MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Cupriavidus taiwanensis LMG 19424 plasmid pRALTA

Total Repeats: 325

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010529	TCCAG	2	10	898	907	20 %	20 %	20 %	40 %	188591328
2	NC_010529	CGGAA	2	10	2201	2210	40 %	0 %	40 %	20 %	188591329
3	NC_010529	TTGAA	2	10	2428	2437	40 %	40 %	20 %	0 %	188591329
4	NC_010529	CAACT	2	10	4518	4527	40 %	20 %	0 %	40 %	188591329
5	NC_010529	CAGAA	2	10	8648	8657	60 %	0 %	20 %	20 %	188591330
6	NC_010529	GGGGT	2	10	10477	10486	0 %	20 %	80 %	0 %	188591331
7	NC_010529	ACGCG	2	10	13526	13535	20 %	0 %	40 %	40 %	188591332
8	NC_010529	ACCGA	2	10	13947	13956	40 %	0 %	20 %	40 %	188591333
9	NC_010529	ATGCC	2	10	16851	16860	20 %	20 %	20 %	40 %	188591334
10	NC_010529	TGCGC	2	10	17296	17305	0 %	20 %	40 %	40 %	188591334
11	NC_010529	CGGGC	2	10	18910	18919	0 %	0 %	60 %	40 %	188591335
12	NC_010529	GTCGT	2	10	18996	19005	0 %	40 %	40 %	20 %	188591335
13	NC_010529	CGCCC	2	10	27623	27632	0 %	0 %	20 %	80 %	188591340
14	NC_010529	GACCC	2	10	28650	28659	20 %	0 %	20 %	60 %	188591341
15	NC_010529	CCGCT	2	10	32911	32920	0 %	20 %	20 %	60 %	188591346
16	NC_010529	AATTG	2	10	34736	34745	40 %	40 %	20 %	0 %	188591348
17	NC_010529	GGATT	2	10	35151	35160	20 %	40 %	40 %	0 %	188591348
18	NC_010529	AACGC	2	10	35632	35641	40 %	0 %	20 %	40 %	188591349
19	NC_010529	AAAGC	2	10	37409	37418	60 %	0 %	20 %	20 %	188591350
20	NC_010529	TTGCT	2	10	38303	38312	0 %	60 %	20 %	20 %	188591352
21	NC_010529	AATTG	2	10	41935	41944	40 %	40 %	20 %	0 %	188591355
22	NC_010529	CTGGC	2	10	42341	42350	0 %	20 %	40 %	40 %	188591355
23	NC_010529	TCGCC	2	10	42853	42862	0 %	20 %	20 %	60 %	188591356
24	NC_010529	GCGCC	2	10	43318	43327	0 %	0 %	40 %	60 %	188591356
25	NC_010529	AAGGC	2	10	44575	44584	40 %	0 %	40 %	20 %	188591357
26	NC_010529	ATCGA	2	10	45123	45132	40 %	20 %	20 %	20 %	188591358
27	NC_010529	GCGCT	2	10	45311	45320	0 %	20 %	40 %	40 %	188591358
28	NC_010529	GCGCC	2	10	47993	48002	0 %	0 %	40 %	60 %	188591362
29	NC_010529	TGGCC	2	10	48337	48346	0 %	20 %	40 %	40 %	188591362
30	NC_010529	GATCG	2	10	50062	50071	20 %	20 %	40 %	20 %	188591363
31	NC_010529	GTCCA	2	10	52005	52014	20 %	20 %	20 %	40 %	188591365
32	NC_010529	TCGCT	2	10	52102	52111	0 %	40 %	20 %	40 %	188591365
33	NC_010529	GCGCG	2	10	53285	53294	0 %	0 %	60 %	40 %	188591365
34	NC_010529	GGAGG	2	10	53702	53711	20 %	0 %	80 %	0 %	188591365
35	NC_010529	AAGCT	2	10	53746	53755	40 %	20 %	20 %	20 %	188591365
36	NC_010529	AGCCG	2	10	56663	56672	20 %	0 %	40 %	40 %	188591367
37	NC_010529	TGGCC	2	10	56831	56840	0 %	20 %	40 %	40 %	188591368
38	NC_010529	ACCTT	2	10	57532	57541	20 %	40 %	0 %	40 %	188591368
39	NC_010529	TCCTC	2	10	60165	60174	0 %	40 %	0 %	60 %	188591370
40	NC_010529	GCGAC	2	10	60478	60487	20 %	0 %	40 %	40 %	188591371
41	NC_010529	CGCGC	2	10	60756	60765	0 %	0 %	40 %	60 %	188591371
42	NC_010529	CGGCG	2	10	61852	61861	0 %	0 %	60 %	40 %	188591372
43	NC_010529	ATGGC	2	10	64500	64509	20 %	20 %	40 %	20 %	188591375
44	NC_010529	TCGAA	2	10	65468	65477	40 %	20 %	20 %	20 %	188591376
45	NC_010529	TCTTA	2	10	65868	65877	20 %	60 %	0 %	20 %	188591377
46	NC_010529	CGGCC	2	10	67415	67424	0 %	0 %	40 %	60 %	188591380
47	NC_010529	CCCAG	2	10	68598	68607	20 %	0 %	20 %	60 %	188591381
48	NC_010529	GCTGT	2	10	68893	68902	0 %	40 %	40 %	20 %	188591382
49	NC_010529	CCGAT	2	10	69710	69719	20 %	20 %	20 %	40 %	188591384
50	NC_010529	CTCTG	2	10	69779	69788	0 %	40 %	20 %	40 %	188591384
51	NC_010529	TTCCG	2	10	69937	69946	0 %	40 %	20 %	40 %	188591384
52	NC_010529	CGCAG	2	10	70040	70049	20 %	0 %	40 %	40 %	188591384
53	NC_010529	GGCAG	2	10	70740	70749	20 %	0 %	60 %	20 %	188591386
54	NC_010529	AGGGC	2	10	71942	71951	20 %	0 %	60 %	20 %	188591388
55	NC_010529	CGGCG	2	10	73517	73526	0 %	0 %	60 %	40 %	188591389
56	NC_010529	GGATC	2	10	74060	74069	20 %	20 %	40 %	20 %	188591389
57	NC_010529	TCGAC	2	10	75816	75825	20 %	20 %	20 %	40 %	188591390
58	NC_010529	GCCGT	2	10	76106	76115	0 %	20 %	40 %	40 %	188591391
59	NC_010529	GACGG	2	10	76595	76604	20 %	0 %	60 %	20 %	188591391
60	NC_010529	TCGCA	2	10	78581	78590	20 %	20 %	20 %	40 %	188591393
61	NC_010529	TTGGC	2	10	79362	79371	0 %	40 %	40 %	20 %	188591394
62	NC_010529	CGAGC	2	10	79618	79627	20 %	0 %	40 %	40 %	188591394
63	NC_010529	GCGCA	2	10	80664	80673	20 %	0 %	40 %	40 %	188591394
64	NC_010529	TGATC	2	10	80755	80764	20 %	40 %	20 %	20 %	188591394
65	NC_010529	TTCCT	2	10	83032	83041	0 %	60 %	0 %	40 %	188591395
66	NC_010529	CCGGG	2	10	88567	88576	0 %	0 %	60 %	40 %	188591399
67	NC_010529	CGCGT	2	10	90399	90408	0 %	20 %	40 %	40 %	188591399
68	NC_010529	GCGAC	2	10	91911	91920	20 %	0 %	40 %	40 %	188591400
69	NC_010529	TGCGC	2	10	94195	94204	0 %	20 %	40 %	40 %	188591403
70	NC_010529	CGATC	2	10	94573	94582	20 %	20 %	20 %	40 %	188591403
71	NC_010529	CGGCA	2	10	94933	94942	20 %	0 %	40 %	40 %	188591403
72	NC_010529	CAGGG	2	10	96443	96452	20 %	0 %	60 %	20 %	188591403
73	NC_010529	GGACG	2	10	96615	96624	20 %	0 %	60 %	20 %	188591403
74	NC_010529	GCGCG	2	10	102005	102014	0 %	0 %	60 %	40 %	188591408
75	NC_010529	ATTCT	2	10	103202	103211	20 %	60 %	0 %	20 %	188591409
76	NC_010529	GTTCA	2	10	103283	103292	20 %	40 %	20 %	20 %	188591409
77	NC_010529	CCCTC	2	10	106700	106709	0 %	20 %	0 %	80 %	188591413
78	NC_010529	TTCGA	2	10	109032	109041	20 %	40 %	20 %	20 %	188591414
79	NC_010529	CGCGC	2	10	114386	114395	0 %	0 %	40 %	60 %	188591422
80	NC_010529	GTTGA	2	10	116771	116780	20 %	40 %	40 %	0 %	188591426
81	NC_010529	CGTCT	2	10	116789	116798	0 %	40 %	20 %	40 %	188591426
82	NC_010529	GTCCC	2	10	117688	117697	0 %	20 %	20 %	60 %	188591427
83	NC_010529	ACGGG	2	10	121329	121338	20 %	0 %	60 %	20 %	188591432
84	NC_010529	CCCCG	2	10	128534	128543	0 %	0 %	20 %	80 %	188591437
85	NC_010529	GACGC	2	10	130470	130479	20 %	0 %	40 %	40 %	188591439
86	NC_010529	TTCGC	2	10	132893	132902	0 %	40 %	20 %	40 %	188591443
87	NC_010529	CGGCG	2	10	135100	135109	0 %	0 %	60 %	40 %	188591446
88	NC_010529	CTGCG	2	10	136645	136654	0 %	20 %	40 %	40 %	188591447
89	NC_010529	GCCCG	2	10	137746	137755	0 %	0 %	40 %	60 %	188591448
90	NC_010529	CCGTG	2	10	137981	137990	0 %	20 %	40 %	40 %	188591448
91	NC_010529	GGCAG	2	10	147093	147102	20 %	0 %	60 %	20 %	188591458
92	NC_010529	CACTG	2	10	147906	147915	20 %	20 %	20 %	40 %	188591459
93	NC_010529	CTGGA	2	10	149138	149147	20 %	20 %	40 %	20 %	188591461
94	NC_010529	CAGCC	2	10	150147	150156	20 %	0 %	20 %	60 %	188591462
95	NC_010529	CGCGC	2	10	151384	151393	0 %	0 %	40 %	60 %	188591464
96	NC_010529	CTTTG	2	10	153480	153489	0 %	60 %	20 %	20 %	188591467
97	NC_010529	GTGCA	2	10	154092	154101	20 %	20 %	40 %	20 %	188591468
98	NC_010529	GCATG	2	10	158606	158615	20 %	20 %	40 %	20 %	188591473
99	NC_010529	AGCGG	2	10	160222	160231	20 %	0 %	60 %	20 %	188591475
100	NC_010529	CAGGC	2	10	160858	160867	20 %	0 %	40 %	40 %	188591476
101	NC_010529	ATGCC	2	10	164751	164760	20 %	20 %	20 %	40 %	188591480
102	NC_010529	TGCGC	2	10	165196	165205	0 %	20 %	40 %	40 %	188591480
103	NC_010529	GTGCT	2	10	172060	172069	0 %	40 %	40 %	20 %	188591487
104	NC_010529	GTGCC	2	10	172177	172186	0 %	20 %	40 %	40 %	188591487
105	NC_010529	TGCCG	2	10	172796	172805	0 %	20 %	40 %	40 %	188591488
106	NC_010529	GCCCA	2	10	172942	172951	20 %	0 %	20 %	60 %	188591488
107	NC_010529	CGCGC	2	10	173755	173764	0 %	0 %	40 %	60 %	188591489
108	NC_010529	TCGCA	2	10	173794	173803	20 %	20 %	20 %	40 %	188591489
109	NC_010529	CTGGT	2	10	177454	177463	0 %	40 %	40 %	20 %	188591492
110	NC_010529	CCCGG	2	10	179093	179102	0 %	0 %	40 %	60 %	188591493
111	NC_010529	CGGTT	2	10	179386	179395	0 %	40 %	40 %	20 %	188591493
112	NC_010529	GGCGA	2	10	181319	181328	20 %	0 %	60 %	20 %	188591496
113	NC_010529	CCGCT	2	10	182888	182897	0 %	20 %	20 %	60 %	188591497
114	NC_010529	CTTCG	2	10	183005	183014	0 %	40 %	20 %	40 %	188591497
115	NC_010529	GGCTT	2	10	184775	184784	0 %	40 %	40 %	20 %	188591499
116	NC_010529	CTGCC	2	10	189443	189452	0 %	20 %	20 %	60 %	188591504
117	NC_010529	CTCTT	2	10	190743	190752	0 %	60 %	0 %	40 %	188591505
118	NC_010529	AACGA	2	10	191281	191290	60 %	0 %	20 %	20 %	188591506
119	NC_010529	CAGAC	2	10	191462	191471	40 %	0 %	20 %	40 %	188591506
120	NC_010529	CATTA	2	10	192441	192450	40 %	40 %	0 %	20 %	188591507
121	NC_010529	CTGCC	2	10	193594	193603	0 %	20 %	20 %	60 %	188591507
122	NC_010529	CATCG	2	10	193793	193802	20 %	20 %	20 %	40 %	188591507
123	NC_010529	AGCGG	2	10	194961	194970	20 %	0 %	60 %	20 %	188591509
124	NC_010529	TTCGC	2	10	195100	195109	0 %	40 %	20 %	40 %	188591510
125	NC_010529	GCGGT	2	10	195296	195305	0 %	20 %	60 %	20 %	188591510
126	NC_010529	CTGCT	2	10	195658	195667	0 %	40 %	20 %	40 %	188591510
127	NC_010529	GGAAT	2	10	197521	197530	40 %	20 %	40 %	0 %	188591512
128	NC_010529	AAAGA	2	10	198026	198035	80 %	0 %	20 %	0 %	188591512
129	NC_010529	CTCCC	2	10	200905	200914	0 %	20 %	0 %	80 %	188591515
130	NC_010529	GATCC	2	10	201394	201403	20 %	20 %	20 %	40 %	188591516
131	NC_010529	GCGCC	2	10	201936	201945	0 %	0 %	40 %	60 %	188591516
132	NC_010529	CTCCG	2	10	203353	203362	0 %	20 %	20 %	60 %	188591517
133	NC_010529	GCATC	2	10	204428	204437	20 %	20 %	20 %	40 %	188591518
134	NC_010529	ACGAG	2	10	207709	207718	40 %	0 %	40 %	20 %	188591521
135	NC_010529	CGCTG	2	10	215843	215852	0 %	20 %	40 %	40 %	188591526
136	NC_010529	TCGCC	2	10	217446	217455	0 %	20 %	20 %	60 %	188591528
137	NC_010529	CGCAG	2	10	221024	221033	20 %	0 %	40 %	40 %	188591531
138	NC_010529	GCATG	2	10	221437	221446	20 %	20 %	40 %	20 %	188591532
139	NC_010529	TTCGT	2	10	223202	223211	0 %	60 %	20 %	20 %	188591534
140	NC_010529	CTCCG	2	10	224101	224110	0 %	20 %	20 %	60 %	188591536
141	NC_010529	AAATT	2	10	225885	225894	60 %	40 %	0 %	0 %	188591538
142	NC_010529	CATTG	2	10	227630	227639	20 %	40 %	20 %	20 %	188591540
143	NC_010529	CGGAG	2	10	232539	232548	20 %	0 %	60 %	20 %	188591544
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145	NC_010529	CGGAG	2	10	236073	236082	20 %	0 %	60 %	20 %	188591548
146	NC_010529	CCAGT	2	10	240987	240996	20 %	20 %	20 %	40 %	188591555
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148	NC_010529	CGTCA	2	10	248616	248625	20 %	20 %	20 %	40 %	188591561
149	NC_010529	GATCG	2	10	251767	251776	20 %	20 %	40 %	20 %	188591562
150	NC_010529	CATCG	2	10	252405	252414	20 %	20 %	20 %	40 %	188591563
151	NC_010529	AACCG	2	10	252998	253007	40 %	0 %	20 %	40 %	188591563
152	NC_010529	CGCGA	2	10	253951	253960	20 %	0 %	40 %	40 %	188591564
153	NC_010529	GCGCT	2	10	255151	255160	0 %	20 %	40 %	40 %	188591566
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155	NC_010529	TGGCA	2	10	260174	260183	20 %	20 %	40 %	20 %	188591567
156	NC_010529	CGGCG	2	10	261049	261058	0 %	0 %	60 %	40 %	188591568
157	NC_010529	CAACC	2	10	261077	261086	40 %	0 %	0 %	60 %	188591568
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161	NC_010529	GTTGT	2	10	269136	269145	0 %	60 %	40 %	0 %	188591575
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164	NC_010529	TGCGC	2	10	270829	270838	0 %	20 %	40 %	40 %	188591577
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166	NC_010529	CGCAG	2	10	273981	273990	20 %	0 %	40 %	40 %	188591578
167	NC_010529	CGGCA	2	10	276939	276948	20 %	0 %	40 %	40 %	188591580
168	NC_010529	CTTTG	2	10	277063	277072	0 %	60 %	20 %	20 %	188591580
169	NC_010529	ATGCC	2	10	280002	280011	20 %	20 %	20 %	40 %	188591584
170	NC_010529	TGCGC	2	10	280447	280456	0 %	20 %	40 %	40 %	188591584
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174	NC_010529	TTCGG	2	10	291718	291727	0 %	40 %	40 %	20 %	188591591
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177	NC_010529	TTCGT	2	10	295991	296000	0 %	60 %	20 %	20 %	188591595
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254	NC_010529	CTTGA	2	10	449814	449823	20 %	40 %	20 %	20 %	188591740
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261	NC_010529	CTCGA	2	10	471386	471395	20 %	20 %	20 %	40 %	188591762
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324	NC_010529	CCGAC	2	10	554843	554852	20 %	0 %	20 %	60 %	188591846
325	NC_010529	CGTCC	2	10	555143	555152	0 %	20 %	20 %	60 %	188591846

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.