MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Synechococcus sp. PCC 7002 plasmid pAQ6

Total Repeats: 171

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010480	CCA	2	6	1753	1758	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_010480	CTG	2	6	1768	1773	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_010480	AGC	2	6	3516	3521	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_010480	ATG	2	6	3768	3773	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_010480	AAG	2	6	3839	3844	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010480	GTG	2	6	4029	4034	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010480	AGT	2	6	5365	5370	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010480	GAT	2	6	5487	5492	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010480	GGC	2	6	5510	5515	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_010480	TGA	2	6	5539	5544	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010480	AAG	2	6	12394	12399	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010480	TTG	2	6	12442	12447	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010480	TTG	2	6	12960	12965	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010480	TGG	2	6	13013	13018	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010480	TTA	2	6	13140	13145	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010480	GGA	2	6	13200	13205	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010480	ATC	2	6	15372	15377	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_010480	ATA	2	6	16037	16042	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010480	ACA	2	6	16237	16242	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_010480	CCT	2	6	19479	19484	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_010480	TGT	2	6	20466	20471	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010480	TGG	2	6	21434	21439	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010480	TGG	2	6	24884	24889	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_010480	AAT	2	6	24938	24943	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010480	ATT	2	6	26469	26474	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010480	CAT	2	6	26493	26498	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_010480	TAT	2	6	31199	31204	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010480	TAG	2	6	31241	31246	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010480	TGC	2	6	31302	31307	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_010480	ATT	2	6	31834	31839	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_010480	CCT	2	6	31852	31857	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
32	NC_010480	TGC	3	9	31868	31876	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_010480	AAC	2	6	31903	31908	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_010480	TTG	2	6	35687	35692	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_010480	TAA	2	6	39134	39139	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010480	ACG	2	6	40760	40765	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_010480	AGA	2	6	42851	42856	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_010480	ATA	2	6	42863	42868	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010480	TCA	2	6	44422	44427	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_010480	ATT	2	6	44441	44446	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010480	ATG	3	9	46954	46962	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010480	TGG	2	6	47800	47805	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010480	ATT	2	6	51983	51988	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_010480	ATT	2	6	52029	52034	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010480	TTA	2	6	52107	52112	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010480	ACA	2	6	53490	53495	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_010480	GCC	2	6	53517	53522	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
48	NC_010480	ATT	2	6	54131	54136	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010480	TTG	2	6	54143	54148	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_010480	CAG	2	6	54212	54217	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_010480	ATT	2	6	54524	54529	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_010480	TTG	2	6	54665	54670	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010480	CTG	2	6	54798	54803	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_010480	CAA	2	6	54967	54972	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_010480	GTT	2	6	54973	54978	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_010480	AGG	2	6	55044	55049	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_010480	ACT	2	6	55083	55088	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_010480	TGA	2	6	55257	55262	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_010480	ACC	2	6	55573	55578	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_010480	TTG	2	6	55930	55935	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_010480	TTA	2	6	55949	55954	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010480	GCG	2	6	55955	55960	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_010480	GTT	2	6	56157	56162	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_010480	GTT	2	6	56232	56237	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_010480	GTT	2	6	56332	56337	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_010480	GTT	2	6	56406	56411	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_010480	ACT	2	6	57017	57022	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_010480	GGA	2	6	57163	57168	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_010480	GTT	2	6	57176	57181	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010480	TGT	2	6	57438	57443	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_010480	TGC	2	6	57506	57511	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_010480	CTA	2	6	57624	57629	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_010480	TGA	2	6	57654	57659	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_010480	GGA	2	6	57800	57805	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_010480	GTT	2	6	57813	57818	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_010480	TGT	2	6	58074	58079	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_010480	TGC	2	6	58142	58147	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_010480	CTT	2	6	58421	58426	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_010480	AAG	2	6	58429	58434	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010480	GAG	3	9	58658	58666	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_010480	TAC	2	6	58898	58903	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_010480	AAC	2	6	59092	59097	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_010480	CAG	2	6	59409	59414	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_010480	CTA	2	6	59517	59522	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_010480	AGA	2	6	59592	59597	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_010480	AGC	2	6	59654	59659	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_010480	ATT	2	6	59819	59824	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_010480	AAG	2	6	59955	59960	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_010480	CAA	2	6	60119	60124	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_010480	TTC	2	6	60330	60335	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_010480	TGC	3	9	60412	60420	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_010480	AAG	2	6	61005	61010	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_010480	AAT	2	6	61481	61486	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_010480	TAA	2	6	61596	61601	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_010480	ATC	2	6	61721	61726	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_010480	CCA	2	6	61741	61746	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_010480	TCA	2	6	63105	63110	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_010480	GAG	2	6	63138	63143	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_010480	CGC	2	6	63334	63339	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_010480	TCG	2	6	63388	63393	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_010480	TCC	2	6	63407	63412	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_010480	AAT	2	6	63416	63421	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_010480	GAT	2	6	63422	63427	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_010480	ATT	2	6	63455	63460	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_010480	TAG	2	6	63599	63604	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_010480	AGA	2	6	63610	63615	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_010480	AGA	2	6	63627	63632	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010480	TAG	2	6	63717	63722	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_010480	TTA	2	6	63728	63733	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_010480	TTC	2	6	65212	65217	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_010480	TCT	2	6	67149	67154	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_010480	TAA	2	6	68331	68336	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_010480	AGC	2	6	68489	68494	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_010480	ACC	2	6	68555	68560	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_010480	GGC	2	6	68653	68658	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_010480	ATG	2	6	68673	68678	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_010480	TAA	2	6	68697	68702	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_010480	GCC	2	6	70431	70436	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
119	NC_010480	TAC	2	6	70468	70473	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_010480	GAG	2	6	75633	75638	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_010480	ATT	2	6	77854	77859	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_010480	GCT	2	6	77866	77871	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_010480	TCC	2	6	79070	79075	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
124	NC_010480	TGC	2	6	81015	81020	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_010480	CAT	2	6	84782	84787	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_010480	ATT	2	6	84828	84833	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_010480	AGC	2	6	85060	85065	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_010480	ATT	2	6	87134	87139	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_010480	CAT	2	6	87756	87761	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_010480	CGT	2	6	87799	87804	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_010480	TCG	2	6	87872	87877	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_010480	TTG	2	6	87950	87955	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_010480	CGG	2	6	87977	87982	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_010480	GGC	2	6	88007	88012	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_010480	ACG	2	6	91672	91677	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_010480	TGA	2	6	91762	91767	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_010480	CAA	2	6	92420	92425	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_010480	ATA	2	6	92554	92559	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_010480	TTC	2	6	93324	93329	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_010480	TCA	3	9	93418	93426	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_010480	CTA	2	6	94177	94182	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_010480	TGA	2	6	94199	94204	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
143	NC_010480	TAA	2	6	94231	94236	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_010480	CCA	2	6	94349	94354	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
145	NC_010480	GAT	2	6	94373	94378	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
146	NC_010480	TTG	2	6	94381	94386	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
147	NC_010480	CTA	2	6	95127	95132	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_010480	CAG	2	6	95175	95180	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_010480	TGT	2	6	95292	95297	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
150	NC_010480	CAC	2	6	95336	95341	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
151	NC_010480	CTT	2	6	95360	95365	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_010480	GGC	2	6	101648	101653	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_010480	GTA	2	6	105929	105934	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
154	NC_010480	CTG	2	6	112066	112071	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_010480	CCA	2	6	113992	113997	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
156	NC_010480	CTC	2	6	114119	114124	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
157	NC_010480	GAG	2	6	114996	115001	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
158	NC_010480	TAT	2	6	116265	116270	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_010480	AGA	2	6	116390	116395	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
160	NC_010480	TCA	2	6	116433	116438	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_010480	TTC	2	6	116442	116447	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_010480	TGA	2	6	116533	116538	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
163	NC_010480	TCC	2	6	121334	121339	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
164	NC_010480	ACC	2	6	121471	121476	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
165	NC_010480	ATT	2	6	121488	121493	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_010480	TCG	2	6	121581	121586	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
167	NC_010480	AAC	2	6	121701	121706	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
168	NC_010480	TCC	2	6	121728	121733	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
169	NC_010480	TCT	2	6	121740	121745	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
170	NC_010480	AGG	2	6	121754	121759	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
171	NC_010480	TCT	2	6	122757	122762	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.