MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus plasmid pCS1

Total Repeats: 30

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010399	CCGTCG	2	12	1947	1958	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
2	NC_010399	CGTCAC	2	12	3572	3583	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	189016635
3	NC_010399	TCGACG	2	12	6855	6866	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	189016638
4	NC_010399	GCAGCG	2	12	6896	6907	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	189016638
5	NC_010399	CTCGGT	2	12	9278	9289	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016641
6	NC_010399	CATGCG	2	12	9444	9455	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	189016642
7	NC_010399	CCGGCC	2	12	9562	9573	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016642
8	NC_010399	CCGGTG	2	12	9620	9631	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	189016642
9	NC_010399	TCGCGG	2	12	11673	11684	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	189016644
10	NC_010399	GCGGCC	2	12	13390	13401	0 %	0 %	50 %	50 %	189016645
11	NC_010399	GGCCGC	2	12	15365	15376	0 %	0 %	50 %	50 %	189016646
12	NC_010399	AGCCGA	2	12	15496	15507	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016646
13	NC_010399	CCGCGG	2	12	18689	18700	0 %	0 %	50 %	50 %	189016651
14	NC_010399	TGCCGC	2	12	21394	21405	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	189016654
15	NC_010399	CCGCGG	2	12	23390	23401	0 %	0 %	50 %	50 %	189016657
16	NC_010399	GGAATA	2	12	24654	24665	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	189016659
17	NC_010399	GGCACG	2	12	24939	24950	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	189016659
18	NC_010399	GACGTC	2	12	33891	33902	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	189016676
19	NC_010399	CCTCGA	2	12	34245	34256	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	189016677
20	NC_010399	CGACGT	2	12	34323	34334	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	189016677
21	NC_010399	CGTCGA	2	12	34587	34598	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	189016677
22	NC_010399	CCGCGG	2	12	36104	36115	0 %	0 %	50 %	50 %	189016679
23	NC_010399	GACGCG	2	12	41409	41420	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	189016687
24	NC_010399	GAGCGC	2	12	42500	42511	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	189016688
25	NC_010399	CCCGCT	2	12	44692	44703	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	189016689
26	NC_010399	CGCCGT	2	12	45108	45119	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	189016689
27	NC_010399	TCGATG	2	12	45775	45786	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	189016690
28	NC_010399	CGAGGT	2	12	46315	46326	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	189016690
29	NC_010399	GTCCGT	2	12	48901	48912	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_010399	TGCCGG	2	12	50292	50303	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.