MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Clostridium botulinum A3 str. Loch Maree plasmid pCLK

Total Repeats: 73

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010418	ATTTA	2	10	4691	4700	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010418	TATCT	2	10	29702	29711	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_010418	TTAAA	2	10	39010	39019	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010418	CCTTC	2	10	39262	39271	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
5	NC_010418	CAAAA	2	10	39322	39331	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_010418	CCTTT	2	10	40230	40239	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_010418	TTCTA	2	10	44106	44115	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_010418	TAATT	2	10	45001	45010	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010418	TTTAA	2	10	48621	48630	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_010418	AATTG	2	10	49148	49157	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010418	CATAA	2	10	49236	49245	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_010418	TAAAA	2	10	49318	49327	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010418	AAAAG	2	10	51179	51188	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010418	GTAAA	2	10	56025	56034	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010418	CATGA	2	10	56860	56869	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_010418	TATAT	2	10	57641	57650	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010418	AGTTA	2	10	57756	57765	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_010418	TAAAA	2	10	57781	57790	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010418	ATTTT	2	10	66863	66872	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010418	TAGAA	2	10	69071	69080	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010418	TAATT	2	10	70005	70014	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010418	ATTAT	2	10	72516	72525	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010418	TTTTC	2	10	75171	75180	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_010418	TAATC	2	10	76423	76432	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_010418	CTTTC	2	10	77074	77083	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
26	NC_010418	CTTTA	2	10	85977	85986	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_010418	ATTTA	2	10	86549	86558	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010418	ATAAA	2	10	103953	103962	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010418	TTTTA	2	10	118406	118415	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010418	ATTAT	2	10	120062	120071	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_010418	ATTTA	2	10	121975	121984	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010418	TTTAT	2	10	123694	123703	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_010418	TAAAA	2	10	123746	123755	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010418	TTAAC	2	10	129564	129573	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_010418	TACAT	2	10	130491	130500	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_010418	TATTT	2	10	131195	131204	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010418	TAAAC	2	10	131250	131259	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_010418	AAATT	2	10	131756	131765	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010418	ATATA	2	10	132222	132231	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010418	ATATT	2	10	133073	133082	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010418	TATAA	2	10	138262	138271	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010418	TTTCA	2	10	142542	142551	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_010418	GCTAT	2	10	142906	142915	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_010418	ATTTT	2	10	142972	142981	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010418	AGTTC	2	10	145352	145361	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_010418	AATTT	2	10	145385	145394	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_010418	AAATT	2	10	147053	147062	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010418	ATTTA	2	10	150795	150804	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010418	TTTTA	2	10	154005	154014	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_010418	TATTT	2	10	157494	157503	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010418	TAAAT	2	10	165321	165330	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_010418	TTGTA	2	10	167160	167169	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010418	TTGTA	2	10	169692	169701	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_010418	CCATT	2	10	174152	174161	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_010418	TTATT	2	10	178063	178072	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_010418	TAATA	2	10	179875	179884	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_010418	TCTTT	2	10	181492	181501	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_010418	TTAAA	2	10	191160	191169	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_010418	ATTGA	2	10	191934	191943	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_010418	TATCT	2	10	192583	192592	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_010418	ACATA	2	10	192672	192681	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_010418	ATTTC	2	10	193960	193969	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_010418	AATAA	2	10	197595	197604	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_010418	ATTAT	2	10	211183	211192	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_010418	CTTTC	2	10	214618	214627	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
66	NC_010418	CTTTC	2	10	219355	219364	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_010418	TAAAA	2	10	225192	225201	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_010418	ATATT	2	10	229648	229657	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_010418	CTTTT	2	10	233655	233664	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_010418	CTTTA	2	10	236727	236736	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_010418	GTTTT	2	10	241549	241558	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010418	AATAT	2	10	244921	244930	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_010418	ATAAC	2	10	246724	246733	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.