MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Haemophilus somnus 2336 chromosome

Total Repeats: 870

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010519	TAATTT	2	12	4023	4034	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170718540
2	NC_010519	ATATTG	2	12	10530	10541	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	170717531
3	NC_010519	TTGGAG	2	12	18342	18353	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	170718332
4	NC_010519	CTTCGG	2	12	19759	19770	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170718365
5	NC_010519	TGAAAT	2	12	20308	20319	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	170718365
6	NC_010519	CTTATT	2	12	20347	20358	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	170718365
7	NC_010519	GCATTT	2	12	20654	20665	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	170718365
8	NC_010519	TTGGTT	2	12	23244	23255	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170718409
9	NC_010519	TTTGGT	2	12	25203	25214	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170718452
10	NC_010519	GAAACC	2	12	31952	31963	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	170718541
11	NC_010519	ATGAGT	2	12	35178	35189	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170718585
12	NC_010519	CGCCCA	2	12	37850	37861	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	170718615
13	NC_010519	GCAAAA	2	12	42026	42037	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	170718637
14	NC_010519	AAAGTA	2	12	42054	42065	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	170718637
15	NC_010519	AAATTT	2	12	42565	42576	50 %	50 %	0 %	0 %	170718637
16	NC_010519	GAAAAA	2	12	42776	42787	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	170718637
17	NC_010519	ACAATA	2	12	55159	55170	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	170718774
18	NC_010519	ATTTTA	2	12	57921	57932	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170718796
19	NC_010519	AAAACT	2	12	59360	59371	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	170718807
20	NC_010519	ACTTAA	2	12	62691	62702	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	170718818
21	NC_010519	AAACCG	2	12	66157	66168	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	170718840
22	NC_010519	ACAAAC	2	12	66768	66779	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170718851
23	NC_010519	TTAATT	2	12	66846	66857	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170718851
24	NC_010519	CTGTGG	2	12	68797	68808	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	170718863
25	NC_010519	TAAAAT	2	12	69596	69607	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170718874
26	NC_010519	ATGTTA	2	12	71576	71587	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	170718896
27	NC_010519	CGATTT	2	12	74338	74349	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	170718907
28	NC_010519	ATCTTT	2	12	78052	78063	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	170718940
29	NC_010519	GTGCCT	2	12	78209	78220	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170718940
30	NC_010519	AACTTA	2	12	79055	79066	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	170718940
31	NC_010519	CGATTT	2	12	79203	79214	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	170718940
32	NC_010519	ACAGAA	2	12	79811	79822	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	170718940
33	NC_010519	CTTTAT	2	12	81636	81647	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	170718940
34	NC_010519	TTACTA	2	12	87590	87601	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	170718940
35	NC_010519	ACCTGA	2	12	90074	90085	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	170718962
36	NC_010519	GTTACT	2	12	90361	90372	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	170718972
37	NC_010519	CTGTTA	2	12	93940	93951	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	170719005
38	NC_010519	TCTAAA	2	12	94326	94337	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	170719012
39	NC_010519	CCTAAA	2	12	95308	95319	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	170719023
40	NC_010519	ACGGAA	2	12	99420	99431	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	170719079
41	NC_010519	TGCAAA	2	12	101814	101825	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	170719101
42	NC_010519	TCCTGC	2	12	102851	102862	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	170719112
43	NC_010519	TCAAAT	2	12	113358	113369	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	170717231
44	NC_010519	TTATCC	2	12	113553	113564	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	170717231
45	NC_010519	ATCAAT	2	12	116302	116313	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	170717253
46	NC_010519	ATTTGG	2	12	127596	127607	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	170717373
47	NC_010519	CAAGAA	2	12	132848	132859	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	170717434
48	NC_010519	CTTCCA	2	12	139558	139569	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	170717520
49	NC_010519	CAGTTG	2	12	140572	140583	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	170717532
50	NC_010519	ATTAAC	2	12	140834	140845	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	170717532
51	NC_010519	ATTGTC	2	12	141826	141837	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	170717554
52	NC_010519	TATAGT	2	12	147115	147126	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	170717618
53	NC_010519	ATCAAC	2	12	148577	148588	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	170717641
54	NC_010519	CATTTA	2	12	149405	149416	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	170717652
55	NC_010519	TTAATG	2	12	152180	152191	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	170717652
56	NC_010519	TTAGCT	2	12	152540	152551	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	170717663
57	NC_010519	AAAGAG	2	12	159619	159630	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170717729
58	NC_010519	GATAAA	2	12	162465	162476	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	170717752
59	NC_010519	TAAAGA	2	12	163334	163345	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	170717752
60	NC_010519	TTTAAA	2	12	163489	163500	50 %	50 %	0 %	0 %	170717763
61	NC_010519	ACGTAA	2	12	163880	163891	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	170717763
62	NC_010519	TGTGGT	2	12	167888	167899	0 %	50 %	50 %	0 %	170717818
63	NC_010519	GGCTTT	2	12	173399	173410	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	170717874
64	NC_010519	TAATGT	2	12	175786	175797	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	170717896
65	NC_010519	GAATAG	2	12	176038	176049	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	170717896
66	NC_010519	GAACAA	2	12	179677	179688	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	170717951
67	NC_010519	CGTTTA	2	12	181975	181986	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	170717974
68	NC_010519	ACTTGT	2	12	182817	182828	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	170717985
69	NC_010519	TCGTAT	2	12	186683	186694	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	170718018
70	NC_010519	GTGAAC	2	12	193961	193972	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	170718107
71	NC_010519	TAAAGG	2	12	201916	201927	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	170718210
72	NC_010519	ACCAAA	2	12	203591	203602	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170718221
73	NC_010519	CAATCG	2	12	206650	206661	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	170718254
74	NC_010519	ACGAGA	2	12	207920	207931	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	170718276
75	NC_010519	GCAAAA	2	12	217521	217532	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	170718329
76	NC_010519	TTAGGT	2	12	218378	218389	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	170718330
77	NC_010519	TTCTTT	2	12	231113	231124	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	170718337
78	NC_010519	CTTTAC	2	12	232967	232978	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	170718339
79	NC_010519	GAAAAT	2	12	234685	234696	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	170718340
80	NC_010519	GCAACG	2	12	235889	235900	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170718341
81	NC_010519	AAATTA	2	12	235974	235985	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170718341
82	NC_010519	ACGCCG	2	12	238385	238396	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	170718344
83	NC_010519	AGTTAA	2	12	239076	239087	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	170718345
84	NC_010519	ATTAAA	2	12	239983	239994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170718345
85	NC_010519	GAAAAC	2	12	242698	242709	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	170718347
86	NC_010519	TTTCTG	2	12	243843	243854	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	170718349
87	NC_010519	TGCCTT	2	12	244268	244279	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	170718350
88	NC_010519	AACTTC	2	12	262593	262604	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170718373
89	NC_010519	CGGGAT	2	12	264959	264970	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	170718378
90	NC_010519	TAGGGT	2	12	265574	265585	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	170718379
91	NC_010519	CTTTTT	2	12	268374	268385	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	170718381
92	NC_010519	ATCGTA	2	12	269624	269635	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	170718383
93	NC_010519	ATCAAG	2	12	272159	272170	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	170718386
94	NC_010519	ATTCGT	2	12	273022	273033	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	170718388
95	NC_010519	AGCAAT	2	12	274904	274915	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	170718390
96	NC_010519	GAAAAA	2	12	276723	276734	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	170718392
97	NC_010519	TAAAAT	2	12	277728	277739	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170718392
98	NC_010519	ATATTG	2	12	285245	285256	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	170718396
99	NC_010519	GTCATA	2	12	286607	286618	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	170718396
100	NC_010519	TCCGCC	2	12	286807	286818	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	170718396
101	NC_010519	TCCGCC	2	12	290556	290567	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	170718399
102	NC_010519	TCGGAT	2	12	291010	291021	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	170718399
103	NC_010519	AAAATT	2	12	293046	293057	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170718400
104	NC_010519	TTACCA	2	12	295217	295228	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170718402
105	NC_010519	TCCGCC	2	12	295389	295400	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	170718403
106	NC_010519	TTGATG	2	12	296452	296463	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	170718403
107	NC_010519	GATAAT	2	12	301781	301792	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	170718410
108	NC_010519	TTCCTT	2	12	303736	303747	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170718412
109	NC_010519	ATTTTA	2	12	314683	314694	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170718421
110	NC_010519	CGTAAA	2	12	315588	315599	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	170718421
111	NC_010519	ATTATG	2	12	317811	317822	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	170718423
112	NC_010519	ATTTAT	2	12	318646	318657	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170718425
113	NC_010519	ATCGCT	2	12	324078	324089	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	170718434
114	NC_010519	TTCATC	2	12	330206	330217	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	170718440
115	NC_010519	TATTGA	2	12	331872	331883	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	170718441
116	NC_010519	GGTAAA	2	12	332951	332962	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	170718444
117	NC_010519	TGATTC	2	12	338769	338780	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	170718447
118	NC_010519	TTGTGC	2	12	339552	339563	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	170718447
119	NC_010519	TGCTTT	2	12	339777	339788	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	170718447
120	NC_010519	TTGTGC	2	12	342485	342496	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	170718449
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231	NC_010519	GTTTTA	2	12	602088	602099	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	170718674
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233	NC_010519	ACTGCG	2	12	612746	612757	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	170718686
234	NC_010519	AGCTTT	2	12	614733	614744	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	170718687
235	NC_010519	CATTTT	2	12	615619	615630	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	170718688
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345	NC_010519	TTAGGT	2	12	888888	888899	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	170718942
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347	NC_010519	TGCGAT	2	12	895184	895195	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	170718948
348	NC_010519	AAGCAA	2	12	896106	896117	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	170718949
349	NC_010519	CTTGAG	2	12	898973	898984	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	170718954
350	NC_010519	CTTTTG	2	12	903094	903105	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	170718956
351	NC_010519	GATTTG	2	12	904152	904163	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	170718958
352	NC_010519	TTTAAT	2	12	905078	905089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170718958
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354	NC_010519	GGTTAA	2	12	911127	911138	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170718961
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364	NC_010519	TGGTCA	2	12	932521	932532	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	170718987
365	NC_010519	TGGTCG	2	12	932569	932580	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	170718987
366	NC_010519	TGGTCA	2	12	932581	932592	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	170718987
367	NC_010519	TGGTCG	2	12	932593	932604	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	170718987
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369	NC_010519	TGGTCG	3	18	932623	932640	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	170718987
370	NC_010519	TGGTCA	3	18	932641	932658	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	170718987
371	NC_010519	TGGTCA	7	42	932677	932718	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	170718987
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377	NC_010519	CTGATG	2	12	967606	967617	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	170719016
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430	NC_010519	TATTCT	2	12	1114315	1114326	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	170719160
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434	NC_010519	AAGCTG	2	12	1127759	1127770	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	170719174
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443	NC_010519	CGGTAA	2	12	1155315	1155326	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	170717223
444	NC_010519	AAATTC	2	12	1157237	1157248	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	170717224
445	NC_010519	AAAAAC	2	12	1158566	1158577	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	170717224
446	NC_010519	GTTAAA	2	12	1159700	1159711	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	170717225
447	NC_010519	AATTTG	2	12	1163728	1163739	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	170717229
448	NC_010519	CTGTCA	2	12	1169797	1169808	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	170717234
449	NC_010519	CTTTCT	2	12	1171336	1171347	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170717234
450	NC_010519	CTTTAC	2	12	1171348	1171359	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	170717234
451	NC_010519	TACCGA	2	12	1173214	1173225	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	170717234
452	NC_010519	TGCTTG	2	12	1173437	1173448	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	170717234
453	NC_010519	TGTATC	3	18	1173959	1173976	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	170717234
454	NC_010519	CTGTAG	2	12	1174372	1174383	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	170717234
455	NC_010519	TTCCAG	2	12	1174672	1174683	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	170717234
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457	NC_010519	CACCGA	2	12	1177075	1177086	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	170717234
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