MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Clostridium botulinum A3 str. Loch Maree plasmid pCLK

Total Repeats: 352

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010418	TTACT	2	10	211	220	20 %	60 %	0 %	20 %	169834813
2	NC_010418	ATATT	2	10	1550	1559	40 %	60 %	0 %	0 %	169834813
3	NC_010418	CATTT	2	10	1689	1698	20 %	60 %	0 %	20 %	169834813
4	NC_010418	TCTTT	2	10	2269	2278	0 %	80 %	0 %	20 %	169834813
5	NC_010418	ATATT	2	10	2296	2305	40 %	60 %	0 %	0 %	169834813
6	NC_010418	GCCAA	2	10	2977	2986	40 %	0 %	20 %	40 %	169834949
7	NC_010418	CATTT	2	10	4092	4101	20 %	60 %	0 %	20 %	169834949
8	NC_010418	TTTTA	2	10	4437	4446	20 %	80 %	0 %	0 %	169834949
9	NC_010418	ATTTA	2	10	4691	4700	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_010418	ATTGT	3	15	5253	5267	20 %	60 %	20 %	0 %	169834845
11	NC_010418	TATCA	2	10	7121	7130	40 %	40 %	0 %	20 %	169835029
12	NC_010418	TCATT	2	10	7597	7606	20 %	60 %	0 %	20 %	169835029
13	NC_010418	ATTTT	2	10	9421	9430	20 %	80 %	0 %	0 %	169834863
14	NC_010418	ATTCA	2	10	10507	10516	40 %	40 %	0 %	20 %	169834797
15	NC_010418	TAAAT	2	10	11057	11066	60 %	40 %	0 %	0 %	169834907
16	NC_010418	TTCTT	2	10	11679	11688	0 %	80 %	0 %	20 %	169834871
17	NC_010418	ATTAA	2	10	13017	13026	60 %	40 %	0 %	0 %	169834776
18	NC_010418	TATTT	2	10	13335	13344	20 %	80 %	0 %	0 %	169834982
19	NC_010418	ATTTA	2	10	13410	13419	40 %	60 %	0 %	0 %	169834982
20	NC_010418	TTTTC	2	10	14159	14168	0 %	80 %	0 %	20 %	169834933
21	NC_010418	ATTTA	2	10	14527	14536	40 %	60 %	0 %	0 %	169834933
22	NC_010418	TATAA	2	10	14590	14599	60 %	40 %	0 %	0 %	169834933
23	NC_010418	TACTA	2	10	14980	14989	40 %	40 %	0 %	20 %	169834933
24	NC_010418	TTCTT	2	10	15313	15322	0 %	80 %	0 %	20 %	169834933
25	NC_010418	TCTTT	2	10	16101	16110	0 %	80 %	0 %	20 %	169834933
26	NC_010418	TAAAA	2	10	16149	16158	80 %	20 %	0 %	0 %	169834933
27	NC_010418	AAAAT	2	10	16576	16585	80 %	20 %	0 %	0 %	169834890
28	NC_010418	TAAAA	2	10	17011	17020	80 %	20 %	0 %	0 %	169834890
29	NC_010418	TGCTT	2	10	18889	18898	0 %	60 %	20 %	20 %	169835045
30	NC_010418	TTTTA	2	10	19524	19533	20 %	80 %	0 %	0 %	169835045
31	NC_010418	GATAT	2	10	19673	19682	40 %	40 %	20 %	0 %	169835045
32	NC_010418	TTCCA	2	10	20913	20922	20 %	40 %	0 %	40 %	169834732
33	NC_010418	TTGCT	2	10	22104	22113	0 %	60 %	20 %	20 %	169834821
34	NC_010418	TAATA	2	10	22289	22298	60 %	40 %	0 %	0 %	169834821
35	NC_010418	ACAAA	2	10	22478	22487	80 %	0 %	0 %	20 %	169834821
36	NC_010418	TCCTT	2	10	23917	23926	0 %	60 %	0 %	40 %	169834821
37	NC_010418	TATAT	2	10	24144	24153	40 %	60 %	0 %	0 %	169834892
38	NC_010418	TCTTT	2	10	26191	26200	0 %	80 %	0 %	20 %	169834891
39	NC_010418	TACTT	2	10	28675	28684	20 %	60 %	0 %	20 %	169834763
40	NC_010418	ATAGT	2	10	29223	29232	40 %	40 %	20 %	0 %	169834981
41	NC_010418	TATCT	2	10	29702	29711	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_010418	AAATA	2	10	30308	30317	80 %	20 %	0 %	0 %	169834777
43	NC_010418	ATTTA	2	10	30864	30873	40 %	60 %	0 %	0 %	169834737
44	NC_010418	TTGTA	2	10	32122	32131	20 %	60 %	20 %	0 %	169834824
45	NC_010418	TTTTC	2	10	32522	32531	0 %	80 %	0 %	20 %	169834860
46	NC_010418	TAAAA	2	10	32600	32609	80 %	20 %	0 %	0 %	169834860
47	NC_010418	TTCTT	2	10	33449	33458	0 %	80 %	0 %	20 %	169834920
48	NC_010418	TCTTT	2	10	33459	33468	0 %	80 %	0 %	20 %	169834920
49	NC_010418	TCTTT	2	10	36140	36149	0 %	80 %	0 %	20 %	169834872
50	NC_010418	TAAAT	2	10	36257	36266	60 %	40 %	0 %	0 %	169834872
51	NC_010418	ATATT	2	10	36616	36625	40 %	60 %	0 %	0 %	169834927
52	NC_010418	AATTC	2	10	37454	37463	40 %	40 %	0 %	20 %	169835003
53	NC_010418	TTAAA	2	10	39010	39019	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_010418	CCTTC	2	10	39262	39271	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
55	NC_010418	CAAAA	2	10	39322	39331	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_010418	CCTTT	2	10	40230	40239	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_010418	AACTC	2	10	41071	41080	40 %	20 %	0 %	40 %	169834840
58	NC_010418	ATTTA	2	10	44011	44020	40 %	60 %	0 %	0 %	169834916
59	NC_010418	TTCTA	2	10	44106	44115	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_010418	TTTTA	2	10	44160	44169	20 %	80 %	0 %	0 %	169834793
61	NC_010418	TAATT	2	10	45001	45010	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010418	TCATT	2	10	45325	45334	20 %	60 %	0 %	20 %	169834893
63	NC_010418	TGTAT	2	10	45444	45453	20 %	60 %	20 %	0 %	169834893
64	NC_010418	ATTGT	2	10	45791	45800	20 %	60 %	20 %	0 %	169834893
65	NC_010418	TTTAT	2	10	45843	45852	20 %	80 %	0 %	0 %	169834893
66	NC_010418	TTGTA	2	10	46383	46392	20 %	60 %	20 %	0 %	169834893
67	NC_010418	AAATG	2	10	46919	46928	60 %	20 %	20 %	0 %	169834893
68	NC_010418	AAATT	2	10	46933	46942	60 %	40 %	0 %	0 %	169834893
69	NC_010418	TTTGT	2	10	47083	47092	0 %	80 %	20 %	0 %	169834893
70	NC_010418	TCTTT	2	10	47205	47214	0 %	80 %	0 %	20 %	169834832
71	NC_010418	TTTAA	2	10	48621	48630	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010418	AATTG	2	10	49148	49157	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_010418	CATAA	2	10	49236	49245	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_010418	TAAAA	2	10	49318	49327	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_010418	AAGAA	2	10	50009	50018	80 %	0 %	20 %	0 %	169834766
76	NC_010418	AAAAG	2	10	51179	51188	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_010418	TAAAA	2	10	52677	52686	80 %	20 %	0 %	0 %	169834787
78	NC_010418	AATTA	2	10	53937	53946	60 %	40 %	0 %	0 %	169835047
79	NC_010418	AAATT	2	10	54998	55007	60 %	40 %	0 %	0 %	169835047
80	NC_010418	GTAAA	2	10	56025	56034	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_010418	CATGA	2	10	56860	56869	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_010418	TATAT	2	10	57641	57650	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_010418	AGTTA	2	10	57756	57765	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_010418	TAAAA	2	10	57781	57790	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_010418	AATTT	2	10	58123	58132	40 %	60 %	0 %	0 %	169834973
86	NC_010418	TTTTA	2	10	58206	58215	20 %	80 %	0 %	0 %	169834973
87	NC_010418	ACAAT	2	10	60577	60586	60 %	20 %	0 %	20 %	169834914
88	NC_010418	TGATT	2	10	61010	61019	20 %	60 %	20 %	0 %	169834914
89	NC_010418	GTTTA	2	10	61570	61579	20 %	60 %	20 %	0 %	169834914
90	NC_010418	ATTTA	2	10	63759	63768	40 %	60 %	0 %	0 %	169835008
91	NC_010418	AGTAT	2	10	65218	65227	40 %	40 %	20 %	0 %	169835008
92	NC_010418	AAATT	2	10	65318	65327	60 %	40 %	0 %	0 %	169835008
93	NC_010418	ATTTT	2	10	66863	66872	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_010418	CTTTT	2	10	67852	67861	0 %	80 %	0 %	20 %	169834833
95	NC_010418	TTTAT	2	10	67886	67895	20 %	80 %	0 %	0 %	169834833
96	NC_010418	CATTT	2	10	68003	68012	20 %	60 %	0 %	20 %	169834833
97	NC_010418	TTTCT	2	10	68815	68824	0 %	80 %	0 %	20 %	169834790
98	NC_010418	TAGAA	2	10	69071	69080	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_010418	TTTTA	2	10	69637	69646	20 %	80 %	0 %	0 %	169834778
100	NC_010418	TTTAT	2	10	69797	69806	20 %	80 %	0 %	0 %	169834778
101	NC_010418	TAATT	2	10	70005	70014	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_010418	ATTTT	2	10	70617	70626	20 %	80 %	0 %	0 %	169834838
103	NC_010418	TTTTC	2	10	70662	70671	0 %	80 %	0 %	20 %	169834838
104	NC_010418	ATATC	2	10	70677	70686	40 %	40 %	0 %	20 %	169834838
105	NC_010418	TTCCA	2	10	71288	71297	20 %	40 %	0 %	40 %	169834755
106	NC_010418	TTTTA	2	10	71310	71319	20 %	80 %	0 %	0 %	169834755
107	NC_010418	ATTAT	2	10	72516	72525	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010418	ATTTA	2	10	73118	73127	40 %	60 %	0 %	0 %	169834812
109	NC_010418	TTTAC	2	10	73783	73792	20 %	60 %	0 %	20 %	169834910
110	NC_010418	AAATG	2	10	74994	75003	60 %	20 %	20 %	0 %	169834938
111	NC_010418	TTTTC	2	10	75171	75180	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_010418	AGTTA	2	10	76199	76208	40 %	40 %	20 %	0 %	169835050
113	NC_010418	TAATC	2	10	76423	76432	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_010418	CTTTC	2	10	77074	77083	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
115	NC_010418	CATTT	2	10	78670	78679	20 %	60 %	0 %	20 %	169835007
116	NC_010418	GCATA	2	10	79071	79080	40 %	20 %	20 %	20 %	169835007
117	NC_010418	CAGTA	2	10	83007	83016	40 %	20 %	20 %	20 %	169834989
118	NC_010418	ATTTC	2	10	85953	85962	20 %	60 %	0 %	20 %	169834764
119	NC_010418	CTTTA	2	10	85977	85986	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_010418	ATTTA	2	10	86549	86558	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_010418	TCTTT	2	10	88655	88664	0 %	80 %	0 %	20 %	169834975
122	NC_010418	AATTA	2	10	89435	89444	60 %	40 %	0 %	0 %	169834969
123	NC_010418	AATCC	2	10	89480	89489	40 %	20 %	0 %	40 %	169834969
124	NC_010418	TAAAA	2	10	89687	89696	80 %	20 %	0 %	0 %	169834969
125	NC_010418	ATTAT	2	10	90999	91008	40 %	60 %	0 %	0 %	169834795
126	NC_010418	GTAAT	2	10	91045	91054	40 %	40 %	20 %	0 %	169834795
127	NC_010418	ATATA	2	10	91246	91255	60 %	40 %	0 %	0 %	169834795
128	NC_010418	CCTAT	2	10	91335	91344	20 %	40 %	0 %	40 %	169834795
129	NC_010418	GATAT	2	10	91446	91455	40 %	40 %	20 %	0 %	169834795
130	NC_010418	AAACA	2	10	92801	92810	80 %	0 %	0 %	20 %	169834848
131	NC_010418	TAGAT	2	10	94265	94274	40 %	40 %	20 %	0 %	169834848
132	NC_010418	ATAAA	2	10	95176	95185	80 %	20 %	0 %	0 %	169834848
133	NC_010418	TAAAT	2	10	95684	95693	60 %	40 %	0 %	0 %	169834848
134	NC_010418	AATAC	2	10	95752	95761	60 %	20 %	0 %	20 %	169834848
135	NC_010418	TAGAA	2	10	96043	96052	60 %	20 %	20 %	0 %	169834848
136	NC_010418	ATTTT	2	10	98411	98420	20 %	80 %	0 %	0 %	169835034
137	NC_010418	TCAAT	2	10	98864	98873	40 %	40 %	0 %	20 %	169835034
138	NC_010418	CATCT	2	10	99729	99738	20 %	40 %	0 %	40 %	169835034
139	NC_010418	ATCTA	2	10	100264	100273	40 %	40 %	0 %	20 %	169834902
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141	NC_010418	TTTAC	2	10	100814	100823	20 %	60 %	0 %	20 %	169834902
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.