MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Halobacterium salinarum R1 plasmid PHS3

Total Repeats: 206

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010368	TTAG	2	8	8421	8428	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010368	GGAA	2	8	8473	8480	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010368	TGGG	2	8	14077	14084	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010368	ATCT	2	8	15590	15597	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_010368	CTGT	2	8	15711	15718	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
6	NC_010368	GTGC	2	8	17216	17223	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
7	NC_010368	GGTG	2	8	18411	18418	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010368	AGCA	2	8	19593	19600	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
9	NC_010368	CTAA	2	8	19607	19614	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_010368	CGTT	2	8	21302	21309	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_010368	AAAT	2	8	22490	22497	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010368	CGGC	2	8	22668	22675	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
13	NC_010368	ACGA	2	8	22871	22878	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_010368	AGCG	2	8	23215	23222	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
15	NC_010368	CGAC	2	8	23865	23872	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
16	NC_010368	GACG	2	8	24156	24163	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_010368	CTCC	2	8	24357	24364	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
18	NC_010368	TCGT	2	8	24990	24997	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_010368	GACT	2	8	25167	25174	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_010368	GAAA	2	8	30562	30569	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010368	ATAA	2	8	30693	30700	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010368	CGGT	2	8	36380	36387	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
23	NC_010368	GCTT	2	8	37100	37107	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_010368	CAGG	2	8	37187	37194	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
25	NC_010368	TCAA	2	8	42192	42199	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_010368	GTAG	2	8	45380	45387	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010368	GAGC	2	8	53830	53837	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
28	NC_010368	TATT	2	8	54019	54026	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010368	CGCC	2	8	66899	66906	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
30	NC_010368	GGTC	2	8	74940	74947	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
31	NC_010368	GGGT	2	8	75184	75191	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010368	GGCG	2	8	78573	78580	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
33	NC_010368	ACGG	2	8	78609	78616	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
34	NC_010368	GATG	2	8	80653	80660	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_010368	GCAC	2	8	82851	82858	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
36	NC_010368	TCTA	2	8	88337	88344	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_010368	TATG	2	8	89230	89237	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_010368	CATA	2	8	89636	89643	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_010368	AGGG	2	8	93412	93419	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010368	CTCC	2	8	93424	93431	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
41	NC_010368	AACC	2	8	93483	93490	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
42	NC_010368	GGGA	2	8	93895	93902	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010368	CGCT	2	8	95508	95515	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
44	NC_010368	CGCA	2	8	96095	96102	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
45	NC_010368	ACTG	2	8	96141	96148	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_010368	CACG	2	8	96200	96207	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
47	NC_010368	CCAC	2	8	96404	96411	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
48	NC_010368	CACC	2	8	100890	100897	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
49	NC_010368	ACTA	2	8	103275	103282	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_010368	CGAA	2	8	110574	110581	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_010368	TCCG	2	8	116001	116008	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
52	NC_010368	CACC	2	8	116011	116018	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
53	NC_010368	GCGT	2	8	119735	119742	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
54	NC_010368	AGTT	2	8	122680	122687	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_010368	TGTT	2	8	127774	127781	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_010368	GAAC	2	8	130180	130187	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
57	NC_010368	TGGT	2	8	132763	132770	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_010368	AGTG	2	8	133888	133895	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_010368	TGGA	2	8	136001	136008	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_010368	CCCA	2	8	139626	139633	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
61	NC_010368	GCGA	2	8	140333	140340	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
62	NC_010368	ACGA	2	8	140435	140442	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_010368	CTCC	2	8	140658	140665	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
64	NC_010368	TGGT	2	8	140820	140827	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_010368	AGCA	2	8	142240	142247	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_010368	TACG	2	8	142778	142785	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_010368	GATA	2	8	143104	143111	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_010368	GTAC	2	8	143213	143220	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_010368	GAAC	2	8	144957	144964	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_010368	GTTC	2	8	145140	145147	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_010368	GAGT	2	8	147409	147416	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010368	GACG	2	8	147884	147891	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
73	NC_010368	CGCA	2	8	148994	149001	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
74	NC_010368	AGCA	2	8	150350	150357	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_010368	TCGG	2	8	150690	150697	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
76	NC_010368	ACGA	2	8	150725	150732	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
77	NC_010368	ATTT	2	8	150931	150938	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010368	CAGA	2	8	151146	151153	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_010368	CACC	2	8	152632	152639	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
80	NC_010368	ACCG	2	8	152763	152770	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
81	NC_010368	GACC	2	8	155906	155913	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
82	NC_010368	GCCG	2	8	160635	160642	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
83	NC_010368	GCTG	2	8	160846	160853	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_010368	CGCA	2	8	163526	163533	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
85	NC_010368	TGAC	2	8	163607	163614	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
86	NC_010368	TACA	2	8	165445	165452	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_010368	GCCC	2	8	173322	173329	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
88	NC_010368	TGGC	2	8	173394	173401	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
89	NC_010368	GATC	2	8	174818	174825	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_010368	GTGG	2	8	176442	176449	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
91	NC_010368	GATG	2	8	182581	182588	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010368	CCGA	2	8	183223	183230	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
93	NC_010368	GTCT	2	8	183484	183491	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_010368	CAGC	2	8	183644	183651	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
95	NC_010368	TGGG	2	8	185646	185653	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
96	NC_010368	CGAC	2	8	186680	186687	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
97	NC_010368	CTGA	2	8	189859	189866	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_010368	CGGT	2	8	189902	189909	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
99	NC_010368	CAGC	2	8	190112	190119	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
100	NC_010368	CTGA	2	8	190292	190299	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_010368	GTCG	2	8	190631	190638	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
102	NC_010368	TCGT	2	8	194400	194407	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_010368	CCTA	2	8	194886	194893	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_010368	ACTC	2	8	195218	195225	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_010368	CCTT	2	8	198149	198156	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_010368	CGAT	2	8	199724	199731	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_010368	CCCA	2	8	199976	199983	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
108	NC_010368	TGCC	2	8	200138	200145	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
109	NC_010368	ACGT	2	8	200220	200227	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_010368	CTAC	2	8	200980	200987	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_010368	GTTC	2	8	203569	203576	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_010368	TTCG	2	8	203593	203600	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_010368	CGAG	2	8	203684	203691	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
114	NC_010368	TCAC	2	8	212017	212024	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
115	NC_010368	TACG	2	8	212099	212106	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
116	NC_010368	TTGC	2	8	213101	213108	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_010368	ACCC	2	8	213580	213587	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
118	NC_010368	TTCC	2	8	213834	213841	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
119	NC_010368	CTAA	2	8	213886	213893	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_010368	GCTC	2	8	214046	214053	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
121	NC_010368	GATC	2	8	214521	214528	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
122	NC_010368	CTCG	2	8	214531	214538	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
123	NC_010368	GTCG	2	8	214543	214550	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
124	NC_010368	GTTC	2	8	215076	215083	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_010368	CGAG	2	8	215853	215860	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
126	NC_010368	TTTA	2	8	220282	220289	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_010368	GTCC	2	8	224509	224516	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
128	NC_010368	GCGG	2	8	224617	224624	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
129	NC_010368	CGGA	2	8	224992	224999	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
130	NC_010368	ATCA	2	8	225095	225102	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_010368	AGCA	2	8	225221	225228	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_010368	ATTT	2	8	225448	225455	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_010368	TCCA	2	8	225534	225541	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
134	NC_010368	TCGG	2	8	225996	226003	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
135	NC_010368	AGCA	2	8	227180	227187	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
136	NC_010368	CTAA	2	8	227194	227201	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_010368	CAGC	2	8	227256	227263	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
138	NC_010368	CGAC	2	8	228531	228538	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
139	NC_010368	CGAC	2	8	228573	228580	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
140	NC_010368	GTTG	2	8	228654	228661	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_010368	TAGA	2	8	228871	228878	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
142	NC_010368	TGCC	2	8	229430	229437	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
143	NC_010368	GGTA	2	8	238451	238458	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
144	NC_010368	TCGA	2	8	238459	238466	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
145	NC_010368	CGGA	2	8	238507	238514	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
146	NC_010368	ACGA	2	8	239813	239820	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_010368	TGGG	2	8	240073	240080	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
148	NC_010368	TCAG	2	8	240396	240403	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
149	NC_010368	TTAG	2	8	240496	240503	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
150	NC_010368	TGCT	2	8	240510	240517	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
151	NC_010368	ACCG	2	8	241693	241700	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
152	NC_010368	CACT	2	8	241936	241943	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
153	NC_010368	ATCC	2	8	242075	242082	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
154	NC_010368	GGAC	2	8	242202	242209	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
155	NC_010368	AGCG	2	8	247760	247767	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
156	NC_010368	TATC	2	8	247768	247775	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
157	NC_010368	TCGC	2	8	247809	247816	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
158	NC_010368	ATCT	2	8	248300	248307	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
159	NC_010368	TCGA	2	8	248550	248557	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
160	NC_010368	CGAG	2	8	251255	251262	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
161	NC_010368	TATT	2	8	252030	252037	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_010368	CGTA	2	8	254394	254401	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
163	NC_010368	GGCT	2	8	254447	254454	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
164	NC_010368	TTCC	2	8	257469	257476	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
165	NC_010368	CTAA	2	8	257521	257528	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
166	NC_010368	CTGC	2	8	257571	257578	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
167	NC_010368	GCCC	2	8	257672	257679	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
168	NC_010368	GTGC	2	8	258218	258225	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
169	NC_010368	ATCG	2	8	258230	258237	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
170	NC_010368	GGAA	2	8	258423	258430	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
171	NC_010368	CGCT	2	8	259790	259797	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
172	NC_010368	AGCC	2	8	260637	260644	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
173	NC_010368	GCTC	2	8	260709	260716	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
174	NC_010368	CCTC	2	8	260903	260910	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
175	NC_010368	ACCG	2	8	261079	261086	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
176	NC_010368	ACCG	2	8	261119	261126	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
177	NC_010368	GTAG	2	8	261137	261144	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
178	NC_010368	GTCC	2	8	261366	261373	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
179	NC_010368	CTGC	2	8	263424	263431	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
180	NC_010368	GTCA	2	8	266179	266186	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
181	NC_010368	TGAA	2	8	267327	267334	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
182	NC_010368	ACCA	2	8	267963	267970	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
183	NC_010368	CCCT	2	8	268310	268317	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
184	NC_010368	CGAC	2	8	269991	269998	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
185	NC_010368	TCGC	2	8	270017	270024	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
186	NC_010368	GCGA	2	8	270049	270056	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
187	NC_010368	CCCG	2	8	270102	270109	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
188	NC_010368	CGTC	2	8	270153	270160	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
189	NC_010368	GCGG	2	8	270161	270168	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
190	NC_010368	GGTC	2	8	270269	270276	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
191	NC_010368	GCGA	2	8	270277	270284	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
192	NC_010368	CGCT	2	8	272798	272805	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
193	NC_010368	TTAG	2	8	273119	273126	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
194	NC_010368	TGCT	2	8	273133	273140	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
195	NC_010368	CGGT	2	8	274415	274422	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
196	NC_010368	GACT	2	8	274454	274461	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
197	NC_010368	ACTC	2	8	274518	274525	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
198	NC_010368	TCAC	2	8	274590	274597	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
199	NC_010368	CTTT	2	8	275315	275322	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
200	NC_010368	AAGT	2	8	276643	276650	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
201	NC_010368	TCGT	2	8	276735	276742	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
202	NC_010368	AACA	2	8	276865	276872	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
203	NC_010368	CTTT	2	8	279825	279832	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
204	NC_010368	CCGC	2	8	281177	281184	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
205	NC_010368	CGTC	2	8	283246	283253	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
206	NC_010368	TGGG	2	8	283550	283557	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.