MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus plasmid pCS1

Total Repeats: 127

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010399	CCGT	2	8	8	15	0 %	25 %	25 %	50 %	189016632
2	NC_010399	GAGC	2	8	195	202	25 %	0 %	50 %	25 %	189016632
3	NC_010399	TCCG	2	8	337	344	0 %	25 %	25 %	50 %	189016632
4	NC_010399	CGGC	2	8	526	533	0 %	0 %	50 %	50 %	189016632
5	NC_010399	ACGC	2	8	698	705	25 %	0 %	25 %	50 %	189016632
6	NC_010399	CGAG	2	8	869	876	25 %	0 %	50 %	25 %	189016632
7	NC_010399	GCCG	2	8	1046	1053	0 %	0 %	50 %	50 %	189016632
8	NC_010399	GCCG	2	8	1056	1063	0 %	0 %	50 %	50 %	189016632
9	NC_010399	CGGC	2	8	1304	1311	0 %	0 %	50 %	50 %	189016632
10	NC_010399	GCCG	2	8	1312	1319	0 %	0 %	50 %	50 %	189016632
11	NC_010399	GCCG	2	8	1347	1354	0 %	0 %	50 %	50 %	189016632
12	NC_010399	CGGC	2	8	2308	2315	0 %	0 %	50 %	50 %	189016633
13	NC_010399	CGGA	2	8	2339	2346	25 %	0 %	50 %	25 %	189016633
14	NC_010399	CACG	2	8	2463	2470	25 %	0 %	25 %	50 %	189016633
15	NC_010399	TGGC	2	8	2489	2496	0 %	25 %	50 %	25 %	189016633
16	NC_010399	GCAG	2	8	3650	3657	25 %	0 %	50 %	25 %	189016635
17	NC_010399	CGAG	2	8	4284	4291	25 %	0 %	50 %	25 %	189016636
18	NC_010399	CGCC	2	8	4483	4490	0 %	0 %	25 %	75 %	189016636
19	NC_010399	GGAA	2	8	4664	4671	50 %	0 %	50 %	0 %	189016636
20	NC_010399	GTTC	2	8	5091	5098	0 %	50 %	25 %	25 %	189016638
21	NC_010399	GCTG	2	8	5254	5261	0 %	25 %	50 %	25 %	189016638
22	NC_010399	GGGT	2	8	5349	5356	0 %	25 %	75 %	0 %	189016638
23	NC_010399	GGTG	2	8	5562	5569	0 %	25 %	75 %	0 %	189016638
24	NC_010399	CCGG	2	8	5610	5617	0 %	0 %	50 %	50 %	189016638
25	NC_010399	TGCG	2	8	6207	6214	0 %	25 %	50 %	25 %	189016638
26	NC_010399	CCGG	2	8	6316	6323	0 %	0 %	50 %	50 %	189016638
27	NC_010399	GCTG	2	8	6478	6485	0 %	25 %	50 %	25 %	189016638
28	NC_010399	TCCC	2	8	6530	6537	0 %	25 %	0 %	75 %	189016638
29	NC_010399	TCGC	2	8	6632	6639	0 %	25 %	25 %	50 %	189016638
30	NC_010399	CCCG	2	8	6808	6815	0 %	0 %	25 %	75 %	189016638
31	NC_010399	GCCG	2	8	6847	6854	0 %	0 %	50 %	50 %	189016638
32	NC_010399	GCCG	2	8	7051	7058	0 %	0 %	50 %	50 %	189016638
33	NC_010399	CGAG	2	8	7134	7141	25 %	0 %	50 %	25 %	189016638
34	NC_010399	TCCC	2	8	8005	8012	0 %	25 %	0 %	75 %	189016640
35	NC_010399	TCGC	2	8	8829	8836	0 %	25 %	25 %	50 %	189016640
36	NC_010399	GAGC	2	8	9309	9316	25 %	0 %	50 %	25 %	189016641
37	NC_010399	GCTG	2	8	9764	9771	0 %	25 %	50 %	25 %	189016642
38	NC_010399	CGGC	2	8	10520	10527	0 %	0 %	50 %	50 %	189016643
39	NC_010399	GTGA	2	8	10533	10540	25 %	25 %	50 %	0 %	189016643
40	NC_010399	CGAG	2	8	11143	11150	25 %	0 %	50 %	25 %	189016643
41	NC_010399	AGCA	2	8	11511	11518	50 %	0 %	25 %	25 %	189016643
42	NC_010399	CGAC	2	8	11550	11557	25 %	0 %	25 %	50 %	189016644
43	NC_010399	GCCG	2	8	11992	11999	0 %	0 %	50 %	50 %	189016644
44	NC_010399	CCGG	2	8	12654	12661	0 %	0 %	50 %	50 %	189016644
45	NC_010399	TCGC	2	8	13010	13017	0 %	25 %	25 %	50 %	189016644
46	NC_010399	GAAG	2	8	13207	13214	50 %	0 %	50 %	0 %	189016644
47	NC_010399	GCGG	2	8	13248	13255	0 %	0 %	75 %	25 %	189016645
48	NC_010399	ACCG	2	8	13560	13567	25 %	0 %	25 %	50 %	189016645
49	NC_010399	GGCC	2	8	14169	14176	0 %	0 %	50 %	50 %	189016645
50	NC_010399	CCGT	2	8	14425	14432	0 %	25 %	25 %	50 %	189016645
51	NC_010399	CGGC	2	8	15109	15116	0 %	0 %	50 %	50 %	189016646
52	NC_010399	GCGG	2	8	15991	15998	0 %	0 %	75 %	25 %	189016647
53	NC_010399	GCCC	2	8	16581	16588	0 %	0 %	25 %	75 %	189016648
54	NC_010399	GCCG	2	8	16638	16645	0 %	0 %	50 %	50 %	189016648
55	NC_010399	GCGG	2	8	16723	16730	0 %	0 %	75 %	25 %	189016648
56	NC_010399	GTCG	2	8	16824	16831	0 %	25 %	50 %	25 %	189016648
57	NC_010399	GCCG	2	8	17024	17031	0 %	0 %	50 %	50 %	189016649
58	NC_010399	GACG	2	8	17447	17454	25 %	0 %	50 %	25 %	189016649
59	NC_010399	GCCG	2	8	17528	17535	0 %	0 %	50 %	50 %	189016649
60	NC_010399	CGCC	2	8	17953	17960	0 %	0 %	25 %	75 %	189016650
61	NC_010399	CAGG	2	8	18149	18156	25 %	0 %	50 %	25 %	189016650
62	NC_010399	GTTG	2	8	18351	18358	0 %	50 %	50 %	0 %	189016651
63	NC_010399	GCGG	2	8	18441	18448	0 %	0 %	75 %	25 %	189016651
64	NC_010399	GGAT	2	8	18620	18627	25 %	25 %	50 %	0 %	189016651
65	NC_010399	TCCG	2	8	18736	18743	0 %	25 %	25 %	50 %	189016651
66	NC_010399	CCCG	2	8	18947	18954	0 %	0 %	25 %	75 %	189016651
67	NC_010399	ACGG	2	8	19603	19610	25 %	0 %	50 %	25 %	189016652
68	NC_010399	GGGT	2	8	19724	19731	0 %	25 %	75 %	0 %	189016652
69	NC_010399	GATG	2	8	20382	20389	25 %	25 %	50 %	0 %	189016653
70	NC_010399	AAGG	2	8	20631	20638	50 %	0 %	50 %	0 %	189016653
71	NC_010399	GCGG	2	8	20692	20699	0 %	0 %	75 %	25 %	189016653
72	NC_010399	CAGG	2	8	21070	21077	25 %	0 %	50 %	25 %	189016653
73	NC_010399	TCGG	2	8	21457	21464	0 %	25 %	50 %	25 %	189016654
74	NC_010399	CGAC	2	8	22014	22021	25 %	0 %	25 %	50 %	189016656
75	NC_010399	GAGC	2	8	22044	22051	25 %	0 %	50 %	25 %	189016656
76	NC_010399	GCGG	2	8	23135	23142	0 %	0 %	75 %	25 %	189016657
77	NC_010399	CGGA	2	8	23347	23354	25 %	0 %	50 %	25 %	189016657
78	NC_010399	ATCC	2	8	23463	23470	25 %	25 %	0 %	50 %	189016657
79	NC_010399	CCGC	2	8	23642	23649	0 %	0 %	25 %	75 %	189016657
80	NC_010399	CAAC	2	8	23732	23739	50 %	0 %	0 %	50 %	189016657
81	NC_010399	TGGA	2	8	24845	24852	25 %	25 %	50 %	0 %	189016659
82	NC_010399	ATTG	2	8	25011	25018	25 %	50 %	25 %	0 %	189016659
83	NC_010399	GGGT	2	8	25032	25039	0 %	25 %	75 %	0 %	189016659
84	NC_010399	TGCG	2	8	25409	25416	0 %	25 %	50 %	25 %	189016660
85	NC_010399	GACC	2	8	26393	26400	25 %	0 %	25 %	50 %	189016662
86	NC_010399	GCCT	2	8	26432	26439	0 %	25 %	25 %	50 %	189016662
87	NC_010399	CACC	2	8	27174	27181	25 %	0 %	0 %	75 %	189016664
88	NC_010399	GCCG	2	8	27576	27583	0 %	0 %	50 %	50 %	189016665
89	NC_010399	AGTT	2	8	27893	27900	25 %	50 %	25 %	0 %	189016666
90	NC_010399	TGCC	2	8	28068	28075	0 %	25 %	25 %	50 %	189016666
91	NC_010399	GCCG	2	8	28723	28730	0 %	0 %	50 %	50 %	189016666
92	NC_010399	CTGA	2	8	28792	28799	25 %	25 %	25 %	25 %	189016666
93	NC_010399	CGTC	2	8	28889	28896	0 %	25 %	25 %	50 %	189016666
94	NC_010399	CGGC	2	8	30947	30954	0 %	0 %	50 %	50 %	189016669
95	NC_010399	CGTC	2	8	31209	31216	0 %	25 %	25 %	50 %	189016670
96	NC_010399	CGCT	2	8	32484	32491	0 %	25 %	25 %	50 %	189016673
97	NC_010399	CGGT	2	8	33083	33090	0 %	25 %	50 %	25 %	189016674
98	NC_010399	GTCG	2	8	34200	34207	0 %	25 %	50 %	25 %	189016677
99	NC_010399	ATCC	2	8	34495	34502	25 %	25 %	0 %	50 %	189016677
100	NC_010399	GGCC	2	8	34560	34567	0 %	0 %	50 %	50 %	189016677
101	NC_010399	ACCG	2	8	34635	34642	25 %	0 %	25 %	50 %	189016677
102	NC_010399	GGCG	2	8	35871	35878	0 %	0 %	75 %	25 %	189016679
103	NC_010399	CGCT	2	8	36767	36774	0 %	25 %	25 %	50 %	189016679
104	NC_010399	CGAG	2	8	37082	37089	25 %	0 %	50 %	25 %	189016679
105	NC_010399	GCCC	2	8	37345	37352	0 %	0 %	25 %	75 %	189016680
106	NC_010399	CGTC	2	8	37800	37807	0 %	25 %	25 %	50 %	189016681
107	NC_010399	GCCC	2	8	38784	38791	0 %	0 %	25 %	75 %	189016682
108	NC_010399	ACCG	2	8	40100	40107	25 %	0 %	25 %	50 %	189016684
109	NC_010399	ACGC	2	8	40845	40852	25 %	0 %	25 %	50 %	189016685
110	NC_010399	ACGC	2	8	41454	41461	25 %	0 %	25 %	50 %	189016687
111	NC_010399	CGAC	2	8	41764	41771	25 %	0 %	25 %	50 %	189016687
112	NC_010399	GCCG	2	8	41846	41853	0 %	0 %	50 %	50 %	189016687
113	NC_010399	GGCT	2	8	42492	42499	0 %	25 %	50 %	25 %	189016688
114	NC_010399	CCGG	2	8	43680	43687	0 %	0 %	50 %	50 %	189016689
115	NC_010399	CGAC	2	8	43856	43863	25 %	0 %	25 %	50 %	189016689
116	NC_010399	GGCG	2	8	43865	43872	0 %	0 %	75 %	25 %	189016689
117	NC_010399	GCGA	2	8	44203	44210	25 %	0 %	50 %	25 %	189016689
118	NC_010399	GCAA	2	8	44635	44642	50 %	0 %	25 %	25 %	189016689
119	NC_010399	CCGA	2	8	44873	44880	25 %	0 %	25 %	50 %	189016689
120	NC_010399	TCCG	2	8	45096	45103	0 %	25 %	25 %	50 %	189016689
121	NC_010399	TGAC	2	8	45296	45303	25 %	25 %	25 %	25 %	189016689
122	NC_010399	GACG	2	8	45758	45765	25 %	0 %	50 %	25 %	189016690
123	NC_010399	GGGA	2	8	45918	45925	25 %	0 %	75 %	0 %	189016690
124	NC_010399	CCAC	2	8	47166	47173	25 %	0 %	0 %	75 %	189016691
125	NC_010399	CGAC	2	8	47388	47395	25 %	0 %	25 %	50 %	189016691
126	NC_010399	GTCG	2	8	48018	48025	0 %	25 %	50 %	25 %	189016692
127	NC_010399	GTCG	2	8	48219	48226	0 %	25 %	50 %	25 %	189016692

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.