MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Halobacterium salinarum R1 plasmid PHS4

Total Repeats: 72

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010367	CCTC	2	8	1709	1716	0 %	25 %	0 %	75 %	169237315
2	NC_010367	GACG	2	8	2417	2424	25 %	0 %	50 %	25 %	169237317
3	NC_010367	TCGA	2	8	2740	2747	25 %	25 %	25 %	25 %	169237318
4	NC_010367	GACG	2	8	4261	4268	25 %	0 %	50 %	25 %	169237321
5	NC_010367	CGAC	2	8	4498	4505	25 %	0 %	25 %	50 %	169237321
6	NC_010367	CGTT	2	8	5601	5608	0 %	50 %	25 %	25 %	169237323
7	NC_010367	CGTC	2	8	5852	5859	0 %	25 %	25 %	50 %	169237323
8	NC_010367	CCGT	2	8	5875	5882	0 %	25 %	25 %	50 %	169237323
9	NC_010367	GATA	2	8	5891	5898	50 %	25 %	25 %	0 %	169237323
10	NC_010367	TGTT	2	8	6151	6158	0 %	75 %	25 %	0 %	169237323
11	NC_010367	CCAG	2	8	6239	6246	25 %	0 %	25 %	50 %	169237323
12	NC_010367	GTCT	2	8	6862	6869	0 %	50 %	25 %	25 %	169237324
13	NC_010367	GTGA	2	8	6877	6884	25 %	25 %	50 %	0 %	169237324
14	NC_010367	GGTC	2	8	7698	7705	0 %	25 %	50 %	25 %	169237324
15	NC_010367	CTAC	2	8	9232	9239	25 %	25 %	0 %	50 %	169237326
16	NC_010367	ACCG	2	8	9273	9280	25 %	0 %	25 %	50 %	169237326
17	NC_010367	AGTG	2	8	10629	10636	25 %	25 %	50 %	0 %	169237326
18	NC_010367	CCCG	2	8	10658	10665	0 %	0 %	25 %	75 %	169237326
19	NC_010367	GGAG	2	8	10844	10851	25 %	0 %	75 %	0 %	169237326
20	NC_010367	GTCG	2	8	10853	10860	0 %	25 %	50 %	25 %	169237326
21	NC_010367	GGGC	2	8	11068	11075	0 %	0 %	75 %	25 %	169237326
22	NC_010367	CGGT	2	8	11403	11410	0 %	25 %	50 %	25 %	169237326
23	NC_010367	TACC	2	8	13241	13248	25 %	25 %	0 %	50 %	169237329
24	NC_010367	CGCA	2	8	13485	13492	25 %	0 %	25 %	50 %	169237329
25	NC_010367	CTGA	2	8	13722	13729	25 %	25 %	25 %	25 %	169237329
26	NC_010367	TATC	2	8	14063	14070	25 %	50 %	0 %	25 %	169237329
27	NC_010367	CGGA	2	8	14343	14350	25 %	0 %	50 %	25 %	169237329
28	NC_010367	CGTC	2	8	14498	14505	0 %	25 %	25 %	50 %	169237329
29	NC_010367	GCCG	2	8	14760	14767	0 %	0 %	50 %	50 %	169237329
30	NC_010367	TCAA	2	8	14947	14954	50 %	25 %	0 %	25 %	169237329
31	NC_010367	GCTG	2	8	15023	15030	0 %	25 %	50 %	25 %	169237329
32	NC_010367	CGCT	2	8	15064	15071	0 %	25 %	25 %	50 %	169237329
33	NC_010367	ACTC	2	8	15118	15125	25 %	25 %	0 %	50 %	169237329
34	NC_010367	CAGT	2	8	15449	15456	25 %	25 %	25 %	25 %	169237329
35	NC_010367	ACGG	2	8	15750	15757	25 %	0 %	50 %	25 %	169237329
36	NC_010367	CAAA	2	8	15778	15785	75 %	0 %	0 %	25 %	169237329
37	NC_010367	GATG	2	8	16004	16011	25 %	25 %	50 %	0 %	169237329
38	NC_010367	CGTT	2	8	16408	16415	0 %	50 %	25 %	25 %	169237329
39	NC_010367	GAAT	2	8	17060	17067	50 %	25 %	25 %	0 %	169237329
40	NC_010367	TGAC	2	8	17409	17416	25 %	25 %	25 %	25 %	169237329
41	NC_010367	CCGC	2	8	18111	18118	0 %	0 %	25 %	75 %	169237330
42	NC_010367	GAAG	2	8	18334	18341	50 %	0 %	50 %	0 %	169237330
43	NC_010367	AAGT	2	8	19902	19909	50 %	25 %	25 %	0 %	169237330
44	NC_010367	AGTG	2	8	20129	20136	25 %	25 %	50 %	0 %	169237330
45	NC_010367	CATC	2	8	24738	24745	25 %	25 %	0 %	50 %	169237335
46	NC_010367	CGAG	2	8	24750	24757	25 %	0 %	50 %	25 %	169237335
47	NC_010367	CCAC	2	8	25708	25715	25 %	0 %	0 %	75 %	169237336
48	NC_010367	CGGT	2	8	27735	27742	0 %	25 %	50 %	25 %	169237336
49	NC_010367	GTGG	2	8	27887	27894	0 %	25 %	75 %	0 %	169237336
50	NC_010367	GAGC	2	8	29960	29967	25 %	0 %	50 %	25 %	169237337
51	NC_010367	ATCA	2	8	30300	30307	50 %	25 %	0 %	25 %	169237337
52	NC_010367	TCGG	2	8	30668	30675	0 %	25 %	50 %	25 %	169237337
53	NC_010367	GGGT	2	8	31235	31242	0 %	25 %	75 %	0 %	169237338
54	NC_010367	GCAA	2	8	31714	31721	50 %	0 %	25 %	25 %	169237338
55	NC_010367	CGCT	2	8	32272	32279	0 %	25 %	25 %	50 %	169237338
56	NC_010367	GTCT	2	8	32622	32629	0 %	50 %	25 %	25 %	169237339
57	NC_010367	TCGG	2	8	32824	32831	0 %	25 %	50 %	25 %	169237339
58	NC_010367	AACA	2	8	32911	32918	75 %	0 %	0 %	25 %	169237339
59	NC_010367	CAAG	2	8	34147	34154	50 %	0 %	25 %	25 %	169237340
60	NC_010367	CGCC	2	8	34396	34403	0 %	0 %	25 %	75 %	169237341
61	NC_010367	GCTC	2	8	35083	35090	0 %	25 %	25 %	50 %	169237342
62	NC_010367	CGAC	2	8	35143	35150	25 %	0 %	25 %	50 %	169237342
63	NC_010367	AGCG	2	8	35554	35561	25 %	0 %	50 %	25 %	169237342
64	NC_010367	TGCC	2	8	35744	35751	0 %	25 %	25 %	50 %	169237342
65	NC_010367	CTCA	2	8	35834	35841	25 %	25 %	0 %	50 %	169237342
66	NC_010367	GAGT	2	8	35963	35970	25 %	25 %	50 %	0 %	169237342
67	NC_010367	CCGG	2	8	36006	36013	0 %	0 %	50 %	50 %	169237342
68	NC_010367	GGCA	2	8	36908	36915	25 %	0 %	50 %	25 %	169237345
69	NC_010367	ACTC	2	8	37897	37904	25 %	25 %	0 %	50 %	169237348
70	NC_010367	CAGA	2	8	39484	39491	50 %	0 %	25 %	25 %	169237350
71	NC_010367	CGAG	2	8	40568	40575	25 %	0 %	50 %	25 %	169237352
72	NC_010367	CAAC	2	8	40739	40746	50 %	0 %	0 %	50 %	169237352

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.