MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Halobacterium salinarum R1 plasmid PHS2

Total Repeats: 136

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010369	CAGCT	2	10	1946	1955	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_010369	GCGAC	2	10	6558	6567	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
3	NC_010369	GGGAG	2	10	6690	6699	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010369	ATCGG	2	10	7610	7619	20 %	20 %	40 %	20 %	169237611
5	NC_010369	TGTCT	2	10	8951	8960	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_010369	ACTTC	2	10	9436	9445	20 %	40 %	0 %	40 %	169237613
7	NC_010369	CGTCT	2	10	9860	9869	0 %	40 %	20 %	40 %	169237613
8	NC_010369	TCCGC	2	10	10965	10974	0 %	20 %	20 %	60 %	169237615
9	NC_010369	ACCGA	2	10	11627	11636	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_010369	ATGAG	2	10	13559	13568	40 %	20 %	40 %	0 %	169237617
11	NC_010369	GTTTC	2	10	14509	14518	0 %	60 %	20 %	20 %	169237618
12	NC_010369	TGCAG	2	10	14902	14911	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_010369	GCGTT	2	10	18644	18653	0 %	40 %	40 %	20 %	169237623
14	NC_010369	CACTC	2	10	21112	21121	20 %	20 %	0 %	60 %	169237626
15	NC_010369	CCAGG	2	10	22769	22778	20 %	0 %	40 %	40 %	169237626
16	NC_010369	ACCCC	2	10	23012	23021	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
17	NC_010369	CCCCA	2	10	23098	23107	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
18	NC_010369	AGTCC	2	10	23155	23164	20 %	20 %	20 %	40 %	169237627
19	NC_010369	GATGC	2	10	24316	24325	20 %	20 %	40 %	20 %	169237627
20	NC_010369	GGGGA	2	10	24616	24625	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010369	GTGGG	2	10	24980	24989	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010369	CTCGA	2	10	26623	26632	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
23	NC_010369	ATCGT	2	10	26727	26736	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_010369	ACTCC	2	10	29771	29780	20 %	20 %	0 %	60 %	169237634
25	NC_010369	CCACG	2	10	30272	30281	20 %	0 %	20 %	60 %	169237634
26	NC_010369	TGAAC	2	10	31048	31057	40 %	20 %	20 %	20 %	169237635
27	NC_010369	GGAAG	2	10	33247	33256	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010369	GACTC	2	10	37251	37260	20 %	20 %	20 %	40 %	169237641
29	NC_010369	ACTGA	2	10	40645	40654	40 %	20 %	20 %	20 %	169237647
30	NC_010369	CGTGA	2	10	43274	43283	20 %	20 %	40 %	20 %	169237650
31	NC_010369	CGGAG	2	10	45337	45346	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
32	NC_010369	TCGCC	2	10	47595	47604	0 %	20 %	20 %	60 %	169237656
33	NC_010369	ACCGG	2	10	47892	47901	20 %	0 %	40 %	40 %	169237656
34	NC_010369	CTGTG	2	10	48418	48427	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_010369	CCCAG	2	10	49110	49119	20 %	0 %	20 %	60 %	169237658
36	NC_010369	GATTC	2	10	49474	49483	20 %	40 %	20 %	20 %	169237658
37	NC_010369	GCGGG	2	10	49806	49815	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
38	NC_010369	GAGCG	2	10	49958	49967	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
39	NC_010369	CGAGG	2	10	51528	51537	20 %	0 %	60 %	20 %	169237662
40	NC_010369	GCTCG	2	10	53379	53388	0 %	20 %	40 %	40 %	169237665
41	NC_010369	CACGT	2	10	55803	55812	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_010369	CGATG	2	10	56067	56076	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_010369	CGGGC	2	10	58066	58075	0 %	0 %	60 %	40 %	169237672
44	NC_010369	GCGGT	2	10	58170	58179	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
45	NC_010369	GAAGA	2	10	61329	61338	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010369	AGTTC	2	10	61598	61607	20 %	40 %	20 %	20 %	169237679
47	NC_010369	GGGCT	2	10	61907	61916	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
48	NC_010369	CTGTT	2	10	62353	62362	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_010369	ACTGC	2	10	63166	63175	20 %	20 %	20 %	40 %	169237680
50	NC_010369	CAATA	2	10	63785	63794	60 %	20 %	0 %	20 %	169237681
51	NC_010369	GTTGA	2	10	67222	67231	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_010369	GAGCG	2	10	71969	71978	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
53	NC_010369	TCACC	2	10	72826	72835	20 %	20 %	0 %	60 %	169237689
54	NC_010369	TCGCC	2	10	73138	73147	0 %	20 %	20 %	60 %	169237689
55	NC_010369	TGCGG	2	10	76408	76417	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
56	NC_010369	GTCCT	3	15	76766	76780	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_010369	CCCTC	2	10	77005	77014	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
58	NC_010369	TGATT	2	10	78006	78015	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_010369	CCGAT	2	10	78693	78702	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_010369	AATAC	2	10	80119	80128	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_010369	TCTGT	2	10	80541	80550	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_010369	GCGAC	2	10	80625	80634	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
63	NC_010369	CGGCG	2	10	80807	80816	0 %	0 %	60 %	40 %	169237695
64	NC_010369	CTCGA	2	10	80945	80954	20 %	20 %	20 %	40 %	169237695
65	NC_010369	GCCGT	2	10	82378	82387	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
66	NC_010369	AAGCG	2	10	83913	83922	40 %	0 %	40 %	20 %	169237697
67	NC_010369	CGGCG	2	10	85165	85174	0 %	0 %	60 %	40 %	169237698
68	NC_010369	TCGAT	2	10	85304	85313	20 %	40 %	20 %	20 %	169237698
69	NC_010369	CTGAA	2	10	87073	87082	40 %	20 %	20 %	20 %	169237699
70	NC_010369	GAAGA	2	10	90136	90145	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_010369	AGTTC	2	10	90405	90414	20 %	40 %	20 %	20 %	169237704
72	NC_010369	ACGTC	2	10	96321	96330	20 %	20 %	20 %	40 %	169237712
73	NC_010369	CGCTA	2	10	97432	97441	20 %	20 %	20 %	40 %	169237713
74	NC_010369	GTTCG	2	10	99538	99547	0 %	40 %	40 %	20 %	169237716
75	NC_010369	GAACG	2	10	101278	101287	40 %	0 %	40 %	20 %	169237717
76	NC_010369	AAACC	2	10	107839	107848	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
77	NC_010369	TCGTC	2	10	114120	114129	0 %	40 %	20 %	40 %	169237732
78	NC_010369	CGCGA	2	10	116608	116617	20 %	0 %	40 %	40 %	169237735
79	NC_010369	CGTCA	2	10	117288	117297	20 %	20 %	20 %	40 %	169237736
80	NC_010369	CTGTG	2	10	117366	117375	0 %	40 %	40 %	20 %	169237736
81	NC_010369	GTTCG	2	10	120911	120920	0 %	40 %	40 %	20 %	169237739
82	NC_010369	CTCCG	2	10	121301	121310	0 %	20 %	20 %	60 %	169237739
83	NC_010369	GAAGA	2	10	123050	123059	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_010369	AGTTC	2	10	123319	123328	20 %	40 %	20 %	20 %	169237740
85	NC_010369	TCGGT	2	10	124040	124049	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_010369	TTTCC	2	10	124088	124097	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_010369	ACGCC	2	10	124331	124340	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
88	NC_010369	TGGGA	2	10	127738	127747	20 %	20 %	60 %	0 %	169237743
89	NC_010369	AACCA	2	10	128970	128979	60 %	0 %	0 %	40 %	169237744
90	NC_010369	ATCGA	2	10	130564	130573	40 %	20 %	20 %	20 %	169237746
91	NC_010369	CGAAT	2	10	132169	132178	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_010369	AGCCG	2	10	133550	133559	20 %	0 %	40 %	40 %	169237749
93	NC_010369	CTCCG	2	10	138400	138409	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
94	NC_010369	GTTGA	2	10	139716	139725	20 %	40 %	40 %	0 %	169237761
95	NC_010369	TGTCG	2	10	142426	142435	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_010369	CGACT	2	10	142559	142568	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
97	NC_010369	TCCCA	2	10	145451	145460	20 %	20 %	0 %	60 %	169237767
98	NC_010369	CCCGA	2	10	145910	145919	20 %	0 %	20 %	60 %	169237767
99	NC_010369	ATCGT	2	10	147444	147453	20 %	40 %	20 %	20 %	169237769
100	NC_010369	TAAAA	2	10	150642	150651	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_010369	GAGGT	2	10	151540	151549	20 %	20 %	60 %	0 %	169237773
102	NC_010369	TGGCG	2	10	152837	152846	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
103	NC_010369	GTGGA	2	10	153916	153925	20 %	20 %	60 %	0 %	169237776
104	NC_010369	GTGTA	2	10	156217	156226	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_010369	CCAGC	2	10	156570	156579	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
106	NC_010369	GTCGC	2	10	158140	158149	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
107	NC_010369	CGTCG	2	10	158767	158776	0 %	20 %	40 %	40 %	169237779
108	NC_010369	GAAGA	2	10	161379	161388	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_010369	AGTTC	2	10	161648	161657	20 %	40 %	20 %	20 %	169237781
110	NC_010369	AGTTG	2	10	163360	163369	20 %	40 %	40 %	0 %	169237782
111	NC_010369	TCAAT	2	10	163851	163860	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_010369	GCTAC	2	10	164196	164205	20 %	20 %	20 %	40 %	169237783
113	NC_010369	AGTGG	2	10	164950	164959	20 %	20 %	60 %	0 %	169237783
114	NC_010369	CCGGA	2	10	169274	169283	20 %	0 %	40 %	40 %	169237787
115	NC_010369	CGGAT	2	10	172547	172556	20 %	20 %	40 %	20 %	169237788
116	NC_010369	GCTGC	2	10	173227	173236	0 %	20 %	40 %	40 %	169237789
117	NC_010369	GTCGT	2	10	173475	173484	0 %	40 %	40 %	20 %	169237789
118	NC_010369	GACGT	2	10	174093	174102	20 %	20 %	40 %	20 %	169237789
119	NC_010369	TCACC	2	10	174355	174364	20 %	20 %	0 %	60 %	169237789
120	NC_010369	CGTCG	2	10	174626	174635	0 %	20 %	40 %	40 %	169237789
121	NC_010369	TCGAT	2	10	176356	176365	20 %	40 %	20 %	20 %	169237791
122	NC_010369	CGTCG	2	10	176735	176744	0 %	20 %	40 %	40 %	169237791
123	NC_010369	CGTCG	2	10	176939	176948	0 %	20 %	40 %	40 %	169237791
124	NC_010369	CAGTC	2	10	177236	177245	20 %	20 %	20 %	40 %	169237791
125	NC_010369	CACGA	2	10	183734	183743	40 %	0 %	20 %	40 %	169237795
126	NC_010369	AGCCG	2	10	184215	184224	20 %	0 %	40 %	40 %	169237795
127	NC_010369	TCGTC	2	10	184545	184554	0 %	40 %	20 %	40 %	169237795
128	NC_010369	TTAAT	2	10	184876	184885	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_010369	GCGCC	2	10	185512	185521	0 %	0 %	40 %	60 %	169237796
130	NC_010369	GACGC	2	10	187177	187186	20 %	0 %	40 %	40 %	169237797
131	NC_010369	GTCGA	2	10	188512	188521	20 %	20 %	40 %	20 %	169237798
132	NC_010369	GTCGC	2	10	189159	189168	0 %	20 %	40 %	40 %	169237798
133	NC_010369	GTCCA	2	10	189746	189755	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
134	NC_010369	GAACG	2	10	190745	190754	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_010369	GAACT	2	10	191837	191846	40 %	20 %	20 %	20 %	169237799
136	NC_010369	CTGGG	2	10	193088	193097	0 %	20 %	60 %	20 %	169237800

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.