MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Coding Repeats of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus plasmid pCSL1

Total Repeats: 168

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010408	TC	3	6	3848	3853	0 %	50 %	0 %	50 %	189016699
2	NC_010408	GC	3	6	4318	4323	0 %	0 %	50 %	50 %	189016700
3	NC_010408	CA	3	6	4570	4575	50 %	0 %	0 %	50 %	189016701
4	NC_010408	GT	4	8	5694	5701	0 %	50 %	50 %	0 %	189016703
5	NC_010408	GC	3	6	5799	5804	0 %	0 %	50 %	50 %	189016703
6	NC_010408	GA	3	6	7001	7006	50 %	0 %	50 %	0 %	189016704
7	NC_010408	TC	3	6	7007	7012	0 %	50 %	0 %	50 %	189016704
8	NC_010408	CG	3	6	7837	7842	0 %	0 %	50 %	50 %	189016705
9	NC_010408	CG	3	6	8353	8358	0 %	0 %	50 %	50 %	189016706
10	NC_010408	CG	3	6	8421	8426	0 %	0 %	50 %	50 %	189016706
11	NC_010408	CG	3	6	8500	8505	0 %	0 %	50 %	50 %	189016706
12	NC_010408	CA	3	6	8660	8665	50 %	0 %	0 %	50 %	189016707
13	NC_010408	GC	3	6	8760	8765	0 %	0 %	50 %	50 %	189016707
14	NC_010408	TG	3	6	8971	8976	0 %	50 %	50 %	0 %	189016707
15	NC_010408	CG	3	6	9419	9424	0 %	0 %	50 %	50 %	189016707
16	NC_010408	GA	3	6	9457	9462	50 %	0 %	50 %	0 %	189016707
17	NC_010408	GC	3	6	9991	9996	0 %	0 %	50 %	50 %	189016708
18	NC_010408	CG	4	8	10145	10152	0 %	0 %	50 %	50 %	189016709
19	NC_010408	GC	4	8	10417	10424	0 %	0 %	50 %	50 %	189016709
20	NC_010408	CG	3	6	10969	10974	0 %	0 %	50 %	50 %	189016709
21	NC_010408	AT	3	6	10989	10994	50 %	50 %	0 %	0 %	189016709
22	NC_010408	GC	3	6	11546	11551	0 %	0 %	50 %	50 %	189016709
23	NC_010408	CG	3	6	16898	16903	0 %	0 %	50 %	50 %	189016712
24	NC_010408	GC	3	6	17383	17388	0 %	0 %	50 %	50 %	189016713
25	NC_010408	CG	3	6	17476	17481	0 %	0 %	50 %	50 %	189016713
26	NC_010408	GC	3	6	18043	18048	0 %	0 %	50 %	50 %	189016714
27	NC_010408	GC	4	8	18597	18604	0 %	0 %	50 %	50 %	189016716
28	NC_010408	CG	3	6	18877	18882	0 %	0 %	50 %	50 %	189016716
29	NC_010408	GC	3	6	21738	21743	0 %	0 %	50 %	50 %	189016721
30	NC_010408	CG	3	6	22301	22306	0 %	0 %	50 %	50 %	189016722
31	NC_010408	CG	3	6	22542	22547	0 %	0 %	50 %	50 %	189016722
32	NC_010408	CG	3	6	23902	23907	0 %	0 %	50 %	50 %	189016724
33	NC_010408	TA	3	6	24379	24384	50 %	50 %	0 %	0 %	189016725
34	NC_010408	GC	3	6	25890	25895	0 %	0 %	50 %	50 %	189016727
35	NC_010408	CG	3	6	26898	26903	0 %	0 %	50 %	50 %	189016728
36	NC_010408	GC	3	6	26997	27002	0 %	0 %	50 %	50 %	189016728
37	NC_010408	AG	3	6	27160	27165	50 %	0 %	50 %	0 %	189016728
38	NC_010408	GC	4	8	27166	27173	0 %	0 %	50 %	50 %	189016728
39	NC_010408	GC	4	8	27205	27212	0 %	0 %	50 %	50 %	189016728
40	NC_010408	GA	3	6	27475	27480	50 %	0 %	50 %	0 %	189016729
41	NC_010408	GC	3	6	27628	27633	0 %	0 %	50 %	50 %	189016730
42	NC_010408	AG	3	6	28075	28080	50 %	0 %	50 %	0 %	189016731
43	NC_010408	GC	3	6	28182	28187	0 %	0 %	50 %	50 %	189016732
44	NC_010408	GC	3	6	28190	28195	0 %	0 %	50 %	50 %	189016732
45	NC_010408	TC	3	6	29894	29899	0 %	50 %	0 %	50 %	189016734
46	NC_010408	CG	4	8	30229	30236	0 %	0 %	50 %	50 %	189016736
47	NC_010408	GC	3	6	30420	30425	0 %	0 %	50 %	50 %	189016736
48	NC_010408	GC	3	6	31343	31348	0 %	0 %	50 %	50 %	189016737
49	NC_010408	CG	3	6	31453	31458	0 %	0 %	50 %	50 %	189016737
50	NC_010408	CG	3	6	31638	31643	0 %	0 %	50 %	50 %	189016737
51	NC_010408	CG	3	6	31709	31714	0 %	0 %	50 %	50 %	189016737
52	NC_010408	CG	3	6	31724	31729	0 %	0 %	50 %	50 %	189016737
53	NC_010408	GC	3	6	31981	31986	0 %	0 %	50 %	50 %	189016737
54	NC_010408	GC	3	6	32173	32178	0 %	0 %	50 %	50 %	189016737
55	NC_010408	GC	3	6	32255	32260	0 %	0 %	50 %	50 %	189016737
56	NC_010408	GC	3	6	32291	32296	0 %	0 %	50 %	50 %	189016737
57	NC_010408	CG	3	6	33170	33175	0 %	0 %	50 %	50 %	189016738
58	NC_010408	GC	3	6	33194	33199	0 %	0 %	50 %	50 %	189016738
59	NC_010408	CG	3	6	33612	33617	0 %	0 %	50 %	50 %	189016739
60	NC_010408	CG	3	6	33674	33679	0 %	0 %	50 %	50 %	189016739
61	NC_010408	GC	3	6	33834	33839	0 %	0 %	50 %	50 %	189016739
62	NC_010408	GC	3	6	34005	34010	0 %	0 %	50 %	50 %	189016740
63	NC_010408	GC	3	6	34048	34053	0 %	0 %	50 %	50 %	189016740
64	NC_010408	CG	3	6	34932	34937	0 %	0 %	50 %	50 %	189016742
65	NC_010408	GC	3	6	35463	35468	0 %	0 %	50 %	50 %	189016742
66	NC_010408	CG	3	6	35587	35592	0 %	0 %	50 %	50 %	189016742
67	NC_010408	GC	3	6	36602	36607	0 %	0 %	50 %	50 %	189016743
68	NC_010408	CG	3	6	36622	36627	0 %	0 %	50 %	50 %	189016743
69	NC_010408	AC	3	6	36916	36921	50 %	0 %	0 %	50 %	189016744
70	NC_010408	GC	3	6	37037	37042	0 %	0 %	50 %	50 %	189016744
71	NC_010408	GC	3	6	39179	39184	0 %	0 %	50 %	50 %	189016747
72	NC_010408	GC	3	6	39330	39335	0 %	0 %	50 %	50 %	189016748
73	NC_010408	GC	3	6	39412	39417	0 %	0 %	50 %	50 %	189016748
74	NC_010408	CG	3	6	39800	39805	0 %	0 %	50 %	50 %	189016748
75	NC_010408	GC	3	6	40096	40101	0 %	0 %	50 %	50 %	189016749
76	NC_010408	GC	3	6	40576	40581	0 %	0 %	50 %	50 %	189016750
77	NC_010408	CG	3	6	42749	42754	0 %	0 %	50 %	50 %	189016753
78	NC_010408	CG	3	6	43046	43051	0 %	0 %	50 %	50 %	189016754
79	NC_010408	GC	3	6	43075	43080	0 %	0 %	50 %	50 %	189016754
80	NC_010408	GC	3	6	43699	43704	0 %	0 %	50 %	50 %	189016754
81	NC_010408	CT	3	6	44279	44284	0 %	50 %	0 %	50 %	189016755
82	NC_010408	GC	3	6	44352	44357	0 %	0 %	50 %	50 %	189016755
83	NC_010408	AT	3	6	44481	44486	50 %	50 %	0 %	0 %	189016755
84	NC_010408	CG	3	6	45320	45325	0 %	0 %	50 %	50 %	189016756
85	NC_010408	GC	3	6	45397	45402	0 %	0 %	50 %	50 %	189016756
86	NC_010408	CG	3	6	45561	45566	0 %	0 %	50 %	50 %	189016756
87	NC_010408	CG	3	6	45800	45805	0 %	0 %	50 %	50 %	189016756
88	NC_010408	GC	4	8	45819	45826	0 %	0 %	50 %	50 %	189016756
89	NC_010408	CT	3	6	46269	46274	0 %	50 %	0 %	50 %	189016757
90	NC_010408	GC	3	6	46393	46398	0 %	0 %	50 %	50 %	189016757
91	NC_010408	GC	3	6	48077	48082	0 %	0 %	50 %	50 %	189016758
92	NC_010408	CG	4	8	48291	48298	0 %	0 %	50 %	50 %	189016759
93	NC_010408	CG	3	6	48410	48415	0 %	0 %	50 %	50 %	189016759
94	NC_010408	GC	3	6	49329	49334	0 %	0 %	50 %	50 %	189016759
95	NC_010408	CG	4	8	49743	49750	0 %	0 %	50 %	50 %	189016759
96	NC_010408	CT	3	6	51274	51279	0 %	50 %	0 %	50 %	189016760
97	NC_010408	GC	3	6	52480	52485	0 %	0 %	50 %	50 %	189016761
98	NC_010408	GA	3	6	53490	53495	50 %	0 %	50 %	0 %	189016763
99	NC_010408	CG	3	6	53593	53598	0 %	0 %	50 %	50 %	189016763
100	NC_010408	GA	3	6	53843	53848	50 %	0 %	50 %	0 %	189016764
101	NC_010408	GC	4	8	53984	53991	0 %	0 %	50 %	50 %	189016764
102	NC_010408	CG	3	6	54578	54583	0 %	0 %	50 %	50 %	189016766
103	NC_010408	CG	3	6	55035	55040	0 %	0 %	50 %	50 %	189016766
104	NC_010408	GC	3	6	55309	55314	0 %	0 %	50 %	50 %	189016767
105	NC_010408	GC	3	6	55700	55705	0 %	0 %	50 %	50 %	189016767
106	NC_010408	CG	3	6	56293	56298	0 %	0 %	50 %	50 %	189016768
107	NC_010408	CG	3	6	56550	56555	0 %	0 %	50 %	50 %	189016768
108	NC_010408	GC	3	6	56863	56868	0 %	0 %	50 %	50 %	189016768
109	NC_010408	CG	3	6	57057	57062	0 %	0 %	50 %	50 %	189016768
110	NC_010408	CG	3	6	57824	57829	0 %	0 %	50 %	50 %	189016769
111	NC_010408	CG	3	6	58730	58735	0 %	0 %	50 %	50 %	189016770
112	NC_010408	GC	3	6	60055	60060	0 %	0 %	50 %	50 %	189016772
113	NC_010408	CG	3	6	60544	60549	0 %	0 %	50 %	50 %	189016772
114	NC_010408	TC	3	6	60900	60905	0 %	50 %	0 %	50 %	189016772
115	NC_010408	CA	3	6	61055	61060	50 %	0 %	0 %	50 %	189016772
116	NC_010408	CG	3	6	61662	61667	0 %	0 %	50 %	50 %	189016773
117	NC_010408	CG	3	6	62069	62074	0 %	0 %	50 %	50 %	189016773
118	NC_010408	GC	3	6	62159	62164	0 %	0 %	50 %	50 %	189016773
119	NC_010408	GC	3	6	62733	62738	0 %	0 %	50 %	50 %	189016774
120	NC_010408	GT	3	6	62941	62946	0 %	50 %	50 %	0 %	189016775
121	NC_010408	TC	3	6	63187	63192	0 %	50 %	0 %	50 %	189016775
122	NC_010408	CG	5	10	63687	63696	0 %	0 %	50 %	50 %	189016775
123	NC_010408	GC	3	6	64207	64212	0 %	0 %	50 %	50 %	189016777
124	NC_010408	CT	3	6	65783	65788	0 %	50 %	0 %	50 %	189016778
125	NC_010408	GC	3	6	66611	66616	0 %	0 %	50 %	50 %	189016779
126	NC_010408	GC	3	6	66855	66860	0 %	0 %	50 %	50 %	189016779
127	NC_010408	GA	3	6	67358	67363	50 %	0 %	50 %	0 %	189016779
128	NC_010408	CG	3	6	68787	68792	0 %	0 %	50 %	50 %	189016780
129	NC_010408	GC	3	6	69326	69331	0 %	0 %	50 %	50 %	189016780
130	NC_010408	CT	3	6	69371	69376	0 %	50 %	0 %	50 %	189016781
131	NC_010408	GC	3	6	69405	69410	0 %	0 %	50 %	50 %	189016781
132	NC_010408	CG	3	6	69967	69972	0 %	0 %	50 %	50 %	189016781
133	NC_010408	CG	3	6	71018	71023	0 %	0 %	50 %	50 %	189016782
134	NC_010408	TC	3	6	71034	71039	0 %	50 %	0 %	50 %	189016782
135	NC_010408	GC	3	6	71932	71937	0 %	0 %	50 %	50 %	189016784
136	NC_010408	CG	3	6	73286	73291	0 %	0 %	50 %	50 %	189016784
137	NC_010408	GC	3	6	73507	73512	0 %	0 %	50 %	50 %	189016784
138	NC_010408	GC	3	6	73809	73814	0 %	0 %	50 %	50 %	189016785
139	NC_010408	GC	3	6	74382	74387	0 %	0 %	50 %	50 %	189016786
140	NC_010408	CG	3	6	74557	74562	0 %	0 %	50 %	50 %	189016786
141	NC_010408	GC	3	6	74949	74954	0 %	0 %	50 %	50 %	189016786
142	NC_010408	GC	3	6	74959	74964	0 %	0 %	50 %	50 %	189016786
143	NC_010408	CG	3	6	75375	75380	0 %	0 %	50 %	50 %	189016786
144	NC_010408	CG	3	6	77927	77932	0 %	0 %	50 %	50 %	189016789
145	NC_010408	GT	3	6	78097	78102	0 %	50 %	50 %	0 %	189016789
146	NC_010408	AC	3	6	78126	78131	50 %	0 %	0 %	50 %	189016790
147	NC_010408	CG	4	8	78170	78177	0 %	0 %	50 %	50 %	189016790
148	NC_010408	GC	3	6	78366	78371	0 %	0 %	50 %	50 %	189016790
149	NC_010408	CG	3	6	78573	78578	0 %	0 %	50 %	50 %	189016790
150	NC_010408	GC	4	8	78947	78954	0 %	0 %	50 %	50 %	189016790
151	NC_010408	CG	3	6	80335	80340	0 %	0 %	50 %	50 %	189016792
152	NC_010408	CG	3	6	80519	80524	0 %	0 %	50 %	50 %	189016792
153	NC_010408	CG	4	8	81564	81571	0 %	0 %	50 %	50 %	189016794
154	NC_010408	GC	3	6	83643	83648	0 %	0 %	50 %	50 %	189016798
155	NC_010408	CT	3	6	86114	86119	0 %	50 %	0 %	50 %	189016803
156	NC_010408	CG	3	6	86138	86143	0 %	0 %	50 %	50 %	189016803
157	NC_010408	TG	3	6	86820	86825	0 %	50 %	50 %	0 %	189016804
158	NC_010408	CG	3	6	86882	86887	0 %	0 %	50 %	50 %	189016804
159	NC_010408	CG	3	6	86980	86985	0 %	0 %	50 %	50 %	189016804
160	NC_010408	CG	3	6	87067	87072	0 %	0 %	50 %	50 %	189016804
161	NC_010408	TC	3	6	88287	88292	0 %	50 %	0 %	50 %	189016806
162	NC_010408	AT	3	6	88607	88612	50 %	50 %	0 %	0 %	189016806
163	NC_010408	GC	3	6	88690	88695	0 %	0 %	50 %	50 %	189016806
164	NC_010408	CA	3	6	89751	89756	50 %	0 %	0 %	50 %	189016807
165	NC_010408	CG	3	6	89956	89961	0 %	0 %	50 %	50 %	189016807
166	NC_010408	TG	3	6	90218	90223	0 %	50 %	50 %	0 %	189016808
167	NC_010408	CG	4	8	90469	90476	0 %	0 %	50 %	50 %	189016809
168	NC_010408	GA	3	6	90940	90945	50 %	0 %	50 %	0 %	189016810

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.