188591331
10	NC_010529	CATCG	2	10	10844	10853	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_010529	ACGCG	2	10	13526	13535	20 %	0 %	40 %	40 %	188591332
12	NC_010529	ACCGA	2	10	13947	13956	40 %	0 %	20 %	40 %	188591333
13	NC_010529	CGGGT	2	10	15459	15468	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
14	NC_010529	GCCGG	2	10	15605	15614	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
15	NC_010529	ATGCC	2	10	16851	16860	20 %	20 %	20 %	40 %	188591334
16	NC_010529	TGCGC	2	10	17296	17305	0 %	20 %	40 %	40 %	188591334
17	NC_010529	CGGGC	2	10	18910	18919	0 %	0 %	60 %	40 %	188591335
18	NC_010529	GTCGT	2	10	18996	19005	0 %	40 %	40 %	20 %	188591335
19	NC_010529	CGCCC	2	10	27623	27632	0 %	0 %	20 %	80 %	188591340
20	NC_010529	GACCC	2	10	28650	28659	20 %	0 %	20 %	60 %	188591341
21	NC_010529	CCGCT	2	10	32911	32920	0 %	20 %	20 %	60 %	188591346
22	NC_010529	AATTG	2	10	34736	34745	40 %	40 %	20 %	0 %	188591348
23	NC_010529	GGATT	2	10	35151	35160	20 %	40 %	40 %	0 %	188591348
24	NC_010529	AACGC	2	10	35632	35641	40 %	0 %	20 %	40 %	188591349
25	NC_010529	AAAGC	2	10	37409	37418	60 %	0 %	20 %	20 %	188591350
26	NC_010529	TTGCT	2	10	38303	38312	0 %	60 %	20 %	20 %	188591352
27	NC_010529	CTATC	2	10	39268	39277	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_010529	GCGCT	2	10	39559	39568	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
29	NC_010529	AATTG	2	10	41935	41944	40 %	40 %	20 %	0 %	188591355
30	NC_010529	CTGGC	2	10	42341	42350	0 %	20 %	40 %	40 %	188591355
31	NC_010529	TCGCC	2	10	42853	42862	0 %	20 %	20 %	60 %	188591356
32	NC_010529	GCGCC	2	10	43318	43327	0 %	0 %	40 %	60 %	188591356
33	NC_010529	GCGGG	2	10	43529	43538	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
34	NC_010529	AAGGC	2	10	44575	44584	40 %	0 %	40 %	20 %	188591357
35	NC_010529	ATCGA	2	10	45123	45132	40 %	20 %	20 %	20 %	188591358
36	NC_010529	GCGCT	2	10	45311	45320	0 %	20 %	40 %	40 %	188591358
37	NC_010529	GCGCC	2	10	47993	48002	0 %	0 %	40 %	60 %	188591362
38	NC_010529	TGGCC	2	10	48337	48346	0 %	20 %	40 %	40 %	188591362
39	NC_010529	TGCCA	2	10	48894	48903	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_010529	CGGCC	2	10	48941	48950	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
41	NC_010529	GATCG	2	10	50062	50071	20 %	20 %	40 %	20 %	188591363
42	NC_010529	GTCCA	2	10	52005	52014	20 %	20 %	20 %	40 %	188591365
43	NC_010529	TCGCT	2	10	52102	52111	0 %	40 %	20 %	40 %	188591365
44	NC_010529	GCGCG	2	10	53285	53294	0 %	0 %	60 %	40 %	188591365
45	NC_010529	GGAGG	2	10	53702	53711	20 %	0 %	80 %	0 %	188591365
46	NC_010529	AAGCT	2	10	53746	53755	40 %	20 %	20 %	20 %	188591365
47	NC_010529	AGCCG	2	10	56663	56672	20 %	0 %	40 %	40 %	188591367
48	NC_010529	TGGCC	2	10	56831	56840	0 %	20 %	40 %	40 %	188591368
49	NC_010529	ACCTT	2	10	57532	57541	20 %	40 %	0 %	40 %	188591368
50	NC_010529	ACGTA	2	10	58629	58638	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_010529	GCAGG	2	10	59878	59887	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
52	NC_010529	TCCTC	2	10	60165	60174	0 %	40 %	0 %	60 %	188591370
53	NC_010529	GCGAC	2	10	60478	60487	20 %	0 %	40 %	40 %	188591371
54	NC_010529	CGCGC	2	10	60756	60765	0 %	0 %	40 %	60 %	188591371
55	NC_010529	CGGCG	2	10	61852	61861	0 %	0 %	60 %	40 %	188591372
56	NC_010529	GGATC	2	10	62394	62403	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_010529	ATGGC	2	10	64500	64509	20 %	20 %	40 %	20 %	188591375
58	NC_010529	AGAGC	2	10	65422	65431	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_010529	TCGAA	2	10	65468	65477	40 %	20 %	20 %	20 %	188591376
60	NC_010529	TCTTA	2	10	65868	65877	20 %	60 %	0 %	20 %	188591377
61	NC_010529	GAGAG	2	10	66633	66642	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010529	CGGCC	2	10	67415	67424	0 %	0 %	40 %	60 %	188591380
63	NC_010529	CCCAG	2	10	68598	68607	20 %	0 %	20 %	60 %	188591381
64	NC_010529	GCTGT	2	10	68893	68902	0 %	40 %	40 %	20 %	188591382
65	NC_010529	CCGAT	2	10	69710	69719	20 %	20 %	20 %	40 %	188591384
66	NC_010529	CTCTG	2	10	69779	69788	0 %	40 %	20 %	40 %	188591384
67	NC_010529	TTCCG	2	10	69937	69946	0 %	40 %	20 %	40 %	188591384
68	NC_010529	CGCAG	2	10	70040	70049	20 %	0 %	40 %	40 %	188591384
69	NC_010529	GGCAG	2	10	70740	70749	20 %	0 %	60 %	20 %	188591386
70	NC_010529	AGGGC	2	10	71942	71951	20 %	0 %	60 %	20 %	188591388
71	NC_010529	GCAGG	2	10	73069	73078	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
72	NC_010529	CGGCG	2	10	73517	73526	0 %	0 %	60 %	40 %	188591389
73	NC_010529	GGATC	2	10	74060	74069	20 %	20 %	40 %	20 %	188591389
74	NC_010529	TCGAC	2	10	75816	75825	20 %	20 %	20 %	40 %	188591390
75	NC_010529	GCCGT	2	10	76106	76115	0 %	20 %	40 %	40 %	188591391
76	NC_010529	GACGG	2	10	76595	76604	20 %	0 %	60 %	20 %	188591391
77	NC_010529	TCGCA	2	10	78581	78590	20 %	20 %	20 %	40 %	188591393
78	NC_010529	TTGGC	2	10	79362	79371	0 %	40 %	40 %	20 %	188591394
79	NC_010529	CGAGC	2	10	79618	79627	20 %	0 %	40 %	40 %	188591394
80	NC_010529	GCGCA	2	10	80664	80673	20 %	0 %	40 %	40 %	188591394
81	NC_010529	TGATC	2	10	80755	80764	20 %	40 %	20 %	20 %	188591394
82	NC_010529	TTCCT	2	10	83032	83041	0 %	60 %	0 %	40 %	188591395
83	NC_010529	TCGGG	2	10	85557	85566	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
84	NC_010529	TGCAC	2	10	85703	85712	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
85	NC_010529	CCGGG	2	10	88567	88576	0 %	0 %	60 %	40 %	188591399
86	NC_010529	CGCGT	2	10	90399	90408	0 %	20 %	40 %	40 %	188591399
87	NC_010529	GCGAC	2	10	91911	91920	20 %	0 %	40 %	40 %	188591400
88	NC_010529	GCGCC	2	10	92864	92873	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
89	NC_010529	TGCGC	2	10	94195	94204	0 %	20 %	40 %	40 %	188591403
90	NC_010529	CGATC	2	10	94573	94582	20 %	20 %	20 %	40 %	188591403
91	NC_010529	CGGCA	2	10	94933	94942	20 %	0 %	40 %	40 %	188591403
92	NC_010529	CAGGG	2	10	96443	96452	20 %	0 %	60 %	20 %	188591403
93	NC_010529	GGACG	2	10	96615	96624	20 %	0 %	60 %	20 %	188591403
94	NC_010529	ACGCC	2	10	98862	98871	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
95	NC_010529	GGTCT	2	10	99378	99387	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_010529	AAGGA	2	10	100465	100474	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_010529	GCGCG	2	10	102005	102014	0 %	0 %	60 %	40 %	188591408
98	NC_010529	ATTCT	2	10	103202	103211	20 %	60 %	0 %	20 %	188591409
99	NC_010529	GTTCA	2	10	103283	103292	20 %	40 %	20 %	20 %	188591409
100	NC_010529	ATTCG	2	10	106485	106494	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_010529	CCCTC	2	10	106700	106709	0 %	20 %	0 %	80 %	188591413
102	NC_010529	GGATT	2	10	107945	107954	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
103	NC_010529	AGCGC	2	10	108919	108928	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
104	NC_010529	TTCGA	2	10	109032	109041	20 %	40 %	20 %	20 %	188591414
105	NC_010529	CGCGC	2	10	114386	114395	0 %	0 %	40 %	60 %	188591422
106	NC_010529	GTTGA	2	10	116771	116780	20 %	40 %	40 %	0 %	188591426
107	NC_010529	CGTCT	2	10	116789	116798	0 %	40 %	20 %	40 %	188591426
108	NC_010529	GTCCC	2	10	117688	117697	0 %	20 %	20 %	60 %	188591427
109	NC_010529	ACGGG	2	10	121329	121338	20 %	0 %	60 %	20 %	188591432
110	NC_010529	GCAAC	2	10	128470	128479	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
111	NC_010529	CCCCG	2	10	128534	128543	0 %	0 %	20 %	80 %	188591437
112	NC_010529	GACGC	2	10	130470	130479	20 %	0 %	40 %	40 %	188591439
113	NC_010529	TTCGC	2	10	132893	132902	0 %	40 %	20 %	40 %	188591443
114	NC_010529	CGGCG	2	10	135100	135109	0 %	0 %	60 %	40 %	188591446
115	NC_010529	CTGCG	2	10	136645	136654	0 %	20 %	40 %	40 %	188591447
116	NC_010529	GCCCG	2	10	137746	137755	0 %	0 %	40 %	60 %	188591448
117	NC_010529	CCGTG	2	10	137981	137990	0 %	20 %	40 %	40 %	188591448
118	NC_010529	GGCGC	2	10	145725	145734	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
119	NC_010529	CGGCC	2	10	145795	145804	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
120	NC_010529	GGCAG	2	10	147093	147102	20 %	0 %	60 %	20 %	188591458
121	NC_010529	CACTG	2	10	147906	147915	20 %	20 %	20 %	40 %	188591459
122	NC_010529	CTGGA	2	10	149138	149147	20 %	20 %	40 %	20 %	188591461
123	NC_010529	CAGCC	2	10	150147	150156	20 %	0 %	20 %	60 %	188591462
124	NC_010529	CGCGC	2	10	151384	151393	0 %	0 %	40 %	60 %	188591464
125	NC_010529	GCACC	2	10	153140	153149	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
126	NC_010529	CTTTG	2	10	153480	153489	0 %	60 %	20 %	20 %	188591467
127	NC_010529	GTGCA	2	10	154092	154101	20 %	20 %	40 %	20 %	188591468
128	NC_010529	TTGAT	2	10	155536	155545	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_010529	TCGCA	2	10	155749	155758	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
130	NC_010529	GATCG	2	10	155777	155786	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
131	NC_010529	GCATG	2	10	158606	158615	20 %	20 %	40 %	20 %	188591473
132	NC_010529	AGCGG	2	10	160222	160231	20 %	0 %	60 %	20 %	188591475
133	NC_010529	CAGGC	2	10	160858	160867	20 %	0 %	40 %	40 %	188591476
134	NC_010529	ATGCC	2	10	164751	164760	20 %	20 %	20 %	40 %	188591480
135	NC_010529	TGCGC	2	10	165196	165205	0 %	20 %	40 %	40 %	188591480
136	NC_010529	ATGGA	2	10	167388	167397	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
137	NC_010529	TGGCC	2	10	167466	167475	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
138	NC_010529	GTGCT	2	10	172060	172069	0 %	40 %	40 %	20 %	188591487
139	NC_010529	GTGCC	2	10	172177	172186	0 %	20 %	40 %	40 %	188591487
140	NC_010529	TGCCG	2	10	172796	172805	0 %	20 %	40 %	40 %	188591488
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151	NC_010529	GGCTT	2	10	184775	184784	0 %	40 %	40 %	20 %	188591499
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187	NC_010529	GTTAG	3	15	236955	236969	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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194	NC_010529	TGCGC	2	10	250100	250109	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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199	NC_010529	CGCGA	2	10	253951	253960	20 %	0 %	40 %	40 %	188591564
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211	NC_010529	GCTAG	2	10	263589	263598	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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243	NC_010529	GGCCA	2	10	300909	300918	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
244	NC_010529	TTCAC	2	10	301311	301320	20 %	40 %	0 %	40 %	188591601
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249	NC_010529	CGTAC	2	10	306394	306403	20 %	20 %	20 %	40 %	188591606
250	NC_010529	GGGTA	2	10	306588	306597	20 %	20 %	60 %	0 %	188591606
251	NC_010529	GCCTC	2	10	308823	308832	0 %	20 %	20 %	60 %	188591609
252	NC_010529	CGGTT	2	10	310138	310147	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
253	NC_010529	CGTTA	2	10	311143	311152	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
254	NC_010529	ATCGC	2	10	312032	312041	20 %	20 %	20 %	40 %	188591611
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259	NC_010529	GCGAC	2	10	316062	316071	20 %	0 %	40 %	40 %	188591616
260	NC_010529	CGCGC	2	10	316340	316349	0 %	0 %	40 %	60 %	188591616
261	NC_010529	CGGCG	2	10	317437	317446	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
262	NC_010529	GGATC	2	10	317979	317988	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
263	NC_010529	TGGCG	2	10	320440	320449	0 %	20 %	60 %	20 %	188591618
264	NC_010529	TGATC	2	10	321155	321164	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
265	NC_010529	TCATT	2	10	323592	323601	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
266	NC_010529	GAGTT	2	10	324715	324724	20 %	40 %	40 %	0 %	188591624
267	NC_010529	AGCCG	2	10	326768	326777	20 %	0 %	40 %	40 %	188591626
268	NC_010529	AAGAG	2	10	327945	327954	60 %	0 %	40 %	0 %	188591628
269	NC_010529	GATAA	2	10	329290	329299	60 %	20 %	20 %	0 %	188591629
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271	NC_010529	GATCA	2	10	332139	332148	40 %	20 %	20 %	20 %	188591633
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275	NC_010529	GCCAT	2	10	338299	338308	20 %	20 %	20 %	40 %	188591639
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402	NC_010529	GCGGT	2	10	527899	527908	0 %	20 %	60 %	20 %	188591818
403	NC_010529	GCCGG	2	10	527959	527968	0 %	0 %	60 %	40 %	188591818
404	NC_010529	CGGCG	2	10	528893	528902	0 %	0 %	60 %	40 %	188591819
405	NC_010529	TGCCG	2	10	529222	529231	0 %	20 %	40 %	40 %	188591819
406	NC_010529	CGCTG	2	10	529747	529756	0 %	20 %	40 %	40 %	188591819
407	NC_010529	CCAGG	2	10	530030	530039	20 %	0 %	40 %	40 %	188591820
408	NC_010529	CCTGC	2	10	530399	530408	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
409	NC_010529	ACGCG	2	10	530746	530755	20 %	0 %	40 %	40 %	188591821
410	NC_010529	GCATC	2	10	534079	534088	20 %	20 %	20 %	40 %	188591824
411	NC_010529	GGCCA	2	10	536137	536146	20 %	0 %	40 %	40 %	188591827
412	NC_010529	ACGCG	2	10	537609	537618	20 %	0 %	40 %	40 %	188591830
413	NC_010529	GCCGC	2	10	541461	541470	0 %	0 %	40 %	60 %	188591832
414	NC_010529	AGCGC	2	10	544283	544292	20 %	0 %	40 %	40 %	188591834
415	NC_010529	CGCGC	2	10	544355	544364	0 %	0 %	40 %	60 %	188591834
416	NC_010529	GCCGC	2	10	545836	545845	0 %	0 %	40 %	60 %	188591835
417	NC_010529	CGGGT	2	10	546376	546385	0 %	20 %	60 %	20 %	188591836
418	NC_010529	GGCTC	2	10	549231	549240	0 %	20 %	40 %	40 %	188591838
419	NC_010529	TGGAG	2	10	549770	549779	20 %	20 %	60 %	0 %	188591839
420	NC_010529	CGGCC	2	10	550856	550865	0 %	0 %	40 %	60 %	188591840
421	NC_010529	CGCGG	2	10	552920	552929	0 %	0 %	60 %	40 %	188591843
422	NC_010529	CGGCC	2	10	553554	553563	0 %	0 %	40 %	60 %	188591843
423	NC_010529	CGTCA	2	10	553996	554005	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
424	NC_010529	CCGAC	2	10	554843	554852	20 %	0 %	20 %	60 %	188591846
425	NC_010529	CGTCC	2	10	555143	555152	0 %	20 %	20 %	60 %	188591846

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.