MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus plasmid pCSL1

Total Repeats: 78

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010408	CCGCA	2	10	153	162	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
2	NC_010408	GCACC	2	10	364	373	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
3	NC_010408	CCACG	2	10	377	386	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
4	NC_010408	CCGCG	2	10	450	459	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
5	NC_010408	CCCGC	2	10	973	982	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
6	NC_010408	GCGCG	2	10	996	1005	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
7	NC_010408	CGTCG	2	10	1126	1135	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
8	NC_010408	GCACC	2	10	1290	1299	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
9	NC_010408	CCCGC	2	10	2207	2216	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
10	NC_010408	CCGCA	2	10	3109	3118	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
11	NC_010408	GAACC	2	10	4585	4594	40 %	0 %	20 %	40 %	189016701
12	NC_010408	CGAGG	2	10	9239	9248	20 %	0 %	60 %	20 %	189016707
13	NC_010408	CGCGC	2	10	13491	13500	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
14	NC_010408	GGCGA	2	10	13891	13900	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
15	NC_010408	AGGCG	2	10	14877	14886	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
16	NC_010408	TCGGG	2	10	15555	15564	0 %	20 %	60 %	20 %	189016710
17	NC_010408	GCGCG	2	10	19639	19648	0 %	0 %	60 %	40 %	189016718
18	NC_010408	GCCAG	2	10	21334	21343	20 %	0 %	40 %	40 %	189016721
19	NC_010408	CCGCA	2	10	22176	22185	20 %	0 %	20 %	60 %	189016722
20	NC_010408	CCGCG	2	10	27595	27604	0 %	0 %	40 %	60 %	189016730
21	NC_010408	AACGC	2	10	29801	29810	40 %	0 %	20 %	40 %	189016734
22	NC_010408	TGGGG	2	10	30845	30854	0 %	20 %	80 %	0 %	189016737
23	NC_010408	CGGTG	2	10	30951	30960	0 %	20 %	60 %	20 %	189016737
24	NC_010408	TCCCG	2	10	35284	35293	0 %	20 %	20 %	60 %	189016742
25	NC_010408	TGCTG	2	10	35485	35494	0 %	40 %	40 %	20 %	189016742
26	NC_010408	GCGTC	2	10	36956	36965	0 %	20 %	40 %	40 %	189016744
27	NC_010408	GCTCG	2	10	39480	39489	0 %	20 %	40 %	40 %	189016748
28	NC_010408	GCGGG	3	15	41013	41027	0 %	0 %	80 %	20 %	189016751
29	NC_010408	GCCTC	2	10	42065	42074	0 %	20 %	20 %	60 %	189016752
30	NC_010408	GTTCA	2	10	42927	42936	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_010408	TGATC	2	10	43382	43391	20 %	40 %	20 %	20 %	189016754
32	NC_010408	CGCAG	2	10	44032	44041	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
33	NC_010408	CGCGA	2	10	46088	46097	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
34	NC_010408	TCCAC	2	10	47392	47401	20 %	20 %	0 %	60 %	189016757
35	NC_010408	CGCGG	2	10	48349	48358	0 %	0 %	60 %	40 %	189016759
36	NC_010408	GGTCC	2	10	48615	48624	0 %	20 %	40 %	40 %	189016759
37	NC_010408	GAGCT	2	10	49343	49352	20 %	20 %	40 %	20 %	189016759
38	NC_010408	CGGCG	2	10	50344	50353	0 %	0 %	60 %	40 %	189016759
39	NC_010408	GCCGC	2	10	50495	50504	0 %	0 %	40 %	60 %	189016759
40	NC_010408	GCGGG	2	10	51646	51655	0 %	0 %	80 %	20 %	189016760
41	NC_010408	GAGGT	2	10	53909	53918	20 %	20 %	60 %	0 %	189016764
42	NC_010408	ATCGC	2	10	54098	54107	20 %	20 %	20 %	40 %	189016764
43	NC_010408	CGAGC	2	10	54154	54163	20 %	0 %	40 %	40 %	189016764
44	NC_010408	GTGCT	2	10	57798	57807	0 %	40 %	40 %	20 %	189016769
45	NC_010408	ATGGA	2	10	61359	61368	40 %	20 %	40 %	0 %	189016772
46	NC_010408	GCAGA	2	10	62079	62088	40 %	0 %	40 %	20 %	189016773
47	NC_010408	CGGCA	2	10	64868	64877	20 %	0 %	40 %	40 %	189016778
48	NC_010408	GGCGT	2	10	65716	65725	0 %	20 %	60 %	20 %	189016778
49	NC_010408	ACCGC	2	10	67402	67411	20 %	0 %	20 %	60 %	189016780
50	NC_010408	CCGCG	2	10	68749	68758	0 %	0 %	40 %	60 %	189016780
51	NC_010408	CACGG	2	10	69248	69257	20 %	0 %	40 %	40 %	189016780
52	NC_010408	AGCGG	2	10	69449	69458	20 %	0 %	60 %	20 %	189016781
53	NC_010408	CGTGG	2	10	70306	70315	0 %	20 %	60 %	20 %	189016781
54	NC_010408	CCGGC	2	10	70974	70983	0 %	0 %	40 %	60 %	189016782
55	NC_010408	GCTCC	2	10	72578	72587	0 %	20 %	20 %	60 %	189016784
56	NC_010408	CGGGT	2	10	75098	75107	0 %	20 %	60 %	20 %	189016786
57	NC_010408	CAGAG	2	10	78086	78095	40 %	0 %	40 %	20 %	189016789
58	NC_010408	CGCTG	2	10	78528	78537	0 %	20 %	40 %	40 %	189016790
59	NC_010408	AGCGC	2	10	78630	78639	20 %	0 %	40 %	40 %	189016790
60	NC_010408	GGTGC	2	10	79177	79186	0 %	20 %	60 %	20 %	189016790
61	NC_010408	CCCCG	2	10	79450	79459	0 %	0 %	20 %	80 %	189016790
62	NC_010408	GCAGA	2	10	82769	82778	40 %	0 %	40 %	20 %	189016796
63	NC_010408	CGTCC	2	10	83092	83101	0 %	20 %	20 %	60 %	189016797
64	NC_010408	CGACC	2	10	83127	83136	20 %	0 %	20 %	60 %	189016797
65	NC_010408	GACGG	2	10	83354	83363	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
66	NC_010408	CTGGT	2	10	88072	88081	0 %	40 %	40 %	20 %	189016805
67	NC_010408	TGCTC	2	10	88333	88342	0 %	40 %	20 %	40 %	189016806
68	NC_010408	ATCCC	2	10	89898	89907	20 %	20 %	0 %	60 %	189016807
69	NC_010408	GCGGT	2	10	90192	90201	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
70	NC_010408	GGCGG	2	10	90821	90830	0 %	0 %	80 %	20 %	189016810
71	NC_010408	GTGCG	2	10	91674	91683	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
72	NC_010408	GCGGG	2	10	92577	92586	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
73	NC_010408	GGTGC	2	10	93493	93502	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
74	NC_010408	CGCGA	2	10	93655	93664	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
75	NC_010408	GCGGG	2	10	93810	93819	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
76	NC_010408	CGTGG	2	10	94406	94415	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
77	NC_010408	GGTGC	2	10	94419	94428	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
78	NC_010408	TGCGG	2	10	94630	94639	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.