MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Halobacterium salinarum R1 plasmid PHS2

Total Repeats: 411

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010369	AGCG	2	8	507	514	25 %	0 %	50 %	25 %	169237603
2	NC_010369	TTTC	2	8	673	680	0 %	75 %	0 %	25 %	169237603
3	NC_010369	TCGA	2	8	746	753	25 %	25 %	25 %	25 %	169237603
4	NC_010369	CGTC	2	8	817	824	0 %	25 %	25 %	50 %	169237603
5	NC_010369	TGCG	2	8	2072	2079	0 %	25 %	50 %	25 %	169237604
6	NC_010369	GCAG	2	8	2687	2694	25 %	0 %	50 %	25 %	169237605
7	NC_010369	TGGC	2	8	3749	3756	0 %	25 %	50 %	25 %	169237607
8	NC_010369	GCCT	2	8	4143	4150	0 %	25 %	25 %	50 %	169237607
9	NC_010369	GAAG	2	8	4652	4659	50 %	0 %	50 %	0 %	169237608
10	NC_010369	AGTG	2	8	4661	4668	25 %	25 %	50 %	0 %	169237608
11	NC_010369	TTGA	2	8	4718	4725	25 %	50 %	25 %	0 %	169237609
12	NC_010369	AGCC	2	8	4876	4883	25 %	0 %	25 %	50 %	169237609
13	NC_010369	TTCC	2	8	5716	5723	0 %	50 %	0 %	50 %	169237610
14	NC_010369	AGAC	2	8	6790	6797	50 %	0 %	25 %	25 %	169237611
15	NC_010369	ACAA	2	8	6804	6811	75 %	0 %	0 %	25 %	169237611
16	NC_010369	AGGC	2	8	7177	7184	25 %	0 %	50 %	25 %	169237611
17	NC_010369	CGGA	2	8	7393	7400	25 %	0 %	50 %	25 %	169237611
18	NC_010369	CCGG	2	8	7454	7461	0 %	0 %	50 %	50 %	169237611
19	NC_010369	GGAT	2	8	7574	7581	25 %	25 %	50 %	0 %	169237611
20	NC_010369	GAAG	2	8	8408	8415	50 %	0 %	50 %	0 %	169237612
21	NC_010369	ACCA	2	8	8505	8512	50 %	0 %	0 %	50 %	169237612
22	NC_010369	CGAC	3	12	10424	10435	25 %	0 %	25 %	50 %	169237614
23	NC_010369	CAGC	2	8	10464	10471	25 %	0 %	25 %	50 %	169237614
24	NC_010369	AATT	2	8	11957	11964	50 %	50 %	0 %	0 %	169237616
25	NC_010369	ACGT	2	8	12811	12818	25 %	25 %	25 %	25 %	169237617
26	NC_010369	GTGG	2	8	12983	12990	0 %	25 %	75 %	0 %	169237617
27	NC_010369	TCGC	2	8	14123	14130	0 %	25 %	25 %	50 %	169237618
28	NC_010369	CGTC	2	8	14203	14210	0 %	25 %	25 %	50 %	169237618
29	NC_010369	AGGC	2	8	14294	14301	25 %	0 %	50 %	25 %	169237618
30	NC_010369	CGAT	2	8	14417	14424	25 %	25 %	25 %	25 %	169237618
31	NC_010369	CGCC	2	8	14650	14657	0 %	0 %	25 %	75 %	169237618
32	NC_010369	TGCT	2	8	14788	14795	0 %	50 %	25 %	25 %	169237618
33	NC_010369	GGGC	2	8	15019	15026	0 %	0 %	75 %	25 %	169237619
34	NC_010369	GCCG	2	8	15573	15580	0 %	0 %	50 %	50 %	169237620
35	NC_010369	AGCC	2	8	15686	15693	25 %	0 %	25 %	50 %	169237620
36	NC_010369	GGAT	2	8	17465	17472	25 %	25 %	50 %	0 %	169237621
37	NC_010369	GCCG	2	8	17544	17551	0 %	0 %	50 %	50 %	169237621
38	NC_010369	CAGG	2	8	17610	17617	25 %	0 %	50 %	25 %	169237622
39	NC_010369	CGAC	2	8	17633	17640	25 %	0 %	25 %	50 %	169237622
40	NC_010369	ACGG	2	8	18742	18749	25 %	0 %	50 %	25 %	169237623
41	NC_010369	GATG	2	8	18849	18856	25 %	25 %	50 %	0 %	169237623
42	NC_010369	AGCG	2	8	20043	20050	25 %	0 %	50 %	25 %	169237625
43	NC_010369	GGTC	2	8	20194	20201	0 %	25 %	50 %	25 %	169237625
44	NC_010369	ATCG	2	8	21101	21108	25 %	25 %	25 %	25 %	169237626
45	NC_010369	AGCG	2	8	21235	21242	25 %	0 %	50 %	25 %	169237626
46	NC_010369	GACG	2	8	21442	21449	25 %	0 %	50 %	25 %	169237626
47	NC_010369	CCGG	2	8	21570	21577	0 %	0 %	50 %	50 %	169237626
48	NC_010369	ATCG	2	8	21685	21692	25 %	25 %	25 %	25 %	169237626
49	NC_010369	TCGC	2	8	22215	22222	0 %	25 %	25 %	50 %	169237626
50	NC_010369	GATC	2	8	23889	23896	25 %	25 %	25 %	25 %	169237627
51	NC_010369	CGAC	2	8	24254	24261	25 %	0 %	25 %	50 %	169237627
52	NC_010369	GTAG	2	8	25361	25368	25 %	25 %	50 %	0 %	169237628
53	NC_010369	TCTG	2	8	25476	25483	0 %	50 %	25 %	25 %	169237628
54	NC_010369	ACGG	2	8	27387	27394	25 %	0 %	50 %	25 %	169237630
55	NC_010369	CTCG	2	8	28331	28338	0 %	25 %	25 %	50 %	169237631
56	NC_010369	ATAG	2	8	28790	28797	50 %	25 %	25 %	0 %	169237632
57	NC_010369	TGAG	2	8	28901	28908	25 %	25 %	50 %	0 %	169237632
58	NC_010369	ATCC	2	8	29084	29091	25 %	25 %	0 %	50 %	169237632
59	NC_010369	CAAT	2	8	30480	30487	50 %	25 %	0 %	25 %	169237634
60	NC_010369	TTCC	2	8	30498	30505	0 %	50 %	0 %	50 %	169237634
61	NC_010369	TGGC	2	8	30849	30856	0 %	25 %	50 %	25 %	169237634
62	NC_010369	GCCG	2	8	31712	31719	0 %	0 %	50 %	50 %	169237637
63	NC_010369	GGTC	2	8	31824	31831	0 %	25 %	50 %	25 %	169237637
64	NC_010369	CAGC	2	8	32235	32242	25 %	0 %	25 %	50 %	169237638
65	NC_010369	CGTC	2	8	32370	32377	0 %	25 %	25 %	50 %	169237638
66	NC_010369	GGCG	2	8	33811	33818	0 %	0 %	75 %	25 %	169237639
67	NC_010369	GCGG	2	8	33902	33909	0 %	0 %	75 %	25 %	169237639
68	NC_010369	CGAC	2	8	34028	34035	25 %	0 %	25 %	50 %	169237639
69	NC_010369	GTTC	2	8	34641	34648	0 %	50 %	25 %	25 %	169237639
70	NC_010369	GCAC	2	8	34815	34822	25 %	0 %	25 %	50 %	169237639
71	NC_010369	GGTC	2	8	35094	35101	0 %	25 %	50 %	25 %	169237639
72	NC_010369	CATC	2	8	35517	35524	25 %	25 %	0 %	50 %	169237640
73	NC_010369	TGGT	2	8	36326	36333	0 %	50 %	50 %	0 %	169237641
74	NC_010369	ACGT	2	8	36770	36777	25 %	25 %	25 %	25 %	169237641
75	NC_010369	CTTC	2	8	37348	37355	0 %	50 %	0 %	50 %	169237641
76	NC_010369	ACGT	2	8	37850	37857	25 %	25 %	25 %	25 %	169237641
77	NC_010369	CGAC	2	8	38109	38116	25 %	0 %	25 %	50 %	169237642
78	NC_010369	CGAC	2	8	38793	38800	25 %	0 %	25 %	50 %	169237644
79	NC_010369	ACGA	2	8	38936	38943	50 %	0 %	25 %	25 %	169237644
80	NC_010369	CGAA	2	8	38964	38971	50 %	0 %	25 %	25 %	169237644
81	NC_010369	CCGG	2	8	38978	38985	0 %	0 %	50 %	50 %	169237644
82	NC_010369	CAGG	2	8	39275	39282	25 %	0 %	50 %	25 %	169237645
83	NC_010369	GGAT	2	8	39296	39303	25 %	25 %	50 %	0 %	169237645
84	NC_010369	TCGT	2	8	39602	39609	0 %	50 %	25 %	25 %	169237645
85	NC_010369	TCGA	2	8	39924	39931	25 %	25 %	25 %	25 %	169237645
86	NC_010369	TTCG	2	8	39981	39988	0 %	50 %	25 %	25 %	169237645
87	NC_010369	ACGC	2	8	40048	40055	25 %	0 %	25 %	50 %	169237645
88	NC_010369	TCAG	2	8	41133	41140	25 %	25 %	25 %	25 %	169237648
89	NC_010369	AAGC	2	8	42582	42589	50 %	0 %	25 %	25 %	169237649
90	NC_010369	TCAC	2	8	42720	42727	25 %	25 %	0 %	50 %	169237649
91	NC_010369	GAGT	2	8	42889	42896	25 %	25 %	50 %	0 %	169237650
92	NC_010369	CCGC	2	8	42903	42910	0 %	0 %	25 %	75 %	169237650
93	NC_010369	CGGT	2	8	42950	42957	0 %	25 %	50 %	25 %	169237650
94	NC_010369	ACGC	2	8	43636	43643	25 %	0 %	25 %	50 %	169237651
95	NC_010369	ATCG	2	8	43835	43842	25 %	25 %	25 %	25 %	169237651
96	NC_010369	CCGT	2	8	44824	44831	0 %	25 %	25 %	50 %	169237653
97	NC_010369	GCTC	2	8	45086	45093	0 %	25 %	25 %	50 %	169237653
98	NC_010369	CTCG	2	8	45520	45527	0 %	25 %	25 %	50 %	169237654
99	NC_010369	GACC	2	8	45601	45608	25 %	0 %	25 %	50 %	169237654
100	NC_010369	CGAT	2	8	45675	45682	25 %	25 %	25 %	25 %	169237654
101	NC_010369	CCGC	2	8	45988	45995	0 %	0 %	25 %	75 %	169237654
102	NC_010369	CTCG	2	8	46115	46122	0 %	25 %	25 %	50 %	169237654
103	NC_010369	CCGC	2	8	46242	46249	0 %	0 %	25 %	75 %	169237654
104	NC_010369	CTCG	2	8	46415	46422	0 %	25 %	25 %	50 %	169237655
105	NC_010369	GCGA	2	8	46448	46455	25 %	0 %	50 %	25 %	169237655
106	NC_010369	AGCG	2	8	46541	46548	25 %	0 %	50 %	25 %	169237655
107	NC_010369	GAGT	2	8	46598	46605	25 %	25 %	50 %	0 %	169237655
108	NC_010369	CCCG	2	8	46616	46623	0 %	0 %	25 %	75 %	169237655
109	NC_010369	GGTC	2	8	46767	46774	0 %	25 %	50 %	25 %	169237655
110	NC_010369	GCGA	2	8	46775	46782	25 %	0 %	50 %	25 %	169237655
111	NC_010369	GCCT	2	8	46839	46846	0 %	25 %	25 %	50 %	169237655
112	NC_010369	GCTC	2	8	47441	47448	0 %	25 %	25 %	50 %	169237656
113	NC_010369	GCCC	2	8	47525	47532	0 %	0 %	25 %	75 %	169237656
114	NC_010369	CGAC	2	8	48344	48351	25 %	0 %	25 %	50 %	169237657
115	NC_010369	CGAA	2	8	48770	48777	50 %	0 %	25 %	25 %	169237658
116	NC_010369	CGGA	2	8	48824	48831	25 %	0 %	50 %	25 %	169237658
117	NC_010369	ACGT	2	8	49403	49410	25 %	25 %	25 %	25 %	169237658
118	NC_010369	GACG	2	8	50306	50313	25 %	0 %	50 %	25 %	169237659
119	NC_010369	CTCA	2	8	50497	50504	25 %	25 %	0 %	50 %	169237660
120	NC_010369	GCCA	2	8	50595	50602	25 %	0 %	25 %	50 %	169237660
121	NC_010369	GTTT	2	8	50913	50920	0 %	75 %	25 %	0 %	169237661
122	NC_010369	TTCG	2	8	51417	51424	0 %	50 %	25 %	25 %	169237662
123	NC_010369	GTCC	2	8	51684	51691	0 %	25 %	25 %	50 %	169237662
124	NC_010369	GATC	2	8	51903	51910	25 %	25 %	25 %	25 %	169237663
125	NC_010369	GGCC	2	8	52579	52586	0 %	0 %	50 %	50 %	169237663
126	NC_010369	GGGT	2	8	53192	53199	0 %	25 %	75 %	0 %	169237664
127	NC_010369	CGGC	2	8	53317	53324	0 %	0 %	50 %	50 %	169237665
128	NC_010369	TTCT	2	8	53523	53530	0 %	75 %	0 %	25 %	169237665
129	NC_010369	CGGC	2	8	53866	53873	0 %	0 %	50 %	50 %	169237666
130	NC_010369	CGCT	2	8	53933	53940	0 %	25 %	25 %	50 %	169237666
131	NC_010369	GCTC	2	8	54222	54229	0 %	25 %	25 %	50 %	169237666
132	NC_010369	CGTG	2	8	54663	54670	0 %	25 %	50 %	25 %	169237667
133	NC_010369	GTTC	2	8	54726	54733	0 %	50 %	25 %	25 %	169237667
134	NC_010369	GGCA	2	8	55130	55137	25 %	0 %	50 %	25 %	169237667
135	NC_010369	TCGA	2	8	55283	55290	25 %	25 %	25 %	25 %	169237667
136	NC_010369	GTCG	2	8	56389	56396	0 %	25 %	50 %	25 %	169237668
137	NC_010369	ACGG	2	8	57391	57398	25 %	0 %	50 %	25 %	169237671
138	NC_010369	GAGG	2	8	57961	57968	25 %	0 %	75 %	0 %	169237672
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408	NC_010369	GTCG	2	8	192865	192872	0 %	25 %	50 %	25 %	169237800
409	NC_010369	CTCG	2	8	193223	193230	0 %	25 %	25 %	50 %	169237800
410	NC_010369	GAGT	2	8	193366	193373	25 %	25 %	50 %	0 %	169237800
411	NC_010369	CAGT	2	8	193865	193872	25 %	25 %	25 %	25 %	169237801

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.