MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Synechococcus sp. PCC 7002 chromosome

Total Repeats: 94

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010475	TTAAAA	2	12	24638	24649	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010475	CCAAAG	2	12	28343	28354	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_010475	AAATCA	2	12	139312	139323	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_010475	TTTGCT	2	12	143583	143594	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_010475	TGCGAT	2	12	161641	161652	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_010475	CGTCAT	2	12	179348	179359	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_010475	AGCAAA	2	12	196440	196451	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_010475	TAGGTT	2	12	219953	219964	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010475	ATTTTG	2	12	328077	328088	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_010475	GGTTAA	2	12	368890	368901	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010475	CCCGTC	2	12	470014	470025	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
12	NC_010475	CAATGA	2	12	517146	517157	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_010475	TTTGGA	2	12	535250	535261	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010475	TGGGGA	2	12	548192	548203	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010475	CCACAG	2	12	568237	568248	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
16	NC_010475	TTTTCG	2	12	573730	573741	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_010475	AAAAAT	2	12	582250	582261	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_010475	AAAATT	2	12	582688	582699	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010475	TTTTAT	2	12	624844	624855	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010475	GTAGTT	2	12	638091	638102	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010475	TTCAAG	2	12	702820	702831	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_010475	ACCAGA	2	12	759960	759971	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_010475	ATCTTG	2	12	808427	808438	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_010475	AGAAAA	2	12	810765	810776	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010475	CCAATG	2	12	878082	878093	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_010475	TGATTT	2	12	925992	926003	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010475	CAGGGG	2	12	930053	930064	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_010475	TTAAGT	2	12	955204	955215	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010475	TTTTGA	2	12	973901	973912	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010475	AGCATC	2	12	1002927	1002938	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_010475	CATAGA	2	12	1033035	1033046	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_010475	TGCTTG	2	12	1078607	1078618	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_010475	AAAAAT	2	12	1132257	1132268	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010475	ATATAC	2	12	1145007	1145018	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_010475	TTTTTG	2	12	1185383	1185394	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010475	TCAAAG	2	12	1203766	1203777	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_010475	TTGACC	2	12	1272309	1272320	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_010475	ATTTTC	2	12	1316348	1316359	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_010475	CTGTCC	2	12	1386544	1386555	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
40	NC_010475	AATAAA	2	12	1418695	1418706	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010475	GCCATC	2	12	1435104	1435115	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
42	NC_010475	TGGCGG	2	12	1485662	1485673	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_010475	CGCCTA	2	12	1516746	1516757	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
44	NC_010475	GAATTT	2	12	1550934	1550945	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010475	AATCTT	2	12	1556254	1556265	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_010475	CAAACT	2	12	1572624	1572635	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_010475	CAAGTG	2	12	1582728	1582739	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_010475	CCATGG	2	12	1625332	1625343	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_010475	GGGCAA	2	12	1630574	1630585	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_010475	CAACGG	2	12	1639912	1639923	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_010475	TATTTA	2	12	1669235	1669246	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_010475	TTAATT	2	12	1678643	1678654	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010475	TCACAT	2	12	1698057	1698068	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_010475	CGCTGC	2	12	1714850	1714861	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
55	NC_010475	TAGATT	2	12	1730824	1730835	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_010475	TTTTGT	2	12	1752326	1752337	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_010475	AATCAA	2	12	1753690	1753701	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_010475	CAAAGA	2	12	1770951	1770962	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_010475	TTTAGG	2	12	1800541	1800552	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_010475	GTAGGC	2	12	1866590	1866601	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_010475	ATTTTG	2	12	1888844	1888855	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010475	TGCTTT	2	12	1935370	1935381	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_010475	CTATGG	2	12	2026264	2026275	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_010475	GTCGGC	2	12	2035226	2035237	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_010475	AAAGGA	2	12	2061322	2061333	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_010475	TGAGAA	2	12	2065571	2065582	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_010475	TAGCAT	2	12	2065915	2065926	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_010475	TAATTC	2	12	2154586	2154597	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_010475	TGTGTT	2	12	2157465	2157476	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010475	TTAAAT	2	12	2286674	2286685	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_010475	TTTGGC	2	12	2341987	2341998	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_010475	TAATCT	2	12	2367039	2367050	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_010475	GTTGGG	2	12	2391648	2391659	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_010475	AACGAA	2	12	2467456	2467467	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_010475	GGTCAA	2	12	2480232	2480243	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_010475	TTGCGA	2	12	2523777	2523788	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_010475	AACAAA	2	12	2557200	2557211	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_010475	GATTTT	2	12	2562546	2562557	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_010475	TGTTTA	2	12	2598758	2598769	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010475	TTTCTT	2	12	2629714	2629725	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_010475	AAAAAT	2	12	2629840	2629851	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_010475	GAAGGT	2	12	2674527	2674538	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_010475	GCCTTT	2	12	2693435	2693446	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_010475	TGGGTT	2	12	2697722	2697733	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
85	NC_010475	GCCCAG	2	12	2706360	2706371	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
86	NC_010475	CTTTAT	2	12	2717567	2717578	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_010475	AAATTG	2	12	2729782	2729793	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_010475	CTATCT	2	12	2736539	2736550	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_010475	TTGGGG	2	12	2755332	2755343	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_010475	ACATCA	2	12	2780801	2780812	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_010475	ATTTTC	2	12	2843329	2843340	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_010475	TTTTGA	2	12	2938221	2938232	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_010475	CCTTTC	2	12	2955701	2955712	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_010475	TGGGCT	2	12	2965963	2965974	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.