MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Synechococcus sp. PCC 7002 plasmid pAQ5

Total Repeats: 105

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010479	TGAT	2	8	242	249	25 %	50 %	25 %	0 %	170079514
2	NC_010479	AGTA	2	8	969	976	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010479	TAAG	2	8	1210	1217	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010479	AAGC	2	8	1806	1813	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_010479	GGGT	2	8	1886	1893	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010479	GCGG	2	8	2208	2215	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
7	NC_010479	GAAT	2	8	2853	2860	50 %	25 %	25 %	0 %	170079516
8	NC_010479	GGGA	2	8	2962	2969	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010479	AGGC	2	8	3672	3679	25 %	0 %	50 %	25 %	170079518
10	NC_010479	CCTA	2	8	3780	3787	25 %	25 %	0 %	50 %	170079518
11	NC_010479	CAGA	2	8	4005	4012	50 %	0 %	25 %	25 %	170079519
12	NC_010479	TGGA	2	8	4089	4096	25 %	25 %	50 %	0 %	170079519
13	NC_010479	GAAC	2	8	4136	4143	50 %	0 %	25 %	25 %	170079519
14	NC_010479	AGTC	2	8	4255	4262	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_010479	ATCC	2	8	4805	4812	25 %	25 %	0 %	50 %	170079521
16	NC_010479	AAGG	2	8	5108	5115	50 %	0 %	50 %	0 %	170079522
17	NC_010479	CAAT	2	8	6150	6157	50 %	25 %	0 %	25 %	170079524
18	NC_010479	TGGT	2	8	6501	6508	0 %	50 %	50 %	0 %	170079524
19	NC_010479	GGAG	2	8	6954	6961	25 %	0 %	75 %	0 %	170079525
20	NC_010479	CAGG	2	8	7080	7087	25 %	0 %	50 %	25 %	170079525
21	NC_010479	CAGG	2	8	7916	7923	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
22	NC_010479	GTCC	2	8	7971	7978	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
23	NC_010479	CCAG	2	8	8244	8251	25 %	0 %	25 %	50 %	170079526
24	NC_010479	AACT	2	8	8446	8453	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_010479	GACT	2	8	9202	9209	25 %	25 %	25 %	25 %	170079527
26	NC_010479	GCCA	2	8	9389	9396	25 %	0 %	25 %	50 %	170079527
27	NC_010479	TCAA	2	8	10931	10938	50 %	25 %	0 %	25 %	170079529
28	NC_010479	TTCA	2	8	12047	12054	25 %	50 %	0 %	25 %	170079531
29	NC_010479	TAAA	2	8	12705	12712	75 %	25 %	0 %	0 %	170079531
30	NC_010479	ATCC	2	8	12812	12819	25 %	25 %	0 %	50 %	170079531
31	NC_010479	AATT	2	8	13185	13192	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010479	GACA	2	8	13399	13406	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_010479	TAGC	2	8	14125	14132	25 %	25 %	25 %	25 %	170079532
34	NC_010479	ACTG	2	8	14322	14329	25 %	25 %	25 %	25 %	170079532
35	NC_010479	TGTC	2	8	14778	14785	0 %	50 %	25 %	25 %	170079533
36	NC_010479	GCCA	2	8	14996	15003	25 %	0 %	25 %	50 %	170079534
37	NC_010479	TTTC	2	8	15037	15044	0 %	75 %	0 %	25 %	170079534
38	NC_010479	ACTG	2	8	15573	15580	25 %	25 %	25 %	25 %	170079535
39	NC_010479	AAGG	2	8	15601	15608	50 %	0 %	50 %	0 %	170079535
40	NC_010479	CTCA	2	8	16177	16184	25 %	25 %	0 %	50 %	170079535
41	NC_010479	GGCT	2	8	17341	17348	0 %	25 %	50 %	25 %	170079537
42	NC_010479	GCGG	2	8	17413	17420	0 %	0 %	75 %	25 %	170079537
43	NC_010479	GTCG	2	8	17498	17505	0 %	25 %	50 %	25 %	170079537
44	NC_010479	GTTG	2	8	17712	17719	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010479	ATCA	2	8	18019	18026	50 %	25 %	0 %	25 %	170079538
46	NC_010479	ATTG	2	8	18055	18062	25 %	50 %	25 %	0 %	170079538
47	NC_010479	GCCA	2	8	18247	18254	25 %	0 %	25 %	50 %	170079538
48	NC_010479	AGTA	2	8	19296	19303	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010479	AATT	2	8	19758	19765	50 %	50 %	0 %	0 %	170079539
50	NC_010479	AAGA	2	8	20798	20805	75 %	0 %	25 %	0 %	170079540
51	NC_010479	CTGA	2	8	20810	20817	25 %	25 %	25 %	25 %	170079540
52	NC_010479	GTTA	2	8	20845	20852	25 %	50 %	25 %	0 %	170079540
53	NC_010479	GAAA	2	8	21233	21240	75 %	0 %	25 %	0 %	170079540
54	NC_010479	TTTC	2	8	21335	21342	0 %	75 %	0 %	25 %	170079540
55	NC_010479	CCCA	2	8	21766	21773	25 %	0 %	0 %	75 %	170079541
56	NC_010479	ACCG	2	8	22446	22453	25 %	0 %	25 %	50 %	170079541
57	NC_010479	CCAT	2	8	22638	22645	25 %	25 %	0 %	50 %	170079541
58	NC_010479	AGCG	2	8	22713	22720	25 %	0 %	50 %	25 %	170079541
59	NC_010479	GCAA	2	8	23325	23332	50 %	0 %	25 %	25 %	170079541
60	NC_010479	AGTC	2	8	23479	23486	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_010479	ATCA	2	8	24040	24047	50 %	25 %	0 %	25 %	170079542
62	NC_010479	CCTA	2	8	24092	24099	25 %	25 %	0 %	50 %	170079542
63	NC_010479	GAAA	2	8	24169	24176	75 %	0 %	25 %	0 %	170079542
64	NC_010479	TAAA	2	8	24215	24222	75 %	25 %	0 %	0 %	170079542
65	NC_010479	ACAG	2	8	24517	24524	50 %	0 %	25 %	25 %	170079543
66	NC_010479	AAAT	2	8	25056	25063	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_010479	TATT	2	8	25147	25154	25 %	75 %	0 %	0 %	170079544
68	NC_010479	CACT	2	8	25210	25217	25 %	25 %	0 %	50 %	170079544
69	NC_010479	GGAA	2	8	25295	25302	50 %	0 %	50 %	0 %	170079544
70	NC_010479	TAAT	2	8	25760	25767	50 %	50 %	0 %	0 %	170079545
71	NC_010479	AGTG	2	8	26139	26146	25 %	25 %	50 %	0 %	170079545
72	NC_010479	ATAA	2	8	26312	26319	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_010479	AATT	2	8	26692	26699	50 %	50 %	0 %	0 %	170079546
74	NC_010479	CCGA	2	8	27415	27422	25 %	0 %	25 %	50 %	170079546
75	NC_010479	ATTT	2	8	28125	28132	25 %	75 %	0 %	0 %	170079547
76	NC_010479	CTTT	2	8	28259	28266	0 %	75 %	0 %	25 %	170079547
77	NC_010479	TTCA	2	8	28330	28337	25 %	50 %	0 %	25 %	170079547
78	NC_010479	TGCA	2	8	28646	28653	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_010479	GCAG	2	8	28802	28809	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
80	NC_010479	CTTA	2	8	28889	28896	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_010479	CTAG	2	8	28909	28916	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_010479	TGGT	2	8	29317	29324	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_010479	TGCT	2	8	29357	29364	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_010479	ACTA	2	8	29564	29571	50 %	25 %	0 %	25 %	170079548
85	NC_010479	TTTA	2	8	30056	30063	25 %	75 %	0 %	0 %	170079548
86	NC_010479	GGAA	2	8	30584	30591	50 %	0 %	50 %	0 %	170079548
87	NC_010479	CGAA	2	8	32532	32539	50 %	0 %	25 %	25 %	170079548
88	NC_010479	AGCA	2	8	33011	33018	50 %	0 %	25 %	25 %	170079550
89	NC_010479	GATG	2	8	33111	33118	25 %	25 %	50 %	0 %	170079550
90	NC_010479	GAAG	2	8	33630	33637	50 %	0 %	50 %	0 %	170079551
91	NC_010479	GAAG	2	8	33639	33646	50 %	0 %	50 %	0 %	170079551
92	NC_010479	TTTG	2	8	33666	33673	0 %	75 %	25 %	0 %	170079551
93	NC_010479	GATT	2	8	33708	33715	25 %	50 %	25 %	0 %	170079551
94	NC_010479	TTGG	2	8	33731	33738	0 %	50 %	50 %	0 %	170079551
95	NC_010479	AAGG	2	8	33793	33800	50 %	0 %	50 %	0 %	170079551
96	NC_010479	CCCT	2	8	33834	33841	0 %	25 %	0 %	75 %	170079551
97	NC_010479	ATTC	2	8	33970	33977	25 %	50 %	0 %	25 %	170079551
98	NC_010479	GATG	2	8	34089	34096	25 %	25 %	50 %	0 %	170079551
99	NC_010479	AGAA	2	8	35171	35178	75 %	0 %	25 %	0 %	170079551
100	NC_010479	AAAT	2	8	36345	36352	75 %	25 %	0 %	0 %	170079552
101	NC_010479	CGAT	2	8	37101	37108	25 %	25 %	25 %	25 %	170079552
102	NC_010479	CATT	2	8	37189	37196	25 %	50 %	0 %	25 %	170079552
103	NC_010479	GTTG	2	8	37406	37413	0 %	50 %	50 %	0 %	170079552
104	NC_010479	TCTT	2	8	37588	37595	0 %	75 %	0 %	25 %	170079552
105	NC_010479	AAAT	2	8	38049	38056	75 %	25 %	0 %	0 %	170079552

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.