MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Cupriavidus taiwanensis LMG 19424 chromosome 1

Total Repeats: 133

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010528	GGCGCA	2	12	475	486	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_010528	CCCGGC	2	12	4089	4100	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_010528	CGGGAA	2	12	15866	15877	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_010528	GCTGGG	2	12	73581	73592	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_010528	GGCGCC	2	12	86886	86897	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
6	NC_010528	AGCCCG	2	12	94763	94774	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
7	NC_010528	ACGTAA	2	12	106194	106205	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_010528	ACTGGC	2	12	177429	177440	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_010528	CCAAAA	2	12	205261	205272	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_010528	ATTTCC	2	12	207105	207116	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_010528	CAGCGA	2	12	207419	207430	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_010528	GGGGCC	2	12	209086	209097	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_010528	CGGGCC	2	12	214744	214755	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
14	NC_010528	GCATCC	2	12	217727	217738	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
15	NC_010528	AACGTC	2	12	218273	218284	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_010528	GCACCG	2	12	258991	259002	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
17	NC_010528	AAACGC	2	12	307157	307168	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_010528	CGGGCG	2	12	313007	313018	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_010528	CGGACA	2	12	313309	313320	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_010528	AAAATG	2	12	328048	328059	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010528	TCATCG	2	12	348000	348011	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_010528	AGCACG	2	12	354225	354236	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_010528	TGGCGC	2	12	373073	373084	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_010528	AGAGGG	2	12	411669	411680	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010528	GCGTGC	2	12	430993	431004	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_010528	GGTGCT	2	12	432247	432258	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_010528	GCTGAC	2	12	432535	432546	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_010528	TGGTGT	2	12	432663	432674	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010528	CAGCGC	2	12	464263	464274	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
30	NC_010528	GCGTTC	2	12	498064	498075	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_010528	CAACGC	2	12	526416	526427	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
32	NC_010528	GGACAG	2	12	581249	581260	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_010528	CGCGCC	2	12	584458	584469	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_010528	GGGCTG	2	12	590227	590238	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_010528	CCAGGG	2	12	593722	593733	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_010528	CCCTGA	2	12	631246	631257	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
37	NC_010528	TCTCCC	2	12	676729	676740	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
38	NC_010528	CGGGGC	2	12	685771	685782	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_010528	AATGAT	2	12	809248	809259	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010528	TGGCGG	2	12	852411	852422	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_010528	GCGGCC	2	12	855428	855439	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
42	NC_010528	TTCATT	2	12	875709	875720	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_010528	ACCCCA	2	12	920844	920855	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_010528	CTTGTT	2	12	978228	978239	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_010528	TACAGA	2	12	979873	979884	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_010528	GCCGGG	2	12	1002319	1002330	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_010528	ATGGGT	2	12	1018573	1018584	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010528	GCGACC	2	12	1052580	1052591	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
49	NC_010528	TTCCAA	2	12	1092113	1092124	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_010528	ATCCTC	2	12	1097270	1097281	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
51	NC_010528	GTAAAA	2	12	1128202	1128213	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_010528	GGGCCG	2	12	1141932	1141943	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_010528	TCGGGC	2	12	1144350	1144361	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_010528	GCGGCC	2	12	1184688	1184699	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
55	NC_010528	CCGCTA	2	12	1207373	1207384	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
56	NC_010528	CAAAAA	2	12	1215725	1215736	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_010528	GCGGGG	2	12	1244876	1244887	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_010528	GCGGGC	2	12	1244976	1244987	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_010528	GCAGCC	2	12	1327637	1327648	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
60	NC_010528	TGCCGC	2	12	1419897	1419908	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
61	NC_010528	GGGCAT	2	12	1448356	1448367	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_010528	GAGGCG	2	12	1503631	1503642	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_010528	GGCGCC	2	12	1551838	1551849	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
64	NC_010528	CCCGGG	2	12	1559157	1559168	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
65	NC_010528	CCGTTG	2	12	1574286	1574297	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_010528	CGGCCT	2	12	1612727	1612738	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
67	NC_010528	CTTCAA	2	12	1619293	1619304	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_010528	AACGAT	2	12	1672026	1672037	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_010528	GCCGGA	2	12	1703241	1703252	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_010528	GTCGCC	2	12	1721478	1721489	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
71	NC_010528	GTTGCA	2	12	1721827	1721838	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_010528	GTCCCC	2	12	1748713	1748724	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_010528	TCTTTG	2	12	1749266	1749277	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_010528	GGGAGA	2	12	1798916	1798927	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_010528	TGCCGT	2	12	1810536	1810547	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_010528	CGATAG	2	12	1858768	1858779	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_010528	GCGTTG	2	12	1870161	1870172	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_010528	GTGCGG	2	12	1872088	1872099	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_010528	GTTTGT	2	12	1902848	1902859	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010528	GCCCGC	2	12	1907133	1907144	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_010528	GGGCCC	2	12	1914789	1914800	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
82	NC_010528	CGGCGC	2	12	1931685	1931696	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
83	NC_010528	GCAAAG	2	12	1934785	1934796	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_010528	AGCGCC	2	12	1994110	1994121	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
85	NC_010528	AAACGG	2	12	2011415	2011426	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_010528	CGGTGG	2	12	2040072	2040083	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_010528	GCCACG	2	12	2057228	2057239	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
88	NC_010528	GGCGCT	2	12	2072567	2072578	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_010528	GCCCGC	2	12	2109358	2109369	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_010528	TTGTCA	2	12	2136788	2136799	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_010528	GCCAGC	2	12	2144439	2144450	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
92	NC_010528	TGATCT	2	12	2161803	2161814	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_010528	GGATGC	2	12	2204385	2204396	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_010528	CCCGCC	2	12	2204397	2204408	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
95	NC_010528	CCCGAC	2	12	2238885	2238896	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_010528	TGCAGT	2	12	2260387	2260398	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_010528	GCCGGT	2	12	2299619	2299630	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_010528	TCCTGT	2	12	2306113	2306124	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_010528	CGGCAG	2	12	2310337	2310348	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_010528	TCGGCC	2	12	2313464	2313475	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
101	NC_010528	AACCCA	2	12	2317976	2317987	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_010528	GCCCTG	2	12	2325861	2325872	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
103	NC_010528	CAAAAG	2	12	2335576	2335587	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_010528	CGGTCG	2	12	2358147	2358158	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_010528	GCAAGC	2	12	2364774	2364785	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_010528	GCGGCC	2	12	2428078	2428089	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
107	NC_010528	CAGGCT	2	12	2452028	2452039	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_010528	CCATAT	2	12	2569146	2569157	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_010528	TTTTTG	3	18	2648322	2648339	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_010528	CGGAGC	2	12	2649816	2649827	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_010528	CCGGCA	2	12	2710353	2710364	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
112	NC_010528	TGCCGC	2	12	2756029	2756040	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
113	NC_010528	CCATAA	2	12	2785878	2785889	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_010528	AACGGC	2	12	2795517	2795528	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_010528	GGCAGG	2	12	2854036	2854047	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_010528	CCTGGC	2	12	2937011	2937022	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
117	NC_010528	GCGGTG	2	12	2949015	2949026	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_010528	CCGCGC	2	12	2954905	2954916	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
119	NC_010528	GCCCGG	2	12	2990883	2990894	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
120	NC_010528	CCACGA	2	12	3013726	3013737	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
121	NC_010528	GCCCGC	2	12	3085919	3085930	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
122	NC_010528	TCGGTA	2	12	3128453	3128464	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_010528	CCTTTC	2	12	3139959	3139970	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
124	NC_010528	CCGCGC	2	12	3148137	3148148	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
125	NC_010528	CGGGCA	2	12	3169298	3169309	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_010528	CCAGCG	2	12	3183103	3183114	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
127	NC_010528	CGGGCG	2	12	3198073	3198084	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_010528	ACCCGC	2	12	3214281	3214292	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
129	NC_010528	TTCGTT	2	12	3321112	3321123	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_010528	CCGGGG	2	12	3334370	3334381	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_010528	CGCGAA	2	12	3359798	3359809	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_010528	GGCATG	2	12	3381843	3381854	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_010528	CTCAGC	2	12	3414025	3414036	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.