MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus plasmid pCSL1

Total Repeats: 235

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010408	ACCG	2	8	4306	4313	25 %	0 %	25 %	50 %	189016700
2	NC_010408	GACC	2	8	4400	4407	25 %	0 %	25 %	50 %	189016701
3	NC_010408	CCGA	2	8	4416	4423	25 %	0 %	25 %	50 %	189016701
4	NC_010408	CGGC	2	8	4456	4463	0 %	0 %	50 %	50 %	189016701
5	NC_010408	TACT	2	8	5276	5283	25 %	50 %	0 %	25 %	189016702
6	NC_010408	CTGG	2	8	5564	5571	0 %	25 %	50 %	25 %	189016703
7	NC_010408	CTCC	2	8	6859	6866	0 %	25 %	0 %	75 %	189016704
8	NC_010408	CGCC	2	8	7268	7275	0 %	0 %	25 %	75 %	189016704
9	NC_010408	TCCA	2	8	7875	7882	25 %	25 %	0 %	50 %	189016705
10	NC_010408	CGGA	2	8	8466	8473	25 %	0 %	50 %	25 %	189016706
11	NC_010408	CGGC	2	8	8668	8675	0 %	0 %	50 %	50 %	189016707
12	NC_010408	GCGT	2	8	8938	8945	0 %	25 %	50 %	25 %	189016707
13	NC_010408	CCCG	2	8	8999	9006	0 %	0 %	25 %	75 %	189016707
14	NC_010408	GCCG	2	8	9170	9177	0 %	0 %	50 %	50 %	189016707
15	NC_010408	GCGG	2	8	9592	9599	0 %	0 %	75 %	25 %	189016707
16	NC_010408	GCGG	2	8	9926	9933	0 %	0 %	75 %	25 %	189016708
17	NC_010408	TCAC	2	8	10117	10124	25 %	25 %	0 %	50 %	189016708
18	NC_010408	TCAC	2	8	10137	10144	25 %	25 %	0 %	50 %	189016709
19	NC_010408	GCTC	2	8	10349	10356	0 %	25 %	25 %	50 %	189016709
20	NC_010408	AGCG	2	8	11484	11491	25 %	0 %	50 %	25 %	189016709
21	NC_010408	TCAT	2	8	15043	15050	25 %	50 %	0 %	25 %	189016710
22	NC_010408	CCGT	2	8	15163	15170	0 %	25 %	25 %	50 %	189016710
23	NC_010408	GTCG	2	8	15340	15347	0 %	25 %	50 %	25 %	189016710
24	NC_010408	CGTC	2	8	16220	16227	0 %	25 %	25 %	50 %	189016710
25	NC_010408	CGCA	2	8	17123	17130	25 %	0 %	25 %	50 %	189016712
26	NC_010408	TCGG	2	8	17507	17514	0 %	25 %	50 %	25 %	189016713
27	NC_010408	TCGA	2	8	17737	17744	25 %	25 %	25 %	25 %	189016714
28	NC_010408	GGCT	2	8	17832	17839	0 %	25 %	50 %	25 %	189016714
29	NC_010408	CCGA	2	8	18020	18027	25 %	0 %	25 %	50 %	189016714
30	NC_010408	CCAC	2	8	18158	18165	25 %	0 %	0 %	75 %	189016715
31	NC_010408	TCGA	2	8	18840	18847	25 %	25 %	25 %	25 %	189016716
32	NC_010408	CAGT	2	8	19080	19087	25 %	25 %	25 %	25 %	189016717
33	NC_010408	GCTC	2	8	19448	19455	0 %	25 %	25 %	50 %	189016717
34	NC_010408	CCCA	2	8	19719	19726	25 %	0 %	0 %	75 %	189016718
35	NC_010408	TGCG	2	8	20449	20456	0 %	25 %	50 %	25 %	189016719
36	NC_010408	GTGC	2	8	20610	20617	0 %	25 %	50 %	25 %	189016719
37	NC_010408	CGAC	2	8	21347	21354	25 %	0 %	25 %	50 %	189016721
38	NC_010408	GCCG	2	8	21390	21397	0 %	0 %	50 %	50 %	189016721
39	NC_010408	CCCG	2	8	22093	22100	0 %	0 %	25 %	75 %	189016722
40	NC_010408	CGGC	2	8	22405	22412	0 %	0 %	50 %	50 %	189016722
41	NC_010408	CGGG	2	8	22433	22440	0 %	0 %	75 %	25 %	189016722
42	NC_010408	GATC	2	8	22642	22649	25 %	25 %	25 %	25 %	189016722
43	NC_010408	CCTG	2	8	22779	22786	0 %	25 %	25 %	50 %	189016722
44	NC_010408	CGCC	2	8	22837	22844	0 %	0 %	25 %	75 %	189016722
45	NC_010408	ACCC	2	8	23123	23130	25 %	0 %	0 %	75 %	189016723
46	NC_010408	ACGG	2	8	23537	23544	25 %	0 %	50 %	25 %	189016723
47	NC_010408	GCCA	2	8	23606	23613	25 %	0 %	25 %	50 %	189016723
48	NC_010408	CACG	2	8	23991	23998	25 %	0 %	25 %	50 %	189016724
49	NC_010408	ACGC	2	8	24126	24133	25 %	0 %	25 %	50 %	189016724
50	NC_010408	CGCC	2	8	24143	24150	0 %	0 %	25 %	75 %	189016724
51	NC_010408	CGTG	2	8	24363	24370	0 %	25 %	50 %	25 %	189016725
52	NC_010408	CGAC	2	8	24504	24511	25 %	0 %	25 %	50 %	189016725
53	NC_010408	GGCT	2	8	26087	26094	0 %	25 %	50 %	25 %	189016727
54	NC_010408	CCGA	2	8	26292	26299	25 %	0 %	25 %	50 %	189016727
55	NC_010408	GGGC	2	8	26519	26526	0 %	0 %	75 %	25 %	189016728
56	NC_010408	GCCC	2	8	27281	27288	0 %	0 %	25 %	75 %	189016729
57	NC_010408	CGAC	2	8	27528	27535	25 %	0 %	25 %	50 %	189016730
58	NC_010408	GGCG	2	8	27610	27617	0 %	0 %	75 %	25 %	189016730
59	NC_010408	CCAC	2	8	28405	28412	25 %	0 %	0 %	75 %	189016732
60	NC_010408	CGAG	2	8	29865	29872	25 %	0 %	50 %	25 %	189016734
61	NC_010408	CATC	2	8	30316	30323	25 %	25 %	0 %	50 %	189016736
62	NC_010408	TCGT	2	8	30585	30592	0 %	50 %	25 %	25 %	189016736
63	NC_010408	CGGT	2	8	30977	30984	0 %	25 %	50 %	25 %	189016737
64	NC_010408	GGGT	2	8	31733	31740	0 %	25 %	75 %	0 %	189016737
65	NC_010408	GAGG	2	8	31836	31843	25 %	0 %	75 %	0 %	189016737
66	NC_010408	TGCG	2	8	32182	32189	0 %	25 %	50 %	25 %	189016737
67	NC_010408	GGGC	2	8	32846	32853	0 %	0 %	75 %	25 %	189016738
68	NC_010408	CAGG	2	8	32928	32935	25 %	0 %	50 %	25 %	189016738
69	NC_010408	CGGC	2	8	33082	33089	0 %	0 %	50 %	50 %	189016738
70	NC_010408	CGGG	2	8	33640	33647	0 %	0 %	75 %	25 %	189016739
71	NC_010408	CCTG	2	8	34176	34183	0 %	25 %	25 %	50 %	189016740
72	NC_010408	TGCG	2	8	34974	34981	0 %	25 %	50 %	25 %	189016742
73	NC_010408	TGCG	2	8	35247	35254	0 %	25 %	50 %	25 %	189016742
74	NC_010408	GCGG	2	8	35605	35612	0 %	0 %	75 %	25 %	189016742
75	NC_010408	GCGG	2	8	36112	36119	0 %	0 %	75 %	25 %	189016742
76	NC_010408	CCGT	2	8	36609	36616	0 %	25 %	25 %	50 %	189016743
77	NC_010408	GGCT	2	8	36722	36729	0 %	25 %	50 %	25 %	189016743
78	NC_010408	CCGG	2	8	36752	36759	0 %	0 %	50 %	50 %	189016744
79	NC_010408	TCGG	2	8	37096	37103	0 %	25 %	50 %	25 %	189016744
80	NC_010408	CGAG	2	8	37211	37218	25 %	0 %	50 %	25 %	189016744
81	NC_010408	CGGC	2	8	38119	38126	0 %	0 %	50 %	50 %	189016745
82	NC_010408	CGGC	2	8	38326	38333	0 %	0 %	50 %	50 %	189016745
83	NC_010408	CGCC	2	8	38358	38365	0 %	0 %	25 %	75 %	189016746
84	NC_010408	GACC	2	8	38583	38590	25 %	0 %	25 %	50 %	189016746
85	NC_010408	GACG	2	8	38630	38637	25 %	0 %	50 %	25 %	189016746
86	NC_010408	CGCC	2	8	39008	39015	0 %	0 %	25 %	75 %	189016747
87	NC_010408	CGGG	2	8	39023	39030	0 %	0 %	75 %	25 %	189016747
88	NC_010408	CGAC	2	8	39165	39172	25 %	0 %	25 %	50 %	189016747
89	NC_010408	TTCG	2	8	39380	39387	0 %	50 %	25 %	25 %	189016748
90	NC_010408	TGGC	2	8	39807	39814	0 %	25 %	50 %	25 %	189016748
91	NC_010408	GCGT	2	8	39875	39882	0 %	25 %	50 %	25 %	189016748
92	NC_010408	GTCG	2	8	40395	40402	0 %	25 %	50 %	25 %	189016749
93	NC_010408	GTGG	2	8	40422	40429	0 %	25 %	75 %	0 %	189016749
94	NC_010408	CAGG	2	8	41123	41130	25 %	0 %	50 %	25 %	189016751
95	NC_010408	CAGC	2	8	41153	41160	25 %	0 %	25 %	50 %	189016751
96	NC_010408	TGGG	2	8	41612	41619	0 %	25 %	75 %	0 %	189016751
97	NC_010408	GGCC	2	8	41635	41642	0 %	0 %	50 %	50 %	189016751
98	NC_010408	GCGG	2	8	43211	43218	0 %	0 %	75 %	25 %	189016754
99	NC_010408	CGGA	2	8	43423	43430	25 %	0 %	50 %	25 %	189016754
100	NC_010408	ATCC	2	8	43539	43546	25 %	25 %	0 %	50 %	189016754
101	NC_010408	CCGC	2	8	43718	43725	0 %	0 %	25 %	75 %	189016754
102	NC_010408	CAAC	2	8	43808	43815	50 %	0 %	0 %	50 %	189016754
103	NC_010408	CGTC	2	8	44931	44938	0 %	25 %	25 %	50 %	189016755
104	NC_010408	TGCG	2	8	45157	45164	0 %	25 %	50 %	25 %	189016756
105	NC_010408	GGAT	2	8	45287	45294	25 %	25 %	50 %	0 %	189016756
106	NC_010408	CCGT	2	8	45389	45396	0 %	25 %	25 %	50 %	189016756
107	NC_010408	GGCC	2	8	45435	45442	0 %	0 %	50 %	50 %	189016756
108	NC_010408	GCAG	2	8	45684	45691	25 %	0 %	50 %	25 %	189016756
109	NC_010408	TTCA	2	8	46205	46212	25 %	50 %	0 %	25 %	189016757
110	NC_010408	CTTC	2	8	47362	47369	0 %	50 %	0 %	50 %	189016757
111	NC_010408	CCAT	2	8	47792	47799	25 %	25 %	0 %	50 %	189016758
112	NC_010408	CGAC	2	8	48393	48400	25 %	0 %	25 %	50 %	189016759
113	NC_010408	GCCG	2	8	48456	48463	0 %	0 %	50 %	50 %	189016759
114	NC_010408	GGAC	2	8	49212	49219	25 %	0 %	50 %	25 %	189016759
115	NC_010408	TCCG	2	8	49912	49919	0 %	25 %	25 %	50 %	189016759
116	NC_010408	TCGC	2	8	50120	50127	0 %	25 %	25 %	50 %	189016759
117	NC_010408	GGGC	2	8	50553	50560	0 %	0 %	75 %	25 %	189016759
118	NC_010408	GGCG	2	8	50821	50828	0 %	0 %	75 %	25 %	189016759
119	NC_010408	GGCG	2	8	50839	50846	0 %	0 %	75 %	25 %	189016759
120	NC_010408	CGGC	2	8	51011	51018	0 %	0 %	50 %	50 %	189016759
121	NC_010408	GATG	2	8	51019	51026	25 %	25 %	50 %	0 %	189016759
122	NC_010408	GCCG	2	8	51175	51182	0 %	0 %	50 %	50 %	189016759
123	NC_010408	GCCG	2	8	51830	51837	0 %	0 %	50 %	50 %	189016760
124	NC_010408	CCTG	2	8	52290	52297	0 %	25 %	25 %	50 %	189016761
125	NC_010408	GATC	2	8	52627	52634	25 %	25 %	25 %	25 %	189016761
126	NC_010408	GTGC	2	8	52900	52907	0 %	25 %	50 %	25 %	189016761
127	NC_010408	GCAC	2	8	53529	53536	25 %	0 %	25 %	50 %	189016763
128	NC_010408	CGCC	2	8	53946	53953	0 %	0 %	25 %	75 %	189016764
129	NC_010408	GACC	2	8	54598	54605	25 %	0 %	25 %	50 %	189016766
130	NC_010408	GAGC	2	8	54967	54974	25 %	0 %	50 %	25 %	189016766
131	NC_010408	TGCT	2	8	55901	55908	0 %	50 %	25 %	25 %	189016767
132	NC_010408	GCCG	2	8	57227	57234	0 %	0 %	50 %	50 %	189016768
133	NC_010408	CGAG	2	8	57880	57887	25 %	0 %	50 %	25 %	189016769
134	NC_010408	CCGC	2	8	59232	59239	0 %	0 %	25 %	75 %	189016770
135	NC_010408	CGGC	2	8	59585	59592	0 %	0 %	50 %	50 %	189016771
136	NC_010408	CCCG	2	8	59660	59667	0 %	0 %	25 %	75 %	189016771
137	NC_010408	CAGC	2	8	61351	61358	25 %	0 %	25 %	50 %	189016772
138	NC_010408	GCTT	2	8	61455	61462	0 %	50 %	25 %	25 %	189016772
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.