MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Haemophilus somnus 2336 chromosome

Total Repeats: 998

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010519	TAATTT	2	12	4023	4034	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170718540
2	NC_010519	ATATTG	2	12	10530	10541	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	170717531
3	NC_010519	TTGGAG	2	12	18342	18353	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	170718332
4	NC_010519	CTTCGG	2	12	19759	19770	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170718365
5	NC_010519	TGAAAT	2	12	20308	20319	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	170718365
6	NC_010519	CTTATT	2	12	20347	20358	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	170718365
7	NC_010519	GCATTT	2	12	20654	20665	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	170718365
8	NC_010519	GATTTT	2	12	21023	21034	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010519	TTGGTT	2	12	23244	23255	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170718409
10	NC_010519	TTTGGT	2	12	25203	25214	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170718452
11	NC_010519	GTAAAA	2	12	27863	27874	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010519	GAAACC	2	12	31952	31963	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	170718541
13	NC_010519	ATGAGT	2	12	35178	35189	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170718585
14	NC_010519	CGCCCA	2	12	37850	37861	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	170718615
15	NC_010519	CTTAAT	2	12	41387	41398	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_010519	GCAAAA	2	12	42026	42037	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	170718637
17	NC_010519	AAAGTA	2	12	42054	42065	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	170718637
18	NC_010519	AAATTT	2	12	42565	42576	50 %	50 %	0 %	0 %	170718637
19	NC_010519	GAAAAA	2	12	42776	42787	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	170718637
20	NC_010519	TAAAAA	2	12	50999	51010	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010519	ACAATA	2	12	55159	55170	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	170718774
22	NC_010519	ATTTTA	2	12	57921	57932	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170718796
23	NC_010519	AAAACT	2	12	59360	59371	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	170718807
24	NC_010519	AGTAAA	2	12	59697	59708	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010519	ACTTAA	2	12	62691	62702	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	170718818
26	NC_010519	AAACCG	2	12	66157	66168	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	170718840
27	NC_010519	ACAAAC	2	12	66768	66779	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170718851
28	NC_010519	TTAATT	2	12	66846	66857	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170718851
29	NC_010519	CTGTGG	2	12	68797	68808	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	170718863
30	NC_010519	TAAAAT	2	12	69596	69607	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170718874
31	NC_010519	AAAATA	2	12	70172	70183	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010519	ATGTTA	2	12	71576	71587	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	170718896
33	NC_010519	CGATTT	2	12	74338	74349	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	170718907
34	NC_010519	ATCTTT	2	12	78052	78063	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	170718940
35	NC_010519	GTGCCT	2	12	78209	78220	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170718940
36	NC_010519	AACTTA	2	12	79055	79066	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	170718940
37	NC_010519	CGATTT	2	12	79203	79214	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	170718940
38	NC_010519	ACAGAA	2	12	79811	79822	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	170718940
39	NC_010519	CTTTAT	2	12	81636	81647	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	170718940
40	NC_010519	TTACTA	2	12	87590	87601	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	170718940
41	NC_010519	AGGTTG	2	12	89053	89064	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010519	ACCTGA	2	12	90074	90085	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	170718962
43	NC_010519	GTTACT	2	12	90361	90372	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	170718972
44	NC_010519	CTGTTA	2	12	93940	93951	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	170719005
45	NC_010519	TCTAAA	2	12	94326	94337	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	170719012
46	NC_010519	CCTAAA	2	12	95308	95319	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	170719023
47	NC_010519	TAATCA	2	12	96823	96834	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_010519	ACGGAA	2	12	99420	99431	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	170719079
49	NC_010519	TGCAAA	2	12	101814	101825	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	170719101
50	NC_010519	TCCTGC	2	12	102851	102862	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	170719112
51	NC_010519	TCAAAT	2	12	113358	113369	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	170717231
52	NC_010519	TTATCC	2	12	113553	113564	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	170717231
53	NC_010519	ATCAAT	2	12	116302	116313	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	170717253
54	NC_010519	ATTTGG	2	12	127596	127607	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	170717373
55	NC_010519	CAAGAA	2	12	132848	132859	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	170717434
56	NC_010519	ATATTC	2	12	133065	133076	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_010519	CTTCCA	2	12	139558	139569	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	170717520
58	NC_010519	CAGTTG	2	12	140572	140583	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	170717532
59	NC_010519	ATTAAC	2	12	140834	140845	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	170717532
60	NC_010519	AAAAGT	2	12	141167	141178	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_010519	ATTGTC	2	12	141826	141837	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	170717554
62	NC_010519	TATAGT	2	12	147115	147126	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	170717618
63	NC_010519	ATCAAC	2	12	148577	148588	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	170717641
64	NC_010519	CATTTA	2	12	149405	149416	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	170717652
65	NC_010519	TTAATG	2	12	152180	152191	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	170717652
66	NC_010519	TTAGCT	2	12	152540	152551	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	170717663
67	NC_010519	AAAGAG	2	12	159619	159630	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170717729
68	NC_010519	GATAAA	2	12	162465	162476	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	170717752
69	NC_010519	TAAAGA	2	12	163334	163345	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	170717752
70	NC_010519	TTTAAA	2	12	163489	163500	50 %	50 %	0 %	0 %	170717763
71	NC_010519	ACGTAA	2	12	163880	163891	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	170717763
72	NC_010519	TGTGGT	2	12	167888	167899	0 %	50 %	50 %	0 %	170717818
73	NC_010519	GGCTTT	2	12	173399	173410	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	170717874
74	NC_010519	TAATGT	2	12	175786	175797	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	170717896
75	NC_010519	GAATAG	2	12	176038	176049	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	170717896
76	NC_010519	GAACAA	2	12	179677	179688	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	170717951
77	NC_010519	CGTTTA	2	12	181975	181986	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	170717974
78	NC_010519	ACTTGT	2	12	182817	182828	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	170717985
79	NC_010519	TCGTAT	2	12	186683	186694	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	170718018
80	NC_010519	GTGAAC	2	12	193961	193972	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	170718107
81	NC_010519	TTTAAA	2	12	200783	200794	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_010519	TAAAGG	2	12	201916	201927	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	170718210
83	NC_010519	ACCAAA	2	12	203591	203602	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170718221
84	NC_010519	CAATCG	2	12	206650	206661	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	170718254
85	NC_010519	ACGAGA	2	12	207920	207931	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	170718276
86	NC_010519	GTTGTA	2	12	210588	210599	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_010519	TTCTAT	2	12	210752	210763	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_010519	GTAAAA	2	12	212597	212608	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_010519	AATATT	2	12	216868	216879	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_010519	GCAAAA	2	12	217521	217532	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	170718329
91	NC_010519	TTAGGT	2	12	218378	218389	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	170718330
92	NC_010519	TTCTTT	2	12	231113	231124	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	170718337
93	NC_010519	CTTTAC	2	12	232967	232978	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	170718339
94	NC_010519	GAAAAT	2	12	234685	234696	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	170718340
95	NC_010519	GCAACG	2	12	235889	235900	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170718341
96	NC_010519	AAATTA	2	12	235974	235985	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170718341
97	NC_010519	ACGCCG	2	12	238385	238396	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	170718344
98	NC_010519	AGTTAA	2	12	239076	239087	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	170718345
99	NC_010519	ATTAAA	2	12	239983	239994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170718345
100	NC_010519	GAAAAC	2	12	242698	242709	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	170718347
101	NC_010519	TTTCTG	2	12	243843	243854	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	170718349
102	NC_010519	TGCCTT	2	12	244268	244279	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	170718350
103	NC_010519	AAGTTG	2	12	259954	259965	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_010519	GCTTAT	2	12	260510	260521	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_010519	AACTTC	2	12	262593	262604	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170718373
106	NC_010519	TTAAAT	2	12	263093	263104	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_010519	CGGGAT	2	12	264959	264970	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	170718378
108	NC_010519	TAGGGT	2	12	265574	265585	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	170718379
109	NC_010519	CTTTTT	2	12	268374	268385	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	170718381
110	NC_010519	ATCGTA	2	12	269624	269635	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	170718383
111	NC_010519	ATCAAG	2	12	272159	272170	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	170718386
112	NC_010519	ATTCGT	2	12	273022	273033	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	170718388
113	NC_010519	AGCAAT	2	12	274904	274915	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	170718390
114	NC_010519	GAAAAA	2	12	276723	276734	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	170718392
115	NC_010519	TAAAAT	2	12	277728	277739	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170718392
116	NC_010519	ATATTG	2	12	285245	285256	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	170718396
117	NC_010519	GTCATA	2	12	286607	286618	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	170718396
118	NC_010519	TCCGCC	2	12	286807	286818	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	170718396
119	NC_010519	TCCGCC	2	12	290556	290567	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	170718399
120	NC_010519	TCGGAT	2	12	291010	291021	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	170718399
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351	NC_010519	CGATAG	2	12	811582	811593	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	170718872
352	NC_010519	ACTTAA	2	12	811958	811969	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	170718872
353	NC_010519	CTATTG	2	12	814345	814356	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	170718872
354	NC_010519	AAGTAA	2	12	815887	815898	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
355	NC_010519	TGAAAC	2	12	817063	817074	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	170718873
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363	NC_010519	AATGAC	2	12	832885	832896	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	170718889
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386	NC_010519	TTTATG	2	12	878938	878949	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	170718932
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450	NC_010519	TGTCTT	2	12	1014596	1014607	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
451	NC_010519	TGGCGT	2	12	1015037	1015048	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	170719053
452	NC_010519	TGAAAT	2	12	1020902	1020913	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	170719064
453	NC_010519	GGTCAA	2	12	1021436	1021447	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	170719065
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457	NC_010519	CGATTG	2	12	1022866	1022877	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	170719066
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459	NC_010519	TTAATG	2	12	1026422	1026433	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
460	NC_010519	AATGCA	2	12	1029003	1029014	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	170719076
461	NC_010519	CAAATG	2	12	1030537	1030548	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	170719076
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464	NC_010519	TATCTT	2	12	1046029	1046040	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	170719091
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467	NC_010519	AAAATA	2	12	1053384	1053395	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
468	NC_010519	AATGCC	2	12	1054786	1054797	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	170719106
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