MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus plasmid pCSL1

Total Repeats: 83

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010408	CGGC	2	8	279	286	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2	NC_010408	CGGC	2	8	820	827	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3	NC_010408	ACGC	2	8	965	972	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
4	NC_010408	GAGC	2	8	1138	1145	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
5	NC_010408	CAGC	2	8	1437	1444	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
6	NC_010408	GCAC	2	8	1495	1502	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
7	NC_010408	GCAC	2	8	2121	2128	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
8	NC_010408	ACGC	2	8	2199	2206	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
9	NC_010408	GCCG	2	8	2283	2290	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
10	NC_010408	CCCG	2	8	2480	2487	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
11	NC_010408	GCAC	2	8	2636	2643	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_010408	CGCC	2	8	2896	2903	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
13	NC_010408	CCGG	2	8	3074	3081	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
14	NC_010408	CGCC	2	8	3364	3371	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
15	NC_010408	ACGC	2	8	3567	3574	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
16	NC_010408	ACGC	2	8	4739	4746	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
17	NC_010408	CACT	2	8	5401	5408	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
18	NC_010408	GCAG	2	8	7544	7551	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
19	NC_010408	TCCC	2	8	7586	7593	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
20	NC_010408	CGCA	2	8	8522	8529	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
21	NC_010408	CGAC	2	8	9876	9883	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
22	NC_010408	CGTC	2	8	11994	12001	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
23	NC_010408	CGGA	2	8	12101	12108	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
24	NC_010408	GGCG	2	8	12172	12179	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
25	NC_010408	CGTG	2	8	12328	12335	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
26	NC_010408	CTTC	2	8	12417	12424	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_010408	CGGC	2	8	12713	12720	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
28	NC_010408	CGTC	2	8	13427	13434	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
29	NC_010408	GGAG	2	8	13571	13578	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010408	CGTG	2	8	13589	13596	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
31	NC_010408	CTCC	2	8	13624	13631	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
32	NC_010408	CCGG	2	8	14294	14301	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
33	NC_010408	CGCT	2	8	14457	14464	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
34	NC_010408	GGGC	2	8	14540	14547	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
35	NC_010408	GAGC	2	8	16607	16614	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
36	NC_010408	GCGT	2	8	22918	22925	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
37	NC_010408	GCAG	2	8	23773	23780	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
38	NC_010408	CCCG	2	8	24868	24875	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
39	NC_010408	CCCG	2	8	29315	29322	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
40	NC_010408	CGGG	2	8	29978	29985	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
41	NC_010408	TCGG	2	8	32572	32579	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_010408	GCGG	2	8	40031	40038	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
43	NC_010408	GAGT	2	8	40043	40050	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_010408	CGCT	2	8	42223	42230	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
45	NC_010408	CTAC	2	8	42836	42843	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_010408	GGCC	2	8	44014	44021	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
47	NC_010408	TAGG	2	8	45968	45975	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010408	CCTA	2	8	59325	59332	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_010408	GCGG	2	8	70537	70544	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
50	NC_010408	TCCG	2	8	70578	70585	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
51	NC_010408	TGCA	2	8	73743	73750	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_010408	GCAG	2	8	74257	74264	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
53	NC_010408	CGCC	2	8	75629	75636	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
54	NC_010408	ACGG	2	8	75664	75671	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NC_010408	GCTG	2	8	75875	75882	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
56	NC_010408	GGTC	2	8	75935	75942	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
57	NC_010408	GCTG	2	8	76030	76037	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
58	NC_010408	TGCT	2	8	77302	77309	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
59	NC_010408	TTGC	2	8	82166	82173	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_010408	GAAG	2	8	82586	82593	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_010408	TCCT	2	8	83861	83868	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_010408	AGGG	2	8	83888	83895	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
63	NC_010408	TGGT	2	8	84443	84450	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NC_010408	AGCA	2	8	84548	84555	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_010408	GACT	2	8	84987	84994	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_010408	GCGG	2	8	87504	87511	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
67	NC_010408	GCGT	2	8	90047	90054	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
68	NC_010408	GCGT	2	8	91219	91226	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
69	NC_010408	GCGG	2	8	91479	91486	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
70	NC_010408	CCGG	2	8	91712	91719	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
71	NC_010408	GGGC	2	8	91889	91896	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
72	NC_010408	GTGC	2	8	92150	92157	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
73	NC_010408	CGGG	2	8	92306	92313	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
74	NC_010408	GCCG	2	8	92486	92493	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
75	NC_010408	CGGC	2	8	92503	92510	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
76	NC_010408	GCGT	2	8	92587	92594	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
77	NC_010408	GCCG	2	8	92755	92762	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
78	NC_010408	GCCG	2	8	92848	92855	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
79	NC_010408	CGGG	2	8	93153	93160	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
80	NC_010408	GCGT	2	8	93288	93295	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
81	NC_010408	GCTG	2	8	93348	93355	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
82	NC_010408	GCGT	2	8	93820	93827	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
83	NC_010408	GCCG	2	8	94327	94334	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.