MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus plasmid pCS1

Total Repeats: 55

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010399	TCCAG	2	10	421	430	20 %	20 %	20 %	40 %	189016632
2	NC_010399	CGAAG	2	10	768	777	40 %	0 %	40 %	20 %	189016632
3	NC_010399	GTTCC	2	10	793	802	0 %	40 %	20 %	40 %	189016632
4	NC_010399	GCAGC	2	10	2072	2081	20 %	0 %	40 %	40 %	189016633
5	NC_010399	TCTCG	2	10	2713	2722	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_010399	GCAGC	2	10	3053	3062	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
7	NC_010399	CTTGC	2	10	3153	3162	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_010399	TCAGC	2	10	7208	7217	20 %	20 %	20 %	40 %	189016639
9	NC_010399	GATCG	2	10	8504	8513	20 %	20 %	40 %	20 %	189016640
10	NC_010399	CGCCT	2	10	9837	9846	0 %	20 %	20 %	60 %	189016642
11	NC_010399	CTCGC	2	10	12584	12593	0 %	20 %	20 %	60 %	189016644
12	NC_010399	GGTCC	2	10	12772	12781	0 %	20 %	40 %	40 %	189016644
13	NC_010399	CGCTC	2	10	14039	14048	0 %	20 %	20 %	60 %	189016645
14	NC_010399	CTCCG	2	10	14713	14722	0 %	20 %	20 %	60 %	189016645
15	NC_010399	GGTCG	2	10	14918	14927	0 %	20 %	60 %	20 %	189016646
16	NC_010399	TGGTG	2	10	16481	16490	0 %	40 %	60 %	0 %	189016648
17	NC_010399	CACGC	2	10	18115	18124	20 %	0 %	20 %	60 %	189016650
18	NC_010399	GATCA	2	10	18775	18784	40 %	20 %	20 %	20 %	189016651
19	NC_010399	TGAAC	2	10	19230	19239	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_010399	CCGGT	2	10	20543	20552	0 %	20 %	40 %	40 %	189016653
21	NC_010399	GCACC	2	10	20919	20928	20 %	0 %	20 %	60 %	189016653
22	NC_010399	GCGCG	2	10	21858	21867	0 %	0 %	60 %	40 %	189016656
23	NC_010399	GTCGG	2	10	22567	22576	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
24	NC_010399	ACGCC	2	10	22607	22616	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
25	NC_010399	GTTCA	2	10	22851	22860	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_010399	TGATC	2	10	23306	23315	20 %	40 %	20 %	20 %	189016657
27	NC_010399	GATCC	2	10	23857	23866	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_010399	GCTCG	2	10	25687	25696	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
29	NC_010399	CCATC	2	10	26443	26452	20 %	20 %	0 %	60 %	189016662
30	NC_010399	CGGGT	2	10	28189	28198	0 %	20 %	60 %	20 %	189016666
31	NC_010399	TGCGA	2	10	28580	28589	20 %	20 %	40 %	20 %	189016666
32	NC_010399	TCGCC	2	10	29526	29535	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
33	NC_010399	ACTGC	2	10	29615	29624	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_010399	TCGCC	2	10	30032	30041	0 %	20 %	20 %	60 %	189016667
35	NC_010399	GCTGA	2	10	31370	31379	20 %	20 %	40 %	20 %	189016670
36	NC_010399	CGCTG	2	10	32106	32115	0 %	20 %	40 %	40 %	189016672
37	NC_010399	TCCCG	2	10	33258	33267	0 %	20 %	20 %	60 %	189016674
38	NC_010399	GGTGA	2	10	33509	33518	20 %	20 %	60 %	0 %	189016675
39	NC_010399	GCGCG	2	10	34720	34729	0 %	0 %	60 %	40 %	189016678
40	NC_010399	GGACC	2	10	36053	36062	20 %	0 %	40 %	40 %	189016679
41	NC_010399	GCCCC	2	10	37223	37232	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
42	NC_010399	TCGCT	2	10	37955	37964	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_010399	TCGCT	2	10	38103	38112	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_010399	CAGAT	2	10	38329	38338	40 %	20 %	20 %	20 %	189016682
45	NC_010399	CACCG	2	10	40127	40136	20 %	0 %	20 %	60 %	189016684
46	NC_010399	CGCCA	2	10	40661	40670	20 %	0 %	20 %	60 %	189016685
47	NC_010399	GACCG	2	10	41928	41937	20 %	0 %	40 %	40 %	189016687
48	NC_010399	TGCGC	2	10	42318	42327	0 %	20 %	40 %	40 %	189016688
49	NC_010399	CCACG	2	10	42550	42559	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
50	NC_010399	ATCGC	3	15	42999	43013	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_010399	CGGTG	2	10	43332	43341	0 %	20 %	60 %	20 %	189016689
52	NC_010399	GCGGG	2	10	43881	43890	0 %	0 %	80 %	20 %	189016689
53	NC_010399	GCGTC	2	10	45907	45916	0 %	20 %	40 %	40 %	189016690
54	NC_010399	ACCGC	2	10	47965	47974	20 %	0 %	20 %	60 %	189016692
55	NC_010399	GGGCC	2	10	50084	50093	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.