MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Clostridium botulinum B1 str. Okra plasmid pCLD

Total Repeats: 118

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010379	TCTCCA	2	12	1115	1126	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	169834641
2	NC_010379	CTTTTT	2	12	2760	2771	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	169834657
3	NC_010379	TATTTA	2	12	2799	2810	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	169834657
4	NC_010379	TTTCCA	2	12	3257	3268	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	169834676
5	NC_010379	ATCATT	2	12	6616	6627	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	169834715
6	NC_010379	CTTTGA	2	12	6988	6999	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	169834632
7	NC_010379	AAAAGA	2	12	7774	7785	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	169834703
8	NC_010379	AATTTG	2	12	10035	10046	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	169834709
9	NC_010379	ATATAA	2	12	11670	11681	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	169834584
10	NC_010379	TTAAAT	2	12	12235	12246	50 %	50 %	0 %	0 %	169834726
11	NC_010379	ATTTCT	2	12	14510	14521	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	169834648
12	NC_010379	ATCTTC	2	12	15184	15195	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	169834603
13	NC_010379	TTATTT	2	12	16740	16751	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	169834718
14	NC_010379	CTGTAT	2	12	17169	17180	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	169834704
15	NC_010379	TCATTT	2	12	17195	17206	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	169834704
16	NC_010379	TTTCTT	2	12	17556	17567	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	169834704
17	NC_010379	AATTAA	2	12	17948	17959	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_010379	TTCATT	2	12	18218	18229	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	169834577
19	NC_010379	TAAAAG	2	12	18586	18597	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	169834577
20	NC_010379	ATCAGG	2	12	19532	19543	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	169834577
21	NC_010379	AAATTA	2	12	21365	21376	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010379	TTTAAT	2	12	21396	21407	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010379	TTTATT	2	12	22691	22702	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_010379	TATTTT	2	12	28216	28227	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	169834566
25	NC_010379	TACCCA	2	12	28946	28957	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	169834655
26	NC_010379	ATATTT	2	12	29851	29862	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	169834626
27	NC_010379	AACAGC	2	12	33022	33033	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	169834680
28	NC_010379	AATTAA	2	12	33367	33378	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	169834680
29	NC_010379	TCTTTT	2	12	33379	33390	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	169834680
30	NC_010379	TCTACC	2	12	37599	37610	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	169834688
31	NC_010379	ATACTT	2	12	38030	38041	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	169834688
32	NC_010379	TTTTAT	2	12	39163	39174	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	169834561
33	NC_010379	TAAACT	2	12	42266	42277	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_010379	TGCTTG	2	12	44006	44017	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	169834607
35	NC_010379	TTTTAT	2	12	44161	44172	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	169834607
36	NC_010379	ATTTAT	2	12	45205	45216	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	169834607
37	NC_010379	TCATTT	2	12	45681	45692	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	169834607
38	NC_010379	GATAAA	2	12	46309	46320	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	169834701
39	NC_010379	AATTTA	2	12	48800	48811	50 %	50 %	0 %	0 %	169834701
40	NC_010379	ATTGAT	2	12	48825	48836	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	169834701
41	NC_010379	AAATTC	2	12	50156	50167	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	169834581
42	NC_010379	CGGTAA	2	12	50831	50842	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	169834608
43	NC_010379	ATTGAA	2	12	55910	55921	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	169834621
44	NC_010379	TAAATA	2	12	56290	56301	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	169834621
45	NC_010379	TTAGAT	2	12	56856	56867	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	169834621
46	NC_010379	TTTTAT	2	12	57170	57181	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_010379	TTTAAT	2	12	58138	58149	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	169834558
48	NC_010379	CTTCAT	2	12	61453	61464	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	169834674
49	NC_010379	ATAGAT	2	12	62219	62230	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	169834565
50	NC_010379	TGCTTT	2	12	66427	66438	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	169834553
51	NC_010379	TTAATT	2	12	66709	66720	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	169834588
52	NC_010379	TAATTT	2	12	67632	67643	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	169834557
53	NC_010379	ATCAAT	2	12	67885	67896	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	169834717
54	NC_010379	TTACCC	2	12	68700	68711	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	169834691
55	NC_010379	ATTGGC	2	12	68850	68861	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	169834691
56	NC_010379	TAAAAA	2	12	69579	69590	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_010379	ATATCA	2	12	71024	71035	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	169834671
58	NC_010379	ATATTA	2	12	71737	71748	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_010379	CTAATG	2	12	71775	71786	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	169834601
60	NC_010379	TTACCC	2	12	71975	71986	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	169834601
61	NC_010379	ATTGGC	3	18	72125	72142	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	169834601
62	NC_010379	CATTGG	2	12	72650	72661	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	169834614
63	NC_010379	AGTTTC	2	12	73477	73488	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	169834652
64	NC_010379	ATTTAA	2	12	73795	73806	50 %	50 %	0 %	0 %	169834585
65	NC_010379	TTTATT	2	12	74099	74110	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	169834538
66	NC_010379	TCTTTT	2	12	74847	74858	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	169834575
67	NC_010379	TTTATT	2	12	75399	75410	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	169834629
68	NC_010379	AATATT	2	12	76286	76297	50 %	50 %	0 %	0 %	169834686
69	NC_010379	TTTCAT	2	12	76927	76938	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	169834675
70	NC_010379	AATTTT	2	12	77208	77219	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	169834675
71	NC_010379	TTTAAA	2	12	77868	77879	50 %	50 %	0 %	0 %	169834675
72	NC_010379	TGTTTA	2	12	79312	79323	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	169834625
73	NC_010379	TTTTTC	2	12	79926	79937	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	169834547
74	NC_010379	AATAGT	2	12	80295	80306	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	169834547
75	NC_010379	TCAAAA	2	12	82445	82456	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	169834560
76	NC_010379	TATTTA	2	12	87325	87336	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	169834605
77	NC_010379	TTTATA	2	12	87815	87826	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010379	TTAGCT	2	12	88167	88178	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	169834543
79	NC_010379	TTTTAG	2	12	89488	89499	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	169834543
80	NC_010379	TAGTTC	2	12	89564	89575	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	169834543
81	NC_010379	CCATTA	2	12	90782	90793	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169834665
82	NC_010379	TCTACT	2	12	93466	93477	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	169834597
83	NC_010379	ATGTAT	2	12	95867	95878	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	169834580
84	NC_010379	CTATAA	2	12	96234	96245	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_010379	CTATAA	2	12	97261	97272	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_010379	TTTAAG	2	12	97431	97442	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	169834725
87	NC_010379	ATCCAT	2	12	99453	99464	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169834633
88	NC_010379	TAATGA	2	12	99564	99575	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	169834638
89	NC_010379	TTTTTC	2	12	102739	102750	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	169834662
90	NC_010379	ATCTAT	2	12	106194	106205	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	169834596
91	NC_010379	TAAAAA	2	12	107906	107917	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	169834653
92	NC_010379	ATTTAT	2	12	108675	108686	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	169834579
93	NC_010379	AAAAGA	2	12	111080	111091	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	169834563
94	NC_010379	TAAAGT	2	12	113288	113299	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	169834563
95	NC_010379	ATATTT	2	12	114404	114415	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	169834719
96	NC_010379	ATTTCC	2	12	114455	114466	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	169834719
97	NC_010379	TTTCCT	2	12	115169	115180	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	169834613
98	NC_010379	ATATTA	2	12	117769	117780	50 %	50 %	0 %	0 %	169834613
99	NC_010379	ATTTAT	2	12	119764	119775	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	169834545
100	NC_010379	TCTTAT	2	12	124488	124499	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	169834622
101	NC_010379	TTTATA	2	12	125416	125427	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_010379	AAATTT	2	12	125993	126004	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_010379	ATAAAT	2	12	126572	126583	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	169834628
104	NC_010379	TAGATT	2	12	127854	127865	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	169834628
105	NC_010379	AAAGAA	2	12	128909	128920	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	169834628
106	NC_010379	ATTTTG	2	12	129129	129140	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	169834586
107	NC_010379	TTTTAT	2	12	129402	129413	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	169834586
108	NC_010379	AAAATA	2	12	129664	129675	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	169834586
109	NC_010379	TTATAT	2	12	130198	130209	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	169834690
110	NC_010379	TTAATT	2	12	134524	134535	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	169834693
111	NC_010379	TCATAA	2	12	139643	139654	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	169834659
112	NC_010379	TTTACC	2	12	139681	139692	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	169834659
113	NC_010379	TAAATT	2	12	140167	140178	50 %	50 %	0 %	0 %	169834659
114	NC_010379	TCTGCT	2	12	141197	141208	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	169834660
115	NC_010379	AATAAA	2	12	141911	141922	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	169834660
116	NC_010379	CAATTC	2	12	142043	142054	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_010379	ATTAGA	2	12	143619	143630	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	169834723
118	NC_010379	ATATAA	2	12	143692	143703	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	169834723

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.