MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Halobacterium salinarum R1 plasmid PHS1

Total Repeats: 67

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010366	GTCACG	2	12	733	744	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	169237161
2	NC_010366	CTGACG	2	12	5447	5458	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_010366	GAATTA	2	12	8352	8363	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	169237168
4	NC_010366	ATTACC	2	12	9471	9482	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237169
5	NC_010366	CCGTGA	2	12	12608	12619	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_010366	GCTGTC	2	12	12772	12783	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_010366	GAAGTC	2	12	15040	15051	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	169237171
8	NC_010366	CGACGT	2	12	18828	18839	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	169237178
9	NC_010366	GACAGC	2	12	23732	23743	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_010366	GAGATC	2	12	26099	26110	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	169237186
11	NC_010366	CGACTA	2	12	27158	27169	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	169237188
12	NC_010366	ATCCCC	2	12	29313	29324	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	169237189
13	NC_010366	AGTCGT	2	12	30410	30421	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	169237189
14	NC_010366	ACCATC	2	12	31456	31467	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	169237191
15	NC_010366	TTCGAC	2	12	32544	32555	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	169237192
16	NC_010366	GACAGC	2	12	34715	34726	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_010366	ATTTCA	2	12	35036	35047	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_010366	TGAGCG	2	12	37293	37304	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	169237195
19	NC_010366	AAATCC	2	12	38466	38477	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	169237195
20	NC_010366	TCGGCC	2	12	45680	45691	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	169237206
21	NC_010366	GTCGAA	2	12	47094	47105	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	169237208
22	NC_010366	TCCACT	2	12	47944	47955	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	169237209
23	NC_010366	TTCGGG	2	12	48478	48489	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	169237210
24	NC_010366	CAGCCA	2	12	48837	48848	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	169237210
25	NC_010366	CGCGGG	2	12	52924	52935	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237214
26	NC_010366	TGCGCC	2	12	53266	53277	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	169237214
27	NC_010366	CGGGTT	2	12	53706	53717	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	169237216
28	NC_010366	TCGGCG	2	12	54203	54214	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	169237216
29	NC_010366	GCCATC	2	12	54265	54276	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	169237216
30	NC_010366	CGTCGC	2	12	54477	54488	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	169237216
31	NC_010366	TCGACG	2	12	55552	55563	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	169237218
32	NC_010366	TCGCGT	2	12	57329	57340	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237220
33	NC_010366	GCGTCG	2	12	60313	60324	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	169237224
34	NC_010366	GAACTC	2	12	63279	63290	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	169237227
35	NC_010366	GACGTC	2	12	65061	65072	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	169237229
36	NC_010366	CTCCAA	2	12	78804	78815	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
37	NC_010366	TCTGAT	2	12	79722	79733	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	169237240
38	NC_010366	TTCGCG	2	12	80925	80936	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237241
39	NC_010366	ACACGT	2	12	81360	81371	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	169237242
40	NC_010366	GTCGTG	2	12	81550	81561	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	169237242
41	NC_010366	GGTCTG	2	12	81668	81679	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_010366	CTGCGT	2	12	81859	81870	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237243
43	NC_010366	GCGCCC	2	12	85079	85090	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_010366	CGGCAT	2	12	85906	85917	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_010366	GAGCGC	2	12	88107	88118	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	169237253
46	NC_010366	GGCGCG	2	12	94212	94223	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237261
47	NC_010366	GTCGAT	2	12	96063	96074	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	169237263
48	NC_010366	CGTAGT	2	12	102911	102922	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	169237271
49	NC_010366	CGACAG	2	12	104540	104551	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_010366	GTTGAC	2	12	105048	105059	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	169237275
51	NC_010366	GAAGTC	2	12	105486	105497	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	169237275
52	NC_010366	TCGCAT	2	12	107494	107505	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	169237278
53	NC_010366	CCGTGA	2	12	107542	107553	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	169237278
54	NC_010366	CGAACG	2	12	112677	112688	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_010366	GATATC	2	12	116749	116760	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	169237285
56	NC_010366	TCGAAG	2	12	117083	117094	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	169237286
57	NC_010366	GGACGA	2	12	117975	117986	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	169237286
58	NC_010366	AAGAGA	2	12	119192	119203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	169237286
59	NC_010366	CGAGAA	2	12	122612	122623	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	169237287
60	NC_010366	GCGTGA	2	12	123854	123865	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	169237287
61	NC_010366	CATTCC	2	12	125616	125627	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	169237289
62	NC_010366	GTTGAC	2	12	134950	134961	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	169237295
63	NC_010366	GAAGTC	2	12	135388	135399	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	169237295
64	NC_010366	CCAGAC	2	12	138847	138858	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	169237299
65	NC_010366	GTTCAG	2	12	141947	141958	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	169237306
66	NC_010366	GGGGGT	2	12	144525	144536	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	169237309
67	NC_010366	TGACGG	2	12	146263	146274	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	169237311

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.