MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Synechococcus sp. PCC 7002 plasmid pAQ7

Total Repeats: 77

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010474	AACTCG	2	12	311	322	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	170076471
2	NC_010474	GCCCAA	2	12	358	369	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	170076471
3	NC_010474	CGATCG	2	12	1697	1708	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	170076474
4	NC_010474	GGGCTT	2	12	5019	5030	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	170076476
5	NC_010474	TTGGGT	2	12	9125	9136	0 %	50 %	50 %	0 %	170076478
6	NC_010474	ACAACC	2	12	10518	10529	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
7	NC_010474	TACCTG	2	12	13539	13550	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	170076481
8	NC_010474	TGATTA	2	12	17619	17630	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	170076482
9	NC_010474	TGATGC	2	12	17762	17773	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	170076482
10	NC_010474	CCGCCA	2	12	19828	19839	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	170076485
11	NC_010474	CCAATG	2	12	20812	20823	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	170076486
12	NC_010474	TGGCTG	2	12	24983	24994	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	170076489
13	NC_010474	AACCAA	2	12	25341	25352	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170076489
14	NC_010474	GTTGAG	2	12	25414	25425	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	170076489
15	NC_010474	AGCAAA	2	12	26070	26081	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	170076490
16	NC_010474	TGAAAC	2	12	28619	28630	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	170076492
17	NC_010474	AAATCA	2	12	29208	29219	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	170076493
18	NC_010474	TCCTGC	2	12	33583	33594	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	170076495
19	NC_010474	GCGGTG	2	12	36376	36387	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	170076498
20	NC_010474	AAGTCA	2	12	38673	38684	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	170076502
21	NC_010474	CCCTCT	2	12	39727	39738	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_010474	GGCTCA	2	12	44309	44320	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	170076510
23	NC_010474	GGGCTT	2	12	44712	44723	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	170076510
24	NC_010474	AGATTC	2	12	49314	49325	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	170076515
25	NC_010474	TCGATT	2	12	49724	49735	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	170076516
26	NC_010474	GGCCAT	2	12	52109	52120	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	170076521
27	NC_010474	TCTATT	2	12	53757	53768	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_010474	GCCAGA	2	12	55555	55566	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170076525
29	NC_010474	AAGCCC	2	12	62859	62870	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	170076532
30	NC_010474	TGAAAA	2	12	65628	65639	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_010474	TCTTTA	2	12	67917	67928	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_010474	AATTCA	2	12	68476	68487	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_010474	GCTGAC	2	12	69238	69249	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	170076537
34	NC_010474	ATCCAA	2	12	71233	71244	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	170076537
35	NC_010474	TCCACC	2	12	80476	80487	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	170076542
36	NC_010474	TACTGT	2	12	80684	80695	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	170076542
37	NC_010474	TGGAGA	2	12	81861	81872	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	170076544
38	NC_010474	TGGCCG	2	12	82266	82277	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	170076544
39	NC_010474	GACTGA	2	12	83949	83960	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	170076543
40	NC_010474	ATCACC	2	12	84329	84340	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	170076543
41	NC_010474	TGACTA	2	12	85350	85361	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	170076545
42	NC_010474	GCCCAA	2	12	91520	91531	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	170076551
43	NC_010474	CTGTTG	2	12	100658	100669	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	170076560
44	NC_010474	TCGGCC	2	12	100866	100877	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	170076560
45	NC_010474	GCGATC	2	12	103806	103817	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	170076563
46	NC_010474	CGTTGT	2	12	110762	110773	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	170076568
47	NC_010474	AAATTC	2	12	112038	112049	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	170076569
48	NC_010474	TGGGCT	2	12	114999	115010	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	170076572
49	NC_010474	CGGTGG	2	12	117670	117681	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	170076573
50	NC_010474	CTGTAG	2	12	117793	117804	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	170076573
51	NC_010474	CATTGG	2	12	117940	117951	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	170076573
52	NC_010474	CCGTCA	2	12	118558	118569	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	170076574
53	NC_010474	GCCAAG	2	12	123468	123479	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170076577
54	NC_010474	CAGACG	2	12	124634	124645	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170076577
55	NC_010474	ATCGCC	2	12	127189	127200	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	170076580
56	NC_010474	ATTCCC	2	12	127383	127394	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	170076580
57	NC_010474	TTTTAC	2	12	130672	130683	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	170076582
58	NC_010474	GGGTTG	2	12	130861	130872	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_010474	TGGCGG	2	12	132269	132280	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	170076584
60	NC_010474	CACCCT	2	12	133429	133440	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	170076584
61	NC_010474	TGGCAC	2	12	136246	136257	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	170076587
62	NC_010474	GGCACG	2	12	136622	136633	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	170076587
63	NC_010474	CCACAT	2	12	140910	140921	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	170076591
64	NC_010474	TACAAG	2	12	148388	148399	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	170076598
65	NC_010474	CCAACA	2	12	148822	148833	50 %	0 %	0 %	50 %	170076599
66	NC_010474	TAGTGC	2	12	149985	149996	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	170076601
67	NC_010474	AGAGAA	2	12	153018	153029	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170076603
68	NC_010474	GGATTT	2	12	155987	155998	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	170076605
69	NC_010474	AATCAA	2	12	164621	164632	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	170076612
70	NC_010474	GCAAAG	2	12	164802	164813	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	170076612
71	NC_010474	GGAACC	2	12	169319	169330	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170076618
72	NC_010474	TTTATT	2	12	169352	169363	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	170076618
73	NC_010474	CCATTG	2	12	169851	169862	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	170076619
74	NC_010474	TGATGT	2	12	177569	177580	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	170076625
75	NC_010474	GAATTG	2	12	178637	178648	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170076626
76	NC_010474	CCAAAT	2	12	179194	179205	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	170076627
77	NC_010474	AAACAG	2	12	183399	183410	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	170076631

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.