MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Halobacterium salinarum R1 plasmid PHS2

Total Repeats: 54

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010369	CAGCT	2	10	1946	1955	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_010369	GCGAC	2	10	6558	6567	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
3	NC_010369	GGGAG	2	10	6690	6699	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010369	TGTCT	2	10	8951	8960	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_010369	ACCGA	2	10	11627	11636	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_010369	TGCAG	2	10	14902	14911	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_010369	ACCCC	2	10	23012	23021	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
8	NC_010369	CCCCA	2	10	23098	23107	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
9	NC_010369	GGGGA	2	10	24616	24625	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
10	NC_010369	GTGGG	2	10	24980	24989	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010369	CTCGA	2	10	26623	26632	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_010369	ATCGT	2	10	26727	26736	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_010369	GGAAG	2	10	33247	33256	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010369	CGGAG	2	10	45337	45346	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
15	NC_010369	CTGTG	2	10	48418	48427	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_010369	GCGGG	2	10	49806	49815	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
17	NC_010369	GAGCG	2	10	49958	49967	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
18	NC_010369	CACGT	2	10	55803	55812	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_010369	CGATG	2	10	56067	56076	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
20	NC_010369	GCGGT	2	10	58170	58179	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
21	NC_010369	GAAGA	2	10	61329	61338	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010369	GGGCT	2	10	61907	61916	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
23	NC_010369	CTGTT	2	10	62353	62362	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_010369	GTTGA	2	10	67222	67231	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010369	GAGCG	2	10	71969	71978	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
26	NC_010369	TGCGG	2	10	76408	76417	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
27	NC_010369	GTCCT	3	15	76766	76780	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_010369	CCCTC	2	10	77005	77014	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
29	NC_010369	TGATT	2	10	78006	78015	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010369	CCGAT	2	10	78693	78702	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_010369	AATAC	2	10	80119	80128	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_010369	TCTGT	2	10	80541	80550	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_010369	GCGAC	2	10	80625	80634	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
34	NC_010369	GCCGT	2	10	82378	82387	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
35	NC_010369	GAAGA	2	10	90136	90145	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010369	AAACC	2	10	107839	107848	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_010369	GAAGA	2	10	123050	123059	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_010369	TCGGT	2	10	124040	124049	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_010369	TTTCC	2	10	124088	124097	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
40	NC_010369	ACGCC	2	10	124331	124340	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
41	NC_010369	CGAAT	2	10	132169	132178	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_010369	CTCCG	2	10	138400	138409	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
43	NC_010369	TGTCG	2	10	142426	142435	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_010369	CGACT	2	10	142559	142568	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_010369	TAAAA	2	10	150642	150651	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010369	TGGCG	2	10	152837	152846	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
47	NC_010369	GTGTA	2	10	156217	156226	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010369	CCAGC	2	10	156570	156579	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
49	NC_010369	GTCGC	2	10	158140	158149	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
50	NC_010369	GAAGA	2	10	161379	161388	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010369	TCAAT	2	10	163851	163860	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_010369	TTAAT	2	10	184876	184885	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010369	GTCCA	2	10	189746	189755	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_010369	GAACG	2	10	190745	190754	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.