MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Thermotoga sp. RQ2 chromosome

Total Repeats: 83

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010483	TCTAT	2	10	58529	58538	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_010483	TGATA	2	10	68356	68365	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010483	CTGTT	2	10	99258	99267	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_010483	TCTGT	2	10	115251	115260	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_010483	GATAC	2	10	139011	139020	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_010483	CCTCG	2	10	146000	146009	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
7	NC_010483	TATCA	2	10	220000	220009	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_010483	CGGGG	2	10	229895	229904	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
9	NC_010483	TTTTC	2	10	257116	257125	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_010483	CCACA	2	10	269425	269434	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
11	NC_010483	AAACA	2	10	307921	307930	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_010483	CTTTT	2	10	324247	324256	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_010483	GTATG	2	10	353304	353313	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010483	AAGAC	2	10	392774	392783	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_010483	AGGGG	2	10	396588	396597	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010483	AAAGA	2	10	404073	404082	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010483	GTTTT	2	10	450795	450804	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_010483	CTTTT	2	10	450925	450934	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_010483	GGAAA	2	10	475245	475254	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010483	TTTCC	2	10	479376	479385	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
21	NC_010483	TTGGA	2	10	533080	533089	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010483	ATGCA	2	10	535850	535859	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_010483	TTCTT	2	10	544020	544029	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_010483	ACAAG	2	10	557358	557367	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_010483	AAGAA	2	10	559160	559169	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010483	AAGAA	2	10	591468	591477	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010483	AGGAA	2	10	605194	605203	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010483	GTTTT	2	10	641284	641293	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010483	AAGAG	2	10	641472	641481	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010483	GATTA	2	10	651786	651795	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_010483	AGGGG	2	10	657564	657573	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010483	CGAAG	2	10	744049	744058	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_010483	GGATG	2	10	785807	785816	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010483	CCCCT	2	10	786477	786486	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
35	NC_010483	GCAAA	2	10	821869	821878	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_010483	ATCCC	2	10	932808	932817	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
37	NC_010483	CAAAA	2	10	933163	933172	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_010483	TTTCT	2	10	966117	966126	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_010483	TGGTT	2	10	974805	974814	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010483	ATAAA	2	10	990798	990807	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010483	TGTTA	2	10	1002013	1002022	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010483	TTAAT	2	10	1010857	1010866	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010483	CGTTT	2	10	1010889	1010898	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_010483	TATAA	2	10	1035730	1035739	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010483	ATCCC	2	10	1038068	1038077	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
46	NC_010483	CTTTT	2	10	1038578	1038587	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_010483	TTCTT	2	10	1061852	1061861	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_010483	GCCCA	2	10	1062925	1062934	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
49	NC_010483	GGGAT	2	10	1078716	1078725	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
50	NC_010483	GTTCA	2	10	1079712	1079721	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_010483	AGCGA	2	10	1083766	1083775	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_010483	GGAGA	2	10	1090959	1090968	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010483	ACCTC	2	10	1107969	1107978	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
54	NC_010483	GAAAC	2	10	1168482	1168491	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_010483	CTGTC	2	10	1196147	1196156	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_010483	CTTTT	2	10	1244222	1244231	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_010483	AAAGG	2	10	1284213	1284222	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_010483	ATATA	2	10	1284230	1284239	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_010483	GGGGA	2	10	1353262	1353271	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
60	NC_010483	TTATT	2	10	1498309	1498318	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_010483	TCTTT	2	10	1506530	1506539	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_010483	CGTTG	2	10	1524000	1524009	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_010483	AAATC	2	10	1525269	1525278	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_010483	AAGGA	2	10	1525496	1525505	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_010483	TTTCT	2	10	1529342	1529351	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_010483	GACTT	2	10	1603577	1603586	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_010483	CGGGG	2	10	1611338	1611347	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
68	NC_010483	AAGGT	2	10	1638459	1638468	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_010483	AATTT	2	10	1650343	1650352	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010483	TAAAA	2	10	1652051	1652060	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_010483	CCAAA	2	10	1713302	1713311	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_010483	TCGGG	2	10	1726901	1726910	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
73	NC_010483	ACTTT	2	10	1764496	1764505	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_010483	CCTTC	2	10	1764574	1764583	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
75	NC_010483	TTGAA	2	10	1766174	1766183	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_010483	AAAGA	2	10	1766397	1766406	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_010483	TCAGG	2	10	1766865	1766874	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_010483	AATTT	2	10	1781010	1781019	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_010483	AAAAT	2	10	1795335	1795344	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010483	TGATA	2	10	1811814	1811823	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_010483	CGATC	2	10	1843438	1843447	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
82	NC_010483	CTGAA	2	10	1843839	1843848	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_010483	GGGGT	2	10	1877635	1877644	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.