MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus chromosome

Total Repeats: 3001

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010407	CCGAC	2	10	14	23	20 %	0 %	20 %	60 %	170780463
2	NC_010407	GATCA	2	10	3668	3677	40 %	20 %	20 %	20 %	170780465
3	NC_010407	TGAAC	2	10	4123	4132	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_010407	GGGCA	2	10	5215	5224	20 %	0 %	60 %	20 %	170780467
5	NC_010407	ACGGC	2	10	5411	5420	20 %	0 %	40 %	40 %	170780467
6	NC_010407	GTCGG	2	10	5502	5511	0 %	20 %	60 %	20 %	170780467
7	NC_010407	CCAGG	2	10	6147	6156	20 %	0 %	40 %	40 %	170780467
8	NC_010407	GCACC	2	10	7784	7793	20 %	0 %	20 %	60 %	170780469
9	NC_010407	CGCGG	2	10	13080	13089	0 %	0 %	60 %	40 %	170780472
10	NC_010407	GGGCA	2	10	13663	13672	20 %	0 %	60 %	20 %	170780473
11	NC_010407	GCGCG	2	10	14753	14762	0 %	0 %	60 %	40 %	170780474
12	NC_010407	CGCGC	2	10	14889	14898	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
13	NC_010407	CCGGG	2	10	15497	15506	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
14	NC_010407	GCCCG	2	10	16403	16412	0 %	0 %	40 %	60 %	170780477
15	NC_010407	CGGGC	2	10	16696	16705	0 %	0 %	60 %	40 %	170780478
16	NC_010407	CGGCG	2	10	19708	19717	0 %	0 %	60 %	40 %	170780480
17	NC_010407	GCGAT	2	10	20987	20996	20 %	20 %	40 %	20 %	170780480
18	NC_010407	CGACG	2	10	21270	21279	20 %	0 %	40 %	40 %	170780481
19	NC_010407	CAGCG	2	10	23640	23649	20 %	0 %	40 %	40 %	170780482
20	NC_010407	GAGCA	2	10	24574	24583	40 %	0 %	40 %	20 %	170780483
21	NC_010407	CCCGC	2	10	25058	25067	0 %	0 %	20 %	80 %	170780483
22	NC_010407	GTCGA	2	10	25250	25259	20 %	20 %	40 %	20 %	170780484
23	NC_010407	GGACG	2	10	25459	25468	20 %	0 %	60 %	20 %	170780484
24	NC_010407	GCGGG	2	10	25534	25543	0 %	0 %	80 %	20 %	170780484
25	NC_010407	TCCGC	2	10	26249	26258	0 %	20 %	20 %	60 %	170780485
26	NC_010407	GCTGG	2	10	27140	27149	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
27	NC_010407	CCGCG	2	10	27371	27380	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
28	NC_010407	CGACC	2	10	28052	28061	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
29	NC_010407	CCGCG	2	10	28082	28091	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
30	NC_010407	GCGCC	2	10	28406	28415	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
31	NC_010407	CCGAT	2	10	28627	28636	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_010407	GATCA	2	10	29592	29601	40 %	20 %	20 %	20 %	170780486
33	NC_010407	TGAAC	2	10	30047	30056	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_010407	GCGAC	2	10	30922	30931	20 %	0 %	40 %	40 %	170780488
35	NC_010407	CGGGC	2	10	31906	31915	0 %	0 %	60 %	40 %	170780488
36	NC_010407	CCGGG	2	10	32144	32153	0 %	0 %	60 %	40 %	170780489
37	NC_010407	CGGGC	2	10	33133	33142	0 %	0 %	60 %	40 %	170780491
38	NC_010407	CGCGC	2	10	33460	33469	0 %	0 %	40 %	60 %	170780491
39	NC_010407	GCGTC	2	10	33582	33591	0 %	20 %	40 %	40 %	170780491
40	NC_010407	GCACG	2	10	33847	33856	20 %	0 %	40 %	40 %	170780491
41	NC_010407	ACCGC	2	10	34156	34165	20 %	0 %	20 %	60 %	170780492
42	NC_010407	GCGAG	2	10	37060	37069	20 %	0 %	60 %	20 %	170780493
43	NC_010407	ACCAC	2	10	38506	38515	40 %	0 %	0 %	60 %	170780494
44	NC_010407	ACGAC	2	10	38641	38650	40 %	0 %	20 %	40 %	170780494
45	NC_010407	CCGTC	2	10	38671	38680	0 %	20 %	20 %	60 %	170780494
46	NC_010407	AGGCG	2	10	40484	40493	20 %	0 %	60 %	20 %	170780494
47	NC_010407	ACCAG	2	10	41430	41439	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_010407	CGTCC	2	10	42539	42548	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
49	NC_010407	GATCA	2	10	43273	43282	40 %	20 %	20 %	20 %	170780498
50	NC_010407	TGAAC	2	10	43728	43737	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_010407	CCCCG	2	10	46981	46990	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
52	NC_010407	GCCCG	2	10	47747	47756	0 %	0 %	40 %	60 %	170780504
53	NC_010407	GCGCC	2	10	47810	47819	0 %	0 %	40 %	60 %	170780504
54	NC_010407	GCCCC	2	10	50016	50025	0 %	0 %	20 %	80 %	170780505
55	NC_010407	CTGCC	2	10	50279	50288	0 %	20 %	20 %	60 %	170780505
56	NC_010407	GTCGC	2	10	54500	54509	0 %	20 %	40 %	40 %	170780509
57	NC_010407	GCACC	2	10	55134	55143	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
58	NC_010407	CCGCA	2	10	58039	58048	20 %	0 %	20 %	60 %	170780512
59	NC_010407	TGATC	2	10	59669	59678	20 %	40 %	20 %	20 %	170780513
60	NC_010407	CCGCG	2	10	60521	60530	0 %	0 %	40 %	60 %	170780514
61	NC_010407	CGGCG	2	10	61556	61565	0 %	0 %	60 %	40 %	170780514
62	NC_010407	CGGGG	2	10	62181	62190	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
63	NC_010407	CCGGC	2	10	62261	62270	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
64	NC_010407	CGGGC	2	10	62753	62762	0 %	0 %	60 %	40 %	170780515
65	NC_010407	CGCGC	2	10	62771	62780	0 %	0 %	40 %	60 %	170780515
66	NC_010407	GCACG	2	10	63233	63242	20 %	0 %	40 %	40 %	170780515
67	NC_010407	GACGG	2	10	66424	66433	20 %	0 %	60 %	20 %	170780517
68	NC_010407	CGACG	2	10	66586	66595	20 %	0 %	40 %	40 %	170780517
69	NC_010407	CGGCG	2	10	67683	67692	0 %	0 %	60 %	40 %	170780518
70	NC_010407	GACCG	2	10	67759	67768	20 %	0 %	40 %	40 %	170780518
71	NC_010407	CGCTG	2	10	67812	67821	0 %	20 %	40 %	40 %	170780518
72	NC_010407	CGACC	2	10	69436	69445	20 %	0 %	20 %	60 %	170780520
73	NC_010407	CTCGC	2	10	70639	70648	0 %	20 %	20 %	60 %	170780521
74	NC_010407	CGCGG	2	10	71149	71158	0 %	0 %	60 %	40 %	170780521
75	NC_010407	CCCGG	2	10	71202	71211	0 %	0 %	40 %	60 %	170780521
76	NC_010407	CGGCG	2	10	71447	71456	0 %	0 %	60 %	40 %	170780522
77	NC_010407	CGCCA	2	10	73525	73534	20 %	0 %	20 %	60 %	170780523
78	NC_010407	CGCGG	2	10	74405	74414	0 %	0 %	60 %	40 %	170780523
79	NC_010407	CCGCA	2	10	74440	74449	20 %	0 %	20 %	60 %	170780523
80	NC_010407	TGGCG	2	10	75094	75103	0 %	20 %	60 %	20 %	170780524
81	NC_010407	GCCGT	2	10	75211	75220	0 %	20 %	40 %	40 %	170780524
82	NC_010407	CCGGG	2	10	75241	75250	0 %	0 %	60 %	40 %	170780524
83	NC_010407	TCGCC	2	10	76764	76773	0 %	20 %	20 %	60 %	170780524
84	NC_010407	CGCCC	2	10	76891	76900	0 %	0 %	20 %	80 %	170780524
85	NC_010407	CGCGC	2	10	77858	77867	0 %	0 %	40 %	60 %	170780525
86	NC_010407	GGTCC	2	10	79309	79318	0 %	20 %	40 %	40 %	170780527
87	NC_010407	CCCGA	2	10	79624	79633	20 %	0 %	20 %	60 %	170780527
88	NC_010407	GCAGC	2	10	80742	80751	20 %	0 %	40 %	40 %	170780528
89	NC_010407	GCCGC	2	10	81411	81420	0 %	0 %	40 %	60 %	170780528
90	NC_010407	CCTGG	2	10	82633	82642	0 %	20 %	40 %	40 %	170780528
91	NC_010407	GAGAT	2	10	83212	83221	40 %	20 %	40 %	0 %	170780529
92	NC_010407	CTGCG	2	10	85138	85147	0 %	20 %	40 %	40 %	170780532
93	NC_010407	AGCCC	2	10	85294	85303	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
94	NC_010407	CACCC	2	10	88146	88155	20 %	0 %	0 %	80 %	170780536
95	NC_010407	GTCGC	2	10	92546	92555	0 %	20 %	40 %	40 %	170780537
96	NC_010407	CGACG	2	10	93067	93076	20 %	0 %	40 %	40 %	170780537
97	NC_010407	TCGCG	2	10	94957	94966	0 %	20 %	40 %	40 %	170780538
98	NC_010407	ACCCG	2	10	95631	95640	20 %	0 %	20 %	60 %	170780538
99	NC_010407	GCCCG	2	10	98303	98312	0 %	0 %	40 %	60 %	170780541
100	NC_010407	TCCTC	2	10	99002	99011	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
101	NC_010407	CGACC	2	10	99108	99117	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
102	NC_010407	CCGCG	2	10	99438	99447	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
103	NC_010407	CACCG	2	10	102801	102810	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
104	NC_010407	GCCTC	2	10	103931	103940	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
105	NC_010407	GCCGA	2	10	104467	104476	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
106	NC_010407	GTTCA	2	10	104698	104707	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_010407	TGATC	2	10	105153	105162	20 %	40 %	20 %	20 %	170780542
108	NC_010407	CCCCG	2	10	107235	107244	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
109	NC_010407	CCCGC	2	10	109777	109786	0 %	0 %	20 %	80 %	170780547
110	NC_010407	GCCGT	2	10	109998	110007	0 %	20 %	40 %	40 %	170780547
111	NC_010407	GCGCC	2	10	110538	110547	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
112	NC_010407	GCTGC	2	10	111681	111690	0 %	20 %	40 %	40 %	170780548
113	NC_010407	GCGGG	2	10	112384	112393	0 %	0 %	80 %	20 %	170780548
114	NC_010407	CGGCG	2	10	113096	113105	0 %	0 %	60 %	40 %	170780549
115	NC_010407	GGGGA	2	10	113851	113860	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
116	NC_010407	CCGGC	2	10	116739	116748	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
117	NC_010407	GCCGC	2	10	118250	118259	0 %	0 %	40 %	60 %	170780553
118	NC_010407	ACGCC	2	10	121806	121815	20 %	0 %	20 %	60 %	170780557
119	NC_010407	GGCCG	2	10	122570	122579	0 %	0 %	60 %	40 %	170780557
120	NC_010407	CCTCC	2	10	123314	123323	0 %	20 %	0 %	80 %	170780558
121	NC_010407	GGCCC	2	10	124575	124584	0 %	0 %	40 %	60 %	170780560
122	NC_010407	CGCGC	2	10	124928	124937	0 %	0 %	40 %	60 %	170780561
123	NC_010407	GCCGG	2	10	125266	125275	0 %	0 %	60 %	40 %	170780561
124	NC_010407	CTCGT	2	10	125483	125492	0 %	40 %	20 %	40 %	170780562
125	NC_010407	TCCCG	2	10	125927	125936	0 %	20 %	20 %	60 %	170780562
126	NC_010407	CGGGT	2	10	126266	126275	0 %	20 %	60 %	20 %	170780562
127	NC_010407	ACCCC	2	10	127053	127062	20 %	0 %	0 %	80 %	170780562
128	NC_010407	CGCGC	2	10	127105	127114	0 %	0 %	40 %	60 %	170780562
129	NC_010407	GAGCG	2	10	127339	127348	20 %	0 %	60 %	20 %	170780563
130	NC_010407	GCGCC	2	10	128565	128574	0 %	0 %	40 %	60 %	170780564
131	NC_010407	ATCCG	2	10	128835	128844	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
132	NC_010407	CGTCG	2	10	135429	135438	0 %	20 %	40 %	40 %	170780570
133	NC_010407	CGGCG	2	10	136246	136255	0 %	0 %	60 %	40 %	170780571
134	NC_010407	ACACC	2	10	136380	136389	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
135	NC_010407	GGCGA	2	10	136669	136678	20 %	0 %	60 %	20 %	170780572
136	NC_010407	GCCCA	2	10	137567	137576	20 %	0 %	20 %	60 %	170780573
137	NC_010407	CGCGG	2	10	138151	138160	0 %	0 %	60 %	40 %	170780573
138	NC_010407	CCGCG	2	10	138267	138276	0 %	0 %	40 %	60 %	170780573
139	NC_010407	GCGTC	2	10	140189	140198	0 %	20 %	40 %	40 %	170780575
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141	NC_010407	GACGC	2	10	140278	140287	20 %	0 %	40 %	40 %	170780575
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143	NC_010407	AGGAC	2	10	141760	141769	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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402	NC_010407	CGCGT	2	10	430741	430750	0 %	20 %	40 %	40 %	170780844
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