MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Haemophilus somnus 2336 chromosome

Total Repeats: 128

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010519	GATTTT	2	12	21023	21034	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010519	GTAAAA	2	12	27863	27874	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010519	CTTAAT	2	12	41387	41398	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_010519	TAAAAA	2	12	50999	51010	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_010519	AGTAAA	2	12	59697	59708	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010519	AAAATA	2	12	70172	70183	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010519	AGGTTG	2	12	89053	89064	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010519	TAATCA	2	12	96823	96834	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_010519	ATATTC	2	12	133065	133076	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_010519	AAAAGT	2	12	141167	141178	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010519	TTTAAA	2	12	200783	200794	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010519	GTTGTA	2	12	210588	210599	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010519	TTCTAT	2	12	210752	210763	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_010519	GTAAAA	2	12	212597	212608	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010519	AATATT	2	12	216868	216879	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010519	AAGTTG	2	12	259954	259965	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010519	GCTTAT	2	12	260510	260521	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_010519	TTAAAT	2	12	263093	263104	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010519	ATCACT	2	12	298282	298293	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_010519	CCTATT	2	12	300910	300921	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_010519	ATGCAG	2	12	303017	303028	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_010519	TCAACC	2	12	450406	450417	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_010519	ACTAAA	2	12	487862	487873	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_010519	CGAAGG	2	12	514000	514011	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_010519	GTGAAG	2	12	517210	517221	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010519	TGAAAT	2	12	517486	517497	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010519	ACATCA	2	12	523838	523849	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_010519	AAAAAG	2	12	524238	524249	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010519	TGTTTG	2	12	567155	567166	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010519	TCAAAG	2	12	603562	603573	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_010519	TTTATT	2	12	611945	611956	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010519	CGAAGG	2	12	630329	630340	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_010519	GTGAAG	2	12	633539	633550	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010519	TGAAAT	2	12	633815	633826	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_010519	CTCTAC	3	18	658564	658581	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_010519	TTTTGC	2	12	666776	666787	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_010519	TGGCAT	2	12	667637	667648	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_010519	CGAAGG	2	12	672993	673004	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_010519	GTGAAG	2	12	675975	675986	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010519	TGAAAT	2	12	676251	676262	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010519	TAAATT	2	12	694444	694455	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010519	CAATGA	2	12	753899	753910	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_010519	TAAAAA	2	12	799553	799564	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_010519	AAGTAA	2	12	815887	815898	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010519	AAATAA	2	12	878105	878116	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010519	CTTACA	2	12	908769	908780	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_010519	TAAATT	2	12	951636	951647	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010519	ATCTAC	2	12	954894	954905	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_010519	TCTAAC	2	12	956129	956140	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_010519	TCAACC	2	12	969738	969749	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
51	NC_010519	CGAAGG	2	12	986359	986370	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_010519	GTGAAG	2	12	989341	989352	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010519	TGAAAT	2	12	989617	989628	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_010519	ACATAT	2	12	1003562	1003573	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_010519	GCGTAA	2	12	1014087	1014098	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_010519	TGTCTT	2	12	1014596	1014607	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_010519	TTGAAG	2	12	1022175	1022186	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_010519	TTAATG	2	12	1026422	1026433	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_010519	CAAAAA	2	12	1052958	1052969	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_010519	AAAATA	2	12	1053384	1053395	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_010519	TTATTT	2	12	1091444	1091455	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010519	AGGTTG	2	12	1180721	1180732	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_010519	ATTTTT	2	12	1180742	1180753	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_010519	TTTTAA	2	12	1188722	1188733	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_010519	ATTAAA	2	12	1201327	1201338	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_010519	AAATTT	2	12	1203942	1203953	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_010519	TGGAAA	2	12	1248366	1248377	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_010519	AATAAA	2	12	1260612	1260623	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_010519	AGTAAA	2	12	1276811	1276822	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010519	CAAAAA	2	12	1301603	1301614	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_010519	ATAAAA	2	12	1312102	1312113	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010519	ATCTTA	2	12	1312719	1312730	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_010519	TTATTT	2	12	1323469	1323480	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_010519	ATTTTT	2	12	1338721	1338732	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_010519	TTTTTG	2	12	1381082	1381093	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_010519	ATTTTA	2	12	1413624	1413635	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_010519	TAGGAG	2	12	1415629	1415640	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010519	TCAACC	2	12	1417056	1417067	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_010519	ATTTAA	2	12	1457035	1457046	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010519	AGAACA	2	12	1529523	1529534	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_010519	GAAATA	2	12	1529608	1529619	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_010519	AGTTGA	2	12	1529748	1529759	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_010519	AATTTG	2	12	1532355	1532366	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_010519	ATAAAA	2	12	1535138	1535149	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_010519	GTTTAA	2	12	1537187	1537198	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_010519	TAAAAA	2	12	1551089	1551100	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_010519	TTTTAT	2	12	1552454	1552465	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_010519	TATTTA	2	12	1581306	1581317	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_010519	TAGTTA	2	12	1581400	1581411	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_010519	CTATGG	2	12	1588288	1588299	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_010519	TAAATT	2	12	1630674	1630685	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010519	TTAATT	2	12	1660796	1660807	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_010519	AATTTA	2	12	1684287	1684298	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_010519	AAGAAA	4	24	1689121	1689144	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_010519	CAAAAA	2	12	1744568	1744579	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_010519	TTTCTC	2	12	1752787	1752798	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_010519	TTTAGA	2	12	1763877	1763888	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_010519	AATATA	2	12	1767143	1767154	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_010519	TTTATA	2	12	1775888	1775899	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_010519	ATAAAT	2	12	1887972	1887983	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_010519	ATTTGA	2	12	1908511	1908522	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_010519	AAAATA	2	12	1921165	1921176	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_010519	TTAACT	2	12	1930143	1930154	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_010519	GCTCAG	2	12	1962996	1963007	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_010519	GCGGGG	2	12	1972671	1972682	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_010519	AAAATT	2	12	1982190	1982201	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_010519	TAAAAA	2	12	1983557	1983568	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010519	TGTTGA	2	12	2011771	2011782	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_010519	ATTTTT	2	12	2023544	2023555	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_010519	AAGAAA	3	18	2037766	2037783	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_010519	TTAGCT	2	12	2074487	2074498	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_010519	ATAAAA	2	12	2096849	2096860	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_010519	ATAAAA	2	12	2104446	2104457	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_010519	TAGTTT	2	12	2117237	2117248	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_010519	CATTAT	2	12	2118212	2118223	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_010519	CGAAGG	2	12	2119255	2119266	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_010519	GTGAAG	2	12	2122237	2122248	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
118	NC_010519	TGAAAT	2	12	2122513	2122524	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_010519	TAAATA	2	12	2130634	2130645	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_010519	ACACTA	2	12	2133723	2133734	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_010519	GTTCAC	2	12	2136565	2136576	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_010519	AATTTA	2	12	2146253	2146264	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_010519	ATAAAA	2	12	2190764	2190775	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_010519	ATTTTA	2	12	2203274	2203285	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_010519	TTATAA	2	12	2237404	2237415	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_010519	TTTATG	2	12	2253861	2253872	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_010519	TAAAAA	2	12	2259297	2259308	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_010519	CTAAAT	2	12	2263813	2263824	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.