MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Halobacterium salinarum R1 plasmid PHS3

Total Repeats: 41

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010368	TCTGT	2	10	15687	15696	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_010368	TCTGT	2	10	18287	18296	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_010368	GGGGA	2	10	24229	24238	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010368	GTGGG	2	10	24528	24537	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
5	NC_010368	GACCC	2	10	43202	43211	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
6	NC_010368	GCACC	2	10	43218	43227	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
7	NC_010368	AAGGC	2	10	43285	43294	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
8	NC_010368	CTGAG	2	10	46785	46794	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_010368	CTCCG	2	10	50760	50769	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
10	NC_010368	GTGTA	2	10	64961	64970	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010368	ACCAC	2	10	75490	75499	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
12	NC_010368	GGCGG	2	10	77778	77787	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
13	NC_010368	CGATT	2	10	89715	89724	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_010368	CGACG	2	10	92107	92116	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
15	NC_010368	AATCA	2	10	104387	104396	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_010368	TCGTA	2	10	108153	108162	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_010368	GTGGC	2	10	110677	110686	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
18	NC_010368	CACAA	2	10	111991	112000	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
19	NC_010368	ATCGT	2	10	119751	119760	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_010368	TCAAA	2	10	142337	142346	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_010368	CTCAG	2	10	148980	148989	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
22	NC_010368	TTCGT	2	10	151034	151043	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_010368	AATTC	2	10	183607	183616	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_010368	GACCA	2	10	202823	202832	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_010368	TCACT	2	10	210555	210564	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
26	NC_010368	CGAGA	2	10	214804	214813	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_010368	GAAGA	2	10	228935	228944	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010368	TGAAT	2	10	230421	230430	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010368	GGAAG	2	10	239367	239376	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010368	AAACC	2	10	239590	239599	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
31	NC_010368	GTCGG	2	10	244347	244356	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
32	NC_010368	CGATT	2	10	246902	246911	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_010368	CGACA	2	10	247945	247954	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_010368	GATTG	2	10	255474	255483	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_010368	GAGAG	2	10	267240	267249	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010368	AGCGA	2	10	268930	268939	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_010368	CGGAG	2	10	268943	268952	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
38	NC_010368	CGGCC	2	10	268975	268984	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
39	NC_010368	GCGGG	2	10	270355	270364	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
40	NC_010368	GTTCT	2	10	275633	275642	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_010368	GAACG	2	10	283649	283658	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.