MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Halobacterium salinarum R1 plasmid PHS3

Total Repeats: 187

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010368	CGATC	2	10	1020	1029	20 %	20 %	20 %	40 %	169237355
2	NC_010368	GTCGG	2	10	1808	1817	0 %	20 %	60 %	20 %	169237355
3	NC_010368	GCGCC	2	10	3951	3960	0 %	0 %	40 %	60 %	169237355
4	NC_010368	TCCGT	2	10	4788	4797	0 %	40 %	20 %	40 %	169237356
5	NC_010368	TCTCG	2	10	5398	5407	0 %	40 %	20 %	40 %	169237356
6	NC_010368	TGGCG	2	10	5437	5446	0 %	20 %	60 %	20 %	169237356
7	NC_010368	CGGAC	2	10	5521	5530	20 %	0 %	40 %	40 %	169237356
8	NC_010368	TGCTC	2	10	5923	5932	0 %	40 %	20 %	40 %	169237356
9	NC_010368	AGGGA	2	10	7969	7978	40 %	0 %	60 %	0 %	169237357
10	NC_010368	CTGTA	2	10	13647	13656	20 %	40 %	20 %	20 %	169237360
11	NC_010368	TCCAA	2	10	13820	13829	40 %	20 %	0 %	40 %	169237360
12	NC_010368	TCTGT	2	10	15687	15696	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_010368	AGGTG	2	10	16658	16667	20 %	20 %	60 %	0 %	169237363
14	NC_010368	TCTGT	2	10	18287	18296	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_010368	CGGCG	2	10	18553	18562	0 %	0 %	60 %	40 %	169237365
16	NC_010368	CTCGA	2	10	18691	18700	20 %	20 %	20 %	40 %	169237365
17	NC_010368	GGGGA	2	10	24229	24238	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
18	NC_010368	GTGGG	2	10	24528	24537	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010368	GACGT	2	10	27837	27846	20 %	20 %	40 %	20 %	169237376
20	NC_010368	AATTC	2	10	29353	29362	40 %	40 %	0 %	20 %	169237376
21	NC_010368	CGCTG	2	10	29591	29600	0 %	20 %	40 %	40 %	169237376
22	NC_010368	CACAG	2	10	32375	32384	40 %	0 %	20 %	40 %	169237379
23	NC_010368	GATCG	2	10	34039	34048	20 %	20 %	40 %	20 %	169237380
24	NC_010368	ACGAA	2	10	35386	35395	60 %	0 %	20 %	20 %	169237382
25	NC_010368	TGGTC	2	10	36742	36751	0 %	40 %	40 %	20 %	169237383
26	NC_010368	ATCGC	2	10	40033	40042	20 %	20 %	20 %	40 %	169237387
27	NC_010368	TCGAA	2	10	42952	42961	40 %	20 %	20 %	20 %	169237390
28	NC_010368	GATGG	2	10	43070	43079	20 %	20 %	60 %	0 %	169237390
29	NC_010368	GACCC	2	10	43202	43211	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
30	NC_010368	GCACC	2	10	43218	43227	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
31	NC_010368	AAGGC	2	10	43285	43294	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_010368	CTGAG	2	10	46785	46794	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_010368	GCTTT	2	10	47259	47268	0 %	60 %	20 %	20 %	169237398
34	NC_010368	TCGAG	2	10	48449	48458	20 %	20 %	40 %	20 %	169237400
35	NC_010368	GTGGC	2	10	50278	50287	0 %	20 %	60 %	20 %	169237402
36	NC_010368	CTCCG	2	10	50760	50769	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
37	NC_010368	GCCAC	2	10	52264	52273	20 %	0 %	20 %	60 %	169237405
38	NC_010368	TCCAG	2	10	52881	52890	20 %	20 %	20 %	40 %	169237406
39	NC_010368	TGACG	2	10	53103	53112	20 %	20 %	40 %	20 %	169237406
40	NC_010368	TTGGG	2	10	56123	56132	0 %	40 %	60 %	0 %	169237409
41	NC_010368	GACCG	2	10	56983	56992	20 %	0 %	40 %	40 %	169237409
42	NC_010368	CGGTG	2	10	57035	57044	0 %	20 %	60 %	20 %	169237410
43	NC_010368	CCCAG	2	10	57209	57218	20 %	0 %	20 %	60 %	169237410
44	NC_010368	GCGTC	2	10	57349	57358	0 %	20 %	40 %	40 %	169237410
45	NC_010368	ACGAC	2	10	57499	57508	40 %	0 %	20 %	40 %	169237410
46	NC_010368	CGTTT	2	10	59358	59367	0 %	60 %	20 %	20 %	169237411
47	NC_010368	ACCCA	2	10	61001	61010	40 %	0 %	0 %	60 %	169237413
48	NC_010368	ACGGC	2	10	62214	62223	20 %	0 %	40 %	40 %	169237413
49	NC_010368	GTGTA	2	10	64961	64970	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
50	NC_010368	CCGAC	2	10	65160	65169	20 %	0 %	20 %	60 %	169237416
51	NC_010368	GCGAC	2	10	67134	67143	20 %	0 %	40 %	40 %	169237417
52	NC_010368	TGGGG	2	10	68670	68679	0 %	20 %	80 %	0 %	169237419
53	NC_010368	TCCGG	2	10	69138	69147	0 %	20 %	40 %	40 %	169237420
54	NC_010368	ACCAC	2	10	75490	75499	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
55	NC_010368	GGCCA	2	10	76197	76206	20 %	0 %	40 %	40 %	169237432
56	NC_010368	AGCGA	2	10	77346	77355	40 %	0 %	40 %	20 %	169237433
57	NC_010368	GAGCG	2	10	77646	77655	20 %	0 %	60 %	20 %	169237434
58	NC_010368	CGGCG	2	10	77748	77757	0 %	0 %	60 %	40 %	169237434
59	NC_010368	GGCGG	2	10	77778	77787	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
60	NC_010368	GCTTC	2	10	78661	78670	0 %	40 %	20 %	40 %	169237436
61	NC_010368	GGGTC	2	10	79772	79781	0 %	20 %	60 %	20 %	169237436
62	NC_010368	CGCGG	2	10	80497	80506	0 %	0 %	60 %	40 %	169237438
63	NC_010368	CGGTG	2	10	81249	81258	0 %	20 %	60 %	20 %	169237440
64	NC_010368	CGCGT	2	10	81591	81600	0 %	20 %	40 %	40 %	169237440
65	NC_010368	ACCCA	2	10	84614	84623	40 %	0 %	0 %	60 %	169237443
66	NC_010368	GCCGG	2	10	85130	85139	0 %	0 %	60 %	40 %	169237443
67	NC_010368	TGGCG	2	10	85405	85414	0 %	20 %	60 %	20 %	169237443
68	NC_010368	GTCGC	2	10	89156	89165	0 %	20 %	40 %	40 %	169237447
69	NC_010368	TTTCT	2	10	89191	89200	0 %	80 %	0 %	20 %	169237447
70	NC_010368	CGATT	2	10	89715	89724	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_010368	GGCGA	2	10	91510	91519	20 %	0 %	60 %	20 %	169237448
72	NC_010368	GTGGC	2	10	91622	91631	0 %	20 %	60 %	20 %	169237448
73	NC_010368	CGACG	2	10	92107	92116	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
74	NC_010368	ATTCG	2	10	97997	98006	20 %	40 %	20 %	20 %	169237455
75	NC_010368	TTCGC	2	10	99702	99711	0 %	40 %	20 %	40 %	169237456
76	NC_010368	AATCA	2	10	104387	104396	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_010368	GACGC	2	10	104559	104568	20 %	0 %	40 %	40 %	169237464
78	NC_010368	GCCGG	2	10	105083	105092	0 %	0 %	60 %	40 %	169237464
79	NC_010368	CTGTT	2	10	107378	107387	0 %	60 %	20 %	20 %	169237467
80	NC_010368	CCTCG	2	10	107940	107949	0 %	20 %	20 %	60 %	169237467
81	NC_010368	TCGTA	2	10	108153	108162	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_010368	GGCGT	2	10	108854	108863	0 %	20 %	60 %	20 %	169237468
83	NC_010368	CCCAG	2	10	109680	109689	20 %	0 %	20 %	60 %	169237468
84	NC_010368	GTGGC	2	10	110677	110686	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
85	NC_010368	CACAA	2	10	111991	112000	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_010368	CGGGA	2	10	112671	112680	20 %	0 %	60 %	20 %	169237470
87	NC_010368	CCGCG	2	10	116116	116125	0 %	0 %	40 %	60 %	169237473
88	NC_010368	TCGGC	2	10	116454	116463	0 %	20 %	40 %	40 %	169237473
89	NC_010368	CATCG	2	10	116641	116650	20 %	20 %	20 %	40 %	169237473
90	NC_010368	GGTTG	2	10	116652	116661	0 %	40 %	60 %	0 %	169237473
91	NC_010368	ATCGT	2	10	119751	119760	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_010368	CGTGG	2	10	120351	120360	0 %	20 %	60 %	20 %	169237476
93	NC_010368	CCGAG	2	10	122337	122346	20 %	0 %	40 %	40 %	169237478
94	NC_010368	CGAGC	2	10	122882	122891	20 %	0 %	40 %	40 %	169237479
95	NC_010368	CGTCG	2	10	123949	123958	0 %	20 %	40 %	40 %	169237480
96	NC_010368	GACGC	2	10	124559	124568	20 %	0 %	40 %	40 %	169237481
97	NC_010368	AGTGT	2	10	127206	127215	20 %	40 %	40 %	0 %	169237482
98	NC_010368	GAGCA	2	10	131161	131170	40 %	0 %	40 %	20 %	169237485
99	NC_010368	ACCTC	2	10	131825	131834	20 %	20 %	0 %	60 %	169237486
100	NC_010368	ACGGA	2	10	133508	133517	40 %	0 %	40 %	20 %	169237488
101	NC_010368	CAGTT	2	10	139304	139313	20 %	40 %	20 %	20 %	169237492
102	NC_010368	CCACG	2	10	139330	139339	20 %	0 %	20 %	60 %	169237492
103	NC_010368	CGCTT	2	10	141833	141842	0 %	40 %	20 %	40 %	169237493
104	NC_010368	TCAAA	2	10	142337	142346	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_010368	CTCAG	2	10	148980	148989	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
106	NC_010368	TTCGT	2	10	151034	151043	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_010368	GGTCG	2	10	151800	151809	0 %	20 %	60 %	20 %	169237500
108	NC_010368	ACGGT	2	10	153732	153741	20 %	20 %	40 %	20 %	169237501
109	NC_010368	CCCAG	2	10	155090	155099	20 %	0 %	20 %	60 %	169237502
110	NC_010368	GTCGC	2	10	159073	159082	0 %	20 %	40 %	40 %	169237504
111	NC_010368	GGGCC	2	10	159367	159376	0 %	0 %	60 %	40 %	169237504
112	NC_010368	GTGCC	2	10	167857	167866	0 %	20 %	40 %	40 %	169237510
113	NC_010368	TACCG	2	10	168401	168410	20 %	20 %	20 %	40 %	169237511
114	NC_010368	CGCGA	2	10	168728	168737	20 %	0 %	40 %	40 %	169237511
115	NC_010368	ATCGA	2	10	169646	169655	40 %	20 %	20 %	20 %	169237512
116	NC_010368	ACGGC	2	10	170280	170289	20 %	0 %	40 %	40 %	169237513
117	NC_010368	CCGAG	2	10	170645	170654	20 %	0 %	40 %	40 %	169237514
118	NC_010368	GTCCG	2	10	170723	170732	0 %	20 %	40 %	40 %	169237514
119	NC_010368	CCGCC	2	10	171889	171898	0 %	0 %	20 %	80 %	169237515
120	NC_010368	TCGAC	2	10	172348	172357	20 %	20 %	20 %	40 %	169237515
121	NC_010368	CCGAA	2	10	174538	174547	40 %	0 %	20 %	40 %	169237517
122	NC_010368	CCACG	2	10	176541	176550	20 %	0 %	20 %	60 %	169237520
123	NC_010368	CCCCA	2	10	178867	178876	20 %	0 %	0 %	80 %	169237522
124	NC_010368	GGCTG	2	10	182783	182792	0 %	20 %	60 %	20 %	169237525
125	NC_010368	AATTC	2	10	183607	183616	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_010368	CGGAG	2	10	185833	185842	20 %	0 %	60 %	20 %	169237529
127	NC_010368	CGGAA	2	10	187966	187975	40 %	0 %	40 %	20 %	169237531
128	NC_010368	TGCCG	2	10	188221	188230	0 %	20 %	40 %	40 %	169237532
129	NC_010368	GGAAC	2	10	195584	195593	40 %	0 %	40 %	20 %	169237538
130	NC_010368	CGACA	2	10	195904	195913	40 %	0 %	20 %	40 %	169237538
131	NC_010368	TCGGA	2	10	199182	199191	20 %	20 %	40 %	20 %	169237540
132	NC_010368	TGTGG	2	10	201403	201412	0 %	40 %	60 %	0 %	169237542
133	NC_010368	CAAAT	2	10	202541	202550	60 %	20 %	0 %	20 %	169237543
134	NC_010368	GACCA	2	10	202823	202832	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
135	NC_010368	CACGC	2	10	206768	206777	20 %	0 %	20 %	60 %	169237545
136	NC_010368	TTCGA	2	10	207617	207626	20 %	40 %	20 %	20 %	169237546
137	NC_010368	GACGG	2	10	209896	209905	20 %	0 %	60 %	20 %	169237546
138	NC_010368	TCACT	2	10	210555	210564	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
139	NC_010368	CGGCG	2	10	212864	212873	0 %	0 %	60 %	40 %	169237547
140	NC_010368	CGAGA	2	10	214804	214813	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
141	NC_010368	ATGGG	2	10	218217	218226	20 %	20 %	60 %	0 %	169237549
142	NC_010368	CGAGC	2	10	218639	218648	20 %	0 %	40 %	40 %	169237549
143	NC_010368	TCGCC	2	10	218903	218912	0 %	20 %	20 %	60 %	169237549
144	NC_010368	CCCTT	2	10	221210	221219	0 %	40 %	0 %	60 %	169237551
145	NC_010368	TCCTG	2	10	223761	223770	0 %	40 %	20 %	40 %	169237551
146	NC_010368	GTGTG	2	10	223826	223835	0 %	40 %	60 %	0 %	169237551
147	NC_010368	CCCAG	2	10	223927	223936	20 %	0 %	20 %	60 %	169237551
148	NC_010368	CGGCG	2	10	226140	226149	0 %	0 %	60 %	40 %	169237552
149	NC_010368	CTCGA	2	10	226278	226287	20 %	20 %	20 %	40 %	169237552
150	NC_010368	GAAGA	2	10	228935	228944	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
151	NC_010368	AGTTC	2	10	229204	229213	20 %	40 %	20 %	20 %	169237553
152	NC_010368	TGAAT	2	10	230421	230430	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
153	NC_010368	GCTTG	2	10	230914	230923	0 %	40 %	40 %	20 %	169237555
154	NC_010368	CCCGA	2	10	234087	234096	20 %	0 %	20 %	60 %	169237555
155	NC_010368	GTCGA	2	10	235849	235858	20 %	20 %	40 %	20 %	169237557
156	NC_010368	CGGCC	2	10	236865	236874	0 %	0 %	40 %	60 %	169237557
157	NC_010368	GGAAG	2	10	239367	239376	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
158	NC_010368	AAACC	2	10	239590	239599	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
159	NC_010368	TCGAG	2	10	241410	241419	20 %	20 %	40 %	20 %	169237559
160	NC_010368	GTCGG	2	10	244347	244356	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
161	NC_010368	CGGCG	2	10	246164	246173	0 %	0 %	60 %	40 %	169237563
162	NC_010368	CGATT	2	10	246902	246911	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
163	NC_010368	GAACT	2	10	247282	247291	40 %	20 %	20 %	20 %	169237564
164	NC_010368	CGACA	2	10	247945	247954	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
165	NC_010368	CTCCC	2	10	248876	248885	0 %	20 %	0 %	80 %	169237565
166	NC_010368	CTTGT	2	10	249218	249227	0 %	60 %	20 %	20 %	169237565
167	NC_010368	TGTCC	2	10	249855	249864	0 %	40 %	20 %	40 %	169237565
168	NC_010368	TCGAT	2	10	251688	251697	20 %	40 %	20 %	20 %	169237568
169	NC_010368	GATTG	2	10	255474	255483	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
170	NC_010368	AGTTG	2	10	259391	259400	20 %	40 %	40 %	0 %	169237574
171	NC_010368	GAACT	2	10	266427	266436	40 %	20 %	20 %	20 %	169237583
172	NC_010368	GAGAG	2	10	267240	267249	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
173	NC_010368	AGCGA	2	10	268930	268939	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
174	NC_010368	CGGAG	2	10	268943	268952	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
175	NC_010368	CGGCC	2	10	268975	268984	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
176	NC_010368	GCGGG	2	10	270355	270364	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
177	NC_010368	GCTCG	2	10	272301	272310	0 %	20 %	40 %	40 %	169237590
178	NC_010368	CGTCG	2	10	272385	272394	0 %	20 %	40 %	40 %	169237590
179	NC_010368	ATCGA	2	10	274032	274041	40 %	20 %	20 %	20 %	169237591
180	NC_010368	CCAGC	2	10	274856	274865	20 %	0 %	20 %	60 %	169237592
181	NC_010368	GCTCG	2	10	274970	274979	0 %	20 %	40 %	40 %	169237592
182	NC_010368	GTTCT	2	10	275633	275642	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
183	NC_010368	ACTCA	2	10	276963	276972	40 %	20 %	0 %	40 %	169237595
184	NC_010368	CAACA	2	10	277107	277116	60 %	0 %	0 %	40 %	169237595
185	NC_010368	GCGAC	2	10	278220	278229	20 %	0 %	40 %	40 %	169237596
186	NC_010368	CGGAC	2	10	280648	280657	20 %	0 %	40 %	40 %	169237599
187	NC_010368	GAACG	2	10	283649	283658	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.