MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Clostridium botulinum A3 str. Loch Maree plasmid pCLK

Total Repeats: 193

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010418	TTTGTT	2	12	1229	1240	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	169834813
2	NC_010418	TTTTAG	2	12	2081	2092	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	169834813
3	NC_010418	ATTTTC	2	12	2460	2471	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	169834813
4	NC_010418	ATAATT	2	12	3766	3777	50 %	50 %	0 %	0 %	169834949
5	NC_010418	TAAAAT	2	12	5854	5865	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010418	ATTCAT	2	12	7336	7347	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	169835029
7	NC_010418	ATTTTC	2	12	8378	8389	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	169834796
8	NC_010418	ATTAAA	2	12	8549	8560	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	169834796
9	NC_010418	AAATGC	2	12	9255	9266	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	169834863
10	NC_010418	TTTTTC	2	12	13693	13704	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	169834933
11	NC_010418	TATTTG	2	12	16564	16575	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	169834890
12	NC_010418	CTATAG	2	12	17098	17109	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	169834890
13	NC_010418	TTTCTT	2	12	18398	18409	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	169835045
14	NC_010418	ACTAGA	2	12	22623	22634	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	169834821
15	NC_010418	CTTTTT	2	12	23877	23888	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	169834821
16	NC_010418	TCCAAT	2	12	29307	29318	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169834981
17	NC_010418	TTAAAA	2	12	29352	29363	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	169834981
18	NC_010418	TAATTT	2	12	31006	31017	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	169834966
19	NC_010418	CAAATA	2	12	31372	31383	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	169835036
20	NC_010418	TCTTTT	2	12	32215	32226	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	169834860
21	NC_010418	TTTATT	2	12	32767	32778	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	169834950
22	NC_010418	AATATT	2	12	33654	33665	50 %	50 %	0 %	0 %	169834922
23	NC_010418	TTTCAT	2	12	34295	34306	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	169834976
24	NC_010418	AATTTT	2	12	34576	34587	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	169834976
25	NC_010418	TTTAAA	2	12	35236	35247	50 %	50 %	0 %	0 %	169834976
26	NC_010418	TGTTTA	2	12	36680	36691	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	169834927
27	NC_010418	TTTTTC	2	12	37294	37305	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	169835003
28	NC_010418	AATAGT	2	12	37663	37674	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	169835003
29	NC_010418	TCAAAA	2	12	39813	39824	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	169834908
30	NC_010418	CAGGAG	2	12	42875	42886	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	169834820
31	NC_010418	TATTTA	2	12	44431	44442	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	169834793
32	NC_010418	TTTATA	2	12	44921	44932	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_010418	TTAGCT	2	12	45273	45284	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	169834893
34	NC_010418	TTTTAG	2	12	46594	46605	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	169834893
35	NC_010418	TAGTTC	2	12	46670	46681	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	169834893
36	NC_010418	CCATTA	2	12	47888	47899	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169834759
37	NC_010418	AAATAT	2	12	49475	49486	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	169835037
38	NC_010418	ATTTTT	2	12	52780	52791	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	169834787
39	NC_010418	ATCAGT	2	12	54471	54482	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	169835047
40	NC_010418	TTTTTA	2	12	54530	54541	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	169835047
41	NC_010418	CCTTCA	2	12	55210	55221	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	169835047
42	NC_010418	TATATT	2	12	56819	56830	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010418	ATTTTT	2	12	57120	57131	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	169834772
44	NC_010418	AAATTC	2	12	57252	57263	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	169834772
45	NC_010418	TTAAAT	2	12	57290	57301	50 %	50 %	0 %	0 %	169834772
46	NC_010418	TGAAAA	2	12	61340	61351	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	169834914
47	NC_010418	GATTTT	2	12	61389	61400	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	169834914
48	NC_010418	TAAATT	2	12	62243	62254	50 %	50 %	0 %	0 %	169834914
49	NC_010418	GTATTT	2	12	62522	62533	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	169834914
50	NC_010418	ATGGTT	2	12	63125	63136	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	169835008
51	NC_010418	TTTTGA	2	12	64095	64106	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	169835008
52	NC_010418	TCTACT	2	12	67556	67567	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	169834833
53	NC_010418	CTTGTG	2	12	71195	71206	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	169834755
54	NC_010418	CAATTC	2	12	73078	73089	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169834812
55	NC_010418	TAACAT	2	12	73378	73389	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	169834812
56	NC_010418	CTATAA	2	12	74396	74407	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_010418	TTTAAG	2	12	74566	74577	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	169834938
58	NC_010418	TTTTTC	2	12	79387	79398	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	169835007
59	NC_010418	GCTTTC	2	12	82430	82441	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_010418	CATTCT	2	12	82698	82709	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_010418	TTATAT	2	12	84706	84717	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010418	TTCATT	2	12	85354	85365	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	169834929
63	NC_010418	ATTTTT	2	12	86850	86861	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	169835021
64	NC_010418	TTCTTT	2	12	87234	87245	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	169835021
65	NC_010418	ATCTAT	2	12	89747	89758	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	169834969
66	NC_010418	TAAAAA	2	12	91556	91567	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	169834795
67	NC_010418	GAAAAA	2	12	92751	92762	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	169834848
68	NC_010418	TAAAGT	2	12	95156	95167	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	169834848
69	NC_010418	ATATTT	2	12	96272	96283	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	169834752
70	NC_010418	ATTTCC	2	12	96323	96334	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	169834752
71	NC_010418	TTTCCT	2	12	97037	97048	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	169835034
72	NC_010418	ATTCTT	2	12	98469	98480	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	169835034
73	NC_010418	ATATTA	2	12	99637	99648	50 %	50 %	0 %	0 %	169835034
74	NC_010418	ATTTAT	2	12	101632	101643	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	169834902
75	NC_010418	AAGTTA	2	12	102303	102314	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	169834902
76	NC_010418	TTACAG	2	12	103389	103400	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	169834902
77	NC_010418	TCTTAT	2	12	106975	106986	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	169834762
78	NC_010418	TTTATA	2	12	107904	107915	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_010418	ATAAAT	2	12	108843	108854	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	169834751
80	NC_010418	TAGATT	2	12	110125	110136	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	169834751
81	NC_010418	AAAGAA	2	12	111180	111191	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	169834751
82	NC_010418	ATTTTG	2	12	111400	111411	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	169834786
83	NC_010418	AAAATA	2	12	111935	111946	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	169834786
84	NC_010418	TTATAT	2	12	115540	115551	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	169834972
85	NC_010418	TTTAAA	2	12	116513	116524	50 %	50 %	0 %	0 %	169835031
86	NC_010418	TTTAAC	2	12	120184	120195	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	169834814
87	NC_010418	TCTGCT	2	12	122927	122938	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	169834810
88	NC_010418	CAATTC	2	12	123773	123784	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_010418	ATTAGA	2	12	125348	125359	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	169834743
90	NC_010418	ATATAA	2	12	125421	125432	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	169834743
91	NC_010418	TATAGA	2	12	127158	127169	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	169834983
92	NC_010418	TTATTG	2	12	129979	129990	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_010418	TAAATA	2	12	130717	130728	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	169834768
94	NC_010418	TCTCCA	2	12	132433	132444	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_010418	CTTTTT	2	12	134079	134090	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	169834939
96	NC_010418	TATTTA	2	12	134118	134129	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	169834939
97	NC_010418	TTTCCA	2	12	134576	134587	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	169834748
98	NC_010418	ATCATT	2	12	136526	136537	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	169835009
99	NC_010418	CTTTGA	2	12	136898	136909	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	169834926
100	NC_010418	AAAAGA	2	12	137684	137695	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	169834876
101	NC_010418	ATTAGT	2	12	138625	138636	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	169834932
102	NC_010418	CTATAT	2	12	140717	140728	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	169834754
103	NC_010418	ATATAA	2	12	141587	141598	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	169834884
104	NC_010418	TATTCC	2	12	141768	141779	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	169834884
105	NC_010418	TTTAAA	2	12	142165	142176	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_010418	TAATAT	2	12	142298	142309	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_010418	ATTTCT	2	12	146461	146472	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	169834935
108	NC_010418	TTATTT	2	12	149558	149569	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	169834911
109	NC_010418	CTGTAT	2	12	149987	149998	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	169834951
110	NC_010418	TCATTT	2	12	150013	150024	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	169834951
111	NC_010418	TTTCTT	2	12	150374	150385	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	169834951
112	NC_010418	AATTAA	2	12	150766	150777	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_010418	TTCATT	2	12	151036	151047	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	169835014
114	NC_010418	TAAAAG	2	12	151404	151415	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	169835014
115	NC_010418	ATCAGG	2	12	152350	152361	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	169835014
116	NC_010418	AATTAA	2	12	154183	154194	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	169834957
117	NC_010418	TTTATT	2	12	155508	155519	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_010418	ATATTT	2	12	162803	162814	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	169834746
119	NC_010418	AACAGC	2	12	165974	165985	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	169834887
120	NC_010418	AATTAA	2	12	166319	166330	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	169834887
121	NC_010418	TCTTTT	2	12	166331	166342	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	169834887
122	NC_010418	TCTACC	2	12	170504	170515	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	169834785
123	NC_010418	ATACTT	2	12	170935	170946	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	169834785
124	NC_010418	TTTTAT	2	12	172068	172079	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	169834968
125	NC_010418	ATCATA	2	12	173768	173779	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_010418	ATTAAT	2	12	174815	174826	50 %	50 %	0 %	0 %	169834758
127	NC_010418	ATTGAA	2	12	176469	176480	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	169834879
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130	NC_010418	TTTTAT	2	12	177729	177740	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_010418	TTTAAT	2	12	178697	178708	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	169834753
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140	NC_010418	ATATCA	2	12	191346	191357	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	169835038
141	NC_010418	ATATTA	2	12	192046	192057	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_010418	CTAATG	2	12	192084	192095	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	169834886
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156	NC_010418	AATTTA	2	12	217197	217208	50 %	50 %	0 %	0 %	169834823
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158	NC_010418	TTTATA	2	12	222109	222120	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	169834794
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161	NC_010418	GATATT	2	12	225159	225170	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.