MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus plasmid pCS1

Total Repeats: 109

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010399	CG	3	6	166	171	0 %	0 %	50 %	50 %	189016632
2	NC_010399	GC	3	6	213	218	0 %	0 %	50 %	50 %	189016632
3	NC_010399	CG	3	6	234	239	0 %	0 %	50 %	50 %	189016632
4	NC_010399	AC	4	8	413	420	50 %	0 %	0 %	50 %	189016632
5	NC_010399	GC	3	6	495	500	0 %	0 %	50 %	50 %	189016632
6	NC_010399	CG	3	6	504	509	0 %	0 %	50 %	50 %	189016632
7	NC_010399	GC	3	6	924	929	0 %	0 %	50 %	50 %	189016632
8	NC_010399	GC	3	6	1017	1022	0 %	0 %	50 %	50 %	189016632
9	NC_010399	CG	3	6	1027	1032	0 %	0 %	50 %	50 %	189016632
10	NC_010399	CG	3	6	1224	1229	0 %	0 %	50 %	50 %	189016632
11	NC_010399	CT	3	6	1518	1523	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_010399	AG	3	6	1618	1623	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010399	GA	4	8	1631	1638	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010399	GC	4	8	2114	2121	0 %	0 %	50 %	50 %	189016633
15	NC_010399	CG	3	6	2428	2433	0 %	0 %	50 %	50 %	189016633
16	NC_010399	CG	3	6	2500	2505	0 %	0 %	50 %	50 %	189016633
17	NC_010399	TG	3	6	3929	3934	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_010399	GC	3	6	5464	5469	0 %	0 %	50 %	50 %	189016638
19	NC_010399	CG	3	6	5626	5631	0 %	0 %	50 %	50 %	189016638
20	NC_010399	CG	3	6	6800	6805	0 %	0 %	50 %	50 %	189016638
21	NC_010399	CG	3	6	7444	7449	0 %	0 %	50 %	50 %	189016639
22	NC_010399	CG	3	6	8051	8056	0 %	0 %	50 %	50 %	189016640
23	NC_010399	TC	3	6	8296	8301	0 %	50 %	0 %	50 %	189016640
24	NC_010399	GC	3	6	8549	8554	0 %	0 %	50 %	50 %	189016640
25	NC_010399	GC	3	6	9006	9011	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
26	NC_010399	GC	3	6	9608	9613	0 %	0 %	50 %	50 %	189016642
27	NC_010399	AT	3	6	10503	10508	50 %	50 %	0 %	0 %	189016643
28	NC_010399	GC	3	6	11803	11808	0 %	0 %	50 %	50 %	189016644
29	NC_010399	CG	3	6	12015	12020	0 %	0 %	50 %	50 %	189016644
30	NC_010399	CG	3	6	12475	12480	0 %	0 %	50 %	50 %	189016644
31	NC_010399	GC	3	6	12719	12724	0 %	0 %	50 %	50 %	189016644
32	NC_010399	CG	4	8	12868	12875	0 %	0 %	50 %	50 %	189016644
33	NC_010399	CG	3	6	12935	12940	0 %	0 %	50 %	50 %	189016644
34	NC_010399	CG	3	6	13300	13305	0 %	0 %	50 %	50 %	189016645
35	NC_010399	CG	3	6	13652	13657	0 %	0 %	50 %	50 %	189016645
36	NC_010399	CG	3	6	13762	13767	0 %	0 %	50 %	50 %	189016645
37	NC_010399	CG	3	6	13910	13915	0 %	0 %	50 %	50 %	189016645
38	NC_010399	AC	3	6	14069	14074	50 %	0 %	0 %	50 %	189016645
39	NC_010399	CG	3	6	14150	14155	0 %	0 %	50 %	50 %	189016645
40	NC_010399	CG	3	6	15783	15788	0 %	0 %	50 %	50 %	189016646
41	NC_010399	GC	3	6	17744	17749	0 %	0 %	50 %	50 %	189016650
42	NC_010399	GC	4	8	17789	17796	0 %	0 %	50 %	50 %	189016650
43	NC_010399	TC	3	6	17944	17949	0 %	50 %	0 %	50 %	189016650
44	NC_010399	CG	3	6	18081	18086	0 %	0 %	50 %	50 %	189016650
45	NC_010399	CG	3	6	18225	18230	0 %	0 %	50 %	50 %	189016650
46	NC_010399	CG	3	6	18461	18466	0 %	0 %	50 %	50 %	189016651
47	NC_010399	GC	3	6	19086	19091	0 %	0 %	50 %	50 %	189016651
48	NC_010399	CG	3	6	19115	19120	0 %	0 %	50 %	50 %	189016651
49	NC_010399	CG	3	6	19559	19564	0 %	0 %	50 %	50 %	189016652
50	NC_010399	GC	3	6	19622	19627	0 %	0 %	50 %	50 %	189016652
51	NC_010399	CG	3	6	19905	19910	0 %	0 %	50 %	50 %	189016652
52	NC_010399	CG	4	8	20180	20187	0 %	0 %	50 %	50 %	189016652
53	NC_010399	GC	3	6	20249	20254	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
54	NC_010399	GC	3	6	20273	20278	0 %	0 %	50 %	50 %	189016653
55	NC_010399	GT	3	6	20334	20339	0 %	50 %	50 %	0 %	189016653
56	NC_010399	TG	3	6	20723	20728	0 %	50 %	50 %	0 %	189016653
57	NC_010399	TG	3	6	21137	21142	0 %	50 %	50 %	0 %	189016653
58	NC_010399	GA	3	6	21599	21604	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_010399	GT	3	6	21870	21875	0 %	50 %	50 %	0 %	189016656
60	NC_010399	CG	3	6	22970	22975	0 %	0 %	50 %	50 %	189016657
61	NC_010399	GC	3	6	22999	23004	0 %	0 %	50 %	50 %	189016657
62	NC_010399	GC	3	6	23623	23628	0 %	0 %	50 %	50 %	189016657
63	NC_010399	CG	3	6	24024	24029	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
64	NC_010399	GA	3	6	25541	25546	50 %	0 %	50 %	0 %	189016660
65	NC_010399	CG	3	6	25859	25864	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
66	NC_010399	GC	3	6	26759	26764	0 %	0 %	50 %	50 %	189016663
67	NC_010399	AG	3	6	26846	26851	50 %	0 %	50 %	0 %	189016663
68	NC_010399	CG	3	6	27304	27309	0 %	0 %	50 %	50 %	189016664
69	NC_010399	CG	3	6	27626	27631	0 %	0 %	50 %	50 %	189016665
70	NC_010399	TG	3	6	28175	28180	0 %	50 %	50 %	0 %	189016666
71	NC_010399	GC	3	6	28356	28361	0 %	0 %	50 %	50 %	189016666
72	NC_010399	CA	3	6	28674	28679	50 %	0 %	0 %	50 %	189016666
73	NC_010399	GC	3	6	29361	29366	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
74	NC_010399	GC	3	6	29488	29493	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
75	NC_010399	GC	3	6	30830	30835	0 %	0 %	50 %	50 %	189016669
76	NC_010399	CG	3	6	31264	31269	0 %	0 %	50 %	50 %	189016670
77	NC_010399	CA	3	6	31340	31345	50 %	0 %	0 %	50 %	189016670
78	NC_010399	GC	3	6	31473	31478	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
79	NC_010399	CT	3	6	31491	31496	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_010399	CG	3	6	31683	31688	0 %	0 %	50 %	50 %	189016671
81	NC_010399	CG	3	6	32295	32300	0 %	0 %	50 %	50 %	189016672
82	NC_010399	CT	3	6	33744	33749	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_010399	CG	3	6	34020	34025	0 %	0 %	50 %	50 %	189016676
84	NC_010399	AG	3	6	34692	34697	50 %	0 %	50 %	0 %	189016678
85	NC_010399	CG	3	6	34969	34974	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
86	NC_010399	TC	3	6	35550	35555	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_010399	AG	3	6	35634	35639	50 %	0 %	50 %	0 %	189016679
88	NC_010399	AC	3	6	35641	35646	50 %	0 %	0 %	50 %	189016679
89	NC_010399	GC	3	6	35861	35866	0 %	0 %	50 %	50 %	189016679
90	NC_010399	GC	3	6	37558	37563	0 %	0 %	50 %	50 %	189016681
91	NC_010399	CG	3	6	37631	37636	0 %	0 %	50 %	50 %	189016681
92	NC_010399	GC	4	8	37931	37938	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
93	NC_010399	CT	3	6	38132	38137	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_010399	GA	3	6	38223	38228	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
95	NC_010399	TA	3	6	39605	39610	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_010399	CG	3	6	40508	40513	0 %	0 %	50 %	50 %	189016684
97	NC_010399	CG	4	8	42026	42033	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
98	NC_010399	CG	3	6	42111	42116	0 %	0 %	50 %	50 %	189016688
99	NC_010399	GC	3	6	42744	42749	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
100	NC_010399	TC	3	6	43040	43045	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_010399	GC	3	6	43451	43456	0 %	0 %	50 %	50 %	189016689
102	NC_010399	GC	3	6	45367	45372	0 %	0 %	50 %	50 %	189016689
103	NC_010399	CG	3	6	45458	45463	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
104	NC_010399	CG	3	6	46421	46426	0 %	0 %	50 %	50 %	189016690
105	NC_010399	CG	3	6	46520	46525	0 %	0 %	50 %	50 %	189016690
106	NC_010399	CG	3	6	46868	46873	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
107	NC_010399	GC	3	6	48847	48852	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
108	NC_010399	CG	3	6	49123	49128	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
109	NC_010399	GC	3	6	50250	50255	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.