MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus plasmid pCSL1

Total Repeats: 63

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010408	GGCCGC	2	12	4197	4208	0 %	0 %	50 %	50 %	189016700
2	NC_010408	GCCAGC	2	12	8826	8837	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	189016707
3	NC_010408	GCCCGA	2	12	9034	9045	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	189016707
4	NC_010408	CGCGGC	2	12	9275	9286	0 %	0 %	50 %	50 %	189016707
5	NC_010408	GAGCCC	2	12	11598	11609	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	189016709
6	NC_010408	GCATCG	2	12	15200	15211	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	189016710
7	NC_010408	GCGTCC	2	12	16250	16261	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	189016710
8	NC_010408	CCATGC	2	12	21452	21463	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	189016721
9	NC_010408	TCTCCC	2	12	24543	24554	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	189016725
10	NC_010408	CATGGG	2	12	27721	27732	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	189016730
11	NC_010408	TCGACG	2	12	27983	27994	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	189016731
12	NC_010408	CCGCGG	2	12	28594	28605	0 %	0 %	50 %	50 %	189016733
13	NC_010408	CCGACG	2	12	28833	28844	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	189016733
14	NC_010408	GGCGCG	3	18	31537	31554	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016737
15	NC_010408	ACCTGC	2	12	31768	31779	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	189016737
16	NC_010408	GCCTGC	2	12	33690	33701	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	189016739
17	NC_010408	TGCGAG	2	12	36174	36185	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	189016742
18	NC_010408	CGCACA	2	12	36330	36341	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	189016742
19	NC_010408	CGTCAG	2	12	36395	36406	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	189016743
20	NC_010408	GCGCCG	2	12	36989	37000	0 %	0 %	50 %	50 %	189016744
21	NC_010408	GGGGAG	2	12	40362	40373	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	189016749
22	NC_010408	CGCCGA	2	12	40652	40663	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	189016750
23	NC_010408	GGGTGA	2	12	41620	41631	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	189016751
24	NC_010408	CCGCGG	2	12	43466	43477	0 %	0 %	50 %	50 %	189016754
25	NC_010408	ACTTGG	2	12	46523	46534	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	189016757
26	NC_010408	GATCCC	2	12	47598	47609	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	189016758
27	NC_010408	CGGTCG	2	12	48134	48145	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	189016758
28	NC_010408	CCGCGG	2	12	48990	49001	0 %	0 %	50 %	50 %	189016759
29	NC_010408	GTGGCC	2	12	49172	49183	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	189016759
30	NC_010408	GAGCGG	2	12	49200	49211	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	189016759
31	NC_010408	CTCGGT	2	12	50374	50385	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016759
32	NC_010408	GGACGA	2	12	50473	50484	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	189016759
33	NC_010408	GGTGTT	2	12	51296	51307	0 %	50 %	50 %	0 %	189016760
34	NC_010408	GGAAGC	2	12	51454	51465	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	189016760
35	NC_010408	TCGCGG	2	12	51583	51594	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	189016760
36	NC_010408	GCGGCC	2	12	51795	51806	0 %	0 %	50 %	50 %	189016760
37	NC_010408	CCCGAT	2	12	52993	53004	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	189016762
38	NC_010408	CAGCCG	2	12	53599	53610	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	189016763
39	NC_010408	ACGGTG	2	12	53867	53878	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	189016764
40	NC_010408	CGCTGT	2	12	53961	53972	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016764
41	NC_010408	TGCCGG	2	12	56822	56833	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	189016768
42	NC_010408	GGCGAC	2	12	58412	58423	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	189016769
43	NC_010408	GTGGCG	2	12	59261	59272	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	189016770
44	NC_010408	CCACCC	2	12	63755	63766	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	189016775
45	NC_010408	TCACCG	2	12	63823	63834	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	189016776
46	NC_010408	ACCGAC	2	12	67108	67119	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	189016779
47	NC_010408	TGGCGA	2	12	70257	70268	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	189016781
48	NC_010408	TCGGCG	2	12	71447	71458	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	189016783
49	NC_010408	GGCAAG	2	12	72477	72488	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	189016784
50	NC_010408	CAACTT	2	12	72926	72937	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189016784
51	NC_010408	CTGGCT	2	12	74509	74520	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016786
52	NC_010408	GCCGCG	2	12	75418	75429	0 %	0 %	50 %	50 %	189016786
53	NC_010408	GAACCG	2	12	76379	76390	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016787
54	NC_010408	GAGGGC	2	12	77155	77166	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	189016788
55	NC_010408	GCCGTC	2	12	80861	80872	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	189016793
56	NC_010408	CCGGCG	2	12	81009	81020	0 %	0 %	50 %	50 %	189016793
57	NC_010408	TCGACG	2	12	82867	82878	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	189016797
58	NC_010408	CCGACG	2	12	82879	82890	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	189016797
59	NC_010408	CCTCGA	2	12	84613	84624	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	189016800
60	NC_010408	GGTGCT	2	12	86330	86341	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	189016803
61	NC_010408	GGTGCT	2	12	86403	86414	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	189016803
62	NC_010408	GCCGCT	2	12	86721	86732	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	189016804
63	NC_010408	TCGACC	2	12	88206	88217	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	189016805

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.