MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Cupriavidus taiwanensis LMG 19424 plasmid pRALTA

Total Repeats: 100

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010529	AGGGA	2	10	5359	5368	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010529	ATGGC	2	10	5470	5479	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_010529	CAGTC	2	10	9470	9479	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
4	NC_010529	CATCG	2	10	10844	10853	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_010529	CGGGT	2	10	15459	15468	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
6	NC_010529	GCCGG	2	10	15605	15614	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
7	NC_010529	CTATC	2	10	39268	39277	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
8	NC_010529	GCGCT	2	10	39559	39568	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
9	NC_010529	GCGGG	2	10	43529	43538	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
10	NC_010529	TGCCA	2	10	48894	48903	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_010529	CGGCC	2	10	48941	48950	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
12	NC_010529	ACGTA	2	10	58629	58638	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_010529	GCAGG	2	10	59878	59887	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
14	NC_010529	GGATC	2	10	62394	62403	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_010529	AGAGC	2	10	65422	65431	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_010529	GAGAG	2	10	66633	66642	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010529	GCAGG	2	10	73069	73078	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
18	NC_010529	TCGGG	2	10	85557	85566	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
19	NC_010529	TGCAC	2	10	85703	85712	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_010529	GCGCC	2	10	92864	92873	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
21	NC_010529	ACGCC	2	10	98862	98871	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
22	NC_010529	GGTCT	2	10	99378	99387	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_010529	AAGGA	2	10	100465	100474	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_010529	ATTCG	2	10	106485	106494	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_010529	GGATT	2	10	107945	107954	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010529	AGCGC	2	10	108919	108928	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
27	NC_010529	GCAAC	2	10	128470	128479	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_010529	GGCGC	2	10	145725	145734	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
29	NC_010529	CGGCC	2	10	145795	145804	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
30	NC_010529	GCACC	2	10	153140	153149	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
31	NC_010529	TTGAT	2	10	155536	155545	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010529	TCGCA	2	10	155749	155758	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_010529	GATCG	2	10	155777	155786	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_010529	ATGGA	2	10	167388	167397	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_010529	TGGCC	2	10	167466	167475	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
36	NC_010529	CGCGC	2	10	183167	183176	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
37	NC_010529	GGTGA	2	10	200170	200179	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
38	NC_010529	CTCAT	2	10	200377	200386	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_010529	CCTGC	2	10	202385	202394	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
40	NC_010529	GTGAC	2	10	217613	217622	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_010529	CCGGC	2	10	221561	221570	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
42	NC_010529	GTTAG	3	15	236955	236969	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010529	TGAAA	2	10	241319	241328	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_010529	GAAAT	2	10	241476	241485	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010529	CGCGG	2	10	249665	249674	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
46	NC_010529	TGCGC	2	10	250100	250109	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
47	NC_010529	CGCCC	2	10	253188	253197	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
48	NC_010529	GCCCA	2	10	257743	257752	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
49	NC_010529	GCGCC	2	10	257766	257775	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
50	NC_010529	GGGGC	2	10	258435	258444	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
51	NC_010529	CTGCA	2	10	258829	258838	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_010529	AGGTG	2	10	263428	263437	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010529	AGGTG	2	10	263449	263458	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
54	NC_010529	GCTAG	2	10	263589	263598	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_010529	CGCTT	2	10	271550	271559	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_010529	GCGCG	2	10	271728	271737	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
57	NC_010529	GCAAG	2	10	275312	275321	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_010529	GCTCG	2	10	282129	282138	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
59	NC_010529	TACTC	2	10	282410	282419	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
60	NC_010529	GGCAG	2	10	294594	294603	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
61	NC_010529	ATGGC	2	10	300234	300243	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_010529	AGCGG	2	10	300701	300710	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
63	NC_010529	ACTGG	2	10	300800	300809	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_010529	GGCCA	2	10	300909	300918	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
65	NC_010529	CGGTT	2	10	310138	310147	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_010529	CGTTA	2	10	311143	311152	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_010529	TCCTC	2	10	315749	315758	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
68	NC_010529	CGGCG	2	10	317437	317446	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
69	NC_010529	GGATC	2	10	317979	317988	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_010529	TGATC	2	10	321155	321164	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_010529	TCATT	2	10	323592	323601	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_010529	TTCAT	2	10	330998	331007	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_010529	TTCAA	2	10	333049	333058	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_010529	CTTTA	2	10	347643	347652	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_010529	GATCG	2	10	348273	348282	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_010529	CCGCG	2	10	348644	348653	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
77	NC_010529	TGCAG	2	10	396395	396404	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_010529	GACAT	2	10	396501	396510	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_010529	GCTCG	2	10	400320	400329	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
80	NC_010529	GGCCG	2	10	403396	403405	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
81	NC_010529	TGCCG	2	10	409127	409136	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
82	NC_010529	GCTTG	2	10	421607	421616	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
83	NC_010529	TCGGC	2	10	422311	422320	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
84	NC_010529	CCTGC	2	10	428008	428017	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
85	NC_010529	ACGGC	2	10	434085	434094	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
86	NC_010529	TCTGC	2	10	444467	444476	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_010529	CGATC	2	10	446180	446189	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
88	NC_010529	AGGTC	2	10	446627	446636	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_010529	GCGCC	2	10	448947	448956	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
90	NC_010529	TCTGC	2	10	456308	456317	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
91	NC_010529	CGATC	2	10	458021	458030	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
92	NC_010529	GTATT	2	10	463306	463315	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_010529	GCAAC	2	10	465330	465339	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_010529	GCCGC	2	10	495160	495169	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
95	NC_010529	CGACA	2	10	501239	501248	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
96	NC_010529	GCGCA	2	10	505057	505066	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
97	NC_010529	TCGGG	2	10	507139	507148	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
98	NC_010529	GCGCG	2	10	522684	522693	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
99	NC_010529	CCTGC	2	10	530399	530408	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
100	NC_010529	CGTCA	2	10	553996	554005	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.