MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Leptothrix cholodnii SP-6 chromosome

Total Repeats: 135

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010524	GTTGCG	2	12	57702	57713	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_010524	CGGCGC	2	12	103325	103336	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3	NC_010524	CGCGCT	2	12	123896	123907	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
4	NC_010524	GCAGGC	2	12	144368	144379	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_010524	CGCTGC	2	12	156424	156435	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
6	NC_010524	CGCAAC	2	12	156549	156560	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
7	NC_010524	AGTGCA	2	12	200510	200521	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_010524	CGCCGT	2	12	262587	262598	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
9	NC_010524	GCTCCT	2	12	286098	286109	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
10	NC_010524	GCCGGC	2	12	302591	302602	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
11	NC_010524	ACAGGA	3	18	353783	353800	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_010524	AGGGCC	2	12	353802	353813	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_010524	CACCCC	2	12	481978	481989	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
14	NC_010524	TCCTGT	2	12	495710	495721	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_010524	CCTGGC	2	12	533084	533095	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
16	NC_010524	ACAGGA	2	12	617193	617204	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_010524	GAGGGT	2	12	636913	636924	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_010524	CGGTTC	2	12	672404	672415	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_010524	ACCTCG	2	12	672606	672617	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
20	NC_010524	CGTTTC	2	12	704349	704360	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_010524	GTCGCG	2	12	718473	718484	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_010524	CCCACC	2	12	825040	825051	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
23	NC_010524	TCACCG	2	12	849498	849509	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
24	NC_010524	TCGGCC	2	12	849890	849901	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
25	NC_010524	CGCGGG	2	12	849924	849935	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_010524	GCTGAT	2	12	891217	891228	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_010524	TCGCCA	2	12	918491	918502	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
28	NC_010524	GTCAGT	2	12	944476	944487	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_010524	CCTTGA	2	12	963564	963575	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_010524	CTGCCG	2	12	988917	988928	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
31	NC_010524	GTGTCG	2	12	1010698	1010709	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_010524	CCGTGG	2	12	1044758	1044769	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_010524	CGCAGC	2	12	1066940	1066951	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
34	NC_010524	TCGCCG	2	12	1071022	1071033	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
35	NC_010524	CCCGAG	2	12	1108177	1108188	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
36	NC_010524	GCCGTT	2	12	1121852	1121863	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_010524	TGAAGC	2	12	1163946	1163957	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_010524	GGGTCG	2	12	1166293	1166304	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_010524	GTGGGG	2	12	1230182	1230193	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010524	TGCGCA	2	12	1231380	1231391	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_010524	TGCCGC	2	12	1236315	1236326	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
42	NC_010524	CGGCTG	2	12	1285941	1285952	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_010524	GGCCGG	2	12	1314919	1314930	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_010524	GGCGAT	2	12	1360402	1360413	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_010524	GGGCTG	2	12	1402712	1402723	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_010524	CCGACG	2	12	1520591	1520602	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
47	NC_010524	CGCCCA	2	12	1572034	1572045	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
48	NC_010524	AGCGCG	2	12	1680960	1680971	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_010524	CACGCA	2	12	1683141	1683152	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
50	NC_010524	CCAGCC	2	12	1694706	1694717	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_010524	GTTCGG	2	12	1759562	1759573	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_010524	CAGCCG	2	12	1783976	1783987	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
53	NC_010524	GCTTCG	2	12	1844777	1844788	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_010524	TCCTCG	2	12	1853034	1853045	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
55	NC_010524	CCGGCG	2	12	1907062	1907073	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
56	NC_010524	CGGGGT	2	12	1910992	1911003	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_010524	TGAACG	2	12	1949685	1949696	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_010524	CACAAA	2	12	1980991	1981002	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_010524	GGGCGA	2	12	2008576	2008587	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_010524	GCCAGC	2	12	2138677	2138688	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
61	NC_010524	GCATCG	2	12	2146305	2146316	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_010524	TCCGTT	2	12	2186331	2186342	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_010524	CTTTTT	2	12	2201595	2201606	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_010524	GTTCCG	2	12	2279903	2279914	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_010524	GCGCCG	2	12	2433264	2433275	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
66	NC_010524	GCATGC	2	12	2503959	2503970	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_010524	CTTGGC	2	12	2558597	2558608	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_010524	GAACCC	2	12	2631408	2631419	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
69	NC_010524	CGCTCC	2	12	2638343	2638354	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_010524	AGCCAC	2	12	2646394	2646405	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
71	NC_010524	GGGCGC	2	12	2674506	2674517	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_010524	CGCAGC	2	12	2708390	2708401	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
73	NC_010524	TGCGGC	2	12	2713664	2713675	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_010524	CCCTGC	2	12	2776730	2776741	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
75	NC_010524	ACGTCA	2	12	2791331	2791342	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_010524	CCGGCC	2	12	2795932	2795943	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
77	NC_010524	CCACGA	3	18	2835261	2835278	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
78	NC_010524	CATCGG	2	12	2863019	2863030	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_010524	AGCACC	2	12	2953447	2953458	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
80	NC_010524	CGGGTT	2	12	2965437	2965448	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_010524	AAATGC	2	12	3084414	3084425	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_010524	AACGGC	2	12	3150821	3150832	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_010524	TGCGGC	2	12	3267886	3267897	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_010524	GGCAGC	2	12	3276440	3276451	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_010524	ATCGCC	2	12	3306503	3306514	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
86	NC_010524	GCGCGA	2	12	3308643	3308654	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_010524	TCAAAA	2	12	3311163	3311174	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_010524	TCCGGT	2	12	3311752	3311763	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_010524	CAGTGC	2	12	3312132	3312143	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_010524	ACACCT	2	12	3316578	3316589	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_010524	CCGCAG	2	12	3319264	3319275	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
92	NC_010524	GGACAG	2	12	3346323	3346334	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_010524	GGTGCG	2	12	3386664	3386675	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_010524	CGGAGA	3	18	3413471	3413488	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_010524	GCCGGT	2	12	3419840	3419851	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_010524	GCCGGA	3	18	3419864	3419881	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_010524	TGCCGC	2	12	3420147	3420158	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
98	NC_010524	GGCGCG	2	12	3449665	3449676	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_010524	CATGCA	2	12	3456661	3456672	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_010524	ATGCAC	2	12	3456794	3456805	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_010524	GCGATC	2	12	3471813	3471824	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_010524	GCATCG	2	12	3619352	3619363	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_010524	TTGATC	2	12	3659121	3659132	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_010524	TCACGA	2	12	3711876	3711887	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_010524	CGGCCT	2	12	3749107	3749118	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
106	NC_010524	CCGACA	2	12	3793882	3793893	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
107	NC_010524	TGTCGC	2	12	3800029	3800040	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_010524	GCACCG	2	12	3878304	3878315	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
109	NC_010524	CAGCTC	2	12	3880327	3880338	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
110	NC_010524	GCTGGT	2	12	3880377	3880388	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_010524	GCACCA	2	12	3891161	3891172	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
112	NC_010524	ACCCCG	2	12	3924138	3924149	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
113	NC_010524	TCAGAA	2	12	4057784	4057795	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_010524	GTCGGA	2	12	4114643	4114654	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_010524	ACCGGC	2	12	4151068	4151079	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
116	NC_010524	GGCGCG	2	12	4162126	4162137	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_010524	TTGGTC	2	12	4333903	4333914	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_010524	GCGACC	2	12	4364811	4364822	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
119	NC_010524	GCCAGG	2	12	4379304	4379315	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_010524	CACGGC	2	12	4390626	4390637	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
121	NC_010524	GCCGGC	2	12	4488452	4488463	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
122	NC_010524	GCACCG	2	12	4494874	4494885	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
123	NC_010524	GAGCGG	2	12	4520319	4520330	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_010524	GTGTCG	2	12	4638341	4638352	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_010524	TCAACC	2	12	4645736	4645747	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_010524	TGCACA	2	12	4659160	4659171	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_010524	GCGTGG	2	12	4666009	4666020	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_010524	CGTCTT	2	12	4666837	4666848	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_010524	TTACGT	2	12	4709538	4709549	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_010524	GACTCC	2	12	4742189	4742200	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
131	NC_010524	CCGCAC	2	12	4764601	4764612	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
132	NC_010524	GATGAA	2	12	4768410	4768421	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_010524	TGAAGG	2	12	4784507	4784518	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
134	NC_010524	CGCCGG	2	12	4901098	4901109	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
135	NC_010524	CCGAGC	2	12	4908343	4908354	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.