MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Halobacterium salinarum R1 plasmid PHS3

Total Repeats: 146

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010368	CGATC	2	10	1020	1029	20 %	20 %	20 %	40 %	169237355
2	NC_010368	GTCGG	2	10	1808	1817	0 %	20 %	60 %	20 %	169237355
3	NC_010368	GCGCC	2	10	3951	3960	0 %	0 %	40 %	60 %	169237355
4	NC_010368	TCCGT	2	10	4788	4797	0 %	40 %	20 %	40 %	169237356
5	NC_010368	TCTCG	2	10	5398	5407	0 %	40 %	20 %	40 %	169237356
6	NC_010368	TGGCG	2	10	5437	5446	0 %	20 %	60 %	20 %	169237356
7	NC_010368	CGGAC	2	10	5521	5530	20 %	0 %	40 %	40 %	169237356
8	NC_010368	TGCTC	2	10	5923	5932	0 %	40 %	20 %	40 %	169237356
9	NC_010368	AGGGA	2	10	7969	7978	40 %	0 %	60 %	0 %	169237357
10	NC_010368	CTGTA	2	10	13647	13656	20 %	40 %	20 %	20 %	169237360
11	NC_010368	TCCAA	2	10	13820	13829	40 %	20 %	0 %	40 %	169237360
12	NC_010368	AGGTG	2	10	16658	16667	20 %	20 %	60 %	0 %	169237363
13	NC_010368	CGGCG	2	10	18553	18562	0 %	0 %	60 %	40 %	169237365
14	NC_010368	CTCGA	2	10	18691	18700	20 %	20 %	20 %	40 %	169237365
15	NC_010368	GACGT	2	10	27837	27846	20 %	20 %	40 %	20 %	169237376
16	NC_010368	AATTC	2	10	29353	29362	40 %	40 %	0 %	20 %	169237376
17	NC_010368	CGCTG	2	10	29591	29600	0 %	20 %	40 %	40 %	169237376
18	NC_010368	CACAG	2	10	32375	32384	40 %	0 %	20 %	40 %	169237379
19	NC_010368	GATCG	2	10	34039	34048	20 %	20 %	40 %	20 %	169237380
20	NC_010368	ACGAA	2	10	35386	35395	60 %	0 %	20 %	20 %	169237382
21	NC_010368	TGGTC	2	10	36742	36751	0 %	40 %	40 %	20 %	169237383
22	NC_010368	ATCGC	2	10	40033	40042	20 %	20 %	20 %	40 %	169237387
23	NC_010368	TCGAA	2	10	42952	42961	40 %	20 %	20 %	20 %	169237390
24	NC_010368	GATGG	2	10	43070	43079	20 %	20 %	60 %	0 %	169237390
25	NC_010368	GCTTT	2	10	47259	47268	0 %	60 %	20 %	20 %	169237398
26	NC_010368	TCGAG	2	10	48449	48458	20 %	20 %	40 %	20 %	169237400
27	NC_010368	GTGGC	2	10	50278	50287	0 %	20 %	60 %	20 %	169237402
28	NC_010368	GCCAC	2	10	52264	52273	20 %	0 %	20 %	60 %	169237405
29	NC_010368	TCCAG	2	10	52881	52890	20 %	20 %	20 %	40 %	169237406
30	NC_010368	TGACG	2	10	53103	53112	20 %	20 %	40 %	20 %	169237406
31	NC_010368	TTGGG	2	10	56123	56132	0 %	40 %	60 %	0 %	169237409
32	NC_010368	GACCG	2	10	56983	56992	20 %	0 %	40 %	40 %	169237409
33	NC_010368	CGGTG	2	10	57035	57044	0 %	20 %	60 %	20 %	169237410
34	NC_010368	CCCAG	2	10	57209	57218	20 %	0 %	20 %	60 %	169237410
35	NC_010368	GCGTC	2	10	57349	57358	0 %	20 %	40 %	40 %	169237410
36	NC_010368	ACGAC	2	10	57499	57508	40 %	0 %	20 %	40 %	169237410
37	NC_010368	CGTTT	2	10	59358	59367	0 %	60 %	20 %	20 %	169237411
38	NC_010368	ACCCA	2	10	61001	61010	40 %	0 %	0 %	60 %	169237413
39	NC_010368	ACGGC	2	10	62214	62223	20 %	0 %	40 %	40 %	169237413
40	NC_010368	CCGAC	2	10	65160	65169	20 %	0 %	20 %	60 %	169237416
41	NC_010368	GCGAC	2	10	67134	67143	20 %	0 %	40 %	40 %	169237417
42	NC_010368	TGGGG	2	10	68670	68679	0 %	20 %	80 %	0 %	169237419
43	NC_010368	TCCGG	2	10	69138	69147	0 %	20 %	40 %	40 %	169237420
44	NC_010368	GGCCA	2	10	76197	76206	20 %	0 %	40 %	40 %	169237432
45	NC_010368	AGCGA	2	10	77346	77355	40 %	0 %	40 %	20 %	169237433
46	NC_010368	GAGCG	2	10	77646	77655	20 %	0 %	60 %	20 %	169237434
47	NC_010368	CGGCG	2	10	77748	77757	0 %	0 %	60 %	40 %	169237434
48	NC_010368	GCTTC	2	10	78661	78670	0 %	40 %	20 %	40 %	169237436
49	NC_010368	GGGTC	2	10	79772	79781	0 %	20 %	60 %	20 %	169237436
50	NC_010368	CGCGG	2	10	80497	80506	0 %	0 %	60 %	40 %	169237438
51	NC_010368	CGGTG	2	10	81249	81258	0 %	20 %	60 %	20 %	169237440
52	NC_010368	CGCGT	2	10	81591	81600	0 %	20 %	40 %	40 %	169237440
53	NC_010368	ACCCA	2	10	84614	84623	40 %	0 %	0 %	60 %	169237443
54	NC_010368	GCCGG	2	10	85130	85139	0 %	0 %	60 %	40 %	169237443
55	NC_010368	TGGCG	2	10	85405	85414	0 %	20 %	60 %	20 %	169237443
56	NC_010368	GTCGC	2	10	89156	89165	0 %	20 %	40 %	40 %	169237447
57	NC_010368	TTTCT	2	10	89191	89200	0 %	80 %	0 %	20 %	169237447
58	NC_010368	GGCGA	2	10	91510	91519	20 %	0 %	60 %	20 %	169237448
59	NC_010368	GTGGC	2	10	91622	91631	0 %	20 %	60 %	20 %	169237448
60	NC_010368	ATTCG	2	10	97997	98006	20 %	40 %	20 %	20 %	169237455
61	NC_010368	TTCGC	2	10	99702	99711	0 %	40 %	20 %	40 %	169237456
62	NC_010368	GACGC	2	10	104559	104568	20 %	0 %	40 %	40 %	169237464
63	NC_010368	GCCGG	2	10	105083	105092	0 %	0 %	60 %	40 %	169237464
64	NC_010368	CTGTT	2	10	107378	107387	0 %	60 %	20 %	20 %	169237467
65	NC_010368	CCTCG	2	10	107940	107949	0 %	20 %	20 %	60 %	169237467
66	NC_010368	GGCGT	2	10	108854	108863	0 %	20 %	60 %	20 %	169237468
67	NC_010368	CCCAG	2	10	109680	109689	20 %	0 %	20 %	60 %	169237468
68	NC_010368	CGGGA	2	10	112671	112680	20 %	0 %	60 %	20 %	169237470
69	NC_010368	CCGCG	2	10	116116	116125	0 %	0 %	40 %	60 %	169237473
70	NC_010368	TCGGC	2	10	116454	116463	0 %	20 %	40 %	40 %	169237473
71	NC_010368	CATCG	2	10	116641	116650	20 %	20 %	20 %	40 %	169237473
72	NC_010368	GGTTG	2	10	116652	116661	0 %	40 %	60 %	0 %	169237473
73	NC_010368	CGTGG	2	10	120351	120360	0 %	20 %	60 %	20 %	169237476
74	NC_010368	CCGAG	2	10	122337	122346	20 %	0 %	40 %	40 %	169237478
75	NC_010368	CGAGC	2	10	122882	122891	20 %	0 %	40 %	40 %	169237479
76	NC_010368	CGTCG	2	10	123949	123958	0 %	20 %	40 %	40 %	169237480
77	NC_010368	GACGC	2	10	124559	124568	20 %	0 %	40 %	40 %	169237481
78	NC_010368	AGTGT	2	10	127206	127215	20 %	40 %	40 %	0 %	169237482
79	NC_010368	GAGCA	2	10	131161	131170	40 %	0 %	40 %	20 %	169237485
80	NC_010368	ACCTC	2	10	131825	131834	20 %	20 %	0 %	60 %	169237486
81	NC_010368	ACGGA	2	10	133508	133517	40 %	0 %	40 %	20 %	169237488
82	NC_010368	CAGTT	2	10	139304	139313	20 %	40 %	20 %	20 %	169237492
83	NC_010368	CCACG	2	10	139330	139339	20 %	0 %	20 %	60 %	169237492
84	NC_010368	CGCTT	2	10	141833	141842	0 %	40 %	20 %	40 %	169237493
85	NC_010368	GGTCG	2	10	151800	151809	0 %	20 %	60 %	20 %	169237500
86	NC_010368	ACGGT	2	10	153732	153741	20 %	20 %	40 %	20 %	169237501
87	NC_010368	CCCAG	2	10	155090	155099	20 %	0 %	20 %	60 %	169237502
88	NC_010368	GTCGC	2	10	159073	159082	0 %	20 %	40 %	40 %	169237504
89	NC_010368	GGGCC	2	10	159367	159376	0 %	0 %	60 %	40 %	169237504
90	NC_010368	GTGCC	2	10	167857	167866	0 %	20 %	40 %	40 %	169237510
91	NC_010368	TACCG	2	10	168401	168410	20 %	20 %	20 %	40 %	169237511
92	NC_010368	CGCGA	2	10	168728	168737	20 %	0 %	40 %	40 %	169237511
93	NC_010368	ATCGA	2	10	169646	169655	40 %	20 %	20 %	20 %	169237512
94	NC_010368	ACGGC	2	10	170280	170289	20 %	0 %	40 %	40 %	169237513
95	NC_010368	CCGAG	2	10	170645	170654	20 %	0 %	40 %	40 %	169237514
96	NC_010368	GTCCG	2	10	170723	170732	0 %	20 %	40 %	40 %	169237514
97	NC_010368	CCGCC	2	10	171889	171898	0 %	0 %	20 %	80 %	169237515
98	NC_010368	TCGAC	2	10	172348	172357	20 %	20 %	20 %	40 %	169237515
99	NC_010368	CCGAA	2	10	174538	174547	40 %	0 %	20 %	40 %	169237517
100	NC_010368	CCACG	2	10	176541	176550	20 %	0 %	20 %	60 %	169237520
101	NC_010368	CCCCA	2	10	178867	178876	20 %	0 %	0 %	80 %	169237522
102	NC_010368	GGCTG	2	10	182783	182792	0 %	20 %	60 %	20 %	169237525
103	NC_010368	CGGAG	2	10	185833	185842	20 %	0 %	60 %	20 %	169237529
104	NC_010368	CGGAA	2	10	187966	187975	40 %	0 %	40 %	20 %	169237531
105	NC_010368	TGCCG	2	10	188221	188230	0 %	20 %	40 %	40 %	169237532
106	NC_010368	GGAAC	2	10	195584	195593	40 %	0 %	40 %	20 %	169237538
107	NC_010368	CGACA	2	10	195904	195913	40 %	0 %	20 %	40 %	169237538
108	NC_010368	TCGGA	2	10	199182	199191	20 %	20 %	40 %	20 %	169237540
109	NC_010368	TGTGG	2	10	201403	201412	0 %	40 %	60 %	0 %	169237542
110	NC_010368	CAAAT	2	10	202541	202550	60 %	20 %	0 %	20 %	169237543
111	NC_010368	CACGC	2	10	206768	206777	20 %	0 %	20 %	60 %	169237545
112	NC_010368	TTCGA	2	10	207617	207626	20 %	40 %	20 %	20 %	169237546
113	NC_010368	GACGG	2	10	209896	209905	20 %	0 %	60 %	20 %	169237546
114	NC_010368	CGGCG	2	10	212864	212873	0 %	0 %	60 %	40 %	169237547
115	NC_010368	ATGGG	2	10	218217	218226	20 %	20 %	60 %	0 %	169237549
116	NC_010368	CGAGC	2	10	218639	218648	20 %	0 %	40 %	40 %	169237549
117	NC_010368	TCGCC	2	10	218903	218912	0 %	20 %	20 %	60 %	169237549
118	NC_010368	CCCTT	2	10	221210	221219	0 %	40 %	0 %	60 %	169237551
119	NC_010368	TCCTG	2	10	223761	223770	0 %	40 %	20 %	40 %	169237551
120	NC_010368	GTGTG	2	10	223826	223835	0 %	40 %	60 %	0 %	169237551
121	NC_010368	CCCAG	2	10	223927	223936	20 %	0 %	20 %	60 %	169237551
122	NC_010368	CGGCG	2	10	226140	226149	0 %	0 %	60 %	40 %	169237552
123	NC_010368	CTCGA	2	10	226278	226287	20 %	20 %	20 %	40 %	169237552
124	NC_010368	AGTTC	2	10	229204	229213	20 %	40 %	20 %	20 %	169237553
125	NC_010368	GCTTG	2	10	230914	230923	0 %	40 %	40 %	20 %	169237555
126	NC_010368	CCCGA	2	10	234087	234096	20 %	0 %	20 %	60 %	169237555
127	NC_010368	GTCGA	2	10	235849	235858	20 %	20 %	40 %	20 %	169237557
128	NC_010368	CGGCC	2	10	236865	236874	0 %	0 %	40 %	60 %	169237557
129	NC_010368	TCGAG	2	10	241410	241419	20 %	20 %	40 %	20 %	169237559
130	NC_010368	CGGCG	2	10	246164	246173	0 %	0 %	60 %	40 %	169237563
131	NC_010368	GAACT	2	10	247282	247291	40 %	20 %	20 %	20 %	169237564
132	NC_010368	CTCCC	2	10	248876	248885	0 %	20 %	0 %	80 %	169237565
133	NC_010368	CTTGT	2	10	249218	249227	0 %	60 %	20 %	20 %	169237565
134	NC_010368	TGTCC	2	10	249855	249864	0 %	40 %	20 %	40 %	169237565
135	NC_010368	TCGAT	2	10	251688	251697	20 %	40 %	20 %	20 %	169237568
136	NC_010368	AGTTG	2	10	259391	259400	20 %	40 %	40 %	0 %	169237574
137	NC_010368	GAACT	2	10	266427	266436	40 %	20 %	20 %	20 %	169237583
138	NC_010368	GCTCG	2	10	272301	272310	0 %	20 %	40 %	40 %	169237590
139	NC_010368	CGTCG	2	10	272385	272394	0 %	20 %	40 %	40 %	169237590
140	NC_010368	ATCGA	2	10	274032	274041	40 %	20 %	20 %	20 %	169237591
141	NC_010368	CCAGC	2	10	274856	274865	20 %	0 %	20 %	60 %	169237592
142	NC_010368	GCTCG	2	10	274970	274979	0 %	20 %	40 %	40 %	169237592
143	NC_010368	ACTCA	2	10	276963	276972	40 %	20 %	0 %	40 %	169237595
144	NC_010368	CAACA	2	10	277107	277116	60 %	0 %	0 %	40 %	169237595
145	NC_010368	GCGAC	2	10	278220	278229	20 %	0 %	40 %	40 %	169237596
146	NC_010368	CGGAC	2	10	280648	280657	20 %	0 %	40 %	40 %	169237599

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.