MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus plasmid pCS1

Total Repeats: 881

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010399	CGC	2	6	42	47	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016632
2	NC_010399	CCG	2	6	48	53	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016632
3	NC_010399	GCG	2	6	109	114	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016632
4	NC_010399	CAC	2	6	138	143	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	189016632
5	NC_010399	GCT	2	6	225	230	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016632
6	NC_010399	GTC	2	6	256	261	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016632
7	NC_010399	GGC	2	6	294	299	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016632
8	NC_010399	CGG	2	6	312	317	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016632
9	NC_010399	CGT	2	6	454	459	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016632
10	NC_010399	CGA	2	6	536	541	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016632
11	NC_010399	CGA	2	6	587	592	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016632
12	NC_010399	GCG	2	6	601	606	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016632
13	NC_010399	CAG	2	6	613	618	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016632
14	NC_010399	GTC	2	6	709	714	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016632
15	NC_010399	GCC	2	6	722	727	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016632
16	NC_010399	GCC	3	9	913	921	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016632
17	NC_010399	CAG	2	6	931	936	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016632
18	NC_010399	CGC	2	6	948	953	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016632
19	NC_010399	CGG	2	6	972	977	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016632
20	NC_010399	GCG	3	9	1030	1038	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016632
21	NC_010399	CGA	2	6	1128	1133	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016632
22	NC_010399	GCT	2	6	1149	1154	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016632
23	NC_010399	GCC	2	6	1163	1168	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016632
24	NC_010399	CGG	2	6	1172	1177	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016632
25	NC_010399	GCT	2	6	1267	1272	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016632
26	NC_010399	CGT	2	6	1287	1292	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016632
27	NC_010399	CGA	2	6	1395	1400	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016632
28	NC_010399	CGG	2	6	1459	1464	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_010399	GAC	2	6	1493	1498	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_010399	GCG	2	6	1593	1598	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_010399	CAA	3	9	1659	1667	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_010399	GGT	2	6	1688	1693	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_010399	GTG	2	6	1739	1744	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010399	TCG	2	6	1842	1847	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_010399	TCG	2	6	1865	1870	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_010399	CGG	2	6	2060	2065	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016633
37	NC_010399	CCG	2	6	2066	2071	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016633
38	NC_010399	GCA	2	6	2103	2108	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016633
39	NC_010399	CGG	2	6	2166	2171	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016633
40	NC_010399	GTC	2	6	2176	2181	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016633
41	NC_010399	GAC	2	6	2232	2237	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016633
42	NC_010399	GCC	2	6	2281	2286	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016633
43	NC_010399	GAA	2	6	2316	2321	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	189016633
44	NC_010399	CGA	2	6	2577	2582	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016633
45	NC_010399	AGC	2	6	2606	2611	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016633
46	NC_010399	CGG	2	6	2791	2796	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_010399	CGA	2	6	2801	2806	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_010399	CCG	2	6	2895	2900	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
49	NC_010399	ACC	2	6	2949	2954	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
50	NC_010399	CGA	2	6	3114	3119	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_010399	GAA	2	6	3216	3221	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	189016634
52	NC_010399	TGA	2	6	3397	3402	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189016634
53	NC_010399	GGT	2	6	3442	3447	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	189016635
54	NC_010399	CAT	2	6	3524	3529	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189016635
55	NC_010399	CGA	2	6	3565	3570	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016635
56	NC_010399	GCC	2	6	3615	3620	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016635
57	NC_010399	GCC	3	9	3633	3641	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016635
58	NC_010399	CCG	2	6	3671	3676	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016635
59	NC_010399	CGT	2	6	3680	3685	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016635
60	NC_010399	GAA	2	6	3686	3691	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	189016635
61	NC_010399	GCA	2	6	3697	3702	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016635
62	NC_010399	TCG	2	6	4011	4016	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016636
63	NC_010399	GCA	2	6	4024	4029	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016636
64	NC_010399	ACC	2	6	4049	4054	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	189016636
65	NC_010399	TCG	3	9	4101	4109	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016636
66	NC_010399	GCA	2	6	4123	4128	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016636
67	NC_010399	CGA	2	6	4195	4200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016636
68	NC_010399	ATC	2	6	4253	4258	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189016636
69	NC_010399	CTG	2	6	4427	4432	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016636
70	NC_010399	CGA	2	6	4447	4452	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016636
71	NC_010399	CGA	2	6	4471	4476	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016636
72	NC_010399	CGT	2	6	4537	4542	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016636
73	NC_010399	CGC	2	6	4558	4563	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016636
74	NC_010399	CGT	2	6	4570	4575	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016636
75	NC_010399	GAC	2	6	4576	4581	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016636
76	NC_010399	GCC	2	6	4593	4598	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016636
77	NC_010399	TCC	2	6	4625	4630	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	189016636
78	NC_010399	CAA	2	6	4707	4712	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189016637
79	NC_010399	CCG	2	6	4747	4752	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016637
80	NC_010399	GCC	2	6	4776	4781	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016637
81	NC_010399	CGA	2	6	4794	4799	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016637
82	NC_010399	ATC	2	6	4901	4906	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189016637
83	NC_010399	GTC	2	6	5035	5040	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016638
84	NC_010399	TCA	2	6	5052	5057	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189016638
85	NC_010399	GGT	2	6	5074	5079	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	189016638
86	NC_010399	GTG	2	6	5084	5089	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	189016638
87	NC_010399	ATC	2	6	5138	5143	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189016638
88	NC_010399	GTG	2	6	5173	5178	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	189016638
89	NC_010399	CGG	2	6	5191	5196	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016638
90	NC_010399	TGG	2	6	5222	5227	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	189016638
91	NC_010399	CGC	2	6	5230	5235	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016638
92	NC_010399	CGG	2	6	5305	5310	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016638
93	NC_010399	TTG	2	6	5319	5324	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189016638
94	NC_010399	GGC	2	6	5327	5332	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016638
95	NC_010399	CTC	2	6	5339	5344	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	189016638
96	NC_010399	CGC	2	6	5374	5379	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016638
97	NC_010399	CGA	2	6	5387	5392	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016638
98	NC_010399	GCC	2	6	5415	5420	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016638
99	NC_010399	AGG	2	6	5439	5444	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	189016638
100	NC_010399	GCC	2	6	5483	5488	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016638
101	NC_010399	TCG	2	6	5529	5534	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016638
102	NC_010399	TGC	3	9	5778	5786	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016638
103	NC_010399	TGT	2	6	5817	5822	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189016638
104	NC_010399	TGA	3	9	5844	5852	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189016638
105	NC_010399	GGT	2	6	5860	5865	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	189016638
106	NC_010399	CGC	2	6	5887	5892	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016638
107	NC_010399	CGG	2	6	5947	5952	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016638
108	NC_010399	CGT	2	6	6007	6012	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016638
109	NC_010399	CGA	2	6	6046	6051	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016638
110	NC_010399	CCT	2	6	6070	6075	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	189016638
111	NC_010399	CGA	2	6	6280	6285	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016638
112	NC_010399	CGA	2	6	6421	6426	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016638
113	NC_010399	ACC	3	9	6446	6454	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	189016638
114	NC_010399	CGC	2	6	6469	6474	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016638
115	NC_010399	CGC	2	6	6520	6525	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016638
116	NC_010399	CAG	2	6	6574	6579	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016638
117	NC_010399	GTC	2	6	6593	6598	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016638
118	NC_010399	GGC	2	6	6622	6627	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016638
119	NC_010399	GGC	2	6	6779	6784	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016638
120	NC_010399	GCC	2	6	6828	6833	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016638
121	NC_010399	AGG	2	6	6867	6872	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	189016638
122	NC_010399	CGA	2	6	6874	6879	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016638
123	NC_010399	AGC	2	6	6885	6890	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016638
124	NC_010399	CGA	3	9	7000	7008	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016638
125	NC_010399	ACG	3	9	7034	7042	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016638
126	NC_010399	GTG	2	6	7072	7077	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	189016638
127	NC_010399	TCC	2	6	7079	7084	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	189016638
128	NC_010399	CGT	2	6	7162	7167	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016638
129	NC_010399	GCG	2	6	7292	7297	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016639
130	NC_010399	AGG	2	6	7300	7305	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	189016639
131	NC_010399	CGT	2	6	7312	7317	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016639
132	NC_010399	TCG	2	6	7398	7403	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016639
133	NC_010399	GCA	2	6	7432	7437	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016639
134	NC_010399	TCC	2	6	7515	7520	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
135	NC_010399	CCG	2	6	7559	7564	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
136	NC_010399	GCC	2	6	7602	7607	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
137	NC_010399	GCA	2	6	7728	7733	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_010399	CGA	2	6	7820	7825	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016640
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141	NC_010399	CGT	2	6	7879	7884	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016640
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157	NC_010399	GCC	2	6	8851	8856	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016640
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167	NC_010399	CTT	2	6	9418	9423	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	189016641
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251	NC_010399	GAG	2	6	13372	13377	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	189016645
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257	NC_010399	AAG	2	6	13780	13785	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	189016645
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259	NC_010399	TCA	2	6	13883	13888	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189016645
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261	NC_010399	GGA	2	6	14001	14006	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	189016645
262	NC_010399	GGA	2	6	14016	14021	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	189016645
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380	NC_010399	CGA	2	6	20017	20022	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016652
381	NC_010399	GCG	2	6	20046	20051	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016652
382	NC_010399	CGG	2	6	20085	20090	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016652
383	NC_010399	CGA	2	6	20147	20152	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016652
384	NC_010399	GCG	2	6	20157	20162	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016652
385	NC_010399	GCG	2	6	20176	20181	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016652
386	NC_010399	CGC	2	6	20191	20196	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016652
387	NC_010399	CGA	2	6	20230	20235	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
388	NC_010399	GCT	2	6	20307	20312	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016653
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499	NC_010399	AAC	2	6	27858	27863	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
500	NC_010399	CGG	2	6	27999	28004	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016666

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