MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Halobacterium salinarum R1 plasmid PHS2

Total Repeats: 103

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010369	GTAGCG	2	12	36	47	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	169237603
2	NC_010369	CAAAAA	2	12	5004	5015	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_010369	AGTCCG	2	12	7925	7936	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_010369	ACTCAG	2	12	8562	8573	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	169237612
5	NC_010369	GAACCA	2	12	8751	8762	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	169237612
6	NC_010369	CCTTTT	2	12	9537	9548	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	169237613
7	NC_010369	TCCTTG	2	12	11353	11364	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	169237615
8	NC_010369	TGGACG	2	12	16114	16125	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	169237620
9	NC_010369	CGACCT	2	12	20971	20982	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	169237626
10	NC_010369	TCGCCC	2	12	22827	22838	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	169237626
11	NC_010369	CCTCAT	2	12	25192	25203	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	169237628
12	NC_010369	TGATCG	2	12	25894	25905	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	169237629
13	NC_010369	ACGTCG	2	12	28497	28508	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	169237631
14	NC_010369	TCGACG	2	12	29149	29160	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	169237633
15	NC_010369	TTCGAG	2	12	29586	29597	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	169237634
16	NC_010369	GCCGTC	2	12	32131	32142	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	169237638
17	NC_010369	CCTCCC	2	12	32595	32606	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	169237638
18	NC_010369	GGCGTT	2	12	33835	33846	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	169237639
19	NC_010369	CGAGCG	2	12	34848	34859	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	169237639
20	NC_010369	ACGGTG	2	12	36825	36836	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	169237641
21	NC_010369	GTAGCG	2	12	41073	41084	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	169237648
22	NC_010369	TTCGAC	2	12	41579	41590	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	169237648
23	NC_010369	GCGTCG	2	12	44552	44563	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	169237652
24	NC_010369	CGGGCG	2	12	46727	46738	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237655
25	NC_010369	CGACTG	2	12	49511	49522	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	169237658
26	NC_010369	CGGGCG	2	12	49728	49739	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_010369	TGCCGG	2	12	51669	51680	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	169237662
28	NC_010369	GATATC	2	12	52395	52406	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	169237663
29	NC_010369	GCGTCG	2	12	53966	53977	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	169237666
30	NC_010369	TCGTAC	2	12	54056	54067	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	169237666
31	NC_010369	AGCCGT	2	12	55069	55080	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	169237667
32	NC_010369	GCTGTA	2	12	57780	57791	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	169237672
33	NC_010369	GTTGAC	2	12	59638	59649	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	169237675
34	NC_010369	CGCAAT	2	12	61894	61905	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_010369	GAGTTC	2	12	65370	65381	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	169237682
36	NC_010369	CGTTCG	2	12	68160	68171	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237685
37	NC_010369	CGGGCG	2	12	69810	69821	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_010369	GCCGTC	2	12	72677	72688	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	169237689
39	NC_010369	TCCTGG	2	12	73514	73525	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237691
40	NC_010369	GTCGCC	2	12	76476	76487	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
41	NC_010369	GTCCCG	2	12	76529	76540	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
42	NC_010369	CCGGTC	2	12	76698	76709	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
43	NC_010369	GCTGTC	2	12	76747	76758	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_010369	TCGCCG	2	12	77121	77132	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
45	NC_010369	CCGCCC	2	12	77140	77151	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
46	NC_010369	CTCGAC	2	12	78545	78556	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
47	NC_010369	GCCTTC	2	12	78965	78976	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
48	NC_010369	GCTGTC	2	12	80598	80609	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_010369	GTACTC	2	12	82201	82212	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_010369	GACAGC	2	12	84752	84763	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_010369	GCTGTC	2	12	84956	84967	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_010369	TGAGCG	2	12	86732	86743	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	169237699
53	NC_010369	AAATCC	2	12	87905	87916	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	169237699
54	NC_010369	TCGGCC	2	12	95119	95130	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	169237710
55	NC_010369	GTCGAA	2	12	96533	96544	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	169237712
56	NC_010369	TCCACT	2	12	97383	97394	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	169237713
57	NC_010369	TTCGGG	2	12	97917	97928	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	169237714
58	NC_010369	CAGCCA	2	12	98276	98287	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	169237714
59	NC_010369	CGCGGG	2	12	102363	102374	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237718
60	NC_010369	TGCGCC	2	12	102705	102716	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	169237718
61	NC_010369	CGGGTT	2	12	103145	103156	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	169237720
62	NC_010369	TCGGCG	2	12	103642	103653	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	169237720
63	NC_010369	GCCATC	2	12	103704	103715	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	169237720
64	NC_010369	CGTCGC	2	12	103916	103927	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	169237720
65	NC_010369	TCGACG	2	12	104991	105002	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	169237722
66	NC_010369	TCGCGT	2	12	106768	106779	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237724
67	NC_010369	GCGTCG	2	12	109752	109763	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	169237728
68	NC_010369	GAACTC	2	12	112718	112729	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	169237731
69	NC_010369	GACGTC	2	12	114500	114511	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	169237733
70	NC_010369	CTCCAA	2	12	128243	128254	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_010369	TCTGAT	2	12	129161	129172	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	169237744
72	NC_010369	TTCGCG	2	12	130364	130375	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237745
73	NC_010369	ACACGT	2	12	130799	130810	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	169237746
74	NC_010369	GTCGTG	2	12	130989	131000	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	169237746
75	NC_010369	GGTCTG	2	12	131107	131118	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_010369	CTGCGT	2	12	131298	131309	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237747
77	NC_010369	GCGCCC	2	12	134518	134529	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_010369	CGGCAT	2	12	135345	135356	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_010369	GAGCGC	2	12	137546	137557	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	169237757
80	NC_010369	GGCGCG	2	12	143651	143662	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237765
81	NC_010369	GTCGAT	2	12	145502	145513	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	169237767
82	NC_010369	GTAGCG	2	12	159608	159619	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	169237780
83	NC_010369	TCGACT	2	12	160115	160126	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	169237780
84	NC_010369	GTCAAC	2	12	160555	160566	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	169237780
85	NC_010369	GTCGAA	2	12	163181	163192	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	169237782
86	NC_010369	GTGGCG	2	12	168813	168824	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	169237787
87	NC_010369	CGGAAC	2	12	170804	170815	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237788
88	NC_010369	GACGGC	2	12	170989	171000	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	169237788
89	NC_010369	GTCGGT	2	12	171810	171821	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	169237788
90	NC_010369	ACGTCG	2	12	172379	172390	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	169237788
91	NC_010369	GTGTCG	2	12	173976	173987	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	169237789
92	NC_010369	ACGGTC	2	12	174957	174968	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	169237789
93	NC_010369	GTCGCA	2	12	174999	175010	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	169237789
94	NC_010369	CCCGCC	2	12	177698	177709	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	169237791
95	NC_010369	CGCGAG	2	12	178472	178483	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	169237791
96	NC_010369	CACCGA	2	12	178978	178989	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	169237791
97	NC_010369	CTCGCG	2	12	181865	181876	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	169237793
98	NC_010369	CCGACG	2	12	182387	182398	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	169237794
99	NC_010369	AGCGAC	2	12	184049	184060	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237795
100	NC_010369	CGAACG	2	12	184467	184478	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237795
101	NC_010369	GACCTC	2	12	193328	193339	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	169237800
102	NC_010369	TGGTTG	2	12	193619	193630	0 %	50 %	50 %	0 %	169237801
103	NC_010369	CGACTA	2	12	194040	194051	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	169237801

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.